Apache Taverna - Apache Taverna

Apache Taverna
Taverna-wheel-logo.png
Pracovní stůl Taverna
Pracovní stůl Taverna
VývojářiSoftwarová nadace Apache (myGrid pro 2.x)
Stabilní uvolnění
3.1 / 1. července 2016; Před 4 lety (2016-07-01)
Úložiště
Upravte to na Wikidata
NapsánoJáva
Operační systémLinux, Mac OS X, Microsoft Windows
TypVědecký systém pracovního toku
LicenceLicence Apache 2.0 (LGPL pro 2.x)
webová stránkataverna.inkubátor.apache.org

Apache Taverna je open source software nástroj pro navrhování a provádění pracovní toky, původně vytvořen myGrid pod názvem Pracovní stůl Taverna, nyní projekt pod Inkubátor Apache. Taverna umožňuje uživatelům integrovat mnoho různých softwarových komponent, včetně WSDL MÝDLO nebo REST webové služby, jako jsou ty, které poskytuje Národní centrum pro biotechnologické informace, Evropský bioinformatický institut, DNA Databanka of Japan (DDBJ), SoapLab, BioMOBY a VYTEPAT. Sada dostupných služeb není konečná a uživatelé mohou importovat nové popisy služeb do Taverna Workbench.[1][2][3][4][5][6][7][8]

Taverna Workbench poskytuje prostředí pro tvorbu desktopů a enactment engine pro vědecké pracovní toky. Stroj pracovního postupu Taverna je k dispozici také samostatně, jako Java API, nástroj příkazového řádku nebo jako server.

Taverna je používána uživateli v mnoha doménách, jako např bioinformatika,[9][10] cheminformatika,[11] lék, astronomie,[12] společenské vědy, hudba, a digitální uchování.[13]

Některé ze služeb pro použití v pracovních postupech Taverna lze zjistit prostřednictvím Biokatalog - veřejný, centralizovaný a spravovaný registr webových služeb Life Science Web. Pracovní postupy Taverna lze také sdílet s ostatními lidmi prostřednictvím internetu můj experiment sociální web místo pro vědce.[14] Biokatalog a můj experiment jsou další dva produkty z myGrid konsorcium.

Taverna se používá ve více než 350 organizacích po celém světě, akademických i komerčních. Od roku 2011 došlo k více než 80 000 stažení Taverny v různých verzích.

Schopnosti

Pracovní postupy Taverna mohou vyvolat obecné MÝDLO /WSDL nebo ZBYTEK webové služby a konkrétnější SADI, BioMart, BioMoby a SoapLab Webové služby. Může také vyvolat R statistické služby, místní kód Java, externí nástroje na lokálních a vzdálených počítačích (přes ssh ), dělat XPath a další manipulace s textem, importujte tabulku a zahrňte dílčí pracovní postupy.

Taverna Workbench zahrnuje schopnost monitorovat běh pracovního toku a zkoumat původ vyrobených dat a odhalil podrobnosti pracovního toku spuštěného jako a W3C PROV -Ó RDF graf provenience,[15] uvnitř strukturovaného Výzkumný objekt svazek[16] ZIP soubor, který obsahuje vstupy, výstupy, mezilehlé hodnoty a definici provedeného pracovního postupu; společně se tento formát nazývá TavernaProv.[17]

Taverna zahrnuje schopnost vyhledávat služby popsané v Biokatalog k vyvolání z pracovních postupů. Služby však nemusí být popsány v Biokatalogu, aby byly zahrnuty do pracovních toků, protože je lze přidat z WSDL Webová služba popis nebo zadán jako ZBYTEK URI vzor.

Taverna také zahrnuje schopnost vyhledávat pracovní postupy můj experiment. Taverna Workbench může stahovat, upravovat a spouštět pracovní toky objevené na myExperimentu a také nahrávat vytvořené pracovní toky za účelem jejich sdílení s ostatními pomocí sociálních aspektů myExperimentu.

