APBS (software) - APBS (software)

APBS a PDB2PQR
Původní autořiBaker NA, září D, Joseph S, Holst MJ, McCammon JA (APBS); Dolinsky TJ, Czodrowski P, Li H, Nielsen JE, Jensen JH, Klebe G, Baker NA (PDB2PQR)
Úložištěgithub.com/Elektrostatika/ apbs-pdb2pqr
NapsánoKrajta, C ++, C
Operační systémLinux
TypMolekulární elektrostatika
LicenceLicence MIT
webová stránkawww.poissonboltzmann.org

APBS (dříve také Pokročilé řešení Poisson-Boltzmann) je bezplatný open source software pro řešení rovnic kontinua elektrostatika určeno primárně pro velké biomolekulární systémy.[1][2] Je k dispozici pod Licence MIT.

PDB2PQR připravuje proteinová struktura soubory z Proteinová datová banka pro použití s ​​APBS. Kroky přípravy zahrnují, ale nejsou omezeny na přidání chybějících těžkých atomů do struktur a přiřazení nábojů z řady silová pole.[3][4] Formát výstupního souboru je PQR[5] a odtud pochází i název softwaru.

Reference

  1. ^ Jurrus, Elizabeth; Engel, Dave; Hvězda, Keith; Monson, Kyle; Brandi, Juan; Felberg, Lisa E .; Brookes, David H .; Wilson, Leighton; Chen, Jiahui (2017-08-24). „Vylepšení softwarové sady pro biomolekulární solvataci APBS: Vylepšení softwarové sady APBS“. Věda o bílkovinách. 27 (1): 112–128. doi:10.1002 / pro.3280. PMC  5734301. PMID  28836357.
  2. ^ McCammon, J. Andrew; Holst, Michael J .; Joseph, Simpson; Září, David; Baker, Nathan A. (2001-08-28). „Elektrostatika nanosystémů: aplikace na mikrotubuly a ribozom“. Sborník Národní akademie věd. 98 (18): 10037–10041. Bibcode:2001PNAS ... 9810037B. doi:10.1073 / pnas.181342398. ISSN  0027-8424. PMC  56910. PMID  11517324.
  3. ^ Baker, Nathan A .; McCammon, J. Andrew; Nielsen, Jens E .; Dolinsky, Todd J. (01.07.2004). „PDB2PQR: automatizovaný plynovod pro nastavení elektrostatických výpočtů Poisson – Boltzmann. Výzkum nukleových kyselin. 32 (suppl_2): W665 – W667. doi:10.1093 / nar / gkh381. ISSN  0305-1048. PMC  441519. PMID  15215472.
  4. ^ Baker, Nathan A .; Klebe, Gerhard; Jensen, Jan H .; Nielsen, Jens E .; Li, Hui; Czodrowski, Paul; Dolinsky, Todd J. (01.07.2007). „PDB2PQR: rozšiřování a modernizace automatizované přípravy biomolekulárních struktur pro molekulární simulace“. Výzkum nukleových kyselin. 35 (suppl_2): W522 – W525. doi:10.1093 / nar / gkm 276. ISSN  0305-1048. PMC  1933214. PMID  17488841.
  5. ^ „Formát molekulární struktury PQR - dokumentace APBS-PDB2PQR 1.6“. apbs-pdb2pqr.readthedocs.io. Citováno 2019-05-23.

externí odkazy