Editor molekul - Molecule editor
 | Tento článek obsahuje vložené seznamy že může být špatně definováno, neověřeno nebo nerozlišující. (srpen 2013) |
A editor molekul je počítačový program pro vytváření a úpravu reprezentací chemické struktury.
Redaktoři molekul mohou manipulovat s reprezentacemi chemických struktur buď simulovaně dvourozměrný prostor nebo trojrozměrný prostor, přes 2D počítačová grafika nebo 3D počítačová grafika, resp. Dvojrozměrný výstup se používá jako ilustrace nebo k dotazování chemické databáze. Trojrozměrný výstup se používá k vytváření molekulárních modelů, obvykle jako součást molekulární modelování softwarové balíčky.
Databázové molekulární editory jako Leatherface,[1] SHRNOUT,[2] a Molecule Slicer[3] umožňují automatickou úpravu velkého počtu molekul podle pravidel, jako je „deprotonát karboxylových kyselin“ nebo „rozbití exocyklických vazeb“, která mohou být specifikována uživatelem.
Redaktoři molekul obvykle podporují čtení a zápis alespoň jednoho formát souboru nebo řádkový zápis. Mezi příklady každého patří Molfile a zjednodušená specifikace vstupu do molekulární vstupní linky (ÚSMĚVY).
Soubory generované editory molekul lze zobrazit pomocí molekulární grafika nástroje.
Samostatné programy
| Program | Vývojáři | Licence | Platformy | Info | |
|---|---|---|---|---|---|
| ACD / ChemSketch | ACD / Labs | Proprietární | Okna | Chemicky inteligentní kreslicí rozhraní, které umožňuje kreslit téměř jakoukoli chemickou strukturu včetně organických látek, organokovových sloučenin, polymerů a struktur Markush. freeware dostupná verze | |
| Amira (software) | Visage Imaging Zuse Institute Berlin | Proprietární | Okna, Operační Systém Mac, Linux | K dispozici je 14denní zkušební verze | |
| Návrhář Ascalaph | Agilní molekula | GNU GPL | Linux, Windows | freeware | |
| Avogadro | Tým projektu Avogadro | GNU GPL | Linux, macOS, Windows | 3D editor molekul, vizualizér | |
| BALLView | Projektový tým BALL | GNU GPL -LGPL | Linux, macOS, Windows | prohlížeč, editor, simulační nástroj | |
| Bioclipse | Vývojáři Bioclipse | EPL | napříč platformami | Jáva, Zatmění Bohatá klientská platforma (RCP) | |
| BKChem | Beda Kosata | GNU GPL | napříč platformami | 2D molekulový editor napsaný v Krajta | |
| ChemDraw | PerkinElmer | Proprietární | macOS, Windows | Upravte chemické struktury a reakce | |
| Deneb | AtelGraphics | Proprietární | Linux, Windows | Zkušební verze k dispozici; snadno použitelná plocha grafického uživatelského rozhraní pro balíčky SIESTA, VASP, QE atd. | |
| ChemWindow | Wiley | Proprietární | Okna | k dispozici jako součást softwarového prostředí KnowItAll; Freeware pro akademický výzkum a výuku | |
| Gabedit | Abdulrahman Allouche | BSD | Linux, macOS, Windows | 3D editor molekul, vizualizér | |
| JChemPaint | GNU LGPL | napříč platformami | 2D editor strukturních vzorců napsaný v Jáva | ||
| Molekulární provozní prostředí (MOE) | Skupina pro chemické výpočty | Proprietární | Windows, Linux, Mac; Programovací jazyk SVL | Platforma pro aplikace molekulárního modelování / objevování léků s 3D molekulárním skicováním a úpravami, 2D zobrazením a převodem 2D na 3D. | |
| SAMSON | Inria | Proprietární | Windows, Linux, macOS | Softwarová platforma pro integrovanou výpočetní nanovědu. Přizpůsobeno s SAMSON Elements (moduly pro SAMSON) | |
| Spartan | Wavefunction, Inc. | Proprietární | Linux, macOS, Windows | ||
| XDrawChem | GNU GPL | Linux, macOS, Windows | na základě OpenBabel |
Java applety
| Ap | JChemPaint | GNU LGPL | Aplety editoru a prohlížeče | |
|---|---|---|---|---|
| Editor molekul JME | Peter Ertl | Proprietární | freeware dostupný z Molinspirace; Freeware pro nekomerční použití |
Vkládatelné editory JavaScriptu
| Program | Vývojář | Desktopový prohlížeč IE6-7-8 | Desktopový prohlížeč ostatní | iPad | iPhone | Android | Windows Phone | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Program Kekulé | Laboratoř Kekule.js | Ano | Ano | Neznámý | Neznámý | Neznámý | Neznámý | Publikováno pod licencí MIT |
Viz také
Poznámky a odkazy
- ^ Kenny, Peter W .; Sadowski, Jens (2005). "Modifikace struktury v chemických databázích". Chemoinformatics in Drug Discovery. Metody a principy v medicinální chemii. str.271–285. doi:11.1002 / 3527603743.ch11. ISBN 9783527307531.
- ^ Lewell, Xiao Qing; Judd, Duncan B .; Watson, Stephen P .; Hann, Michael M. (1998). „Procedura kombinované analýzy RECAP-retrosyntetická: Nová výkonná technika pro identifikaci privilegovaných molekulárních fragmentů s užitečnými aplikacemi v kombinatorické chemii“. Journal of Chemical Information and Computer Sciences. 38 (3): 511–522. doi:10.1021 / ci970429i. PMID 9611787.
- ^ Vieth, Michal; Siegel, Miles G .; Higgs, Richard E .; Watson, Ian A .; Robertson, Daniel H .; Savin, Kenneth A .; Durst, Gregory L .; Hipskind, Philip A. (2004). "Charakteristické fyzikální vlastnosti a strukturní fragmenty prodávaných perorálních léků". Journal of Medicinal Chemistry. 47: 224–232. doi:10.1021 / jm030267j. PMID 14695836.