NWChem - NWChem

NWChem
Vývojáři	Pacific Northwest National Laboratory
Stabilní uvolnění	7.0.2 / 13. října 2020
Úložiště	https://github.com/nwchemgit/nwchem
Operační systém	Linux, FreeBSD, Unix a jako operační systémy, Microsoft Windows, Mac OS X
Typ	Výpočetní chemie
Licence	Licence vzdělávací komunity 2.0
webová stránka	https://nwchemgit.github.io/

NWChem je ab initio výpočetní chemie softwarový balíček, který zahrnuje také funkce kvantové chemie a molekulární dynamiky.^[1]^[2]^[3]^[4]Byl navržen pro provoz na vysoce výkonných paralelních superpočítačích i na konvenčních klastrech pracovních stanic. Jeho cílem je být škálovatelný jak v jeho schopnosti efektivně řešit velké problémy, tak v jeho využití dostupných paralelních výpočetních zdrojů. NWChem byl vyvinut skupinou Molecular Sciences Software skupiny Theory, Modeling & Simulation programu Laboratoř environmentálních molekulárních věd (EMSL) na Pacific Northwest National Laboratory (PNNL). Včasná implementace byla financována stavebním projektem EMSL.

Schopnosti

Molekulární mechanika
Molekulární dynamika
Hartree – Fock (metoda konzistentního pole)
Teorie funkční hustoty
Časově závislá funkční teorie hustoty
Post-Hartree – Fock metody, včetně MP2 v rozlišení aproximace identity (RI-MP2^[5]), multiconfigurational self-consistent-field theory (MCSCF) theory, selected configuration interaction (CI), Møller – Plessetova teorie rušení (MP2, MP3, MP4), interakce konfigurace (CISD, CISDT, CISDTQ) a spojený klastr teorie (CCSD, CCSDT, CCSDTQ, EOMCCSD, EOMCCSDT, EOMCCSDTQ). Tensor Contraction Engine neboli TCE poskytuje většinu funkcí pro korelované metody a lze jej použít k vývoji dalších metod mnoha těl pomocí rozhraní Pythonu. Úplný seznam přibližných metod vázaných klastrů je k dispozici na webu.
QM / MM
ONIOM

Reference

^ Aprà, E .; Bylaska, E. J .; de Jong, W. A .; Govind, N .; Kowalski, K .; Straatsma, T. P .; Valiev, M .; van Dam, H. J. J .; Alexeev, Y .; Anchell, J .; Anisimov, V. (2020-05-14). „NWChem: Minulost, přítomnost a budoucnost“. The Journal of Chemical Physics. 152 (18): 184102. arXiv:2004.12023. doi:10.1063/5.0004997. ISSN 0021-9606.
^ Valiev, M .; Bylaska, E.J .; Govind, N .; Kowalski, K .; Straatsma, T.P .; Van Dam, H.J.J .; Wang, D .; Nieplocha, J .; Aprà, E .; Windus, T. L .; De Jong, W. A. (2010). „NWChem: Komplexní a škálovatelné open-source řešení pro molekulární simulace ve velkém měřítku“. Komunikace počítačové fyziky. 181 (9): 1477–1489. Bibcode:2010CoPhC.181.1477V. doi:10.1016 / j.cpc.2010.04.018.
^ Kendall, Ricky A .; Aprà, Edoardo; Bernholdt, David E .; Bylaska, Eric J .; Dupuis, Michel; Fann, George I .; Harrison, Robert J .; Ju, Jialin; Nichols, Jeffrey A .; Nieplocha, Jarek; Straatsma, T. P .; Windus, Theresa L .; Wong, Adrian T. (2000). "Vysoce výkonná výpočetní chemie: přehled NWChem a distribuované paralelní aplikace". Komunikace počítačové fyziky. 128 (1–2): 260–283. Bibcode:2000CoPhC.128..260K. doi:10.1016 / S0010-4655 (00) 00065-5.
^ Autoři a přispěvatelé uvedení ve verzi 6.5: E. Apra, EJ Bylaska, WA de Jong, N. Govind, K. Kowalski, TP Straatsma, M. Valiev, HJJ van Dam, D. Wang, TL Windus, J. Hammond, J Autschbach, K. Bhaskaran-Nair, J. Brabec, K. Lopata, S. Krishnamoorthy, W. Ma, M. Klemm, O. Villa, Y. Chen, V. Anisimov, F. Aquino, S. Hirata, MT Hackler, T. Risthaus, M. Malagoli, A. Marenich, A. Otero-de-la-Roza, J. Mullin, P. Nichols, R. Peverati, J. Pittner, Y. Zhao, P.-D. Fan, A. Fonari, RJ Harrison, M. Dupuis, D. Silverstein, DMA Smith, J. Nieplocha, V. Tipparaju, M. Krishnan, BE Van Kuiken, A. Vazquez-Mayagoitia, L. Jensen, M. Swart, Q. Wu, T. Van Voorhis, AA Auer, M. Nooijen, LD Crosby, E. Brown, G. Cisneros, GI Fann, H. Fruchtl, J. Garza, K. Hirao, RA Kendall, JA Nichols, K. Tsemekhman, K. Wolinski, J. Anchell, DE Bernholdt, P. Borowski, T. Clark, D. Clerc, H. Dachsel, MJO Deegan, K. Dyall, D. Elwood, E. Glendening, M. Gutowski, AC Hess , J. Jaffe, BG Johnson, J. Ju, R. Kobayashi, R. Kutteh, Z. Lin, R. Littlefield, X. Long, B. Meng, T. Nakajima, S. Niu, L. Pollack, M. Rosing, K.Glaesemann, G. Sandrone, M. Stave, H. Taylor, G. Thomas, JH van Lenthe, AT Wong, Z. Zhang. https://nwchemgit.github.io/Developer_Team.html#authors-and-contributors
^ Bernholdt, David E .; Harrison, Robert J. (1996). „Výpočty korelované elektronické struktury ve velkém měřítku: metoda RI-MP2 na paralelních počítačích“. Dopisy o chemické fyzice. 250 (5–6): 477–484. Bibcode:1996CPL ... 250..477B. doi:10.1016/0009-2614(96)00054-1.

