CO KDYŽ software - WHAT IF software - Wikipedia
| Původní autoři | Gert Vriend, Chris Sander Wolfgang Kabsch |
|---|---|
| Vývojáři | University of Groningen; EMBL, Heidelberg; CMBI, Radboud University Nijmegen; Lékařské centrum Radboud University Nijmegen (Radboudumc) CO KDYŽ Nadace |
| První vydání | 6. prosince 1987 |
| Stabilní uvolnění | 6.0 / 2016 |
| Napsáno | Fortran, C, OpenGL |
| Operační systém | Linux |
| Plošina | x86 |
| K dispozici v | Angličtina |
| Typ | Molekulární modelování |
| Licence | Proprietární, shareware pro akademické pracovníky |
| webová stránka | rychlý |
CO KDYŽ je počítačový program používané v široké škále výpočetní (in silico ) pole výzkumu makromolekulární struktury. Tento software poskytuje flexibilní prostředí pro zobrazování, manipulaci a analýzu malých i velkých molekuly, bílkoviny, nukleové kyseliny a jejich interakce.[1][2]
Dějiny
První verzi softwaru WHAT IF vyvinul Gert Vriend v roce 1987 na University of Groningen, Groningen, Holandsko.[2]Většina z jeho vývoje nastala v letech 1989–2000 na Evropská laboratoř molekulární biologie (EMBL) v Heidelberg, Německo. Mezi další přispěvatele patří Chris Sander a Wolfgang Kabsch.[3] Od roku 2016[Aktualizace], software je udržován Skupina Vriend v holandštině Centrum pro molekulární a biomolekulární informatiku (CMBI) v Nijmegen, Holandsko. Je k dispozici pro vlastní použití nebo jako webový zdroj.[4]Od roku 2015[Aktualizace], původní článek popisující CO KDYŽ byl citován více než 3 000krát.
Software
CO IF poskytuje flexibilní prostředí pro zobrazení, manipulaci a analýzu malých molekuly, proteiny, nukleové kyseliny a jejich interakce. Jedním z pozoruhodných použití bylo zjištění mnoha milionů chyb (často malých, ale někdy katastrofických) Proteinová datová banka (PDB) soubory.[5] CO IF také poskytuje prostředí pro: homologické modelování z protein terciární struktury a kvartérní struktury; validace proteinových struktur, zejména struktur uložených v PDB; opravuje protein struktury; vizualizace makromolekuly a jejich interakční partneři (například lipidy, léky, ionty, a voda ) a interaktivní manipulace s makromolekulami.
CO KDYŽ je kompatibilní s několika dalšími bioinformatika softwarové balíčky, včetně YASARA a Jmol.[1]
Viz také
externí odkazy
Reference
- ^ A b „CO KDYŽ domovská stránka“. Citováno 11. srpna 2015.
- ^ A b Vriend, G (březen 1990). „CO KDYŽ: program molekulárního modelování a designu léčiv“. Journal of Molecular Graphics. 8 (1): 52–6, 29. doi:10.1016 / 0263-7855 (90) 80070-v. PMID 2268628.
- ^ „CO KDY - Kdo jsme?“. Citováno 11. srpna 2015.
- ^ Rodriguez, R; Chinea, G; Lopez, N; Pons, T; Vriend, G (1998). „Homologické modelování, modelování a hodnocení softwaru: tři související zdroje“. Bioinformatika. 14 (6): 523–8. doi:10.1093 / bioinformatika / 14.6.523. PMID 9694991.
- ^ Hooft, RW; Vriend, G; Sander, C; Abola, EE (23. května 1996). "Chyby v proteinových strukturách". Příroda. 381 (6580): 272. doi:10.1038 / 381272a0. PMID 8692262.