Michael Gribskov - Michael Gribskov
Michael Gribskov je profesorem biologických věd a informatiky na Purdue University V roce 1979 absolvoval Gribskov Oregonská státní univerzita, s bakalářským titulem v oboru biochemie a biofyziky. Později v roce 1985 ukončil doktorát z molekulární biologie z University of Wisconsin – Madison.[1]
Působil jako prezident Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii,[2] a jeho stránka fakulty uvádí, že je předsedou Zdroj informací o bílkovinách Vědecký dozorčí a poradní výbor a v redakčních radách časopisů Bioinformatika, Journal of Computational Biology and Chemistry, a Journal of Molecular Microbiology & Biotechnology.[1]
| Rok | Pozice |
|---|---|
| 1979 | B.S. s vyznamenáním v oboru biochemie a biofyziky Oregon State University |
| 1979–1984 | Grant NIH preoctoral training University University of Wisconsin-Madison |
| 1985 | Ph.D. na univerzitě molekulární biologie ve Wisconsinu-Madisonu |
| 1985–1987 | Postdoktorské stipendium American Cancer Society University of California - Los Angeles |
| 1988–1992 | Vědecký spolupracovník Národního onkologického institutu - FCRDC |
| 1992 | Vědecký pracovník superpočítačového centra v San Diegu |
| 1993–1996 | Vědecký pracovník superpočítačového centra v San Diegu |
| 1993–1999 | Pomocný profesor biologické univerzity v Kalifornii v San Diegu |
| 1994–1997 | Hlavní řešitel strukturální dotazy na databáze nukleových kyselin |
| 1999–2003 | Doplňkový docent biologické univerzity v Kalifornii v San Diegu |
| 2004 – dosud | Profesor biologických věd a informatiky Purdue University |
Analýza profilu
Gribskov, spolu s David Eisenberg a Andrew McLachlan představili profilová analýza metoda v roce 1987; toto je metoda detekce vzdáleně příbuzných proteinů porovnáním sekvencí. Profil je a bodově specifická bodovací matice, a je vytvořen ze skupiny sekvencí dříve zarovnaný (sonda). Podobnost jakékoli jiné sekvence (cíle) (jedné nebo více než jedné) se sondou lze testovat porovnáním cíle se souborem pomocí dynamické programování. Tento algoritmus se skládá ze dvou kroků. Prvním krokem je vygenerování profilu pomocí softwaru PROFWARE, který k vytvoření profilu využívá existujícího zarovnání (sondy) na základě podobnosti sekvence nebo odpovídající 3D struktury. Druhým krokem je srovnání profilu s databází sekvencí nebo jedinou sekvencí. V tomto kroku, na základě vygenerovaného profilu, může být cílová sekvence nebo skupina sekvencí zarovnána pomocí PROFINÁLU, v zarovnání se použije dynamické programování.[3]
Reference
- ^ A b Profil fakulty univerzity Purdue Archivováno 03.12.2011 na Wayback Machine
- ^ Historie ISCB
- ^ Gribskov, M; McLachlan, AD; Eisenberg, D (červenec 1987). "Profilová analýza: detekce vzdáleně příbuzných proteinů". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 84 (13): 4355–8. doi:10.1073 / pnas.84.13.4355. PMC 305087. PMID 3474607.
| Předcházet Philip Bourne | Předseda Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii 2003 – 2007 | Uspěl Burkhard Rost |