Srovnání softwaru pro modelování molekulární mechaniky - Comparison of software for molecular mechanics modeling
Toto je seznam počítačových programů, které se převážně používají molekulární mechanika výpočty.
- GPU - GPU zrychleno
- I - má rozhraní
- Imp - implicitní voda
- MC - Monte Carlo
- MD - Molekulární dynamika
- Min. - Optimalizace
- QM - Kvantová mechanika
- REM - Výměna replik metoda
název | Zobrazit 3D | Tvůrce modelů | Min | MD | MC | REM | QM | Imp | GPU | Komentáře | Licence | webová stránka |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Ušeň | Ano | Ano | Ano | Ano | Ano | Ano | Já | Ano | Ano | Biomolekulární simulace, skládání proteinů. | Proprietární, zdarma, komerční | Agilní molekula |
ADF | Ano | Ano | Ano | Ano | Ne | Ne | Ano | Ano | Ano | Modelovací sada: ReaxFF, UFF, QM-MM s silovými poli Amber a Tripos, DFT a semi-empirické metody, konformační analýza s RDKit; částečně GPU akcelerováno | Proprietární, komerční, zkušební verze zdarma | SCM |
Návrhář Ascalaph | Ano | Ano | Ano | Ano | Ano | Ano | Já | Ano | Ano | Molekulární stavba (DNA, proteiny, uhlovodíky, nanotrubičky), molekulární dynamika, akcelerace GPU | Smíšené: zdarma otevřený zdroj (GNU GPL ) & komerční | Ascalaph Project |
Avogadro | Ano | Ano | Ano | Ne | Ne | Ne | Já | Ne | Ne | Tvorba molekul, editace (peptidy, malé molekuly, krystaly), konformační analýza, 2D / 3D konverze; rozšiřitelná rozhraní na jiné nástroje | Volný, uvolnit otevřený zdroj GNU GPL | Avogadro |
ŠÉF | Ne | Ne | Ano | Ne | Ano | Ne | Ano | Ne | Ne | OPLS | Proprietární | univerzita Yale |
CHARMM | Ne | Ano | Ano | Ano | Ano | Já | Já | Ano | Ano | Komerční verzi s více grafickými rozhraními prodává společnost Accelrys (jako CHARMm) | Proprietární, komerční | charmm.org |
CHEMKIN | Ne | Ne | Ne | Ne | Ne | Ne | Ne | Ne | Ne | Kinetika chemických reakcí. | Proprietární | CHEMKIN |
CP2K | Ne | Ne | Ano | Ano | Ano | Ne | Ano | Ano | Ano | CP2K může provádět atomistické a molekulární simulace pevných, kapalných a biologických systémů. | Volný, uvolnit otevřený zdroj GNU GPLv2 nebo později | CP2K |
Desmond | Ano | Ano | Ano | Ano | Ne | Ano | Ne | Ne | Ano | Vysoce výkonný MD; má komplexní grafické uživatelské rozhraní pro sestavování, vizualizaci a kontrolu výsledků a nastavení a spuštění výpočtu | Proprietární, komerční nebo zdarma | Výzkum D. E. Shawa Schrödinger |
Discovery Studio | Ano | Ano | Ano | Ano | Ano | Ne | Ano | Ano | Ne | Komplexní modelování a simulace biologických věd zaměřených na optimalizaci procesu objevování léků: simulace malých molekul, QM-MM, modelování farmakoforů, QSAR, dokování protein-ligand, modelování homologie proteinů, sekvenční analýza, dokování protein-protein, modelování protilátek atd. . | Proprietární, zkušební k dispozici | Dassault Systèmes BIOVIA (dříve Accelrys) |
složit | Y / I | Ano | Ano | Ano | Ano | Ano | Já | Ne | Ne | University of Washington a Baker Labs; predikce struktury, skládání proteinů | Proprietární, komerční nebo zdarma | fold.it stránku ke stažení |
FoldX | Já | Ano | Ano | Ne | Ne | Ne | Ne | Ne | Ne | Energetické výpočty, proteinový design | Proprietární, komerční nebo zdarma | CRG |
GROMACS | Ne | Ne | Ano | Ano | Ne[1] | Ano | Já | Ano[2] | Ano | Vysoce výkonný MD | Volný, uvolnit otevřený zdroj GNU GPL | gromacs.org |
GROMOS | Ne | Ne | Ano | Ano | Ano | Ano | Ne | Ano | Ano | Určeno pro biomolekuly | Proprietární, komerční | Web společnosti GROMOS |
