Christos Ouzounis - Christos Ouzounis

Christos Ouzounis
narozený
Christos A. Ouzounis

1965 (věk 54–55)
Řecko
Alma materAristotelova univerzita v Soluni (BSc)
University of York (MSc, PhD)
Vědecká kariéra
PoleVýpočetní biologie
Systémy biomedicíny
Bioinformatika
Vývoj[1]
InstituceEvropská laboratoř molekulární biologie
SRI International
Evropský bioinformatický institut[2]
King's College London
Centrum pro výzkum a technologie Hellas[3]
TezeRole zachování sekvence v predikci struktury proteinu.  (1993)
Doktorský poradceChris Sander
webová stránkabcplab. wordpress.com/SZO/ředitel

Christos A. Ouzounis je výpočetní biolog a ředitel výzkumu na CERTH v Soluň.[4][5][1][6]

Vzdělání

Ouzounis získal vysokoškolské vzdělání (B.Sc.) v oboru biologických věd od Aristotelova univerzita v Soluni v roce 1987.[4] Poté získal titul M.Sc. v biologických výpočtech z University of York v roce 1988[4] a pokračoval s doktorskou prací Chris Sander na Evropská laboratoř molekulární biologie v Heidelberg, Německo přijímání jeho PhD z University of York v roce 1993.[4][7]

Kariéra a výzkum

Po jeho PhD byl Ouzounis a Vědecký program o lidských hranicích (HFSP) Postdoktorand ve společnosti SRI International, Menlo Park, Kalifornie. Ouzounis založil vlastní laboratoř, která zkoumala výpočetní genomiku, na Evropská laboratoř molekulární biologie, Evropský bioinformatický institut (EMBL-EBI) v roce 1996.

Ouzounis přesunul svou laboratoř v roce 2007 do King's College London (KCL), jako profesor, předseda a ředitel Centra pro bioinformatiku KCL. Po restrukturalizaci v King's v letech 2009/2010 se rozhodl vrátit do Řecko, připojující se k CPERI na CERTH v Soluň. Mezi jeho výzkumné zájmy patří struktura, funkce a evoluce genomu, evoluce proteinové funkce, evoluce systémů zpracování genetických informací, teorie a aplikace srovnání biologických sekvencí, reprezentace dat a znalostí pro genomiku, strojové učení bez dozoru ve velmi velkých souborech dat, biologicky inspirované hardwarové a softwarové inženýrství (nepublikovaná díla), syntetická biologie, exobiologie a vědecká komunikace.

Mezi jeho nejznámější příspěvky v oblasti výpočetní genomiky patří automatická sekvenční anotace,[8] objev genomových kontextových metod,[9][10][11] odvození metabolických drah ze sekvencí genomu,[12][13] vývoj metod pro velké shlukování sekvenčních podobností,[14][15] definice Poslední univerzální společný předek (LUCA ),[16][17] a kvantifikace horizontálních vzorů přenosu genů napříč „sítí života“.[18] Rovněž udržuje velký zájem o vývoj výpočetní biologie jako příkladného paradigmatu v historii současné vědy.[19]

Mezi jeho bývalé doktorandy patří David Kreil (2001),[Citace je zapotřebí ] Anton Enright (2002)[Citace je zapotřebí ] JM Peregrin-Alvarez (2003),[Citace je zapotřebí ] Victor Kunin (2004)[Citace je zapotřebí ] Nikos Darzentas (2005)[Citace je zapotřebí ] a Ignat Drozdov (2010).[Citace je zapotřebí ]

Ocenění a vyznamenání

Ouzounis je spolupracovníkem editora časopisu PLOS výpočetní biologie (od roku 2007). Je také spolupracovníkem redaktora časopisu BioSystems a čestný redaktor časopisu Bioinformatika. Je zakládajícím důstojníkem Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii (ISCB), iniciativa Mikrobiokosmos (Řecko), Řecká společnost pro výpočetní biologii a bioinformatiku a Řecká bioinformatika.[4] Ouzounis byl hostujícím profesorem na University of Toronto (2011-2014).

