Asociace zařízení pro biomolekulární zdroje - Association of Biomolecular Resource Facilities
Formace | 1989 |
---|---|
Hlavní sídlo | Lexington, KY |
Umístění | |
Členství | 1000 (březen 2020) |
Úřední jazyk | Angličtina |
Prezident | Richard Cole |
webová stránka | http://www.abrf.org/ |
The Asociace zařízení pro biomolekulární zdroje (ABRF) se věnuje rozvoji základních a výzkumných biotechnologických laboratoří prostřednictvím výzkumu, komunikace a vzdělávání.[1] Členy ABRF je více než 1000 vědců zastupujících 340 různých hlavních laboratoří ve 41 zemích, včetně průmyslových, vládních, akademických a výzkumných institucí.
Dějiny
V roce 1986 se ve spojení se šestou mezinárodní konferencí o metodách v analýze proteinové sekvence uskutečnilo satelitní setkání výzkumných zařízení.[Citace je zapotřebí ] Příští rok byly poslány sekvence proteinů a vzorky aminokyselin do průzkumu 103 základních zařízení. V roce 1989 byl ABRF formálně organizován a začleněn. Každý rok se až do roku 1996, kdy začala samostatná setkání, konalo každoroční setkání jako satelitní setkání Proteinové společnosti.[2]
Výzkumné skupiny ABRF
Výzkumné skupiny jsou zřizovány za účelem splnění dvou účelů Asociace zařízení pro biomolekulární zdroje. Nejprve poskytnout mechanismy pro sebehodnocení a zlepšení procedurální a provozní přesnosti, přesnosti a účinnosti v zařízeních zdrojů a výzkumných laboratořích. Zadruhé, přispívat ke vzdělávání pracovníků zařízení, výzkumných laboratoří, uživatelů, správců a zainteresovaných členů vědecké komunity.[3] Výsledky studií ABRF Research Group byly publikovány ve vědeckých pracích.[4][5][6] Výsledky studií ABRF Research Group zaznamenaly opětovné použití v jiném výzkumu.[7][8][9]
- ABRF Next Generation Sequencing Group (ABRF-NGS)
- Technologie protilátek Výzkumná skupina (ARG)
- Biomedical 'Omics Research Group (BORG)
- Sekvenování DNA Výzkumná skupina (DSRG)
- Průtoková cytometrie Výzkumná skupina (FCRG)
- Genomika Výzkumná skupina (GVRG)
- Glykoprotein Výzkumná skupina (gPRG)
- Světelná mikroskopie Výzkumná skupina (LMRG)
- Metabolomika Výzkumná skupina (MRG)
- Metagenomika Výzkumná skupina (MGRG)
- Molekulární interakce Výzkumná skupina (MIRG)
- Nukleové kyseliny Výzkumná skupina (NARG)
- Exprese proteinů Výzkumná skupina (PERG)
- Sekvenování proteinů Výzkumná skupina (PSRG)
- Proteomika Výzkumná skupina (PRG)
- Proteome Informatics Výzkumná skupina (iPRG)
- Proteomics Standards Research Group (sPRG)
Zdrojové technologie
Členové ABRF jsou zapojeni do širokého spektra biomolekulárních technologií, které jsou implementovány v základním nastavení zařízení:
- Automatizace: vysoce propustný screening, LIMS, robotika.
- Chemie proteinů a peptidů: analýza aminokyselin, N- a C-terminální sekvenování, syntéza peptidů, pole peptid / protein.
- Biofyzika: kalorimetrie, CD, fluorescence, rozptyl světla, SPR, ultracentrifugace.
- Průtoková cytometrie Fluorescence aktivující třídění buněk
- Exprese proteinů, Identifikace a profilování: diferenciální fluorescence, konvenční 2-D Gelová elektroforéza, objev biomarkerů nemoci.
- Genový výraz a Profilování: genová pole v reálném čase PCR.
- Hmotnostní spektrometrie: kvalitativní, kvantitativní a strukturní analýza proteinů, sacharidy, oligonukleotidy, a lipidy.
- Mikroskopie světelná mikroskopie a zobrazování, Konfokální mikroskopie
- Nukleová kyselina Chemie: Sekvenování DNA, Syntéza DNA, Syntéza RNA, genotypizace.
