Software pro molekulární design - Molecular design software

Software pro molekulární design je pozoruhodný software pro molekulární modelování, která poskytuje zvláštní podporu pro rozvoj molekulární modely de novo.

Na rozdíl od obvyklých programů molekulárního modelování, například pro molekulární dynamika a kvantová chemie takový software přímo podporuje aspekty spojené s konstrukcí molekulárních modelů, včetně:

Srovnání softwaru pokrývajícího hlavní aspekty molekulárního designu

  • 3D - molekulární grafika
  • Myš - kresba molekuly myší
  • Polypolymerová budova
  • DNA - tvorba nukleových kyselin
  • Pept - tvorba peptidů
  • Cryst - budova krystalu
  • Solv - přidání rozpouštědla
  • Q - částečné poplatky
  • Dock - dokování
  • Min - optimalizace
  • MM - molekulární mechanika
  • QM - kvantová mechanika
  • FF - podporuje rozvoj silového pole
  • QSAR - 2D, 3D a skupinový QSAR
  • FBLD - design ligandu založený na fragmentech
  • FE - aproximace volné energie
  • SN - kosmická navigace
3DMyšPolyDNAPeptCrystŘešitQDokMinMMQMFFQSARFBLDFESNwebová stránkaKomentáře
UšeňAnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoNeAnoAnoAnoAnoNebiomolecular-modeling.comProstředí biomolekulární grafiky: buildery makromolekul, GPU zrychlil MD
JANTARNeNeNeAnoAnoNeNeAnoNeAnoAnoNeAnoNeAnoambermd.orgProgram klasického molekulárního modelování
Návrhář AscalaphAnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoNeAnoAnoAnoAnoNeAgilní molekulaSpolečná sada pro molekulární modelování
ŠÉFNeNeNeNeNeNeNeAnoNeAnoAnoAnoAnoNeuniverzita YaleOPLS vynálezce
Discovery StudioAnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoDassault Systèmes BIOVIAProstředí pro modelování molekul pro malé i makromolekulární systémy
DOKNeNeNeNeNeNeNeAnoAnoAnoAnoNeNeNeUniversity of CaliforniaAlgoritmus DOCK
Světluška (PC GAMESS)NeNeNeNeNeNeNeAnoNeAnoNeAnoAnoNeMoskevská státní univerzitaProgram Ab initio a DFT výpočetní chemie
FoldXNeNeNeNeNeNeNeAnoNeAnoAnoNeAnoNeCRGSilové pole pro energetické výpočty a design bílkovin
Hlavní vyhledávačNeNeNeNeNeNeNeAnoAnoNeAnoNeNeNeMolTechMolekulární dokovací balíček
Materiálové studioAnoAnoAnoNeNeAnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoNeDassault Systèmes BIOVIASoftwarové prostředí
Molekulární provozní prostředí (MOE)AnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoSkupina pro chemické výpočtyPlatforma pro aplikace molekulárního modelování / objevování léků, naprogramovaná ve vědeckém vektorovém jazyce tak, aby umožňovala přizpůsobení a vývoj aplikací
Rosetta (RosettaCommons)NeNeAnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoNeAnoNeRosettaCommonsSada pro modelování makromolekul. Algoritmy pro modelování a analýzu proteinových struktur. Klíčové pokroky v designu proteinů de novo, designu enzymů, dokování ligandu, predikci struktury
SAMSONAnoAnoNeNeNeAnoNeNeAnoAnoAnoAnoAnoNeSAMSON ConnectVýpočetní nanovědy (biologické vědy, materiály atd.); modulární architektura, moduly se nazývají prvky; volný, uvolnit
ScigressAnoAnoAnoNeAnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoFujitsuSada molekulárního modelování pro obecné účely
SpartanAnoAnoNeAnoAnoNeAnoAnoNeAnoAnoAnoNeNeVlnová funkceNástroj pro molekulární modelování s molekulární mechanikou a kvantově chemickými motory
DráteníkNeNeNeNeAnoNeNeAnoNeAnoAnoNeNeNeWashingtonská univerzitaNástroje pro návrh bílkovin; freeware
WinmostarAnoAnoAnoNeNeAnoAnoAnoNeAnoAnoAnoAnoNeX-schopnostProgram molekulárního modelování a vizualizace pro vědu o materiálech

Poznámky a odkazy

Viz také

externí odkazy