Tinker (software) - Tinker (software)
Původní autoři | Jay Ponder, Pengyu Ren, Jean-Philip Piquemal |
---|---|
Vývojáři | Jay Ponder Lab, Department of Chemistry, Washingtonská univerzita v St. Louis; Pengyu Ren Lab, Katedra biomedicínského inženýrství, University of Texas v Austinu; Jean-Philip Piquemal, Univerzita Sorbonna, |
První vydání | 8. září 2004 |
Stabilní uvolnění | 8.1.2 / 17. února 2017 |
Napsáno | Fortran 95, CUDA, OpenMP a MPI paralelní |
Operační systém | Okna, OS X, Linux, Unix |
K dispozici v | Angličtina |
Typ | Molekulární dynamika |
Licence | Proprietární freeware[1] |
webová stránka | tinkertools |
Dráteník, stylizované jako DRