Chris Sander (vědec) - Chris Sander (scientist)

Chris Sander
Chris Sander na ISMB 2010 (4819025776) .jpg
Chris Sander hovoří v ISMB v roce 2010
narozený
Německo
Alma materUniverzita v Berlíně
University of California, Berkeley[1]
Známý jakoBioinformatika
Výpočetní biologie
Genomika rakoviny[2]
Ocenění
Vědecká kariéra
InstituceDana Farber Cancer Institute[4]
Memorial Sloan – Kettering Cancer Center
Rockefellerova univerzita
Cornell University
Weizmann Institute of Science[5]
TezeAnalytické vlastnosti vlnových funkcí vázaného stavu  (1975)
Doktorandi
webová stránkawww.sanderlab.org#/lidé/ chrissander

Christian Sander je výpočetní biolog se sídlem v Dana-Farber Cancer Center. Dříve působil jako předseda programu výpočetní biologie na VŠE Memorial Sloan – Kettering Cancer Center v New York City.[7][8][9][10][11][12][13] Nedávno přesunul svoji laboratoř do Dana – Farber Cancer Institute[14] a oddělení buněčné biologie v Harvardská lékařská škola.[15]

Vzdělání

Sander původně trénoval jako fyzik, který získal bakalářský titul z Univerzita v Berlíně v roce 1967.[4] Po období studia na University of California, Berkeley a Institut Nielse Bohra v Kodani,[4][16] získal své PhD stupeň teoretické fyziky z Státní univerzita v New Yorku v roce 1975. Jeho práce měla název Analytické vlastnosti vlnových funkcí vázaného stavu.[17]

Výzkum

Sander připisuje svůj přechod od teoretické fyziky k výpočetní biologii k Fred Sanger Orientační papír z roku 1977 ve formátu Příroda,[18] ve kterém je nukleotidová sekvence z bakteriofág φX174 byl publikován.[4] Sander učinil mnoho příspěvků na poli strukturální bioinformatika včetně vývoje nástrojů, jako je Rodiny strukturně podobných proteinů (FSSP) databáze[19] a DSSP algoritmus pro přiřazení sekundární struktura do aminokyseliny vzhledem k souřadnicím atomového rozlišení tohoto proteinu.[20]

Sander také pracoval v Evropský bioinformatický institut, působil jako hlavní informační pracovník pro biofarmaceutickou společnost Millennium Pharmaceuticals a byl poradcem IBM iniciativa Deep Computing, která vytvořila Tmavě modrá šachový počítač.[21]

Ocenění a vyznamenání

Sander je bývalý výkonný redaktor časopisu Bioinformatika. V roce 2014 byl jmenován jedním z prvních čestných redaktorů Bioinformatika.[22]

Sander byl oceněn ISCB Achillment by Senior Scientist Award v roce 2010.[16] Byl oceněn v roce 2018 Cena DeLano za výpočetní biologii.[23]

Osobní život

Sander je bratr německého herce Otto Sander.[24]

Reference

  1. ^ „V práci: Předseda programu výpočetní biologie Chris Sander | Centrum rakoviny Memorial Sloan-Kettering“. Archivovány od originál dne 20. 8. 2013.
  2. ^ Holm, L .; Sander, C. (1993). "Porovnání struktury proteinů podle zarovnání distančních matic". Journal of Molecular Biology. 233 (1): 123–138. doi:10.1006 / jmbi.1993.1489. PMID  8377180. S2CID  9040631.
  3. ^ McKay, B. M .; Sansom, C. (2010). „Cena ISCB Overton za rok 2010 byla udělena Stevenovi E. Brennerovi“. PLOS výpočetní biologie. 6 (6): e1000831. Bibcode:2010PLSCB ... 6E0831M. doi:10.1371 / journal.pcbi.1000831. PMC  2891695. PMID  20585610.
  4. ^ A b C d "Sander Lab".
  5. ^ Lifson, Shneior; Sander, Christian (1979). „Antiparalelní a paralelní β-řetězce se liší v preferencích aminokyselinových zbytků“. Příroda. 282 (5734): 109–111. Bibcode:1979 Natur.282..109L. doi:10.1038 / 282109a0. PMID  503185.
  6. ^ Ouzounis, Christos (1993). Role zachování sekvence v predikci struktury proteinu (Disertační práce). University of York. OCLC  53486615. EThOS  uk.bl.ethos.387193.
  7. ^ Chris Sander v DBLP Bibliografický server Upravte to na Wikidata
  8. ^ Chris Sander publikace indexované podle Google Scholar Upravte to na Wikidata
  9. ^ Seznam publikací z Microsoft Academic
  10. ^ Sander, publikace Chrisa A. indexováno podle Scopus bibliografická databáze. (vyžadováno předplatné)
  11. ^ John, B .; Enright, A. J .; Aravin, A .; Tuschl, T .; Sander, C .; Marks, D. S. (2004). „Lidské cíle MicroRNA“. PLOS Biology. 2 (11): e363. doi:10.1371 / journal.pbio.0020363. PMC  521178. PMID  15502875.
  12. ^ Rost, B .; Sander, C. (1993). "Predikce sekundární struktury proteinů na přesnost vyšší než 70%". Journal of Molecular Biology. 232 (2): 584–599. CiteSeerX  10.1.1.17.1418. doi:10.1006 / jmbi.1993.1413. PMID  8345525.
  13. ^ Sander, C.; Schulz, G. E. (1979). "Degenerace informací obsažených v aminokyselinových sekvencích: Důkazy z překrytých genů". Journal of Molecular Evolution. 13 (3): 245–252. Bibcode:1979JMolE..13..245S. doi:10.1007 / BF01739483. PMID  228047.
  14. ^ „Chris Sander, PhD - DF / HCC“. www.dfhcc.harvard.edu. Citováno 2019-01-01.
  15. ^ "Chris Sander | Oddělení buněčné biologie". cellbio.med.harvard.edu. Citováno 2019-01-01.
  16. ^ A b „Ocenění Senior Scientist Award 2010 - Chris Sander“.
  17. ^ „Hledání sbírky INIS - jediný výsledek“. Citováno 13. srpna 2015.
  18. ^ Sanger, F .; Air, G. M .; Barrell, B. G .; Brown, N.L .; Coulson, A. R .; Fiddes, J. C .; Hutchison, C. A .; Slocombe, P. M .; Smith, M. (24. února 1977). "Nukleotidová sekvence DNA bakteriofága φX174". Příroda. 265 (5596): 687–695. Bibcode:1977 Natur.265..687S. doi:10.1038 / 265687a0. PMID  870828.
  19. ^ Holm L, Ouzounis C, Sander C, Tuparev G, Vriend G (1992). „Databáze rodin proteinových struktur se společnými skládacími motivy“. Věda o bílkovinách. 1 (12): 1691–1698. doi:10.1002 / pro.5560011217. PMC  2142138. PMID  1304898.
  20. ^ Kabsch, W .; Sander, C. (1983). "Slovník sekundární struktury bílkovin: Rozpoznávání vzorů vodíkových vazeb a geometrických znaků". Biopolymery. 22 (12): 2577–2637. doi:10,1002 / bip.360221211. PMID  6667333.
  21. ^ „Bio-IT World: Horizons - Chris Sander“. Citováno 13. srpna 2015.
  22. ^ „15 let“ bioinformatiky"". Bioinformatika. 30 (6): 747. 2014. doi:10.1093 / bioinformatika / btu076. PMID  24642573.
  23. ^ „Cena DeLano za výpočetní biologii“. www.asbmb.org. Citováno 15. září 2017.
  24. ^ Životopis pro Otto Sander na IMDb