Krystalografický informační soubor - Crystallographic Information File

Formát CIF
Přípona názvu souboru
.cif
Typ internetového média
chemická látka / x-cif
Typ formátuformát chemického souboru
Rozšířeno zSamoobslužný archiv a vyhledávání textu
Rozšířeno nammCIF
webová stránkahttp://www.iucr.org/resources/cif

Krystalografický informační soubor (CIF) je standardní formát textového souboru pro reprezentaci krystalografické informace vyhlášené Mezinárodní unie krystalografie (IUCr). CIF byl vyvinut pracovní skupinou IUCr pro krystalografické informace ve snaze sponzorované komisí IUCr pro krystalografická data a komisí IUCr pro časopisy. Formát souboru původně publikovali Hall, Allen a Brown[1] a od té doby byla revidována, naposledy verze 1.1.[2] Úplné specifikace formátu jsou k dispozici na webových stránkách IUCr. Mnoho počítačových programů pro molekulární prohlížení je s tímto formátem kompatibilní, včetně Jmol.

formát mmCIF
Přípona názvu souboru
.cif
Typ internetového média
chemická látka / x-mmcif
Typ formátuformát chemického souboru
Rozšířeno zKrystalografický informační soubor
webová stránkahttp://mmcif.wwpdb.org/pdbx-mmcif-home-page.html

Úzce souvisí je mmCIFmakromolekulární CIF,[3] který je zamýšlen jako alternativa k Formát Protein Data Bank (PDB). Nyní je to výchozí formát používaný souborem Proteinová datová banka.[4] Také úzce souvisí Krystalografický informační rámec, širší systém výměnných protokolů založený na datových slovnících a relačních pravidlech vyjádřitelných v různých strojově čitelných projevech, mimo jiné včetně krystalografického informačního souboru a XML.

Reference

  1. ^ Hall SR, Allen FH, Brown ID (1991). „Krystalografický informační soubor (CIF): nový standardní archivní soubor pro krystalografii“. Acta Crystallographica Sekce A Základy krystalografie. 47 (6): 655–685. doi:10.1107 / S010876739101067X.
  2. ^ Brown ID, McMahon B (2002). „CIF: počítačový jazyk krystalografie“. Acta Crystallographica, část B, strukturní věda. 58 (Pt 3 Pt 1): 317–24. doi:10,1107 / s0108768102003464. PMID  12037350.
  3. ^ Bourne, PE; Berman, HM; McMahon, B; Watenpaugh, KD; Westbrook, JD; Fitzgerald, PM (1997). Msgstr "Makromolekulární krystalografický informační soubor". Metody v enzymologii. 277: 571–90. doi:10.1016 / s0076-6879 (97) 77032-0. PMID  18488325.
  4. ^ Adams, PD; Afonin, PV; Baskaran, K; Berman, HM; Berrisford, J; Bricogne, G; Brown, DG; Burley, SK; Chen, M; Feng, Z; Flensburg, C; Gutmanas, A; Hoch, JC; Ikegawa, Y; Kengaku, Y; Krissinel, E; Kurisu, G; Liang, Y; Liebschner, D; Mak, L; Markley, JL; Moriarty, NW; Murshudov, GN; Noble, M; Peisach, E; Persikova, I; Poon, BK; Sobolev, OV; Ulrich, EL; Velankar, S; Vonrhein, C; Westbrook, J; Wojdyr, M; Yokochi, M; Young, JY (1. dubna 2019). „Oznamování povinného předávání souborů ve formátu PDBx / mmCIF pro krystalografické depozice do Protein Data Bank (PDB)“. Acta Crystallographica oddíl D. 75 (Pt 4): 451–454. doi:10.1107 / S2059798319004522. PMC  6465986. PMID  30988261.

externí odkazy