Návrhář Ascalaph - Ascalaph Designer

Návrhář Ascalaph
Počítačové vykreslování barevného prostoru vyplňující molekulární diagram deoxyribonukleové kyseliny (DNA) vyrobený pomocí Ascalaph Designer
Ascalaph Designer vykresluje deoxyribonukleovou kyselinu (DNA )
Původní autořiAlexej Nikitin
VývojářiAgilní molekula
Stabilní uvolnění
1.8.94 / 3. prosince 2015; Před 4 lety (2015-12-03)
NapsánoC ++
Operační systémOkna
Plošinax86
Velikost138,9 MB
K dispozici vAngličtina
TypMolekulární modelování
LicenceGNU GPL a další včetně Code Project Open License
webová stránkawww.biomolekulární modelování.com/ Ascalaph

Návrhář Ascalaph je počítačový program pro obecné účely molekulární modelování pro molekulární design a simulace. Poskytuje grafické prostředí pro běžné programy kvantového a klasického molekulárního modelování ORCA, NWChem, Světluška, CP2K a MDynaMix[1] .[2] The molekulární mechanika výpočty pokrývají budování modelů, energetické optimalizace a molekulární dynamika. Světluška (dříve PC GAMESS)[3][4][5] pokrývá širokou škálu kvantová chemie metody. Ascalaph Designer je bezplatný open source software, vydané pod GNU General Public License, verze 2 (GPLv2).[6]

Klíčové vlastnosti

Použití

Viz také

Reference

  1. ^ A.P. Lyubartsev, A.Laaksonen (2000). "MDynaMix - škálovatelný přenosný paralelní simulační balíček MD pro libovolné molekulární směsi". Komunikace počítačové fyziky. 128 (3): 565–589. Bibcode:2000CoPhC.128..565L. doi:10.1016 / S0010-4655 (99) 00529-9.
  2. ^ A.P. Lyubartsev, A.Laaksonen (1998). "Paralelní simulace molekulární dynamiky biomolekulárních systémů". Aplikované paralelní výpočty velkých vědeckých a průmyslových problémů. Přednášky z informatiky. 1541. Heidelberg: Springer Berlin. str. 296–303. doi:10.1007 / BFb0095310. ISBN  978-3-540-65414-8.
  3. ^ Výpočetní chemie„David Young, Wiley-Interscience, 2001. Dodatek A. A.2.3 str. 334, GAMESS
  4. ^ M. W. Schmidt; et al. (1993). "Obecný systém atomové a molekulární elektronické struktury". J. Comput. Chem. 14 (11): 1347–1363. doi:10.1002 / jcc.540141112.
  5. ^ Gordon a M. W. Schmidt, Pokroky v teorii elektronické struktury: GAMESS o deset let později, v Teorie a aplikace výpočetní chemie, prvních 40 letC. E. Dykstra, G. Frenking. K. S. Lim a G. E. Scusaria, Elsevier, Amsterdam, 2005.
  6. ^ http://sourceforge.net/projects/asc-designer/
  7. ^ Toukan K, Rahman A (1985). "Molekulárně-dynamická studie atomových pohybů ve vodě". Fyzický přehled B. 31 (5): 2643–2648. Bibcode:1985PhRvB..31.2643T. doi:10.1103 / PhysRevB.31.2643.
  8. ^ Y. Cheng, N. Korolev a L. Nordenskiöld (2006). "Podobnosti a rozdíly v interakci K.+ a Na+ s kondenzovanou objednanou DNA. Studie počítačové simulace molekulární dynamiky ". Výzkum nukleových kyselin. 34 (2): 686–696. doi:10.1093 / nar / gkj434. PMC  1356527. PMID  16449204.
  9. ^ C.-J. Högberg; A.M. Nikitin a A.P. Lyubartsev (2008). "Modifikace silového pole CHARMM pro lipidovou dvojvrstvu DMPC". Journal of Computational Chemistry. 29 (14): 2359–2369. doi:10.1002 / jcc.20974. PMID  18512235.
  10. ^ A. Vishnyakov & A.V. Neimark (2008). „Specifika solvatace sulfonovaných polyelektrolytů ve vodě, dimethylmethylfosfonátu a jejich směsi: Studie molekulární simulace“. J. Chem. Phys. 128 (16): 164902. Bibcode:2008JChPh.128p4902V. doi:10.1063/1.2899327. PMID  18447495.
  11. ^ G. Raabe a J. Köhler (2008). "Termodynamické a strukturní vlastnosti iontových kapalin na bázi imidazolia z molekulární simulace". J. Chem. Phys. 128 (15): 154509. Bibcode:2008JChPh.128o4509R. doi:10.1063/1.2907332. PMID  18433237.
  12. ^ X. Wu; Z. Liu; S. Huang; W. Wang (2005). „Simulace molekulární dynamiky směsi iontové kapalné směsi pokojové teploty [bmim] [BF4] a acetonitril rafinovaným silovým polem ". Phys. Chem. Chem. Phys. 7 (14): 2771–2779. Bibcode:2005PCCP .... 7,2771 W.. doi:10.1039 / b504681p. PMID  16189592.
  13. ^ T. Kuzněcovová a B. Kvamme (2002). "Termodynamické vlastnosti a mezipovrchové napětí modelového systému voda - oxid uhličitý". Phys. Chem. Chem. Phys. 4 (6): 937–941. Bibcode:2002PCCP .... 4..937K. doi:10.1039 / b108726f.
  14. ^ DOPOLEDNE. Nikitin & A.P. Lyubartsev (2007). „Nové šest stránek acetonitril model pro simulace kapalného acetonitrilu a jeho vodné směsi ". J. Comput. Chem. 28 (12): 2020–2026. doi:10.1002 / jcc.20721. PMID  17450554.

externí odkazy