- Separace: 1- a 2-D STRÁNKA, kapilární elektroforéza, chromatografie.
- Kontrola kvality: GLP, GMP, kvalita a shoda.
- Universal Proteomics Standard (UPS), směs proteinů používaných jako referenční standard v proteomice, zavedená výše uvedeným sPRG.[10] To zahrnuje dvě sady: původní (UPS1, kde je všech 48 proteinů na 48 pmol) a dynamický rozsah koncentrací (nazývaný UPS2) v rozmezí od 500 amol do 50 pmol.[11]
- Jiný: bioinformatika, uhlohydrát analýza, diferenciální zobrazení, rekombinantní protein Výroba.
Výroční konference
Každoročně se na jaře v různých severoamerických městech koná výroční konference Asociace zařízení pro biomolekulární zdroje. Tato mezinárodní konference slouží k vystavení členů nové a vznikající biotechnologii prostřednictvím přednášek, kulatých stolů, prezentací výzkumných skupin, posterů, workshopů a technických výstav.
- ABRF 2022, 27. – 30. Března 2022, Palm Springs, Kalifornie
- ABRF 2021, 7. – 10. Března 2021, Boston, MA
- ABRF 2020, 29. února - 3. března 2020, Palm Springs, CA
- ABRF 2019, 23. – 26. Března, San Antonio, Texas; 30 let zpochybňování hranic vědy a techniky, otevírání dveří do budoucnosti
- ABRF 2018, 22. – 25. Dubna, Myrtle Beach, Jižní Karolína; Premier Conference pro základní služby
- ABRF 2017, 25. – 28. Března, San Diego, Kalifornie; Fórum pro pokrok dnešních klíčových technologií s cílem umožnit inovace zítřka
- ABRF 2016, 20. – 23. Února, Ft. Lauderdale, Florida; Inovativní technologie urychlující objevování
- ABRF 2015, 28. – 31. Března, St. Louis, Missouri; Integrativní technologie pro rozvoj vědeckých jader
- ABRF 2014, 23. – 25. Března, Albuquerque, Nové Mexiko; Team Science and Big Data: Cores at the Frontier
- ABRF 2013, 2. – 5. Března, Palm Springs, Kalifornie; Nástroje pro rozvoj konvergenční vědy
- ABRF 2012, 17. – 20. Března, Orlando, Florida; Učení se z biomolekul
- ABRF 2011, 19. – 22. Února, San Antonio, Texas; Technologie umožňující přizpůsobenou medicínu
- ABRF 2010, 20. – 23. Března, Sacramento, Kalifornie; Překlad základního výzkumu s pokroky v biomolekulární technologii
- ABRF 2009, 7. – 10. Února, Memphis, Tennessee; Aplikace a optimalizace stávajících a vznikajících biotechnologií
- ABRF 2008, 9. – 12. Února, Salt Lake City, Utah; Umožnění technologií v biologických vědách
- ABRF 2007, 31. března - 3. dubna, Tampa, Florida; Vytváření biologického plánu
- ABRF 2006, 11. – 14. Února, Long Beach, Kalifornie; Integrace vědy, nástrojů a technologií do biologie systémů
- ABRF 2005, 5. – 8. Února, Savannah, Gruzie; BioMolecular Technologies: Discovery to Hypothesis
- ABRF 2004, 28. února - 2. března, Portland, Oregon; Integrace technologií v proteomice a genomice
- ABRF 2003, 10. – 13. Února, Denver, Colorado; Překlad biologie pomocí proteomiky a funkční genomiky
- ABRF 2002, 9. – 12. Března, Austin, Texas; Biomolekulární technologie: Nástroje pro objev v proteomice a genomice
- ABRF 2001, 24. – 27. Února, San Diego, CA; The New Biology: Technology for resolving makromolecular communications
- ABRF 2000, 19. – 22. Února, Bellevue, Washington; Od singulárních až po globální analýzy biologických systémů
- ABRF 1999, 19. – 22. Března, Durham, Severní Karolína; Bioinformatika a biomolekulární technologie: Spojování genů, proteinů a biochemie
- ABRF 1998, 21. – 24. Března, San Diego, Kalifornie; Od genů k funkci - technické výzvy postgenomové éry
- ABRF 1997, 9. – 12. Února, Baltimore, Maryland; Techniky v rozhraní genomu a proteomu
- ABRF 1996, 30. března - 2. dubna, San Francisco, Kalifornie; Biomolekulární techniky
Cena ABRF
Cena ABRF se uděluje na výročním zasedání ABRF za mimořádný přínos společnosti Biomolecular Technologies.[12]
- 2020 George Church za průkopnický výzkum genomového sekvenování a jeho vedoucí postavení v oblasti genové terapie a technologií syntetické biologie.
