MODELÁŘ - MODELLER

Modelář
Původní autořiAndrej Sali
VývojářiUniversity of California, San Francisco, Accelrys
První vydání1989; Před 31 lety (1989)
Stabilní uvolnění
9,25 / 9. září 2020; před 2 měsíci (2020-09-09)
Operační systémUnix, Linux, Operační Systém Mac, Okna
Plošinax86, x86-64
K dispozici vAngličtina
Typhomologické modelování z bílkoviny
LicenceProprietární: akademická nezisková organizace freeware, komerční software
webová stránkasalilab.org/ modelář

Modelář, často stylizované jako MODELÁŘ, je počítačový program používá homologické modelování vyrábět modely protein terciární struktury a kvartérní struktury (vzácnější).[1][2] Implementuje metodu inspirovanou nukleární magnetická rezonanční spektroskopie proteinů (proteinová NMR) uspokojení prostorových omezení, pomocí kterých se sada geometrických kritérií používá k vytvoření funkce hustoty pravděpodobnosti pro umístění každého z nich atom v proteinu. Metoda závisí na vstupu zarovnání sekvence mezi cílem aminokyselina sekvence, která má být modelována, a templátový protein, jehož struktura byla vyřešena.

Program také obsahuje omezené funkce pro predikce struktury ab initio z smyčka oblasti proteinů, které jsou často velmi variabilní i mezi nimi homologní proteiny, a proto je obtížné je předvídat pomocí homologního modelování.

Modelář byl původně napsán a je aktuálně udržován uživatelem Andrej Sali na University of California, San Francisco.[3] Běží na operačních systémech Unix, Linux, Operační Systém Mac, a Okna. to je freeware pro akademické použití. Grafická uživatelská rozhraní (GUI) a komerční verze distribuuje Accelrys. Webový server pro modelování srovnávací proteinové struktury ModWeb je založen na Modelleru a dalších nástrojích pro automatické modelování proteinové struktury s možností uložit výsledné modely do ModBase. Vzhledem k popularitě modeláře je pro modeláře k dispozici několik grafických uživatelských rozhraní třetích stran:

  • EasyModeller je freeware a je jedním z prvních grafických uživatelských rozhraní třetích stran pro modeláře.[4] Nejnovější verze (EasyModeller 4.0) podporuje Linux a Okna operační systém.
  • UCSF Chimera má jednoduché rozhraní pro modeláře.
  • PyMod je a zdarma a open-source plugin pro PyMOL a má komplexní rozhraní pro modeláře.[5][6] Podporuje to Linux, Okna a Operační Systém Mac.
  • MaxMod je samostatné grafické uživatelské rozhraní pro MODELLER Okna.[7]

Viz také

Reference

  1. ^ Fiser A, Sali A (2003). Modelář: generování a zdokonalování modelů proteinové struktury založené na homologii. Pervitin Enzymol. Metody v enzymologii. 374. 461–91. doi:10.1016 / S0076-6879 (03) 74020-8. ISBN  9780121827779. PMID  14696385.
  2. ^ Martí-Renom MA, Stuart AC, Fiser A, Sánchez R, Melo F, Sali A (2000). "Srovnávací modelování proteinové struktury genů a genomů". Annu Rev Biophys Biomol Struct. 29: 291–325. doi:10,1146 / annurev.biophys.29.1.291. PMID  10940251.
  3. ^ Sali A, Blundell TL (prosinec 1993). "Srovnávací modelování proteinů uspokojením prostorových omezení". J. Mol. Biol. 234 (3): 779–815. doi:10.1006 / jmbi.1993.1626. PMID  8254673.
  4. ^ Kuntal, B. K., Aparoy, P., & Reddanna, P. (2010). EasyModeller: Grafické rozhraní pro modeláře. Poznámky k výzkumu BMC, 3 (1), 1.
  5. ^ Janson G, Zhang C, Prado MG, Paiardini A (2017). „PyMod 2.0: vylepšení v analýze struktury proteinových sekvencí a modelování homologie v rámci PyMOL“. Bioinformatika. 33 (3): 444–446. doi:10.1093 / bioinformatika / btw638. PMID  28158668.
  6. ^ Bramucci E, Paiardini A, Bossa F, Pascarella S (2012). „PyMod: vyhledávání podobnosti sekvencí, vícenásobné zarovnání struktury sekvencí a modelování homologie v rámci PyMOL“. BMC bioinformatika. 13 Suppl 4: S2. doi:10.1186 / 1471-2105-13-S4-S2. PMC  3303726. PMID  22536966.
  7. ^ Parida BK, Panda PK, Misra N, Mishra BK (2015). „MaxMod: skryté nové rozhraní založené na Markovově modelu pro MODELLER pro lepší predikci proteinových 3D modelů“. Journal of Molecular Modeling. 21 (2): 1–10. doi:10.1007 / s00894-014-2563-3. PMID  25636267.

externí odkazy