SVÍTILNY - LAMMPS

Rozsáhlý atomový / molekulární masivně paralelní simulátor
Lammps-logo.png
Původní autořiSteve Plimpton, Aidan Thompson, Stan Moore, Axel Kohlmeyer
VývojářiSandia National Laboratories
Temple University
První vydání1995; Před 25 lety (1995)
Stabilní uvolnění
03. března 2020 / 7. srpna 2019; Před 15 měsíci (2019-08-07)
Úložištěgithub.com/ lammps
NapsánoC ++
Operační systémCross-platform: Linux, Operační Systém Mac, Okna
Plošinax86, x86-64
Velikost304 MB
K dispozici vAngličtina
TypMolekulární dynamika
LicenceGNU General Public License
webová stránkalammps.sandia.gov

Rozsáhlý atomový / molekulární masivně paralelní simulátor (SVÍTILNY) je molekulární dynamika program od Sandia National Laboratories.[1] LAMMPS využívá Rozhraní pro předávání zpráv (MPI) pro paralelní komunikaci a je bezplatný open source software, distribuované podle podmínek GNU General Public License.[1]

LAMMPS byl původně vyvinut pod Dohoda o výzkumu a vývoji ve spolupráci (CRADA) mezi dvěma laboratořemi z Ministerstvo energetiky Spojených států a tři další laboratoře od společností ze soukromého sektoru.[1] Od roku 2016, je udržován a distribuován výzkumníky na Sandia National Laboratories a Temple University.[1]

Funkce

Pro efektivitu výpočtu používá LAMMPS seznamy sousedů (Seznamy verletů ) pro sledování blízkých částic. Seznamy jsou optimalizovány pro systémy s částicemi, které odpuzují na krátké vzdálenosti, takže lokální hustota částic nikdy nepřestane být příliš velká.[2]

Na paralelních počítačích používá LAMMPS techniky prostorového rozkladu k rozdělení simulační domény na malé 3d subdomény, z nichž jedna je přiřazena každému procesoru. Procesory komunikují a ukládají duch informace o atomech pro atomy, které hraničí s jejich subdoménou. LAMMPS je nejúčinnější (ve smyslu paralelního výpočtu) pro systémy, jejichž částice vyplňují 3D obdélníkový rámeček přibližně rovnoměrnou hustotou.

LAMMPS také umožňuje spojenou spinu a molekulární dynamiku zrychleným způsobem[3].

LAMMPS je také spojen s mnoha analytickými nástroji a motory[4][5][6].

Viz také

Reference

  1. ^ A b C d „Simulátor molekulární dynamiky LAMMPS“. Sandia National Laboratories. Citováno 2010-10-03.
  2. ^ Plimpton, S. (01.05.1993). „Rychlé paralelní algoritmy pro molekulární dynamiku krátkého dosahu“. doi:10.2172/10176421. Citovat deník vyžaduje | deník = (Pomoc)
  3. ^ Tranchida, Julien Guy; Wood, Mitchell; Moore, Stan Gerald (01.09.2018). „Spojená magnetická dynamika točení a molekulární dynamika v masivně paralelním rámci: závěrečná zpráva LDRD“. doi:10.2172/1493836. OSTI  1493836. Citovat deník vyžaduje | deník = (Pomoc)
  4. ^ Stukowski, Alexander (15. 12. 2009). "Vizualizace a analýza dat atomistické simulace s OVITO - Otevřený vizualizační nástroj". Modelování a simulace v materiálových vědách a inženýrství. 18 (1): 015012. doi:10.1088/0965-0393/18/1/015012. ISSN  0965-0393.
  5. ^ „dSEAMS: Odložená analýza strukturní elucidace pro molekulární simulace“. doi:10.1021 / acs.jcim.0c00031.s001. Citovat deník vyžaduje | deník = (Pomoc)
  6. ^ McGibbon, Robert T; Beauchamp, Kyle A; Schwantes, Christian R; Wang, Lee-Ping; Hernández, Carlos X; Harrigan, Matthew P; Lane, Thomas J; Swails, Jason M; Pande, Vijay S (09.09.2014). „MDTraj: moderní, otevřená knihovna pro analýzu trajektorií molekulární dynamiky“. Biofyzikální deník. 109 (8): 1528–32. bioRxiv  10.1101/008896. doi:10.1016 / j.bpj.2015.08.015. PMC  4623899. PMID  26488642.

externí odkazy