- 2019 Richard M. Caprioli za objev časového a prostorového zpracování v biologických systémech pomocí hmotnostní spektrometrie.
- 2018 Amos Bairoch pro rozvoj komunitních zdrojů, jako je Znalostní databáze UniProtKB / Swiss-Prot, STRÁNKA, ENZYME a neXtProt.
- 2017 Sir Shankar Balasubramanian a David Klenerman pro vynález způsobu sekvenování DNA nové generace, který je dnes běžně známý jako „sekvenování syntézou“.
- 2016 Emmanuelle Charpentier a Jennifer Doudna pro vývoj technologií pro editaci genomu CRISPR / Cas9.
- 2015 John G. White a William Bradshaw Amos pro vývoj konfokálního mikroskopu s laserovým skenováním s vysokým rozlišením
- 2014 Patrick H. O'Farrell, pro vývoj 2-dimenzionální gelové elektroforézy.
- 2013 Leonard Herzenberg a Leonore Herzenberg pro vývoj Flow Activated Cell Sorting (FACS).
- 2012 Alan G. Marshall pro vývoj hmotnostní spektrometrie s iontovou cyklotronovou rezonancí (FT-ICR) s Fourierovou transformací.
- 2011 Sir Alec John Jeffreys: Vyvinuté techniky pro DNA otisky prstů a DNA profilování
- 2010 Pat Brown: Průkopnická práce ve vývoji microarrays a rozmanité aplikace této technologie v genetickém výzkumu.
- 2009 Mathias Uhlén
- 2008 Ruedi Aebersold
- 2007 Donald F. Hunt
- 2006 Roger Tsien
- 2005 Stephen Fodor
- 2004 Edwin Southern
- 2003 Franz Hillenkamp a Michael Karas
- 2002 John Fenn
- 2001 Csaba Horvath
- 2000 Leroy Hood
- 1999 Marvin H. Caruthers za průkopnické příspěvky k chemické syntéze DNA a RNA
- 1998 Bruce Merrifield
- 1997 Lloyd M. Smith
- 1996 David Lipman
- 1995 Klaus Biemann
- 1994 Frederick Sanger
Journal of Biomolecular Techniques
ABRF je vydavatelem časopisu Journal of Biomolecular Techniques. Deník je recenzováno a je vydáván čtvrtletně.[13] Hlavním zaměřením časopisu je publikování vědeckých recenzí a článků týkajících se zařízení na biomolekulární zdroje. Zveřejněné zprávy výzkumné skupiny zahrnují roční průzkumy. Zahrnuty jsou také novinky a události, stejně jako články o článku zaměřené na techniky používané v typických prostředích hlavních provozoven. Současným šéfredaktorem je Ron Orlando, University of Georgia.
Výkonná rada ABRF
- Richard Cole, prezident ABRF, School of Public Health, State University of New York
- Marie Adams, Van Andel Institute
- Sridar Chittur, SUNY Albany
- Andrew Chitty, Oregonská univerzita pro zdraví a vědu
- Kevin Knudtson, divize genomiky, University of Iowa
- Christian Lytle, pokladník, Dartmouth College
- Claudius Mundoma, Florida State University
- Magnus Palmblad, Leiden University Medical Center
- Ken Schoppmann, výkonný ředitel ABRF
Reference
- ^ „Prohlášení o poslání“. Asociace zařízení pro biomolekulární zdroje. Archivováno z původního dne 1. dubna 2019. Citováno 4. března 2020.
- ^ Crabb, JW: „ABRF; Stručná historie“ ABRF News, červen 1995
- ^ „Pokyny výzkumné skupiny“ (PDF). Asociace zařízení pro biomolekulární zdroje. Archivovány od originál (PDF) dne 31. ledna 2012. Citováno 15. dubna 2009.
