PLUMED - PLUMED - Wikipedia

PLUMED
VývojářiMax Bonomi, Giovanni Bussi, Carlo Camilloni, Gareth Tribello
První vydání2009; Před 11 lety (2009)
Stabilní uvolnění
2.6.0 / 27. ledna 2020; Před 10 měsíci (2020-01-27)
Úložištěgithub.com/ opeřený/ plumed2
NapsánoC ++ (vazby dostupné také pro C, Fortran, a Krajta )
Operační systémLinux, Operační Systém Mac
TypMolekulární dynamika
LicenceGNU LGPL
webová stránkawww. plumed.org

PLUMED je knihovna open-source implementující různé algoritmy vylepšeného vzorkování metody volné energie a analytické nástroje pro molekulární dynamika simulace. Je navržen pro použití společně s ACEMD, JANTAR, DL_POLY, GROMACS, SVÍTILNY, NAMD, OpenMM, ODPADKOVÝ KOŠ, CP2K, i-PI, PINY-MD a Kvantové ESPRESSO, ale lze jej také použít společně s analýzou a vizualizace nástroje VMD, HTMD a OpenPathSampling.[1][2]

PLUMED lze navíc použít jako samostatný nástroj pro analýzu molekulární dynamiky trajektorie. A grafické uživatelské prostředí s názvem METAGUI je k dispozici.[3]

Kolektivní proměnné

PLUMED nabízí velkou sbírku kolektivní proměnné které slouží jako popis složitých procesů, ke kterým dochází během simulací molekulární dynamiky, například úhlů, poloh, vzdáleností, energií interakce a celkové energie.[4]

Reference

  1. ^ Bonomi, Massimiliano; Branduardi, Davide; Bussi, Giovanni; Camilloni, Carlo; Provasi, Davide; Raiteri, Paolo; Donadio, Davide; Marinelli, Fabrizio; Pietrucci, Fabio (01.10.2009). "PLUMED: Přenosný plugin pro výpočty volné energie s molekulární dynamikou". Komunikace počítačové fyziky. 180 (10): 1961–1972. arXiv:0902.0874. Bibcode:2009CoPhC.180.1961B. doi:10.1016 / j.cpc.2009.05.011. ISSN  0010-4655.
  2. ^ Tribello, Gareth A .; Bonomi, Massimiliano; Branduardi, Davide; Camilloni, Carlo; Bussi, Giovanni (01.02.2014). "PLUMED 2: Nové peří pro starého ptáka". Komunikace počítačové fyziky. 185 (2): 604–613. arXiv:1310.0980. Bibcode:2014CoPhC.185..604T. doi:10.1016 / j.cpc.2013.09.018. ISSN  0010-4655.
  3. ^ Biarnés, Xevi; Pietrucci, Fabio; Marinelli, Fabrizio; Laio, Alessandro (01.01.2012). "METAGUI. Rozhraní VMD pro analýzu metadynamiky a simulace molekulární dynamiky". Komunikace počítačové fyziky. 183 (1): 203–211. Bibcode:2012CoPhC.183..203B. doi:10.1016 / j.cpc.2011.08.020. ISSN  0010-4655.
  4. ^ "PLUMED: Úvod". www.plumed.org. Citováno 2019-05-23.

externí odkazy