LeDock - LeDock - Wikipedia

LeDock
VývojářiLephar
Operační systémCross-platform
TypMolekulární dokování
webová stránkawww.lephar.com/software.htm

LeDock je jednoduchý proprietární molekulární dokování software, který lze použít pro dokování ligandů s proteinovým cílem.[1] LeDock podporuje běh na 64-bit Linux, Operační Systém Mac a 32bitové a 64bitové Okna.

Úvod

LeDock je založen na simulovaném žíhání a evoluční optimalizaci ligand póza a její otočné vazby pomocí bodovacího schématu založeného na fyzice / znalostech odvozeného z let budoucích virtuálních screeningových kampaní.[2][3][4][5][6]

Výkon

Společnost LeDock měla dobrý výkon v nedávném komplexním vyhodnocení dokovacích programů na rozmanité sadě komplexů protein-ligand z roku 2002.[7] Má vysokou přesnost v predikci pozice, šetří čas při výpočtu a je uživatelsky přívětivý jak pro virtuální screening, tak pro zpracování zásahů.

Viz také

Reference

  1. ^ „Uživatelská příručka pro LeDock“ (PDF).
  2. ^ Zhao, Hongtao; Huang, Danzhi (2011-06-17). „Trest vázání vodíku při vazbě na ligand“. PLOS ONE. 6 (6): e19923. doi:10.1371 / journal.pone.0019923. ISSN  1932-6203. PMC  3117785. PMID  21698148.
  3. ^ Zhao, Hongtao; Huang, Danzhi; Caflisch, Amedeo (01.11.2012). „Objev inhibitorů tyrosinkinázy připojením k neaktivní konformaci kinázy generované molekulární dynamikou“. ChemMedChem. 7 (11): 1983–1990. doi:10,1002 / cmdc.201200331. ISSN  1860-7187. PMID  22976951.
  4. ^ Zhao, Hongtao; Caflisch, Amedeo (2013-10-15). „Objev inhibitorů ZAP70 vysokokapacitním dokováním do konformace její kinázové domény generované molekulární dynamikou“. Dopisy o bioorganické a léčivé chemii. 23 (20): 5721–5726. doi:10.1016 / j.bmcl.2013.08.009. PMID  23993776.
  5. ^ Zhao, Hongtao; Caflisch, Amedeo (2014-03-15). „Objev duálních inhibitorů ZAP70 a Syk kináz připojením ke vzácné konformaci C-helix-out Syk“. Dopisy o bioorganické a léčivé chemii. 24 (6): 1523–1527. doi:10.1016 / j.bmcl.2014.01.083. PMID  24569110.
  6. ^ Zhao, Hongtao; Gartenmann, Lisa; Dong, Jing; Spiliotopoulos, Dimitrios; Caflisch, Amedeo (01.06.2014). "Objev inhibitorů BRD4 bromodomény pomocí fragmentovaného vysokovýkonného dokování". Dopisy o bioorganické a léčivé chemii. 24 (11): 2493–2496. doi:10.1016 / j.bmcl.2014.04.017. PMID  24767840.
  7. ^ Wang, Zhe (2016). „Komplexní vyhodnocení deseti dokovacích programů na rozmanité sadě komplexů protein – ligand: přesnost predikce vzorkovací síly a bodovací síly“. Fyzikální chemie Chemická fyzika. 18 (18): 12964–12975. doi:10.1039 / C6CP01555G. PMID  27108770.

externí odkazy