Seznam softwaru pro dokování protein-ligand - List of protein-ligand docking software
 | Tento článek musí být aktualizováno. (Květen 2019) |
Počet proteinový ligand dokování programy, které jsou v současné době k dispozici, jsou vysoké a v posledních desetiletích se neustále zvyšují. Následující seznam představuje přehled nejběžnějších programů seřazených podle abecedy s uvedením odpovídajícího roku vydání, zapojené organizace nebo instituce, krátkého popisu, dostupnosti webové služby a licence. Tato tabulka je komplexní, ale není úplná. A
| Program | Rok zveřejněn | Organizace | Popis | Webová služba | Licence |
|---|---|---|---|---|---|
| 1-Click Docking | 2011 | Mcule | Docking předpovídá vazebnou orientaci a afinitu ligandu k cíli | Ano | Zdarma používat webovou službu |
| AADS | 2011 | Indický technologický institut | Automatizovaný protokol detekce aktivního místa, dokování a hodnocení (AADS) pro proteiny se známými strukturami založenými na Metoda Monte Carlo | Ano | Zdarma používat webovou službu |
| ADAM | 1994 | IMMD Inc. | Predikce stabilního vazebného režimu molekuly flexibilního ligandu k cílové makromolekule | Ne | Komerční |
| AutoDock | 1990 | Výzkumný ústav Scripps | Automatické dokování ligandu na makromolekulu podle Lamarckianského genetického algoritmu a funkce empirického hodnocení volné energie | Ne | Otevřený zdroj (GNU GPL ) |
| AutoDock Vina | 2010 | Výzkumný ústav Scripps | Nová generace AutoDock | Ne | Otevřený zdroj (Licence Apache ) |
| BetaDock | 2011 | Univerzita Hanyang | Na základě Voroniho diagramu | Ne | Freeware |
| Blaster | 2009 | Kalifornská univerzita v San Francisku | Kombinuje databáze ZINC s DOCK a nachází ligand pro cílový protein | Dostupný | Freeware |
| BSP-SLIM | 2012 | Michiganská univerzita | Nová metoda slepého dokování ligand-protein pomocí proteinových struktur s nízkým rozlišením | Dostupný | Freeware |
| CABS-dock[1] | 2015 | Varšavská univerzita | Způsob flexibilního dokování protein-peptid bez apriorních znalostí o vazebném místě. K dispozici jako samostatná aplikace[2] a jako webový server.[1] | Dostupný | Otevřený zdroj (Licence MIT ) (samostatná aplikace) Freeware pro akademické použití (webový server) |
| DARWIN | 2000 | Wistarův institut | Predikce interakce mezi proteinem a jinou biologickou molekulou genetickým algoritmem | Ne | Freeware |
| DIVALI | 1995 | University of California-San Francisco | Založeno na potenciální funkci typu AMBER a genetickém algoritmu | Ne | Freeware |
| DOK | 1988 | University of California-San Francisco | Na základě algoritmu geometrické shody | Ne | Freeware pro akademické použití |
| DockingServer | 2009 | Virtua Drug Ltd. | Integruje řadu výpočetního chemického softwaru | Ano | Komerční |
| Dokovací studie s HyperChem[3] | 2006 | Motonori Tsuji | Flexibilní dokování biomakromolekul a ligandů pomocí kombinace mezi předpovězenými farmakofory na bázi struktury a farmakofory na bázi ligandu | Ne | Komerční |
| DockVision | 1992 | DockVision | Na základě Monte Carlo, genetický algoritmus a dokovací algoritmy skríningu databáze | Ne | Komerční |
| DOLINA | 2014 | University of Basel | Zarovnání na základě farmakoforů, lokální kombinační indukované přizpůsobení | Ne | Akademický |
| EADock[4] | 2007 | Švýcarský institut pro bioinformatiku | Založeno na evolučních algoritmech | Dostupný | Freeware |
| eHiTS | 2006 | SymBioSys Inc. | Vyčerpaný vyhledávací algoritmus | Ne | Komerční |
| EUDOC | 2001 | Mayo Clinic Cancer Center | Program pro identifikaci míst lékových interakcí v makromolekulách a přívodech léčiv z chemických databází | Ne | Akademický |
| FDS | 2003 | University of Southampton | Flexibilní dokování ligandů a receptorů s modelem rozpouštědla kontinua a energetickou funkcí měkkého jádra | Ne | Akademický |