SVÍTILNY | Ano | Ano | Ano | Ano | Ano | Ano | Já | Ano | Ano | Má potenciál pro měkké a pevné látky a hrubozrnné systémy | Volný, uvolnit otevřený zdroj, GNU GPLv2 | Sandia |
MakroModel | Ano | Ano | Ano | Ano | Ano | Ne | Já | Ano | Ne | OPLS-AA, MMFF, GBSA solventní model, konformační vzorkování, minimalizace, MD. Zahrnuje grafické uživatelské rozhraní Maestro, které poskytuje vizualizaci, vytváření molekul, nastavení výpočtu, spouštění a monitorování úloh, organizaci výsledků na úrovni projektu, přístup k sadě dalších modelovacích programů. | Proprietární | Schrödinger |
MAPY [3] | Ano | Ano | Ano | Ano | Ano | Ano | Ano | Ne | Ano | Vytváření, vizualizace a analytické nástroje v jednom uživatelském rozhraní s přístupem k více simulačním strojům | Proprietární, zkušební k dispozici | Scienomika |
Materiálové studio | Ano | Ano | Ano | Ano | Ano | Ne | Ano | Ano | Ano | Prostředí, které přináší technologii simulace materiálů do stolních počítačů a řeší klíčové problémy v procesech výzkumu a vývoje | Proprietární, zkušební k dispozici | Dassault Systèmes BIOVIA (dříve Accelrys) |
Průzkumník MBN[4] + MBN Studio | Ano | Ano | Ano | Ano | Ano | Ne | Ne | Ano | Ano | Standardní a reaktivní silová pole CHARMM; molekulární modelář (uhlíkové nanomateriály, biomolekuly, nanokrystaly); explicitní knihovna příkladů | Proprietární, dostupná bezplatná zkušební verze | MBN Research Center |
MDynaMix | Ne | Ne | Ne | Ano | Ne | Ne | Ne | Ne | Ne | Paralelní MD | Volný, uvolnit otevřený zdroj GNU GPL | Stockholmská univerzita |
VOČKO | Ano | Ano | Ano | Ano | Ne | Ne | Já | Ano | Ne | Molekulární provozní prostředí (VOČKO) | Proprietární | Skupina pro chemické výpočty |
Orac | Ne | Ne | Ano | Ano | Ne | Ano | Ne | Ano | Ne | Program simulace molekulární dynamiky k prozkoumání povrchů volné energie v biomolekulárních systémech na atomové úrovni | Volný, uvolnit otevřený zdroj | Stránka ke stažení Orac |
NAMD + VMD | Ano | Ano | Ano | Ano | Ne | Ano | Já | Ano | Ano | Rychlý, paralelní MD, CUDA | Proprietární, bezplatné akademické použití, zdrojový kód | Beckman Institute |
NWChem | Ne | Ne | Ano | Ano | Ne | Ne | Ano | Ne | Ne | Vysoce výkonný software pro výpočetní chemii zahrnuje kvantovou mechaniku, molekulární dynamiku a kombinované metody QM-MM | Volný, uvolnit otevřený zdroj „Licence pro vzdělávací komunitu verze 2.0 | NWChem |
Program lokální optimalizace proteinů | Ne | Ano | Ano | Ano | Ano | Ne | Ne | Ne | Ne | Optimalizace šroubovice, smyčky a bočního řetězce, minimalizace rychlé energie | Proprietární | PLOP wiki |
Q | Ne | Ne | Ne | Ano | Ne | Ne | Ne | Ne | Ne | (I) Simulace perturbace volné energie (FEP), (II) empirická valenční vazba (EVB), výpočty energií bez reakce, (III) energie lineární interakce (LIE) výpočty vazebných afinit receptor-ligand | Volný, uvolnit otevřený zdroj GNU GPLv2 nebo později | Q |
SAMSON | Ano | Ano | Ano | Ano | Ne | Ne | Ano | Ne | Ne | Výpočetní nanovědy (biologické vědy, materiály atd.). Modulární architektura, moduly označené jako SAMSON Elements | Proprietární, zdarma | SAMSON Connect |
Scigress | Ano | Ano | Ano | Ano | Ne | Ne | Ano | Ano | Ne | MM, DFT, semiempirické metody, paralelní MD, konformační analýza, lineární škálování SCF, dokovací protein-ligand, Dávkové zpracování, virtuální projekce, automatizované buildery (molekulární dynamika, proteiny, krystaly) | Proprietární | SCIGRESS.com |
