Sada pro vývoj chemie - Chemistry Development Kit

Sada pro vývoj chemie
Vínově zbarvený kuličkový a hůlkový pseudomolekulární diagram hláskující tři písmena C, D a K.
Původní autořiChristoph Steinbeck, Egon Willighagen, Dan Gezelter
VývojářiProjekt CDK
První vydání11. května 2001; Před 19 lety (2001-05-11)[1]
Stabilní uvolnění2.3[2] (9. srpna 2019; Před 15 měsíci (2019-08-09)) [±]
Náhled verze1.5.14 (9. října 2016; Před 4 lety (2016-10-09)) [±]
Úložištěgithub.com/ cdk/ cdk
NapsánoJáva
Operační systémOkna, Linux, Unix, Operační Systém Mac
PlošinaIA-32, x86-64
K dispozici vAngličtina
TypChemoinformatika, molekulární modelování, bioinformatika
LicenceLGPL 2.0
webová stránkaCDK.github.io

The Sada pro vývoj chemie (CDK) je počítač software, a knihovna v programovacím jazyce Jáva, pro chemoinformatika a bioinformatika.[3][4] Je k dispozici pro Okna, Linux, Unix, a Operační Systém Mac. to je bezplatný open source software distribuováno pod GNU Lesser General Public License (LGPL) 2.0.

Dějiny

CDK vytvořil Christoph Steinbeck, Egon Willighagen a Dan Gezelter, poté vývojáři Jmol a JChemPaint, poskytnout společný kódový základ, ve dnech 27. - 29. září 2000 na University of Notre Dame. První vydání zdrojového kódu bylo vydáno 11. května 2011.[5] Od té doby do projektu přispělo více než 100 lidí,[6] což vede k bohaté sadě funkcí, jak je uvedeno níže. V letech 2004 až 2007 Zprávy CDK byl informační bulletin projektu, jehož všechny články jsou k dispozici ve veřejném archivu.[7] Vzhledem k nestabilní míře příspěvků byl zpravodaj pozastaven.

Zprávy CDK  
JazykAngličtina
Upraveno podleEgon Willighagen, Christoph Steinbeck
Podrobnosti o publikaci
Dějiny2004-2007
Standardní zkratky
ISO 4Zprávy CDK
Indexování
ISSN1614-7553

Později testování jednotek, kontrola kvality kódu a Javadoc byla zavedena validace. Rajarshi Guha vyvinul noční sestavovací systém s názvem Nightly, který stále funguje na Univerzita v Uppsale.[8] V roce 2012 se projekt stal podporou Důvěra InChI, k podpoře dalšího rozvoje. Knihovna používá JNI-InChI[9] vygenerovat Mezinárodní chemické identifikátory (InChIs).[10]V dubnu 2013 se John Mayfield (roz. May) připojil k vydavatelským manažerům CDK, aby zvládli vývojovou větev.[11]

Knihovna

CDK je knihovna namísto uživatelského programu. Byl však integrován do různých prostředí, aby byly k dispozici jeho funkce. CDK se v současné době používá v několika aplikacích, včetně programovacího jazyka R,[12] CDK-Taverna (a Pracovní stůl Taverna zapojit),[13] Bioclipse, PaDEL,[14] a Cinfony.[15] Pro Konstanz Information Miner existují také rozšíření CDK (KNIME )[16] a pro Vynikat s názvem LICSS ([1] ).[17]

V roce 2008 byly z knihovny odstraněny bity kódu s licencí GPL. Zatímco tyto kódové bity byly nezávislé na hlavní knihovně CDK a nebyl zapojen žádný copylefting, pro snížení zmatků mezi uživateli byl vytvořen instanci projektu ChemoJava.[18]

Hlavní rysy

Chemoinformatika

Bioinformatika

  • detekce aktivního místa proteinu
  • detekce příbuzného ligandu[24]
  • identifikace metabolitů[25]
  • databáze cest
  • 2D a 3D deskriptory proteinů[26]

