Terri Attwood - Terri Attwood

Terri Attwood
AttwoodTerri.jpeg
Portrét Terri Attwoodové Linda Bussey
narozený
Teresa K. Attwood

(1959-11-20) 20. listopadu 1959 (věk 61)[1]
Alma materUniversity of Leeds
Známý jako
OceněníRoyal Society University Research Fellowship 1993–2002[2]
Vědecká kariéra
PoleBioinformatika
Otisky prstů bílkovin
Instituce
TezeChromonické mezofáze  (1984)
Doktorský poradceJohn E. Lydon[3]
Doktorandi
webová stránka

Teresa K. Attwood je profesorem Bioinformatika v Ústav výpočetní techniky a Škola biologických věd na University of Manchester a návštěva chlapík na Evropský bioinformatický institut (EMBL-EBI).[5] Držela a Royal Society University Research Fellowship na University College London (UCL) v letech 1993 až 1999 a na univerzitě v Manchesteru v letech 1999 až 2002.[2]

Vzdělávání

Attwood ji získal Bakalář věd v Biofyzika z University of Leeds v roce 1982.[6] Získala a PhD, také v biofyzice, o dva roky později, v roce 1984[3] pod dohledem Johna E. Lydona[7] studium chromonické mezofáze.

Výzkum a kariéra

Attwood se zavázal postdoktorský výzkum v Leedsu do roku 1993, kdy se přestěhovala do University College v Londýně[8] po dobu pěti let, než se přestěhoval do University of Manchester v roce 1999. Její výzkum[9][10] týká se bílkovin zarovnání sekvence a analýza bílkovin.

Inspirováno vytvořením STRÁNKA Attwood vyvinul metodu proteinové otisky prstů a použil to k založení TISKY[11][12][13] databáze. S Amos Bairoch snažila se sjednotit práci rodina bílkovin klasifikace a anotace, případně společné zajištění a Evropská unie udělit s Rolf Apweiler založit InterPro,[14][15] s Pfam, ProDom a Swiss-Prot / TrEMBL jako partneři konsorcia v roce 1997.[16]

Attwood vedl velké projekty včetně BioMinT FP5[17] konsorcium pro těžbu textů, EMBER[18] konsorcium pro vzdělávání v bioinformatice (včetně EBI a Švýcarský institut pro bioinformatiku jako partneři) a EPSRC Platforma PARADIGM.[19] Je to Manchester vrchní vyšetřovatel na projektech SeqAhead (Sekvenování nové generace síť pro analýzu dat)[20] a AllBio (bioinformatická infrastruktura pro jednobuněčné, živočišné a rostlinné vědy),[21] a byl také Manchester PI na EMBRACE[22] a EuroKUP (proteomika ledvin a moči).[23] Attwood byl členem výboru pro strategii vzdělávání v bioinformatice ELIXIR (pracovní balíček 11)[24] během přípravné fáze ELIXIR. V současné době je předsedkyní EMBnet Globální síť pro bioinformatiku byla členkou výkonných výborů International Society for Biocuration a Bioinformatics Training Network a byl nedávno zvolen do představenstva Mezinárodní společnosti pro výpočetní biologii. V roce 2012 stála v čele založení GOBLET (Globální organizace pro výuku, vzdělávání a školení v oblasti bioinformatiky), jejíž partnery jsou hlavní společnosti, sítě a organizace zabývající se bioinformatikou, výpočetní biologií a biokurzí. Od roku 2016Attwood je předsedou POHÁR Představenstvo.[25][26]

Stejně jako být biokurátor[16][27] společně vyvinula nástroje pro sladění a vizualizaci proteinových sekvencí a struktur, včetně Ambrosia a CINEMA.[28][29] Tato skupina staví opakovaně použitelné softwarové komponenty a vytváří tak užitečné bioinformatické aplikace UTOPIA (nástroje bioinformatiky),[30][31] a vyvíjejí nové přístupy k automatické anotaci a dolování textu, jako PRECIS,[32] METIS,[33] BioIE,[34] a sémantické přístupy k integraci dat,[35] jako je sémantický Biochemical Journal[36] publikováno Portland Press. The Nástroje UTOPIA podpořit oba sémantické Biochemical Journal a projekt spolupráce s Pfizer a AstraZeneca vyvinout rozhraní 21. století k biomedicínské literatuře a správě dat.

Attwoodův výzkum získal financování od Rada pro výzkum ve strojírenství a fyzikálních vědách,[37] the Rada pro výzkum v oblasti biotechnologií a biologických věd, Wellcome Trust, královská společnost, Evropská unie a průmysl.[6]

Výuka

Attwood učí dál vysokoškolák a postgraduální kurzy a byl doktorský poradce nebo spoluautorem několika doktorandů (např. Manuel Corpas ). Attwood je spoluautorem několika kapitol knih a tří populárních učebnic bioinformatiky: Úvod do bioinformatiky[38] a Bioinformatika a molekulární evoluce.[39] Attwood je spoluautorem knihy bioinformatika učebnice Výzvy bioinformatiky na rozhraní biologie a informatiky: Mind the Gap[40] s Steve Pettifer a Dave Thorne.

Akademická služba

Attwood slouží na redakční rada z Biochemical Journal,[41] Database: The Journal of Biological Databases and Curation,[42] Molekulární a buněčná proteomika,[Citace je zapotřebí ] the Journal of Molecular Graphics and Modeling a EMBnet.journal.[Citace je zapotřebí ]

Ocenění a vyznamenání

Attwood držel Royal Society University Research Fellowship (URF) od roku 1993 do roku 2002.[2]

Reference

  1. ^ Teresa Attwood na Knihovna Kongresu Úřady
  2. ^ A b C Anon (2016). „Teresa Attwood profesorka bioinformatiky“. manchester.ac.uk. Manchester. Archivovány od originál dne 24. prosince 2016.
  3. ^ A b Attwood, Teresa K. (1984). Chromonické mezofáze (Disertační práce). University of Leeds. OCLC  59334329.
  4. ^ Corpas, Manuel (2007). Skládací vzory v proteinových sekvencích (Disertační práce). University of Manchester. doi:10,6084 / m9.figshare.964811.v1.
  5. ^ 57193816586 Attwood, publikace Teresy indexováno podle Scopus bibliografická databáze. (vyžadováno předplatné)
  6. ^ A b Terri Attwood ORCID  0000-0003-2409-4235
  7. ^ Attwood, T. K.; Lydon, J. E. (1984). "Tvorba lyotropní mezofázy antiastmatickými léky". Molekulární krystaly a kapalné krystaly. 108 (3–4): 349. doi:10.1080/00268948408078686.
  8. ^ „Teresa K Attwood“. biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser.
  9. ^ Terri K. Attwood na DBLP Bibliografický server Upravte to na Wikidata
  10. ^ Terri Attwood publikace indexované podle Google Scholar Upravte to na Wikidata
  11. ^ Attwood, T. K.; Coletta, A .; Muirhead, G .; Pavlopoulou, A .; Philippou, P. B .; Popov, I .; Romá-Mateo, C .; Theodosiou, A .; Mitchell, A. L. (2012). „Databáze PRINTS: Zdroj pro anotaci a analýzu jemně zrnitých proteinových sekvencí - jeho stav v roce 2012“. Databáze. 2012: bas019. doi:10.1093 / databáze / bas019. PMC  3326521. PMID  22508994.
  12. ^ Attwood, T. K.; Croning, M. D .; Flower, D. R .; Lewis, A. P .; Mabey, J. E.; Scordis, P .; Selley, J. N .; Wright, W. (2000). „PRINTS-S: Databáze dříve známá jako PRINTS“. Výzkum nukleových kyselin. 28 (1): 225–227. doi:10.1093 / nar / 28.1.225. PMC  102408. PMID  10592232.
  13. ^ Attwood, T. K.; Bradley, P .; Flower, D. R .; Gaulton, A .; Maudling, N .; Mitchell, A. L .; Moulton, G .; Nordle, A .; Paine, K .; Taylor, P .; Uddin, A .; Zygouri, C. (2003). „TISKY a jeho automatický doplněk, předtisky“. Výzkum nukleových kyselin. 31 (1): 400–402. doi:10.1093 / nar / gkg030. PMC  165477. PMID  12520033.