Sparťan | Ano | Ano | Ano | Ne | Ano | Ne | Ano | Ano | Ne | Malé molekuly (<2 000 a.m.u.) nástroje MM a QM k určení konformace, struktury, vlastností, spekter, reaktivity a selektivity. | Proprietární, dostupná bezplatná zkušební verze | Wavefunction, Inc. |
TeraChem | Ne | Ne | Ano | Ano | Ne | Ne | Ano | Ne | Ano | Vysoký výkon GPU -zrychlený ab initio molekulární dynamika a TD /DFT softwarový balíček pro velmi velké molekulární nebo dokonce nanoměřítku systémy. Běží dál NVIDIA GPU a 64-bit Linux, byl silně optimalizován CUDA kód. | Proprietární, zkušební licence k dispozici | PetaChem LLC |
DRÁTENÍK | Já | Ano | Ano | Ano | Ano | Já | Já | Ano | Ano | Softwarové nástroje pro molekulární design-Tinker-OpenMM[5] Softwarové nástroje pro molekulární design - Tinker-HP[6] | Proprietární, zdarma | Washingtonská univerzita |
Tremolo-X | Já | Ne | Ano | Ano | Ne | Ne | Ne | Ne | Ne | Rychlý, paralelní MD | Proprietární | Tremolo-X |
UCSF Chimera | Ano | Ano | Ano | Ne | Ne | Ne | Ne | Ne | Ne | Vizuálně přitažlivý prohlížeč, rotamery aminokyselin a další budovy, zahrnuje vývojové moduly Antechamber a MMTK, Ambertools. | Proprietární, bezplatné akademické použití | University of California |
YASARA | Ano | Ano | Ano | Ano | Ne | Ne | Ano | Ne | Ano | Molekulární grafika, modelování, simulace | Proprietární | YASARA.org |
Viz také
- Car-Parrinello molekulární dynamika
- Porovnání implementací silového pole
- Porovnání simulačního softwaru nukleových kyselin
- Seznam systémů molekulární grafiky
- Seznam softwaru pro predikci struktury proteinů
- Seznam softwaru kvantové chemie a fyziky pevných látek
- Seznam softwaru pro molekulární modelování v Monte Carlu
- Seznam softwaru pro modelování nanostruktur
- Software pro molekulární design
- Molekulární dynamika
- Molekulární modelování na GPU
- Editor molekul
Poznámky a odkazy
- ^ Harrison ET, Weidner T, Castner DG, Interlandi G (2017). „Predikce orientace proteinu G B1 na hydrofobní povrchy pomocí simulací Monte Carlo“. Biointerfáze. 12 (2): 02D401. doi:10.1116/1.4971381. PMC 5148762. PMID 27923271.
- ^ Implicitní rozpouštědlo - Gromacs Archivováno 29. července 2014 na adrese Wayback Machine
- ^ „MAPY“. Archivovány od originál dne 2019-11-28. Citováno 2016-11-14.
- ^ IA. Solov'yov, A.V. Yakubovich, P.V. Nikolaev, I.Volkovets, A.V. Solov'yov (2012). „MesoBioNano Explorer - univerzální program pro víceúrovňové počítačové simulace složité molekulární struktury a dynamiky“. J. Comput. Chem. 33 (30): 2412–2439. doi:10.1002 / jcc.23086. PMID 22965786.CS1 maint: používá parametr autoři (odkaz)
- ^ M. Harger, D. Li, Z. Wang, K. Dalby, L. Lagardère, J.-P. Piquemal, J. Ponder, P. Ren (2017). „Tinker-OpenMM: Absolutní a relativní alchymistické volné energie pomocí AMOEBA na GPU“. Journal of Computational Chemistry. 38 (23): 2047–2055. doi:10.1002 / jcc.24853. PMC 5539969. PMID 28600826.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
- ^ L. Lagardère, L.-H. Jolly, F. Lipparini, F. Aviat, B. Stamm, Z. F. Jing, M. Harger, H. Torabifard, G. A. Cisneros, M. J. Schnieders, N. Gresh, Y. Maday, P. Y. Ren, J. W. Ponder, J.-P. Piquemal (2018). „Tinker-HP: masivně paralelní balíček molekulární dynamiky pro multiscale simulace velkých komplexních systémů s pokročilými bodovými dipóly polarizovatelných silových polí“. Chemická věda. 9 (4): 956–972. doi:10.1039 / C7SC04531J. PMC 5909332. PMID 29732110.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)