- ^ Choi, Meena; Eren-Dogu, Zeynep F .; Colangelo, Christopher; Cottrell, John; Hoopmann, Michael R .; Kapp, Eugene A .; Kim, Sangtae; Lam, Henry; Neubert, Thomas A .; Palmblad, Magnus; Phinney, Brett S .; Weintraub, Susan T .; MacLean, Brendan; Vitek, Olga (2017). „Studie ABRF Proteome Informatics Research Group (iPRG) 2015: Detekce rozdílně hojných proteinů v kvantitativních experimentech LC – MS / MS bez štítků“. Journal of Proteome Research. 16 (2): 945–957. doi:10.1021 / acs.jproteome.6b00881. PMID 27990823.
- ^ Chalkley, Robert J .; Bandeira, Nuno; Chambers, Matthew C .; Clauser, Karl R .; Cottrell, John S .; Deutsch, Eric W .; Kapp, Eugene A .; Lam, Henry H. N .; McDonald, W. Hayes; Neubert, Thomas A .; Sun, Rui-Xiang (2014). „Výzkumná skupina Proteome informatics research (iPRG) _2012: studie detekce modifikovaných peptidů ve složité směsi“. Molekulární a buněčná proteomika. 13 (1): 360–371. doi:10,1074 / mcp.M113.032813. PMC 3879627. PMID 24187338. Citováno 5. listopadu 2018.
- ^ Bennett, Keiryn L .; Wang, Xia; Bystrom, Cory E .; Chambers, Matthew C .; Andacht, Tracy M .; Dangott, Larry J .; Elortza, Félix; Leszyk, John; Molina, Henrik; Moritz, Robert L .; Phinney, Brett S .; Thompson, J. Will; Bunger, Maureen K .; Tabb, David L. (2015). „Studie skupiny ABRF Proteomic Research Group 2012/2013: Hodnocení longitudinální intralaboratorní variability v analýzách rutinní peptidové kapalinové chromatografie a tandemové hmotnostní spektrometrie“. Molekulární a buněčná proteomika. 14 (12): 3299–3309. doi:10,1074 / mcp.O115,051888. PMC 4762617. PMID 26435129. Citováno 5. listopadu 2018.
- ^ Nguyen, Trung Hai; Rustenburg, Ariën S .; Krimmer, Stefan G .; Zhang, Hexi; Clark, John D .; Novick, Paul A .; Branson, Kim; Pande, Vijay S .; Chodera, John D .; Minh, David D. L. (2018). „Bayesova analýza izotermické titrační kalorimetrie pro termodynamiku vazby“. PLOS One. 13 (9): e0203224. doi:10.1371 / journal.pone.0203224. PMC 6136728. PMID 30212471.
- ^ The, Matthew; Edfors, Fredrik; Perez-Riverol, Yasset; Payne, Samuel H .; Hoopmann, Michael R .; Palmblad, Magnus; Forsström, Björn; Käll, Lukas (2018). „Proteinový standard, který emuluje homologii pro charakterizaci algoritmů odvozujících proteiny“. Journal of Proteome Research. 17 (5): 1879–1886. doi:10.1021 / acs.jproteome.7b00899. PMC 6474350. PMID 29631402.
- ^ Wu, Guanying; Wan, Xiang; Xu, Baohua (2018). „Nový odhad míry falešných objevů na úrovni proteinů“. BMC Genomics. 19 (Suppl 6): 567. doi:10.1186 / s12864-018-4923-3. PMC 6101079. PMID 30367581.
- ^ „Universal Proteomics Standards - Validating the Future of Proteomics“. Citováno 22. srpna 2016.
- ^ „Proteomické standardy UPS1 a UP2“. Citováno 22. srpna 2016.
- ^ „Cena ABRF“. Asociace zařízení pro biomolekulární zdroje. Archivovány od originál dne 30. ledna 2012. Citováno 22. srpna 2016.
- ^ „JBT: Journal of Biomolecular Techniques“. Asociace zařízení pro biomolekulární zdroje. Archivováno z původního dne 3. srpna 2019. Citováno 4. března 2020.