Pracovní postupy Taverna nemusí být prováděny v rámci Taverna Workbench. Pracovní postupy lze spustit také:

  • A příkazový řádek prováděcí nástroj
  • vzdálený spouštěcí server, který umožňuje spouštět pracovní toky Taverna na jiných strojích, na výpočetních sítích, cloudech, z webových stránek a portálů
  • online návrhář pracovních postupů a enactor Online HPC

Taverna umožňuje pipeline a streamování dat.[18] To znamená, že služby po proudu v pracovním toku mohou začít hned po přijetí první datové položky, aniž by čekali na zpřístupnění celého seznamu dat ze služeb a iterací upstream. Služby Taverna se spouštějí, pokud je to možné, paralelně, protože pracovní postupy Taverna jsou primárně řízeny na základě dat, nikoli na základě řízení.[19]

Pracovní stůl Taverna 2.1 úvodní obrazovka

Open source komunita

Taverna je open-source projekt od roku 2003,[20] s přispěvateli z více akademických a průmyslových institucí. V říjnu 2014 se Taverna stala nezávislou Inkubátor Apache projekt,[21] a změnil svůj název na Apache Taverna (inkubační). Projekt vyvíjí Apache Taverna 3.x,[22] z jaké licence se změnila LGPL 2.1 na Licence Apache 2.0.

