MDynaMix - MDynaMix
 Simulace DNA na MDynaMix | |
| Původní autoři | Aatto Laaksonen, Alexander Lyubartsev |
|---|---|
| Vývojáři | Stockholmská univerzita, Katedra chemie materiálů a životního prostředí, Oddělení fyzikální chemie |
| První vydání | 1993 |
| Stabilní uvolnění | 5.2.7 / 31. ledna 2015 |
| Napsáno | Fortran 77-90 |
| Operační systém | Unix, Unixový, Linux, Okna |
| Plošina | x86, x86-64, Cray |
| K dispozici v | Angličtina |
| Typ | Molekulární dynamika |
| Licence | GPL |
| webová stránka | www |
Molekulární dynamika směsí (MDynaMix) je počítač software balíček pro obecné účely molekulární dynamika simulovat směsi molekul interakcí pomocí JANTAR - a CHARMM -jako silová pole v periodické okrajové podmínky.[1][2]Jsou zahrnuty algoritmy pro NVE, NVT, NPT, anizotropní soubory NPT a Ewaldův součet k léčbě elektrostatických interakcí. Kód byl napsán v kombinaci Fortran 77 a 90 (s Rozhraní pro předávání zpráv (MPI) pro paralelní provedení). Balíček běží dál Unix a Unixový (Linux ) pracovní stanice, klastry pracovních stanic atd Okna v sekvenčním režimu.
MDynaMix je vyvíjen v divizi fyzikální chemie, oddělení materiálů a chemie životního prostředí, Stockholmská univerzita, Švédsko. Je vydán jako open-source software pod GNU General Public License (GPL).
Programy
- md je hlavní blok MDynaMix
- makemol je nástroj, který poskytuje pomoc při vytváření souborů popisujících molekulární strukturu a silové pole
- tranal je sada nástrojů pro analýzu trajektorií
- mdee je verze programu, která implementuje rozšířené soubor metoda výpočtu energie zdarma a chemický potenciál (není paralelní)
- mge poskytuje a grafické uživatelské prostředí konstruovat molekulární modely a sledovat proces dynamiky
Oblast použití
- Termodynamické vlastnosti kapalin[3]
- Nukleová kyselina - interakce iontů[4]
- Modelování lipidových dvojvrstev[5]
- Polyelektrolyty[6]
- Iontové kapaliny[7][8]
- Rentgenová spektra kapalné vody[9]
- Silové pole rozvoj[10][11]
Viz také
Reference
- ^ A.P. Lyubartsev, A.Laaksonen (2000). "MDynaMix - škálovatelný přenosný paralelní simulační balíček MD pro libovolné molekulární směsi". Komunikace počítačové fyziky. 128 (3): 565–589. Bibcode:2000CoPhC.128..565L. doi:10.1016 / S0010-4655 (99) 00529-9.
- ^ A.P. Lyubartsev, A.Laaksonen (1998). "Paralelní simulace molekulární dynamiky biomolekulárních systémů". Aplikované paralelní výpočty velkých vědeckých a průmyslových problémů. Přednášky z informatiky. 1541. Heidelberg: Springer Berlin. str. 296–303. doi:10.1007 / BFb0095310. ISBN 978-3-540-65414-8.
- ^ T. Kuzněcovová a B. Kvamme (2002). "Termodynamické vlastnosti a mezipovrchové napětí modelového systému voda - oxid uhličitý". Phys. Chem. Chem. Phys. 4 (6): 937–941. Bibcode:2002PCCP .... 4..937K. doi:10.1039 / b108726f.
- ^ Y. Cheng, N. Korolev a L. Nordenskiöld (2006). "Podobnosti a rozdíly v interakci K + a Na + s kondenzovanou uspořádanou DNA. Studie počítačové simulace molekulární dynamiky". Výzkum nukleových kyselin. 34 (2): 686–696. doi:10.1093 / nar / gkj434. PMC 1356527. PMID 16449204.
- ^ C.-J. Högberg; A.M. Nikitin & A.P. Lyubartsev (2008). "Modifikace silového pole CHARMM pro lipidovou dvojvrstvu DMPC". Journal of Computational Chemistry. 29 (14): 2359–2369. doi:10.1002 / jcc.20974. PMID 18512235.
- ^ A. Vishnyakov & A.V. Neimark (2008). „Specifika solvatace sulfonovaných polyelektrolytů ve vodě, dimethylmethylfosfonátu a jejich směsi: Studie molekulární simulace“. J. Chem. Phys. 128 (16): 164902. Bibcode:2008JChPh.128p4902V. doi:10.1063/1.2899327. PMID 18447495.
- ^ G. Raabe a J. Köhler (2008). "Termodynamické a strukturní vlastnosti iontových kapalin na bázi imidazolia z molekulární simulace". J. Chem. Phys. 128 (15): 154509. Bibcode:2008JChPh.128o4509R. doi:10.1063/1.2907332. PMID 18433237.
- ^ X. Wu; Z. Liu; S. Huang; W. Wang (2005). „Simulace molekulární dynamiky směsi iontové kapalné směsi pokojové teploty [bmim] [BF4] a acetonitril rafinovaným silovým polem ". Phys. Chem. Chem. Phys. 7 (14): 2771–2779. Bibcode:2005PCCP .... 7,2771 W.. doi:10.1039 / b504681p. PMID 16189592.
- ^ R.L.C. Wang, H. J. Kreuzer a M. Grunze (2006). „Teoretické modelování a interpretace rentgenových absorpčních spekter kapalné vody“. Phys. Chem. Chem. Phys. 8 (41): 4744–4751. Bibcode:2006PCCP .... 8,4744 W.. doi:10.1039 / b607093k. PMID 17043717.
- ^ DOPOLEDNE. Nikitin & A.P. Lyubartsev (2007). "Nový model acetonitrilu se šesti místy pro simulace kapalného acetonitrilu a jeho vodné směsi". J. Comput. Chem. 28 (12): 2020–2026. doi:10.1002 / jcc.20721. PMID 17450554.
- ^ E.S. Böesa; E. Bernardia; H. Stassena; P.F.B. Gonçalves (2008). „Solvation of monovalent anions in formamide and methanol: Parameterization of the IEF-PCM model“. Chemická fyzika. 344 (1–2): 101–113. Bibcode:2008CP .... 344..101B. doi:10.1016 / j.chemphys.2007.12.006.