David J. Lipman - David J. Lipman

David Lipman
Paul Ginsparg a David Lipman.jpg
David Lipman (vpravo) s Paul Ginsparg v červnu 2013
narozený
David J. Lipman
Alma materBrown University
University at Buffalo, The State University of New York
Známý jakoVliv na vývoj BLAST (biotechnologie)[1]
OceněníCena Senior Scientist ISCB
Člen USA Národní akademie věd
Člen ISCB[2]
Vědecká kariéra
PoleBioinformatika
Výpočetní biologie
Metody porovnání sekvence
Srovnávací genomika
Molekulární evoluce
InstituceNárodní centrum pro biotechnologické informace
Brown University
University at Buffalo, The State University of New York
Pozoruhodné studentyStephen Altschul[3]
Mark Boguski[Citace je zapotřebí ]
webová stránkawww.ncbi.nlm.NIH.gov/výzkum/personál/ lipman

David J. Lipman je Američan biolog kdo od roku 1989[1] do roku 2017 byl ředitelem Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI) na Národní institut zdraví.[4][5] NCBI je domovem GenBank,[6] americký uzel Konsorcium pro mezinárodní sekvenční databázi, a PubMed, jeden z nejpoužívanějších webů na světě pro vyhledávání a získávání biomedicínských informací. Lipman je jedním z původních autorů VÝBUCH program zarovnání sekvence a respektovaný obrázek v bioinformatika.[7][8][9] V roce 2017 opustil NCBI a stal se vedoucím vědeckého oddělení v Nemožné potraviny.[10]

Vzdělávání

Lipman získal vysokoškolské vzdělání od Brown University a jeho M.D. v roce 1980 od University at Buffalo, The State University of New York[11]

Kariéra

Lipman byl ředitelem Národní centrum pro biotechnologické informace v National Library of Medicine ve společnosti National Institutes of Health. Toto centrum zahrnovalo skupiny vedené Stephen Altschul (další spoluautor BLAST), David Landsman, Eugene Koonin[12] (plodný autor na komparativní genomika ) a L. Aravind.

On je nejvíce dobře známý pro jeho práci na sérii algoritmu podobnosti sekvence, počínaje Wilbur-Lipman[13] algoritmus v roce 1983, FASTA Vyhledávání[14][15] hledat v roce 1985, VÝBUCH[16] v roce 1990 a Gapped BLAST a PSI-BLAST[17] v roce 1997.

Lipman také spolupracuje s Dennisem A. Bensonem a dalšími v NCBI a přispívá k údržbě a zlepšování GenBank a každoročně vydává dokument o jejich pokroku. Vylepšení zahrnují specifikaci datového formátu, úpravu dat, integraci informací o proteinech se sekvencemi DNA a vědeckou literaturu.[18][19][20]

Byl jedním z původců Projekt sekvenování genomu chřipky, projekt sekvenování a zpřístupnění genomů tisíců izolátů viru chřipky.[Citace je zapotřebí ]

Byl jedním z původních signatářů Prohlášení Bethesda k publikování v otevřeném přístupu.[Citace je zapotřebí ]

On je také Šéfredaktor pro otevřený přístup, recenzováno online vědecký časopis volala Biology Direct.[21]

V květnu 2017 bylo oznámeno, že Lipman opustí svou roli v NCBI, aby se připojil k rostlinné masné společnosti Nemožné potraviny jako hlavní vědecký pracovník.[22]

Ceny a vyznamenání

Lipman obdržel Asociace zařízení pro biomolekulární zdroje Cena za vynikající zásluhy o biomolekulární technologie v roce 1996.

V roce 2004 mu byla udělena Cena Senior Scientist ISCB a zvolen Člen ISCB v roce 2009 Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii.[2][23]

V roce 2005 byl Dr. Lipman zvolen do USA Národní akademie věd.[Citace je zapotřebí ]

V roce 2013 obdržel cenu a Bílý dům Šampion změny v „otevřené vědě“.[24][25]