externí odkazy

Domovská stránka NWChem
Úložiště NWChem Github
Binární soubory NWChem pro win32 a LINUX s Open-MPI s Generátor AIM vlnových funkcí AIM Álvaro Vázquez-Mayagoitia součástí a prostředí GUI pro Windows

Grafické skořápky

ECCE (oficiální GUI pro NWChem), podporuje generování vstupů, vzdálené odesílání, analýzu, rozsáhlou vizualizaci
Návrhář Ascalaph, bezplatný a otevřený softwarový balíček pro konstrukci modelů
Chemcraft, proprietární software pro vizualizaci a analýzu výsledků

[1] Aprà, E .; Bylaska, E. J .; de Jong, W. A .; Govind, N .; Kowalski, K .; Straatsma, T. P .; Valiev, M .; van Dam, H. J. J .; Alexeev, Y .; Anchell, J .; Anisimov, V. (2020-05-14). „NWChem: Minulost, přítomnost a budoucnost“. The Journal of Chemical Physics. 152 (18): 184102. arXiv:2004.12023. doi:10.1063/5.0004997. ISSN 0021-9606.

[2] Valiev, M .; Bylaska, E.J .; Govind, N .; Kowalski, K .; Straatsma, T.P .; Van Dam, H.J.J .; Wang, D .; Nieplocha, J .; Aprà, E .; Windus, T. L .; De Jong, W. A. (2010). „NWChem: Komplexní a škálovatelné open-source řešení pro molekulární simulace ve velkém měřítku“. Komunikace počítačové fyziky. 181 (9): 1477–1489. Bibcode:2010CoPhC.181.1477V. doi:10.1016 / j.cpc.2010.04.018.

[3] Kendall, Ricky A .; Aprà, Edoardo; Bernholdt, David E .; Bylaska, Eric J .; Dupuis, Michel; Fann, George I .; Harrison, Robert J .; Ju, Jialin; Nichols, Jeffrey A .; Nieplocha, Jarek; Straatsma, T. P .; Windus, Theresa L .; Wong, Adrian T. (2000). "Vysoce výkonná výpočetní chemie: přehled NWChem a distribuované paralelní aplikace". Komunikace počítačové fyziky. 128 (1–2): 260–283. Bibcode:2000CoPhC.128..260K. doi:10.1016 / S0010-4655 (00) 00065-5.

[4] Autoři a přispěvatelé uvedení ve verzi 6.5: E. Apra, EJ Bylaska, WA de Jong, N. Govind, K. Kowalski, TP Straatsma, M. Valiev, HJJ van Dam, D. Wang, TL Windus, J. Hammond, J Autschbach, K. Bhaskaran-Nair, J. Brabec, K. Lopata, S. Krishnamoorthy, W. Ma, M. Klemm, O. Villa, Y. Chen, V. Anisimov, F. Aquino, S. Hirata, MT Hackler, T. Risthaus, M. Malagoli, A. Marenich, A. Otero-de-la-Roza, J. Mullin, P. Nichols, R. Peverati, J. Pittner, Y. Zhao, P.-D. Fan, A. Fonari, RJ Harrison, M. Dupuis, D. Silverstein, DMA Smith, J. Nieplocha, V. Tipparaju, M. Krishnan, BE Van Kuiken, A. Vazquez-Mayagoitia, L. Jensen, M. Swart, Q. Wu, T. Van Voorhis, AA Auer, M. Nooijen, LD Crosby, E. Brown, G. Cisneros, GI Fann, H. Fruchtl, J. Garza, K. Hirao, RA Kendall, JA Nichols, K. Tsemekhman, K. Wolinski, J. Anchell, DE Bernholdt, P. Borowski, T. Clark, D. Clerc, H. Dachsel, MJO Deegan, K. Dyall, D. Elwood, E. Glendening, M. Gutowski, AC Hess , J. Jaffe, BG Johnson, J. Ju, R. Kobayashi, R. Kutteh, Z. Lin, R. Littlefield, X. Long, B. Meng, T. Nakajima, S. Niu, L. Pollack, M. Rosing, K.Glaesemann, G. Sandrone, M. Stave, H. Taylor, G. Thomas, JH van Lenthe, AT Wong, Z. Zhang. https://nwchemgit.github.io/Developer_Team.html#authors-and-contributors

[5] Bernholdt, David E .; Harrison, Robert J. (1996). „Výpočty korelované elektronické struktury ve velkém měřítku: metoda RI-MP2 na paralelních počítačích“. Dopisy o chemické fyzice. 250 (5–6): 477–484. Bibcode:1996CPL ... 250..477B. doi:10.1016/0009-2614(96)00054-1.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]