  14. ^ Apweiler, R.; Attwood, T. K.; Bairoch, A.; Bateman, A.; Birney, E.; Biswas, M .; Bucher, P .; Cerutti, L .; Corpet, F .; Croning, M. D .; Durbin, R.; Falquet, L .; Fleischmann, W .; Gouzy, J .; Hermjakob, H .; Hulo, N .; Jonassen, I .; Kahn, D .; Kanapin, A .; Karavidopoulou, Y .; Lopez, R .; Marx, B .; Mulder, N.J .; Oinn, T. M .; Pagni, M .; Sluha, F .; Sigrist, C. J .; Zdobnov, E. M. (2001). „Databáze InterPro, integrovaný dokumentační zdroj pro rodiny proteinů, domény a funkční weby“. Výzkum nukleových kyselin. 29 (1): 37–40. doi:10.1093 / nar / 29.1.37. PMC  29841. PMID  11125043.
  15. ^ Apweiler, R.; Attwood, T. K.; Bairoch, A.; Bateman, A.; Birney, E.; Biswas, M .; Bucher, P .; Cerutti, L .; Corpet, F .; Croning, M. D. R .; Durbin, R.; Falquet, L .; Fleischmann, W .; Gouzy, J .; Hermjakob, H .; Hulo, N .; Jonassen, I .; Kahn, D .; Kanapin, A .; Karavidopoulou, Y .; Lopez, R .; Marx, B .; Mulder, N.J .; Oinn, T. M .; Pagni, M .; Sluha, F .; Sigrist, C. J. A .; Zdobnov, E. M .; Interpro, C. (2000). "InterPro - zdroj integrované dokumentace pro rodiny proteinů, domény a funkční weby". Bioinformatika. 16 (12): 1145–1150. doi:10.1093 / bioinformatika / 16.12.1145. PMID  11159333.
  16. ^ A b http://www.biocurator.org/elec/candidates2011/Attwood.pdf Attwood biografie z biocurator.org
  17. ^ „BioMinT: Projekt biologické těžby textu EU FP5 Quality of Life Project“. Archivovány od originál dne 25. července 2012.
  18. ^ „EMBER - Evropský multimediální bioinformatický vzdělávací zdroj“. www.bioinf.man.ac.uk.
  19. ^ „Grant na platformu: PARADIGM - Platforma pro anotace, robustní analýzu, integraci dat a správu genomu“. Citováno 25. července 2012.
  20. ^ „COST Action: NGS-Data Analysis Network“. Citováno 25. července 2012.
  21. ^ „start - AllBio“. Archivovány od originál dne 25. července 2012.
  22. ^ Pettifer, S .; Ison, J .; Kalas, M .; Thorne, D .; McDermott, P .; Jonassen, I .; Liaquat, A .; Fernández, J. M .; Rodriguez, J. M .; Partners, I. -; Pisano, D. G .; Blanchet, C .; Uludag, M .; Rice, P .; Bartaseviciute, E .; Rapacki, K .; Hekkelman, M .; Sand, O .; Stockinger, H .; Clegg, A. B .; Bongcam-Rudloff, E .; Salzemann, J .; Breton, V .; Attwood, T. K.; Cameron, G .; Vriend, G. (2010). „Sbírka webových služeb EMBRACE“. Výzkum nukleových kyselin. 38 (Problém s webovým serverem): W683 – W688. doi:10.1093 / nar / gkq297. PMC  2896104. PMID  20462862.
  23. ^ „Evropská proteomika ledvin a moči | Eurokup“. Citováno 25. července 2012.
  24. ^ „Vítejte v ELIXIRU“. Citováno 26. července 2012.
  25. ^ „Výbory | GOBLET“. www.mygoblet.org. Citováno 24. srpna 2016.
  26. ^ Corpas, M.; Jimenez, R. C .; Bongcam-Rudloff, E.; Budd, A .; Brazas, M. D .; Fernandes, P.L .; van Gelder, C .; Korpelainen, E .; Lewitter, F .; McGrath, A .; MacLean, D .; Palagi, P .; Rother, K .; Taylor, J .; Via, A .; Watson, M .; Schneider, M. V .; Attwood, T. K. (2015). „Školicí portál GOBLET: globální úložiště školicích materiálů, kurzů a školitelů pro bioinformatiku“. Bioinformatika. 31 (1): 140–142. doi:10.1093 / bioinformatika / btu601. PMC  4271145. PMID  25189782.
  27. ^ Burge, S .; Attwood, T. K.; Bateman, A.; Berardini, T. Z .; Cherry, M .; O'Donovan, C .; Xenarios, L .; Gaudet, P. (2012). „Biokurátory a biokurace: Průzkum výzev 21. století“. Databáze. 2012: bar059. doi:10.1093 / databáze / bar059. PMC  3308150. PMID  22434828.
