Jmol - Jmol
![]() | |
![]() Vykreslování trojrozměrné struktury Jmol streptavidin | |
Vývojáři | Jmol vývojový tým |
---|---|
První vydání | 2001 |
Stabilní uvolnění | 14.6.4 (15. října 2016[±] | )
Náhled verze | 14.5.0 (7. listopadu 2015[±] | )
Úložiště | sourceforge |
Napsáno | Jáva |
Operační systém | Cross-platform |
Plošina | Systémy s Jáva a internetové prohlížeče bez Javy |
K dispozici v | 16 jazyků |
Seznam jazyků Katalánština, čínština, čeština, dánština, holandština, angličtina, francouzština, němčina, maďarština, indonéština, italština, korejština, portugalština, španělština, turečtina, ukrajinština[1] | |
Typ | Molekulární modelování |
Licence | LGPL 2.0 |
webová stránka | www |
Jmol je počítač software pro molekulární modelování chemické struktury v 3-rozměry.[2] Jmol vrací 3D reprezentaci a molekula které lze použít jako učební pomůcku,[3] nebo pro výzkum např. v chemie a biochemie Je napsán v programovacím jazyce Jáva, takže může běžet na operačních systémech Okna, Operační Systém Mac, Linux, a Unix, pokud je nainstalována Java. to je bezplatný open source software propuštěn pod a GNU Lesser General Public License (LGPL) verze 2.0. Samostatná aplikace a sada pro vývoj softwaru (SDK) existují, které lze integrovat do jiných aplikací Java, například Bioclipse a Taverna.
Populární funkcí je applet, který lze integrovat do webových stránek a zobrazit molekuly různými způsoby. Například molekuly lze zobrazit jako modely s kuličkami a tyčemi, modely vyplňující prostor, stuhové diagramy, atd.[4]Jmol podporuje širokou škálu formáty chemických souborů, počítaje v to Proteinová datová banka (pdb), Krystalografický informační soubor (cif), MDL Molfile (mol) a Chemický značkovací jazyk (CML). Je tam také JavaScript -pouze (HTML5 ) verze, JSmol, které lze použít na počítačích bez Java.[5]
Applet Jmol nabízí kromě jiných schopností alternativu k Rozeznít zapojit,[3] který již není v aktivním vývoji. Zatímco Jmol má mnoho funkcí, které Chime postrádají, neprohlašuje se, že reprodukuje všechny funkce Chime, zejména Sochařství režimu. Zvonkohra vyžaduje zapojit instalace a internet Explorer 6,0 nebo Firefox 2.0 na Microsoft Windows nebo Netscape Communicator 4,8 zapnuto Mac OS 9. Jmol vyžaduje Jáva instalace a funguje na široké škále platforem. Například Jmol je plně funkční v Mozilla Firefox, internet Explorer, Opera, Google Chrome, a Safari.
Screenshoty
Krystalová struktura krabice H / ACA RNP z Pyrococcus furiosus.
Zvýraznění dvou solných můstků v hemoglobinovém tetrameru (hemo skupina jako tyčinky vpravo dole).
Fragment transkripčního faktoru TFIIIA tvořící tři po sobě jdoucí motivy zinkového prstu navázané na úsek DNA.
Eubakteriální ribosom 70S z Thermus thermophilus.
Viz také
- Sada pro vývoj chemie (CDK)
- Srovnání softwaru pro modelování molekulární mechaniky
- Seznam bezplatných a otevřených softwarových balíků
- Seznam systémů molekulární grafiky
- Molekulární grafika
- Editor molekul
- Proteopedia
- PyMOL
- SAMSON
- ÚSMĚVY
Reference
- ^ Jmol překlady
- ^ Chen, Jim X. (2008), Springer (ed.), Průvodce grafickými softwarovými nástroji, str. 471, ISBN 978-1-84800-900-4
- ^ A b Herráez, A (2006), "Biomolekuly v počítači: Jmol k záchraně", Výuka biochemie a molekulární biologie, 34 (4): 7, doi:10.1002 / bmb.2006.494034042644, PMID 21638687, S2CID 36319720
- ^ Herráez, A (2007), Lulu (ed.), Jak používat Jmol ke studiu a prezentaci molekulárních struktur, svazek 1, str. 21, ISBN 978-1-84799-259-8
- ^ „JSmol“. Archivovány od originál dne 01.01.2018. Citováno 2015-11-02.
externí odkazy
- Oficiální webové stránky
- Wiki s výpisy z webové stránky, wiki, a nálady
- Willighagen, Egon; Howard, Miguel (červen 2007). „Rychlá a skriptovatelná molekulární grafika ve webových prohlížečích bez Java3D“. Předchůdci přírody. doi:10.1038 / npre.2007.50.1.
- Rozšíření Jmol pro MediaWiki