| Vybaveno[5] | 2010 | Molecular Forecaster Inc. | Dokovací program s flexibilitou, kovalentní, metaloenzym, přemístitelná voda | Ne | Freeware pro akademické použití |
| FlexX | 2001 | BioSolveIT | Přírůstkový dokovací program založený na sestavení | Ne | Komerční |
| FlexAID | 2015 | University of Sherbrooke | Zaměřte se na flexibilitu postranního řetězce a funkci měkkého skórování na základě komplementarity povrchu | Ne | Otevřený zdroj (Licence Apache ) |
| FlexPepDock | 2010 | Hebrejská univerzita | Modelování komplexů peptid-protein, implementované v rámci Rosetta | Dostupný | Freeware |
| FLIPDock | 2007 | Výzkumný ústav Scripps | Dokovací program založený na genetickém algoritmu využívající datové struktury FlexTree k reprezentaci komplexu protein-ligand | Ne | Freeware pro akademické použití |
| BIČOVAT | 1994 | Výzkumné laboratoře Merck | Program dokování tuhého těla pomocí databází předgenerovaných konformací | Ne | Akademický |
| FRED | 2003 | OpenEye Scientific | Systematické, vyčerpávající, nestochastické vyšetření všech možných pozic v aktivním místě proteinu v kombinaci s funkcí skórování | Ne | Freeware pro akademické použití |
| FTDOCK | 1997 | Laboratoř biomolekulárního modelování | Na základě Katchalski-Katzir algoritmus. Diskrétuje tyto dvě molekuly na ortogonální mřížky a provádí globální sken translačního a rotačního prostoru | Ne | Freeware |
| GalaxyPepDock | 2018 | Soulská národní univerzita | Dokování proteinů a peptidů založené na podobnosti interakce dostupné jako samostatná aplikace[6] a webový server[7] | Dostupný | Otevřený zdroj (GNU GPL ) (samostatná aplikace) Freeware pro akademické použití (webový server) |
| GEMDOCK | 2004 | Národní univerzita Chiao Tung | Obecná evoluční metoda pro molekulární dokování | Ne | Freeware |
| Klouzat | 2004 | Schrödinger | Vyčerpávající dokovací program založený na vyhledávání | Ne | Komerční |
| ZLATO | 1995 | Spolupráce mezi University of Sheffield, GlaxoSmithKline plc a CCDC | Na základě genetického algoritmu, flexibilní ligand, částečná flexibilita pro protein | Ne | Komerční |
| GPCRautomodel | 2012 | INRA | Automatizuje modelování homologie savčích čichových receptorů (OR) na základě šesti trojrozměrných (3D) struktur Receptory spojené s G proteinem (GPCR) dosud k dispozici a provádí dokování odorantů na těchto modelech | Dostupný | Freeware pro akademické použití |
| HADDOCK[8] | 2003 | Centrum Bijvoet Centrum pro biomolekulární výzkum | Využívá údaje o biochemických a / nebo biofyzikálních interakcích, jako jsou údaje o poruchách chemického posunu vyplývající z NMR titračních experimentů, údaje o mutagenezi nebo bioinformatické předpovědi. Vyvinuto pro dokování protein-protein, ale lze jej použít také pro dokování protein-ligand. | Dostupný | Akademický[9] Zdarma k dispozici webová služba k dispozici |
| Kladivoun | 1996 | Arris Pharmaceutical Corporation | Rychlé a plně automatické připojení flexibilních ligandů k vazebným místům pro proteiny | Ne | Akademický |
| ICM-Dock | 1997 | MolSoft | Dokovací program založený na pseudo-Brownově vzorkování a lokální minimalizaci | Ne | Komerční |
| idTarget | 2012 | Národní tchajwanská univerzita | Předpovídá možné vazebné cíle malé chemické molekuly prostřednictvím dokovací metody rozděl a panuj | Dostupný | Freeware |
| iScreen | 2011 | Čínská lékařská univerzita | Založeno na cloudovém výpočetním systému pro inteligentní screeningový systém TCM | Dostupný | Freeware |
| Hlavní vyhledávač | 2008 | MolTech | Program pro molekulární dokování, virtuální screening a kvantitativní hodnocení vazby ligandů a biologické aktivity | Ne | Komerční |
| LeDock | 2016 | Lephar | Program pro rychlé a přesné flexibilní dokování malých molekul do proteinu | Ne | Freeware pro akademické použití |
| LigandFit | 2003 | BioVia | Dokovací program založený na CHARMm | Ne | Komerční |
| LigDockCSA | 2011 | Soulská národní univerzita | Dokování protein-ligand pomocí konformačního prostorového žíhání | Ne | Akademický |
