GROMOS - GROMOS

GROMOS
VývojářiWilfred van Gunsteren. Philippe Hünenberger, Sereina Riniker, Chris Oostenbrink
První vydání1978; Před 42 lety (1978)
Stabilní uvolnění
GROMOS 11 v1.3.0 / květen 2011; Před 9 lety (2011-05)
NapsánoFortran <= 1996,
C ++ => 2011
Operační systémUnixový
Plošinax86
K dispozici vAngličtina
TypMolekulární dynamika
LicenceProprietární
webová stránkawww.gromos.síť

GROningen MOlecular Simulation (GROMOS) je jméno a silové pole pro molekulární dynamika simulace a související počítač software balík. Oba jsou vyvíjeny na University of Groningen a ve skupině Computer-Aided Chemistry Group[1] v Laboratoři fyzikální chemie[2] ve Švýcarském federálním technologickém institutu (ETH Curych ). V Groningenu, Herman Berendsen se podílel na jeho vývoji.[3]

Jednotkové silové pole atomu bylo optimalizováno s ohledem na vlastnosti kondenzované fáze alkany.

Verze

GROMOS87

Alifatické a aromatické vodík atomy byly zahrnuty implicitně reprezentací uhlík atom a připojené atomy vodíku jako jedna skupina soustředěná na atom uhlíku, sjednocené silové pole atomu. The van der Waalsova síla parametry byly odvozeny z výpočtů krystalové struktury uhlovodíky a dále aminokyseliny pomocí krátkých (0,8 nm) nevázaných poloměrů cut-off.[4]

GROMOS96

V roce 1996 bylo vydáno podstatné přepsání softwarového balíčku.[5][6] Bylo také vylepšeno silové pole, např. Následujícím způsobem: alifatický CHn skupiny byly reprezentovány jako spojené atomy s van der Waalsovými interakcemi reparametrizovanými na základě řady simulací molekulární dynamiky modelové kapaliny alkany pomocí dlouhých (1,4 nm) poloměrů bez vazby.[7] Tato verze se neustále vylepšuje a je k dispozici několik různých sad parametrů. GROMOS96 zahrnuje studie molekulární dynamiky, stochastické dynamiky a minimalizace energie. Energetická složka byla také součástí předchozího systému GROMOS s názvem GROMOS87. GROMOS96 byl plánován a koncipován v průběhu 20 měsíců. Balíček je tvořen 40 různými programy, z nichž každý má jinou základní funkci. Příkladem dvou důležitých programů v rámci GROMOS96 je PROGMT, který má na starosti konstrukci molekulární topologie, a také PROPMT, měnící klasickou molekulární topologii na molekulární topologii integrální s cestou.

GROMOS05

Aktualizovaná verze softwarového balíčku byla představena v roce 2005.[8]

GROMOS11

Aktuální vydání systému GROMOS je datováno květnem 2011.

Sady parametrů

Některé z silové pole sady parametrů založené na silovém poli GROMOS. Verze A platí pro vodné nebo nepolární řešení bílkoviny, nukleotidy, a cukry. Verze B platí pro izolované molekuly (plynná fáze).

54

  • 54A7[9] - 53A6 zaujatý a upravený termín torzního úhlu pro lepší reprodukci spirálových sklonů, změněný N – H, C = O odpor, nový CH3 nabíjecí skupina, parametrizace Na+ a Cl− zlepšit volnou energii hydratace a nové nesprávné vzpěry.
  • 54B7[9] - 53B6 ve vakuu přijata a změněna stejným způsobem jako 53A6 na 54A7.

53

  • 53A5[10] - optimalizováno prvním nasazením pro reprodukci termodynamických vlastností čistých kapalin řady malých polárních molekul a bez solvatace entalpií analogů aminokyselin v cyklohexanu, je expanzí a přečíslováním 45A3.
  • 53A6[10] - 53A5 odebráno a upraveno částečné náboje pro reprodukci entalpií bez hydratace ve vodě, doporučeno pro simulace biomolekul ve explicitní vodě.