Reference

  1. ^ A b [www.nytimes.com/library/cyber/week/062697gene.html „Výzkumný ústav zveřejňuje genová data na internetu“] Šek | url = hodnota (Pomoc). The New York Times. 26. června 1997.
  2. ^ A b Anon (2017). „Členové ISCB“. iscb.org. Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii. Archivovány od originál dne 2017-03-20.
  3. ^ „Sense from Sequences: Stephen F. Altschul on Bettering BLAST“. 2000. Archivovány od originál dne 07.10.2007.
  4. ^ „David J. Lipman, MD, ředitel Národního centra pro biotechnologické informace“. Archivovány od originál dne 10. 06. 2013.
  5. ^ „Otevřete nyní přístup | Konverzace s Davidem Lipmanem“. Biomedcentral.com. Archivovány od originál dne 29. června 2011. Citováno 2. července 2011.
  6. ^ Benson, D. A .; Karsch-Mizrachi, I .; Lipman, D. J .; Ostell, J .; Wheeler, D. L. (2007). „GenBank“. Výzkum nukleových kyselin. 36 (Problém s databází): D25 – D30. doi:10.1093 / nar / gkm929. PMC  2238942. PMID  18073190.
  7. ^ „david lipman - Google Scholar“. Scholar.google.com. Citováno 2017-03-26.
  8. ^ Seznam publikací z Microsoft Academic[mrtvý odkaz ]
  9. ^ David J. Lipman na DBLP Bibliografický server Upravte to na Wikidata
  10. ^ „Národní lékařská knihovna oznamuje odchod ředitele NCBI Dr. Davida Lipmana“. www.nlm.nih.gov. Citováno 2017-05-05.
  11. ^ „David J. Lipman, M.D. Biography“. nih.gov. Archivovány od originál dne 11.02.2017. Citováno 2017-02-09.
  12. ^ Tatusov, R. L .; Koonin, E. V .; Lipman, D. J. (1997). „Genomická perspektiva na rodiny proteinů“. Věda. 278 (5338): 631–637. Bibcode:1997Sci ... 278..631T. doi:10.1126 / science.278.5338.631. PMID  9381173.
  13. ^ Wilbur, W. J .; Lipman, D. J. (1983). „Rychlé vyhledávání podobnosti databází nukleových kyselin a proteinů“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 80 (3): 726–730. Bibcode:1983PNAS ... 80..726W. doi:10.1073 / pnas.80.3.726. PMC  393452. PMID  6572363.
  14. ^ Lipman, D .; Pearson, W. (1985). Msgstr "Rychlé a citlivé vyhledávání podobnosti proteinů". Věda. 227 (4693): 1435–1441. Bibcode:1985Sci ... 227.1435L. doi:10.1126 / science.2983426. PMID  2983426.
  15. ^ Pearson, W. R .; Lipman, D. J. (1988). "Vylepšené nástroje pro srovnání biologických sekvencí". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 85 (8): 2444–2448. Bibcode:1988PNAS ... 85.2444P. doi:10.1073 / pnas.85.8.2444. PMC  280013. PMID  3162770.
  16. ^ Altschul, Stephen; Gish, Warren; Miller, Webb; Myers, Eugene; Lipman, David (1990). „Základní vyhledávací nástroj pro místní zarovnání“. Journal of Molecular Biology. 215 (3): 403–410. doi:10.1016 / S0022-2836 (05) 80360-2. PMID  2231712.
  17. ^ Altschul, S.; Madden, T. L .; Schäffer, A. A .; Zhang, J .; Zhang, Z .; Miller, W.; Lipman, D. J. (1997). „Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs“. Výzkum nukleových kyselin. 25 (17): 3389–3402. doi:10.1093 / nar / 25.17.3389. PMC  146917. PMID  9254694.
  18. ^ Benson, D. A .; Cavanaugh, M .; Clark, K .; Karsch-Mizrachi, I .; Lipman, D. J .; Ostell, J .; Sayers, E. W. (2012). „GenBank“. Výzkum nukleových kyselin. 41 (Problém s databází): D36 – D42. doi:10.1093 / nar / gks1195. PMC  3531190. PMID  23193287.
  19. ^ Benson, D. A .; Karsch-Mizrachi, I .; Clark, K .; Lipman, D. J .; Ostell, J .; Sayers, E. W. (2011). „GenBank“. Výzkum nukleových kyselin. 40 (Problém s databází): D48 – D53. doi:10.1093 / nar / gkr1202. PMC  3245039. PMID  22144687.
  20. ^ Benson, D. A .; Karsch-Mizrachi, I .; Lipman, D. J .; Ostell, J .; Sayers, E. W. (2010). „GenBank“. Výzkum nukleových kyselin. 39 (Problém s databází): D32 – D37. doi:10.1093 / nar / gkq1079. PMC  3013681. PMID  21071399.
  21. ^ „Archivovaná kopie“. Archivovány od originál dne 30. 9. 2011. Citováno 2011-10-28.CS1 maint: archivovaná kopie jako titul (odkaz)
  22. ^ „Národní lékařská knihovna oznamuje odchod ředitele NCBI Dr. Davida Lipmana“. www.nlm.nih.gov. Citováno 2017-05-04.
  23. ^ „Vítěz ocenění ISCB za rok 2004, vítěz vědeckého úspěchu, Dr. David Lipman ISCB Newsletter 7-3“. Iscb.org. Citováno 2. července 2011.
  24. ^ „Archivovaná kopie“. Archivovány od originál dne 2016-04-05. Citováno 2016-04-02.CS1 maint: archivovaná kopie jako titul (odkaz)
  25. ^ „Dr. David Lipman získává cenu„ Champions of Change “v Bílém domě„ Open Science “jménem NCBI“. Ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2. dubna 2016.