Abalone (molekulární mechanika) - Abalone (molecular mechanics)
| Vývojáři | Agilní molekula |
|---|---|
| První vydání | 2006 |
| Stabilní uvolnění | 1.9.0 / 17. května 2016 |
| Operační systém | Okna XP, 7 |
| Plošina | x86, Nvidia GPU CUDA |
| K dispozici v | Angličtina |
| Typ | Molekulární dynamika, molekulární grafika |
| Licence | Proprietární |
| webová stránka | www |
Proteinový model na Abalone
DNA model na Abalone
Ušeň je obecný účel molekulární dynamika a molekulární grafika program pro simulace bio-molekul v a periodické okrajové podmínky ve výslovném (flexibilní model SPC vody[1]) nebo v implicitní voda modely.[2] Hlavně navržen tak, aby simuloval skládání bílkovin a DNA -ligand komplexy v JANTAR silové pole.
Klíčové vlastnosti
- 3D molekulární grafika
- Automatický generátor silového pole pro bioelementy: H, C, N, O
- Budova a úpravy chemických struktur
- Knihovna stavebních bloků
- Silová pole: Asistované budování modelu s vylepšením energie (JANTAR ) 94, 96, 99 SB, 03; Optimalizované potenciály pro simulace kapalin (OPLS )
- Optimalizace geometrie
- Molekulární dynamika s více integrátory časových kroků
- Hybridní Monte Carlo
- Výměna replik[3]
- Rozhraní s kvantovou chemií - ORCA, NWChem, Světluška (PC GAMESS), CP2K
- GPU zrychlil molekulární modelování
Viz také
Reference
- ^ Toukan K & Rahman A (1985). "Molekulárně-dynamická studie atomových pohybů ve vodě". Fyzický přehled B. 31 (5): 2643–2648. Bibcode:1985PhRvB..31.2643T. doi:10.1103 / PhysRevB.31.2643.
- ^ Stále WC, Tempczyk A, Hawley RC, Hendrickson T (1990). "Semianalytické zpracování solvatace pro molekulární mechaniku a dynamiku". J Am Chem Soc. 112 (16): 6127–6129. doi:10.1021 / ja00172a038.
- ^ Y. Sugita a Y. Okamoto (1999). "Metoda replikace molekulární dynamiky pro skládání proteinů". Dopisy o chemické fyzice. 314: 141–151. Bibcode:1999CPL ... 314..141S. doi:10.1016 / S0009-2614 (99) 01123-9.