  28. ^ Lord, P. W .; Selley, J. N .; Attwood, T. K. (2002). "CINEMA-MX: Modulární vícenásobný editor úprav". Bioinformatika. 18 (10): 1402–1403. doi:10.1093 / bioinformatika / 18.10.1402. PMID  12376388.
  29. ^ Parry-Smith, D. J .; Payne, A. W. R .; Michie, A. D .; Attwood, T. K. (1998). „KINO - nový barevný interaktivní editor pro vícenásobné zarovnání“. Gen. 221 (1): GC57 – GC63. doi:10.1016 / S0378-1119 (97) 00650-1. PMID  9852962.
  30. ^ Attwood, T. K.; Kell, D. B.; McDermott, P .; Marsh, J .; Pettifer, S. R.; Thorne, D. (2010). „Dokumenty utopie: Propojení odborné literatury s výzkumnými daty“. Bioinformatika. 26 (18): i568 – i574. doi:10.1093 / bioinformatika / btq383. PMC  2935404. PMID  20823323.
  31. ^ Pettifer, S. R.; Sinnott, J. R .; Attwood, T. K. (2004). „UTOPIA - uživatelsky přívětivé nástroje pro provoz aplikací informatiky“. Srovnávací a funkční genomika. 5 (1): 56–60. doi:10,1002 / srov. 359. PMC  2447318. PMID  18629035.
  32. ^ Mitchell, A. L .; Reich, J. R .; Attwood, T. K. (2003). „PRECIS: Zprávy o bílkovinách vytvořené ze stručných informací v SWISS-PROT“. Bioinformatika. 19 (13): 1664–1671. doi:10.1093 / bioinformatika / btg204. PMID  12967963.
  33. ^ Mitchell, A. L .; Divoli, A .; Kim, J. -H .; Hilario, M .; Selimas, I .; Attwood, T. K. (2005). "METIS: Několik technik extrakce pro informativní věty". Bioinformatika. 21 (22): 4196–4197. doi:10.1093 / bioinformatika / bti675. PMID  16159915.
  34. ^ Divoli, A .; Attwood, T. K. (2005). „BioIE: Extrakce informativních vět z biomedicínské literatury“. Bioinformatika. 21 (9): 2138–2139. doi:10.1093 / bioinformatika / bti296. PMID  15691860.
  35. ^ Pettifer, S.; Thorne, D .; McDermott, P .; Marsh, J .; Villéger, A .; Kell, D. B.; Attwood, T. K. (2009). „Vizualizace biologických dat: sémantický přístup k integraci nástrojů a databází“. BMC bioinformatika. 10: S19. doi:10.1186 / 1471-2105-10-S6-S19. PMC  2697642. PMID  19534744.
  36. ^ Attwood, T. K.; Kell, D. B.; McDermott, P .; Marsh, J .; Pettifer, S. R.; Thorne, D. (2009). „Volání na mezinárodní záchranu: Ztráta znalostí v literatuře a sesuvu dat!“. Biochemical Journal. 424 (3): 317–333. doi:10.1042 / BJ20091474. PMC  2805925. PMID  19929850.
  37. ^ Anon. „Granty udělené Terri Attwoodové EPSRC“. epsrc.ac.uk. Swindon. Citováno 25. července 2012.
  38. ^ Parry-Smith, David J .; Attwood, Teresa K. (1999). Úvod do bioinformatiky. New York: Longman. ISBN  978-0-582-32788-7.
  39. ^ Attwood, Teresa K .; Higgs, Paul (2005). Bioinformatika a molekulární evoluce. Cambridge, Massachusetts: Blackwell Publishers. ISBN  978-1-4051-0683-2.
  40. ^ Attwood, Teresa K .; Pettifer, Stephen Robert; Thorne, David (2016). Výzvy bioinformatiky na rozhraní biologie a informatiky: Mind the Gap. Chichester, West Sussex; Hoboken, New Jersey: Wiley-Blackwell. str. 424. ISBN  9780470035481. OCLC  951190363.
  41. ^ „Redakční rada biochemického časopisu“. Archivovány od originál dne 20. února 1999. Citováno 25. července 2012.
  42. ^ "Oxfordské časopisy | Vědy o životě | Databáze | Redakční rada". Citováno 25. července 2012.