Seznam open-source bioinformatického softwaru - List of open-source bioinformatics software

Toto je seznam počítačů software který je vyroben pro bioinformatika a propuštěn pod open-source software licence s články na Wikipedii.

SoftwarePopisPlošinaLicenceVývojář
.NET BioJazykově neutrální sada nástrojů vytvořená pomocí rozhraní Microsoft 4.0 .NET Framework, aby pomohla vývojářům, vědcům a vědcům.NET FrameworkApacheProjekt spolupráce
AMFORAMetagenomika analytický softwareLinuxGPL?
AndurilKomponentní Pracovní postup rámec pro analýzu datLinux, Operační Systém Mac, OknaGPLUniversity of Helsinki
Návrhář AscalaphPočítačový program pro obecné molekulární modelování pro molekulární design a simulace.?GPLv2Agilní molekula
AutoDockSada automatizovaných dokovacích nástrojů?GPL?
AvogadroEditor molekul a vizualizér pro výpočetní chemii, molekulární modelování, bioinformatiku, vědu o materiálech a související oblasti.?GPL?
BioclipseVizuální platforma pro chemoterapie - a bioinformatika založeno na Zatmění Bohatá klientská platforma (RCP)?Zatmění na veřejnostiProjekt Bioclipse
BiovodičR (programovací jazyk) jazyková sada nástrojůLinux, Operační Systém Mac, OknaUmělecký 2.0Fred Hutchinson Cancer Research Center
BioJavaJávaLinux, Operační Systém Mac, OknaLGPL v2.1Otevřená nadace pro bioinformatiku
BioJSJavaScriptwebový prohlížečApache?
BioMOBYRegistr webové službywebový prohlížečUměleckýOtevřená nadace pro bioinformatiku
BioPerlPerl jazyková sada nástrojůCross-platformUmělecký, GPLOtevřená nadace pro bioinformatiku
BioPHPPHP jazyková sada nástrojů?GPL v2Otevřená nadace pro bioinformatiku
BiopythonKrajta jazyková sada nástrojůCross-platformBiopython[1]Otevřená nadace pro bioinformatiku
BioRubyRubín jazyková sada nástrojů?GPL v2 nebo RubínOtevřená nadace pro bioinformatiku
CP2KProvádějte atomistické simulace pevných, kapalných, molekulárních a biologických systémů.?GPL a LGPLZdarma open source GNU GPLv2 nebo novější
VYTEPATSada balíčků pro řazení, vyhledávání atd.?GPL a LGPLProjekt spolupráce
GalaxieVědecký pracovní postup a integrace dat SystémUnixovýAkademické zdarmaProjekt spolupráce
GeneVzorekVědecký systém pracovního toku který poskytuje přístup ke stovkám nástrojů pro genomickou analýzuUnixový (veřejný server); Linux, Operační Systém Mac, OknaMITŠiroký institut, UC San Diego
GeworkbenchGenomický integrace dat plošinaLinux, Operační Systém Mac, OknaLicence GeWorkbench[2]Columbia University
GMODSada nástrojů pro řešení mnoha běžných výzev v biologických databázíchUnixový (server), webový prohlížeč (klient)Liší se v závislosti na nástrojiProjekt spolupráce
GenGISAplikace, která umožňuje kombinovat digitální mapová data s informacemi o biologických sekvencích shromážděných z prostředíOkna, Operační Systém MacGPLProjekt spolupráce
GenomespaceCentralizovaná webová aplikace, která poskytuje transformace datových formátů a usnadňuje propojení s dalšími bioinformatickými nástrojiwebový prohlížečLGPLŠiroký institut, projekt spolupráce
JemnýEkvivalent k proprietárnímu Vektorové NTI, nástroj pro analýzu a úpravy DNA soubory sekvence?GPLMagnus Manske
GROMACSBalíček molekulární dynamiky určený hlavně pro simulace proteinů, lipidů a nukleových kyselin.Linux, Operační Systém Mac, OknaSpolečné veřejné 1.0GenoViz
Integrovaný prohlížeč genomuJáva - na ploše prohlížeč genomuLinux, Operační Systém Mac, OknaSpolečné veřejné 1.0GenoViz
InterMineRozsáhlý systém datového skladu pro analýzu a integraci biologických datových souborůCross-platformLGPLUniverzita v Cambridge
Server LabKeySoftwarová platforma umožňuje organizacím integrovat, analyzovat a sdílet složitá biomedicínská dataLinux, Operační Systém Mac, OknaApacheSoftwarová nadace LabKey
SVÍTILNYProgram molekulární dynamikyLinux, Operační Systém Mac, OknaApacheSandia National Laboratories.
můraSoftware pro analýzu 16S rRNA genLinux, Operační Systém Mac, Okna?Michiganská univerzita
PathVisioDesktopový software pro kreslení, analýzu a vizualizaci biologických cestLinux, Operační Systém Mac, OknaApache 2.0Maastrichtská univerzita
oranžovýKomponentní dolování dat a strojové učení softwarová sada s vizuálním programovacím rozhraním pro průzkumná analýza dat a interaktivní vizualizace, a Krajta vazby a knihovny pro skriptováníLinux, Operační Systém Mac, OknaGPLUniverzita v Lublani
SOAP SuiteSada nástrojů pro montáž, zarovnání a analýzu krátkého čtení sekvenování nové generace dataUnix /Linux, Operační Systém MacGPLBGI
Balíček StadenSestavení sekvence, úpravy a analýza, skládající se převážně z gap4, gap5 a spin.Linux, Operační Systém Mac, OknaBSDWellcome Trust Sanger Institute, Rada pro lékařský výzkum
Pracovní stůl TavernaNástroj pro návrh a provádění pracovních postupůLinux, Operační Systém Mac, OknaLGPLmyGrid
UGENEIntegrované bioinformatické nástrojeLinux, Operační Systém Mac, OknaGPL 2Unipro
UnipeptMetaproteomická analýza biodiverzitywebový prohlížečMITGentská univerzita
VOTCABalíček hrubozrnného modelování,GNU /Linux, Operační Systém Mac, Okna, jakákoli jiná odrůda UnixLicence Apache 2.0Max Planck Institute for Polymer Research

Viz také

Reference

  1. ^ Licence Biopython
  2. ^ „Licence GeWorkbench“. geWorkbench. Columbia University. 15. června 2014.

externí odkazy