FlexAID - FlexAID
| Původní autoři | Francis Gaudreault, Louis-Philippe Morency, Rafael J. Najmanovich |
|---|---|
| Úložiště | github |
| Napsáno | C, C ++ |
| Operační systém | Linux |
| Typ | Dokování protein – ligand |
| Licence | Licence Apache |
| webová stránka | biophys |
FlexAID je molekulární dokování software, který může používat malé molekuly a peptidy jako ligandy a proteiny a nukleové kyseliny jako dokovací cíle. Jak název napovídá, FlexAID podporuje plnou flexibilitu ligandu i flexibilitu postranního řetězce cíle. Dělá to pomocí funkce měkkého skórování založené na komplementaritě dvou povrchů (ligand a cíl).
Ukázalo se, že FlexAID překonává stávající široce používaný software, jako je AutoDock Vina a FlexX v predikci vazebných pozic. To platí zejména v případech, kdy je zásadní flexibilita cíle, což je pravděpodobné při použití homologických modelů.[1][2] Zdrojový kód je k dispozici na GitHub pod Licence Apache.[3]
Grafické uživatelské prostředí
A PyMOL plugin pro FlexAID, NRGsuite, byl také vyvinut původními autory.[4]
Viz také
Reference
- ^ biophys.umontreal.ca http://biophys.umontreal.ca/nrg/resources.html. Citováno 2019-05-22. Chybějící nebo prázdný
| název =(Pomoc) - ^ Gaudreault, Francis; Najmanovich, Rafael J. (2015-07-27). „FlexAID: Revisiting Docking on Non-Native-Complex Structures“. Journal of Chemical Information and Modeling. 55 (7): 1323–1336. doi:10.1021 / acs.jcim.5b00078. ISSN 1549-9596. PMID 26076070.
- ^ GitHub - NRGlab / FlexAID: Flexibilní dokování umělé inteligence., NRGlab, 2018-02-28, vyvoláno 2019-05-22
- ^ Gaudreault, Francis; Morency, Louis-Philippe; Najmanovich, Rafael J. (01.12.2015). „NRGsuite: plugin PyMOL pro provádění dokovacích simulací v reálném čase pomocí FlexAID“. Bioinformatika. 31 (23): 3856–3858. doi:10.1093 / bioinformatika / btv458. ISSN 1367-4803. PMC 4653388. PMID 26249810.
externí odkazy
 | Tento vědecký software článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to. |