| LightDock[10] | 2018 | Barcelonské superpočítačové centrum | Dokování protein-protein, protein-DNA, protein-peptid pomocí různých skórovacích funkcí, flexibilita páteře modelována ANM a napsáno v Python3 | Ne | Otevřený zdroj (GNU GPL ) |
| LIGIN | 1996 | Weizmann Institute of Science | Molekulární dokování pomocí povrchové komplementarity | Ne | Komerční |
| LPCCSU | 1999 | Weizmann Institute of Science | Na základě podrobné analýzy interatomických kontaktů a komplementarity rozhraní | Dostupný | Freeware |
| MCDOCK | 1999 | Georgetown University Medical Center | Založeno na nekonvenčním Monte Carlo simulační technika | Ne | Akademický |
| MEDock | 2007 | SIGMBI | Dokovací webový server založený na maximální entropii je zaměřen na poskytnutí účinného nástroje pro predikci vazebného místa pro ligand | Dostupný | Freeware |
| Molekulární provozní prostředí (VOČKO) | 2008 | Skupina pro chemické výpočty | Dokovací aplikace v rámci MOE; výběr metod umístění (včetně metod alfa koule) a bodovacích funkcí (včetně London dG) | Ne | Komerční |
| Molegro Virtual Docker | 2006 | Molexus | Na základě nového heuristického vyhledávacího algoritmu, který kombinuje diferenciální vývoj s algoritmem predikce dutiny | Ne | Akademický |
| MOLS 2.0 | 2016 | University of Madras | Indukovaný fit peptidový protein, dokování malých molekul-proteinů pomocí techniky vzájemně ortogonálních latinských čtverců | Ne | Otevřený zdroj (GNU LGPL ) |
| MS-DOCK | 2008 | VLOŽKA | Vícefázový dokovací / skórovací protokol | Ne | Akademický Komerční |
| ParaDockS[11] | 2010 | Univerzita Martina Luthera v Halle-Wittenberg a Partnerský institut pro výpočetní biologii | Molekulární dokování s populační metaheuristikou | Ne | Otevřený zdroj (GNU GPL ) |
| ParDOCK | 2007 | Indický technologický institut | All-atomová energie založená Monte Carlo, dokování rigidního proteinového ligandu | Dostupný | Freeware |
| PatchDock | 2002 | Tel Avivská univerzita | Algoritmus provádí pevné ukotvení s variabilitou / flexibilitou povrchu implicitně řešenou prostřednictvím liberální mezimolekulární penetrace | Dostupný | Freeware |
| ROSTLINY | 2006 | Univerzita v Kostnici | Na základě třídy stochastických optimalizačních algoritmů (optimalizace kolonií mravenců) | Ne | Freeware pro akademické použití |
| PLATINA | 2008 | Moskevský institut fyziky a technologie (Státní univerzita) | Analýza a vizualizace hydrofobních / hydrofilních vlastností biomolekul dodávaných jako 3D struktury | Dostupný | Freeware |
| PRODOCK | 1999 | Cornell University | Na základě Monte Carlo metoda plus minimalizace energie | Ne | Akademický |
| PSI-DOCK[12] | 2006 | Pekingská univerzita | Pose-Sensitive Inclined (PSI) -DOCK | Ne | Akademický |
| PSO @ AUTODOCK | 2007 | University of Leipzig | Algoritmy PSC (Particle Swarm Optimization) varCPSO a varCPSO-ls jsou vhodné pro rychlé připojení vysoce flexibilních ligandů | Ne | Akademický |
| PythDock | 2011 | Univerzita Hanyang | Heuristický dokovací program, který používá programovací jazyk Python s jednoduchou funkcí skórování a vyhledávacím modulem založeným na populaci | Ne | Akademický |
| Q-Dock | 2008 | Gruzínský technologický institut | Flexibilní dokování ligandu s nízkým rozlišením s omezovači závitů specifickými pro kapsy | Ne | Freeware |
| QXP[13] | 1997 | Novartis Pharmaceuticals Corporation | Monte Carlo poruchy s minimalizací energie v Kartézský prostor | Ne | Akademický |
| rDock | 1998 (komerční) 2006 (akademický)[14] 2012 (otevřený zdroj)[15] | Výzkum a vývoj společnosti Vernalis (komerční) University of York (akademický) University of Barcelona (otevřený zdroj) | HTVS malých molekul proti proteinům a nukleovým kyselinám, predikce vazebného režimu | Ne | Otevřený zdroj (GNU LGPL ) (dříve obchodní, akademické) |
| SANDOCK | 1998 | University of Edinburgh | Řízený algoritmus párování | Ne | Akademický |