externí odkazy

Reference

  1. ^ Belhajjame K, Wolstencroft K, Corcho O, Oinn T, Tanoh F, William A, Goble C (2008). "Správa metadat v systému Taverna Workflow". Osmé mezinárodní sympozium IEEE 2008 o klastrových výpočtech a síti (CCGRID). str. 651–656. doi:10.1109 / CCGRID.2008.17.
  2. ^ Li P, Castrillo JI, Velarde G, Wassink I, Soiland-Reyes S, Owen S a kol. (Srpen 2008). „Provádění statistických analýz na kvantitativních datech v pracovních postupech Taverna: příklad použití R a maxdBrowse k identifikaci rozdílně exprimovaných genů z dat microarray“. BMC bioinformatika. 9: 334. doi:10.1186/1471-2105-9-334. PMC  2528018. PMID  18687127.
  3. ^ Oinn T, Addis M, Ferris J, Marvin D, Senger M, Greenwood M a kol. (Listopad 2004). „Taverna: nástroj pro složení a uzákonění pracovních postupů bioinformatiky“. Bioinformatika. 20 (17): 3045–54. doi:10.1093 / bioinformatika / bth361. PMID  15201187.
  4. ^ Oinn T, Greenwood M, Addis M, Alpdemir MN, Ferris J, Glover K a kol. (2006). „Taverna: Lessons in creating a workflow environment for the life sciences“ (PDF). Souběžnost a výpočet: Praxe a zkušenosti. 18 (10): 1067–1100. doi:10,1002 / cpe.993.
  5. ^ Hull D, Wolstencroft K, Stevens R., Goble C., Pocock MR, Li P, Oinn T (červenec 2006). „Taverna: nástroj pro vytváření a provoz pracovních toků služeb“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (Problém s webovým serverem): W729-32. doi:10.1093 / nar / gkl320. PMC  1538887. PMID  16845108. otevřený přístup
  6. ^ Kawas E, Senger M, Wilkinson MD (listopad 2006). „Rozšíření BioMoby k softwaru pro správu a uzákonění pracovního toku Taverna“. BMC bioinformatika. 7: 523. doi:10.1186/1471-2105-7-523. PMC  1693925. PMID  17137515.
  7. ^ Sroka J, Kaczor G, Tyszkiewicz J, Kierzek AM (květen 2006). "XQTav: procesor XQuery pro prostředí Taverna". Bioinformatika. 22 (10): 1280–1. doi:10.1093 / bioinformatika / btl101. PMID  16551662.
  8. ^ Wolstencroft K, Haines R, Fellows D, Williams A, Withers D, Owen S a kol. (Červenec 2013). „Sada pracovních postupů Taverna: návrh a provádění pracovních postupů webových služeb na ploše, webu nebo v cloudu“. Výzkum nukleových kyselin. 41 (Problém s webovým serverem): W557-61. doi:10.1093 / nar / gkt328. PMC  3692062. PMID  23640334.
  9. ^ Stevens RD, Robinson AJ, Goble CA. (2003). „myGrid: personalizovaná bioinformatika v informační síti“. Bioinformatika. 19 Suppl 1: i302-4. doi:10.1093 / bioinformatika / btg1041. PMID  12855473.
  10. ^ Stevens RD, Tipney HJ, Wroe CJ, Oinn TM, Senger M, Lord PW, et al. (Srpen 2004). "Zkoumání Williams-Beurenova syndromu pomocí myGrid". Bioinformatika. 20 Suppl 1: i303-10. doi:10.1093 / bioinformatika / bth944. PMID  15262813.
  11. ^ Truszkowski A, Jayaseelan KV, Neumann S, Willighagen EL, Zielesny A, Steinbeck C (prosinec 2011). „Nový vývoj v prostředí otevřeného pracovního toku cheminformatiky CDK-Taverna“. Journal of Cheminformatics. 3: 54. doi:10.1186/1758-2946-3-54. PMC  3292505. PMID  22166170.
  12. ^ Hook RN, Romaniello M, Ullgrén M, Järveläinen P, Maisala S, Oittinen T a kol. (2008). "ESO Reflex: Grafický modul pracovního toku pro spouštění receptů". Workshop kalibrace přístrojů ESO 2007. Evropská jižní observatoř ESO Astrophysics Symposia. 169–175. doi:10.1007/978-3-540-76963-7_23. ISBN  978-3-540-76962-0.
  13. ^ Raditsch M, Schlarb S, Møldrup-Dalum P, Medjkoune L (2012). „Spustitelné pracovní postupy webového obsahu pro experimentální spuštění“ (PDF).
  14. ^ Goble CA, Bhagat J, Aleksejevs S, Cruickshank D, Michaelides D, Newman D a kol. (Červenec 2010). „myExperiment: úložiště a sociální síť pro sdílení pracovních toků bioinformatiky“. Výzkum nukleových kyselin. 38 (Problém s webovým serverem): W677-82. doi:10.1093 / nar / gkq429. PMC  2896080. PMID  20501605.
  15. ^ Belhajjame K, Zhao J, Garijo D, Garrido A, Soiland-Reyes S, Alper P, Corcho O (2013). "Pracovní tok PROV-korpus založený na Taverně a Wings". Sborník společných seminářů EDBT / ICDT 2013 - EDBT '13. str. 331. doi:10.1145/2457317.2457376. ISBN  9781450315999.
  16. ^ Soiland-Reyes S, Gamble M, Haines R (2014-11-05). „Balíček výzkumných objektů 1.0“ (Specifikace). researchobject.org. doi:10,5281 / zenodo.12586. Citováno 28. ledna 2015.
  17. ^ Soiland-Reyes S, Alper P, Goble C. (11. května 2016). „Tracking workflow execution with TavernaProv“. PROV: O tři roky později. Týden Provenance 2016. doi:10,5281 / zenodo.51314. Archivovány od originál dne 12. června 2018. Citováno 17. října 2018. Citovat deník vyžaduje | deník = (Pomoc)CS1 maint: umístění (odkaz)
  18. ^ „Implicitní iterace“. Uživatelská příručka k Taverně 2.5. myGrid. 09.09.2014. Citováno 28. ledna 2015.
  19. ^ Soiland-Reyes S (2010-12-13). „Vyvolání paralelních služeb“. Blog znalostí Taverna. knowledgeblog.org. Citováno 28. ledna 2015.
  20. ^ Soiland-Reyes S, Sufi S, Seaborne S (2014-09-23). „Taverna Proposal“. Inkubátor Wiki. Softwarová nadace Apache. Citováno 28. ledna 2015.
  21. ^ „Stav inkubace projektu Taverna“. Inkubátor Apache. Softwarová nadace Apache. Citováno 28. ledna 2015.
  22. ^ "Stáhnout Apache Taverna". Softwarová nadace Apache. Citováno 28. ledna 2015.