Chemický značkovací jazyk - Chemical Markup Language
Přípona názvu souboru | .cml |
---|---|
Typ formátu | formát chemického souboru |
Chemický značkovací jazyk (ChemML nebo CML) je přístup k řízení molekulární informace pomocí nástrojů, jako je XML a Jáva.[1] Jednalo se o první implementaci specifickou pro doménu založenou striktně na XML, nejprve na základě a DTD[2] a později na Schéma XML,[3] nejrobustnější a nejpoužívanější systém pro přesnou správu informací v mnoha oblastech. Byl vyvinut již více než deset let Murray-Rust, Rzepa a další a byl testován v mnoha oblastech a na různých strojích.
Chemické informace jsou tradičně ukládány do mnoha různých typů souborů, které zabraňují opětovnému použití dokumentů. CML využívá přenositelnost XML, aby pomohla vývojářům a chemikům CML navrhnout interoperabilní dokumenty. Existuje řada nástrojů, které mohou generovat, zpracovávat a prohlížet dokumenty CML. Vydavatelé mohou distribuovat chemii v dokumentech XML pomocí CML, např. v RSS dokumenty.[4]
CML je schopna podporovat širokou škálu chemických konceptů včetně:
Podrobnosti o CML a bodech, které jsou aktuálně projednávány, jsou nyní zveřejněny na blogu CML.
Správa verzí
Verze schématu jsou k dispozici na adrese Sourceforge. Od dubna 2012 je nejnovější zmrazené schéma CML v2.4. Některé konstrukce v CML v1 jsou nyní zastaralé.
Nástroje
Společnost JUMBO začala pracovat jako Java Universal Molecular Browser for Objects, ale nyní je knihovnou Java, která podporuje ověřování, čtení a zápis CML a také převod několika starších formátů do CML a například reakci v CML na animovanou reprezentaci SVG reakce.[7] Z JUMBO se vyvinula rozsáhlá knihovna Java, CMLDOM,[8] podpora všech prvků ve schématu.[9] Ačkoli JUMBO býval prohlížečem, upřednostňovaným přístupem je použití nástrojů Open Source Jmol a JChemPaint, z nichž některé používají alternativní knihovny CML.[10] Vidět Modrý obelisk.
Viz také
- Seznam značkovacích jazyků dokumentů
- Porovnání značkovacích jazyků dokumentů
- Software pro import a export platného formátu CML
- Smíšený výbor pro atomové a molekulární fyzikální údaje (další známý standard, zejména pro spektroskopická data)
- Modrý obelisk komunita pro chemický software Open Source
- MathML
Reference
- ^ Murray-Rust, Peter; Rzepa, Henry S (2011). „CML: Evolution and design“. Journal of Cheminformatics. 3 (1): 44. doi:10.1186/1758-2946-3-44. PMC 3205047. PMID 21999549.
- ^ Murray-Rust, P .; Rzepa, H. S. (1999), „Chemical Markup, XML, and the Worldwide Web. 1. Basic Principles“, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 39 (6): 928–942, CiteSeerX 10.1.1.40.8275, doi:10.1021 / ci990052b
- ^ Murray-Rust, P .; Rzepa, H. S. (2003), „Chemical Markup, XML and the World Wide Web. 4. CML Schema“, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 43 (3): 757–772, doi:10.1021 / ci0256541, PMID 12767134
- ^ Gkoutos, G. V .; Murray-Rust, P .; Rzepa, S .; Wright, M. (2001), „Chemical Markup, XML a celosvětová síť. 3. Směrem k podepsané sémantické chemické síti důvěry“, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 41 (5): 1124–1130, doi:10.1021 / ci000406v
- ^ Holliday, G. L .; Murray-Rust, P .; Rzepa, H. S. (2006), „Chemical Markup, XML and the World Wide Web. Část 6. CMLReact; XML Vocabulary for Chemical Reactions“, J. Chem. Inf. Modelka., 46 (1): 145–157, doi:10.1021 / ci0502698
- ^ Kuhn, S .; Helmus, T .; Lancashire, R. J .; Murray-Rust, P .; Rzepa, H. S .; Steinbeck, C .; Willighagen, E. L. (2007), „Chemical Markup, XML, and the World Wide Web. 7. CMLSpect, XML Vocabulary for Spectral Data“, J. Chem. Inf. Modelka., 47 (6): 2015–2034, doi:10.1021 / ci600531a, PMID 17887743
- ^ JUMBO
- ^ Murray-Rust, P .; Rzepa, H. S. (2001), „Chemical Markup, XML and the World-Wide Web. 2. Information Objects and the CMLDOM“, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 41 (5): 1113–1123, doi:10.1021 / ci000404a
- ^ CML domů na Sourceforge
- ^ Willighagen, E.L. (2001). "Zpracování konvencí CML v Javě". Internet Journal of Chemistry. 4.
Další čtení
- Rzepa, H. S .; Murray-Rust, P .; Whitaker, B. J. (1997), „Internet jako chemický informační nástroj“, Chem. Soc. Rev., 26 (1): 1–10, doi:10.1039 / CS9972600001
- Murray-Rust, P .; Rzepa, H. S .; Wright, M. (2001), „Vývoj chemického značkovacího jazyka (CML) jako systému pro zpracování komplexního chemického obsahu“, New J. Chem., 25 (4): 618–634, doi:10,1039 / b008780g
externí odkazy
- Chemický značkovací jazyk (CML) To zahrnuje schéma CML, odkazy na nástroje, dokumentaci a zdrojový kód
- Seznam diskusí
- Blog CML
- Původní (starý) web
- Web prohlížeče Jmol