| Skóre | 2004 | Alessandro Pedretti a Giulio Vistoli | Služba skóre umožňuje vypočítat různá dokovací skóre komplexu ligand-receptor | Dostupný | Freeware |
| SEMÍNKO[16] | 1999 | University of Zurich | Automatizované ukotvení fragmentů s hodnocením volné energie vazby včetně účinků elektrostatického solvatace v dielektrické aproximaci kontinua (generalizovaný Born ) | Ne | Otevřený zdroj (GNU GPL ) |
| smina[17] | 2012 | University of Pittsburgh | Přizpůsobená vidlice AutoDock Vina s lepší funkcí bodování podpory a vysoce výkonnou minimalizací energie | Ne | Otevřený zdroj (Licence Apache ) |
| SODOCK | 2007 | Univerzita Feng Chia (Tchaj-wan) | Optimalizace roje pro vysoce flexibilní dokování protein-ligand | Ne | Akademický |
| SOFTDokování | 1991 | University of California, Berkeley | Shoda molekulárních povrchových kostek | Ne | Akademický |
| Surflex-Dock | 2003 | Tripos | Na základě idealizovaného aktivního ligandu (protomol) | Ne | Komerční |
| SwissDock | 2011 | Švýcarský institut pro bioinformatiku | Webová služba pro předpovídání interakce mezi proteinem a ligandem s malou molekulou | Dostupný | Zdarma můžete použít webovou službu pro akademické použití |
| VoteDock | 2011 | Varšavská univerzita | Konsenzuální dokovací metoda pro predikci interakcí protein-ligand | Ne | Akademický |
| Webina | 2020 | University of Pittsburgh | Databáze kódů AutoDock Vina zkompilovaná do WebAssembly pro použití v prohlížeči | Ano | Otevřený zdroj (Licence Apache ) |
| JUKA | 2005 | Virginia Tech | Ukotvení tuhého proteinu s malou molekulou | Ne | Akademický |
Reference
- ^ A b „CABS-dock: server pro dokování protein-peptid“. biocomp.chem.uw.edu.pl. Citováno 2019-05-22.
- ^ „CABSdock samostatná aplikace pro dokování protein-peptid“. bitbucket.org. Citováno 2019-05-22.
- ^ Ústav molekulárních funkcí. „Strukturovaný systém pro návrh léčiv: Dokovací studie s HyperChem - Ústav molekulárních funkcí -“. www.molfunction.com. Citováno 2019-05-22.
- ^ Grosdidier, Aurélien; Zoete, Vincent; Michielin, Olivier (2007). „EADock: Dokování malých molekul do proteinových aktivních míst s multiobjektivní evoluční optimalizací“. Proteiny: struktura, funkce a bioinformatika. 67 (4): 1010–1025. doi:10,1002 / prot.21367. ISSN 1097-0134. PMID 17380512. S2CID 11145933.
- ^ "Produkty | Molecular Forecaster Inc". www.molecularforecaster.com. Citováno 2019-05-22.
- ^ „GalaxyPepDock“. GalaxyPepDock. Citováno 2019-05-22.
- ^ „GalaxyWEB“. galaxy.seoklab.org. Citováno 2019-05-22.
- ^ „Webový server HADDOCK“. haddock.science.uu.nl. Citováno 2019-05-22.
- ^ „Licence HADDOCK2.2“. Bonvin Lab. Citováno 2019-05-24.
- ^ Jimenez-Garcia, Brian (2019-09-28), Rámec pro dokování proteinů založený na algoritmu GSO: lightdock / lightdock, vyvoláno 2019-09-28
- ^ Baldauf, Carsten (2017-08-22), Rámec pro molekulární dokování s populační metaheuristikou: cbaldauf / paradocks, vyvoláno 2019-06-01
- ^ Pei, Jianfeng; Wang, Qi; Liu, Zhenming; Li, Qingliang; Yang, Kun; Lai, Luhua (01.03.2006). „PSI-DOCK: směrem k vysoce efektivnímu a přesnému flexibilnímu dokování ligandu“. Proteiny. 62 (4): 934–946. doi:10,1002 / prot.20790. ISSN 1097-0134. PMID 16395666. S2CID 5715684.
- ^ McMartin, C .; Bohacek, R. S. (červenec 1997). „QXP: výkonné a rychlé počítačové algoritmy pro konstrukční návrh léků“. Journal of Computer-Aided Molecular Design. 11 (4): 333–344. Bibcode:1997JCAMD..11..333M. doi:10.1023 / a: 1007907728892. ISSN 0920-654X. PMID 9334900. S2CID 31660790.
- ^ "rDock". www.ysbl.york.ac.uk. Citováno 2020-02-12.
- ^ „O aplikaci | rDock“. Citováno 2020-02-12.
- ^ "Stažení softwaru | Caflisch - UZH". www.biochem-caflisch.uzh.ch. Citováno 2019-05-22.
- ^ "smina". SourceForge. Citováno 2019-06-01.
externí odkazy
- "Nástroje bioinformatiky pro dokování protein-ligand | Interakční analýza". omicX. Citováno 2019-05-23.