Reference

  1. ^ A b Christos Ouzounis publikace indexované podle Google Scholar Upravte to na Wikidata
  2. ^ „Od stromů života k sítím bez měřítka: nová vize bakteriální evoluce“. Evropská unie, CORDIS. CORDIS, Evropská unie.
  3. ^ "Christos A. Ouzounis Životopis".
  4. ^ A b C d E „Poradní výbor nadace záchranných člunů“.
  5. ^ „Bibliografie Christose Ouzounise“. Citováno 2019-10-05.
  6. ^ Christos Ouzounis publikace od Evropa PubMed Central
  7. ^ Ouzounis, Christos (1993). Role zachování sekvence v predikci struktury proteinu (Disertační práce). University of York. OCLC  53486615. EThOS  uk.bl.ethos.387193.
  8. ^ Casari, G .; Andrade, M. A .; Bork, P .; Boyle, J .; Daruvar, A .; Ouzounis, C .; Schneider, R .; Tamames, J .; Valencia, A .; Sander, C. (1995-08-24). „Výzva pro bioinformatiku“. Příroda. 376 (6542): 647–648. Bibcode:1995 Natur.376..647C. doi:10.1038 / 376647a0. hdl:10993/19513. ISSN  0028-0836. PMID  7651513.
  9. ^ Ouzounis, C .; Kyrpides, N. (1996). "Vznik hlavních buněčných procesů v evoluci". FEBS Dopisy. 390 (2): 119–123. doi:10.1016 / 0014-5793 (96) 00631-x. ISSN  0014-5793. PMID  8706840.
  10. ^ Tamames, J .; Casari, G .; Ouzounis, C .; Valencia, A. (1997). "Zachovalé shluky funkčně příbuzných genů ve dvou bakteriálních genomech". Journal of Molecular Evolution. 44 (1): 66–73. Bibcode:1997JMolE..44 ... 66T. doi:10.1007 / pl00006122. ISSN  0022-2844. PMID  9010137.
  11. ^ Enright, A. J .; Iliopoulos, I .; Kyrpides, N. C .; Ouzounis, C. A. (1999). "Mapy interakce proteinů pro úplné genomy založené na událostech genové fúze". Příroda. 402 (11): 87–90. Bibcode:1999 Natur.402 ... 86E. doi:10.1038/47056. PMID  10573422.
  12. ^ Karp, P. D .; Ouzounis, C .; Paley, S. (1996). „HinCyc: znalostní báze o úplném genomu a metabolických cestách H. influenzae“. Řízení. Mezinárodní konference o inteligentních systémech pro molekulární biologii. 4: 116–124. ISSN  1553-0833. PMID  8877511.
  13. ^ Karp, Peter D .; Ouzounis, Christos A .; Moore-Kochlacs, Caroline; Goldovsky, Leon; Kaipa, Pallavi; Ahrén, Dag; Tsoka, Sophia; Darzentas, Nikos; Kunin, Victor; López-Bigas, Núria (2005). „Rozšíření sbírky BioCyc databází drah / genomů na 160 genomů“. Výzkum nukleových kyselin. 33 (19): 6083–6089. doi:10.1093 / nar / gki892. ISSN  1362-4962. PMC  1266070. PMID  16246909.
  14. ^ Enright, A. J .; van Dongen, S .; Ouzounis, C. A. (2002). „Efektivní algoritmus pro rozsáhlou detekci proteinových rodin“. Výzkum nukleových kyselin. 30 (7): 1575–1584. doi:10.1093 / nar / 30.7.1575. PMC  101833. PMID  11917018.
  15. ^ Kunin, Victor; Ahren, Dag; Goldovsky, Leon; Janssen, Paul; Ouzounis, Christos A. (2005). „Měření ochrany genomu napříč taxony: rozdělené kmeny a Velká Británie“. Výzkum nukleových kyselin. 33 (2): 616–621. doi:10.1093 / nar / gki181. ISSN  1362-4962. PMC  548337. PMID  15681613.
  16. ^ Kyrpides, N .; Overbeek, R .; Ouzounis, C. (1999). "Univerzální rodiny proteinů a funkční obsah posledního univerzálního společného předka". Journal of Molecular Evolution. 49 (4): 413–423. Bibcode:1999JMolE..49..413K. doi:10.1007 / pl00006564. ISSN  0022-2844. PMID  10485999.
  17. ^ Ouzounis, Christos A .; Kunin, Victor; Darzentas, Nikos; Goldovsky, Leon (2006). "Minimální odhad obsahu genů posledního univerzálního společného předka - exobiologie z pozemské perspektivy". Výzkum v mikrobiologii. 157 (1): 57–68. doi:10.1016 / j.resmic.2005.06.015. ISSN  0923-2508. PMID  16431085.
  18. ^ Kunin, Victor; Goldovsky, Leon; Darzentas, Nikos; Ouzounis, Christos A. (2005). „Síť života: rekonstrukce mikrobiální fylogenetické sítě“. Výzkum genomu. 15 (7): 954–959. doi:10,1101 / gr. 36666505. ISSN  1088-9051. PMC  1172039. PMID  15965028.
  19. ^ Ouzounis, Christos A. (2012). „Vzestup a zánik bioinformatiky? Slib a pokrok“. PLoS výpočetní biologie. 8 (4): e1002487. Bibcode:2012PLSCB ... 8E2487O. doi:10.1371 / journal.pcbi.1002487. ISSN  1553-7358. PMC  3343106. PMID  22570600.