Jaguar (software) - Jaguar (software)
 | Tento článek má několik problémů. Prosím pomozte zlepšit to nebo diskutovat o těchto otázkách na internetu diskusní stránka. (Zjistěte, jak a kdy tyto zprávy ze šablony odebrat) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony)
|
| Vývojáři | Schrödinger Inc. |
|---|---|
| Operační systém | Linux, Microsoft Windows, Mac OS X |
| Typ | Výpočetní chemie |
| Licence | Komerční |
| webová stránka | https://www.schrodinger.com/jaguar |
Jaguár je počítačový software balíček používaný pro ab initio kvantová chemie výpočty pro plynnou fázi i pro fázi řešení.[1] Jedná se o komerční software prodávaný společností Schrödinger. Program vznikl ve výzkumných skupinách Richard Friesner a William Goddard a původně se nazýval PS-GVB (s odkazem na tzv. pseudospektrální zobecněná valenční vazba metoda, kterou program uváděl).
Jaguar je součástí dvou dalších produktů Schrödinger: Maestro, který poskytuje grafické uživatelské prostředí společnosti Jaguar a QM / MM program QSite, který jako svůj kvantově-chemický motor používá Jaguar. Aktuální verzí je Jaguar 10.4 (2020).
Funkce
Charakteristickým rysem Jaguaru je jeho použití pseudospektrální aproximace.[2] Tuto aproximaci lze použít na výpočetně nákladné integrální operace přítomné ve většině kvantově chemických výpočtů. Výsledkem je, že výpočty jsou rychlejší s malou ztrátou přesnosti.[3][4][5]
Aktuální verze obsahuje následující funkce:
- Hartree – Fock (RHF, UHF, ROHF ) a hustota funkční teorie (LDA, s korekcí gradientu, s korekcí rozptylu a hybridní funkcionáři)
- místní druhého řádu Møller – Plessetova teorie rušení (LMP2)
- zobecněná valenční vazba výpočty dokonalého párování (GVB-PP) a GVB-LMP2
- predikce excitovaných stavů pomocí interakce konfigurace (SNS) a časově závislá funkční teorie hustoty (TDDFT)
- optimalizace geometrie a přechodový stav Vyhledávání
- výpočty solvatace založené na Poisson-Boltzmannova rovnice
- předpověď infračervený (IR), nukleární magnetická rezonance (NMR), ultrafialový (UV) a vibrační kruhový dichroismus (VCD) spektra
- pKa předpověď
- generování různých molekulárních povrchů (elektrostatický potenciál, elektronová hustota, molekulární orbitaly atd.)
- predikce různých molekulárních vlastností (vícepólové momenty, polarizovatelnost, vibrační frekvence atd.)
Viz také
Reference
- ^ Young, David (2001). „Dodatek A. A.2.5 Jaguar“. Výpočetní chemie. Wiley-Interscience. p. 337.
- ^ Orszag, Steven A. (září 1972). "Porovnání pseudospektrální a spektrální aproximace". Studium aplikované matematiky. 51 (3): 253–259. doi:10,1002 / sapm1972513253.
- ^ Friesner, RA (říjen 1991). „Nové metody výpočtu elektronických struktur u velkých molekul“ (PDF). Roční přehled fyzikální chemie. 42 (1): 341–367. Bibcode:1991ARPC ... 42..341F. doi:10.1146 / annurev.pc.42.100191.002013.
- ^ Friesner, Richard A .; Murphy, Robert B .; Beachy, Michael D .; Ringnalda, Murco N .; Pollard, W. Thomas; Dunietz, Barry D .; Cao, Yixiang (duben 1999). "Korelované ab Initio výpočty elektronické struktury pro velké molekuly". The Journal of Physical Chemistry A. 103 (13): 1913–1928. Bibcode:1999JPCA..103.1913F. doi:10.1021 / jp9825157.
- ^ Lado, F .; Lomba, E .; Lombardero, M. (1995). "Algoritmus integrální rovnice pro tekutiny plně anizotropních molekul" (PDF). The Journal of Chemical Physics. 103 (1): 481. Bibcode:1995JChPh.103..481L. doi:10.1063/1.469615.