Všeobecné

Viz také

Reference

  1. ^ https://sourceforge.net/projects/cdk/files/OldFiles/
  2. ^ "cdk / cdk: CDK 2.3". ZENODO. 2019-08-09. doi:10,5281 / zenodo.3364510.
  3. ^ Steinbeck, C .; Han, Y. Q .; Kuhn, S .; Horlacher, O .; Luttmann, E .; Willighagen, E. L. (2003). „The Chemistry Development Kit (CDK): An open-source Java library for chemo- and bioinformatics“. Journal of Chemical Information and Computer Sciences. 43 (2): 493–500. doi:10.1021 / ci025584y. PMC  4901983. PMID  12653513.
  4. ^ Willighagen, Egon L .; Mayfield, John W .; Alvarsson, Jonathan; Berg, Arvid; Carlsson, Lars; Jeliazkova, Nina; Kuhn, Stefan; Pluskal, Tomáš; Rojas-Chertó, Miquel (06.06.2017). „The Chemistry Development Kit (CDK) v2.0: psaní atomů, zobrazení, molekulární vzorce a hledání substruktury“. Journal of Cheminformatics. 9 (1): 33. doi:10.1186 / s13321-017-0220-4. ISSN  1758-2946. PMC  5461230. PMID  29086040.
  5. ^ http://sourceforge.net/projects/cdk/files/OldFiles/
  6. ^ https://github.com/cdk/cdk/blob/master/AUTHORS.txt
  7. ^ https://sourceforge.net/projects/cdk/files/CDK%20News/
  8. ^ „Archivovaná kopie“. Archivovány od originál dne 2013-05-24. Citováno 2013-08-05.CS1 maint: archivovaná kopie jako titul (odkaz)
  9. ^ http://jni-inchi.sourceforge.net/
  10. ^ Spjuth, O .; Berg, A .; Adams, S .; Willighagen, E. L. (2013). „Aplikace InChI v cheminformatice s CDK a Bioclipse“. Journal of Cheminformatics. 5 (1): 14. doi:10.1186/1758-2946-5-14. PMC  3674901. PMID  23497723.
  11. ^ http://chem-bla-ics.blogspot.nl/2013/04/john-may-is-now-release-manager-of-cdk.html
  12. ^ Guha, R. (2007). "Funkce chemické informatiky v R". Žurnál statistického softwaru. 18 (5): 1–16. doi:10.18637 / jss.v018.i05.
  13. ^ Kuhn, T .; Willighagen, E. L .; Zielesny, A .; Steinbeck, C. (2010). „CDK-Taverna: otevřené prostředí pracovního toku pro cheminformatiku“. BMC bioinformatika. 11: 159. doi:10.1186/1471-2105-11-159. PMC  2862046. PMID  20346188.
  14. ^ Yap, C. W. (2011). "PaDEL-descriptor: Open source software pro výpočet molekulárních deskriptorů a otisků prstů". Journal of Computational Chemistry. 32 (7): 1466–74. doi:10.1002 / jcc.21707. PMID  21425294.
  15. ^ O'Boyle, Noel M (2008). „Cinfony - kombinace open source nástrojů cheminformatiky za společným rozhraním“. Centrální žurnál chemie. 2 (1): 24. doi:10.1186 / 1752-153X-2-24. PMC  2646723. PMID  19055766.
  16. ^ Beisken, S .; Meinl, T .; Wiswedel, B .; De Figueiredo, L. F .; Berthold, M .; Steinbeck, C. (2013). "KNIME-CDK: Cheminformatika založená na pracovním toku". BMC bioinformatika. 14: 257. doi:10.1186/1471-2105-14-257. PMC  3765822. PMID  24103053.
  17. ^ Lawson, K. R .; Lawson, J. (2012). „LICSS - chemická tabulka v aplikaci Microsoft Excel“. Journal of Cheminformatics. 4 (1): 3. doi:10.1186/1758-2946-4-3. PMC  3310842. PMID  22301088.
  18. ^ ChemoJava
  19. ^ Berger, Franziska; Flamm, Christoph; Gleiss, Petra M .; Leydold, Josef; Stadler, Peter F. (březen 2004). „Protiklady vnímání chemických kruhů“. Journal of Chemical Information and Computer Sciences. 44 (2): 323–331. doi:10.1021 / ci030405d. PMID  15032507.
  20. ^ May, John W; Steinbeck, Christoph (2014). „Efektivní vnímání prstence pro Chemistry Development Kit“. Journal of Cheminformatics. 6 (1): 3. doi:10.1186/1758-2946-6-3. PMC  3922685. PMID  24479757.
  21. ^ Steinbeck, C .; Hoppe, C .; Kuhn, S .; Floris, M .; Guha, R .; Willighagen, E. L. (2006). „Nejnovější vývoj sady pro vývoj chemie (CDK) - open-source java knihovna pro chemo- a bioinformatiku“. Curr. Pharm. Des. 12 (17): 2111–20. doi:10.2174/138161206777585274. hdl:2066/35445. PMID  16796559. Archivovány od originál dne 25. 07. 2011.
    Guangli, M .; Yiyu, C. (2006). „Predikce propustnosti Caco-2 pomocí podpůrného vektorového stroje a vývojové soupravy pro chemii“. J Pharm Pharm Sci. 9 (2): 210–21. PMID  16959190.
  22. ^ Clark, Alex M; Sarker, Malabika; Ekins, Sean (2014). „Nové nástroje pro predikci a vizualizaci cílů zahrnující open source molekulární otisky prstů pro TB Mobile 2.0“. Journal of Cheminformatics. 6: 38. doi:10.1186 / s13321-014-0038-2. PMC  4190048. PMID  25302078.
  23. ^ Peironcely, J. E .; Rojas-Chertó, M .; Fichera, D .; Reijmers, T .; Coulier, L .; Faulon, J.L .; Hankemeier, T. (2012). „OMG: Open molecule generator“. Journal of Cheminformatics. 4 (1): 21. doi:10.1186/1758-2946-4-21. PMC  3558358. PMID  22985496.
  24. ^ Bashton, M .; Nobeli, I .; Thornton, J. M. (2006). "Cognate Ligand Domain Mapping for Enzymes". Journal of Molecular Biology. 364 (4): 836–52. doi:10.1016 / j.jmb.2006.09.041. PMID  17034815.
  25. ^ Rojas-Cherto, M .; Kasper, P. T .; Willighagen, E. L .; Vreeken, R. J .; Hankemeier, T .; Reijmers, T. H. (2011). "Stanovení elementárního složení na základě MSn". Bioinformatika. 27 (17): 2376–2383. doi:10.1093 / bioinformatika / btr409. PMID  21757467.
  26. ^ Ruiz-Blanco, Yasser B; Paz, Waldo; Green, James; Marrero-Ponce, Yovani (2015). „ProtDCal: Program pro výpočet všeobecně-numerických deskriptorů pro sekvence a 3D struktury proteinů“. BMC bioinformatika. 16: 162. doi:10.1186 / s12859-015-0586-0. PMC  4432771. PMID  25982853.

externí odkazy