45

  • 45A3[11] - vhodné použít pro lipid agregáty jako např membrány a micely pro smíšené systémy alifatiky s vodou nebo bez vody, pro polymery a další nepolární systémy, které mohou interagovat s různými biomolekulami.
  • 45A4[12] - 45A3 změněno s cílem zlepšit DNA zastoupení.

43

Viz také

Reference

  1. ^ Computer-Aided Chemistry Group, ETH Curych
  2. ^ Laboratoř pro fyzikální chemii, ETH Curych
  3. ^ „Cena Berni J. Olše CECAM“. Center européen de calcul atomique et moléculaire. Archivovány od originál dne 13. dubna 2016. Citováno 25. dubna 2016.
  4. ^ W. F. van Gunsteren a H. J. C. Berendsen, Manuál knihovny Groningenovy molekulární simulace (GROMOS), BIOMOS b.v., Groningen, 1987.
  5. ^ van Gunsteren, W. F .; Billeter, S. R .; Eising, A. A .; Hünenberger, P. H .; Krüger, P .; Mark, A.E .; Scott, W. R. P .; Tironi, I. G. Biomolekulární simulace: Manuál a uživatelská příručka k systému GROMOS96; vdf Hochschulverlag AG an der ETH Zürich a BIOMOS b.v .: Zürich, Groningen, 1996.
  6. ^ „Programový balíček biomolekulárních simulací GROMOS“, W. R. P. Scott, P. H. Huenenberger, I. G. Tironi, A. E. Mark, S. R. Billeter, J. Fennen, A. E. Torda, T. Huber, P. Krueger a W. F. van Gunsteren. J. Phys. Chem. A, 103, 3596–3607.
  7. ^ "Vylepšené silové pole GROMOS96 pro alifatické uhlovodíky v kondenzované fázi". Journal of Computational Chemistry 22 (11), srpen 2001, 1205–1218, autor: Lukas D. Schuler, Xavier Daura, Wilfred F. van Gunsteren.
  8. ^ „Software GROMOS pro biomolekulární simulaci: GROMOS05“. Christen M, Hünenberger PH, Bakowies D, Baron R, Bürgi R, Geerke DP, Heinz TN, Kastenholz MA, Kräutler V, Oostenbrink C, Peter C, Trzesniak D, van Gunsteren WF. J Comput Chem 26 (16): 1719–51 PMID  16211540
  9. ^ A b Schmid N., Eichenberger A., ​​Choutko A., Riniker S., Winger M., Mark A. & van Gunsteren W., „Definice a testování verzí silového pole GROMOS 54A7 a 54B7“, Evropský biofyzikální časopis, 40(7), (2011), 843–856 [1].
  10. ^ A b Oostenbrink C., Villa, A., Mark, A. E. a van Gunsteren, W., „Biomolekulární silové pole založené na volné entalpii hydratace a solvatace: sady parametrů silového pole GROMOS 53A5 a 53A6“, Journal of Computational Chemistry, 25, (2004), 1656–1676 [2].
  11. ^ Schuler, L. D., Daura, X. a van Gusteren, W. F., Vylepšené silové pole GROMOS96 pro alifatické uhlovodíky v kondenzované fázi, Journal of Computational Chemistry 22(11), (2001), 1205–1218 [3].
  12. ^ Soares, T. A., Hünenberger, P. H., Kastenholz, M. A., Kräutler, V., Lenz, T., Lins, R. D., Oostenbrink, C. a van Gunsteren, W. F., Vylepšená sada parametrů nukleové kyseliny pro silové pole GROMOS, Journal of Computational Chemistry, 26(7), (2005), 725–737, [4].
  13. ^ A b van Gunsteren, W. F., Billeter, S. R., Eking, A. A., Hiinenberger, P. H., Kriiger, P., Mark, A. E., Scott, W. R. P. a Tironi, I. G., Biomolekulární simulace, příručka GROMOS96 a uživatelská příručka, vdf Hochschulverlag AG an der ETH Ziirich a BIOMOS b.v., Curych, Groningen, 1996.

externí odkazy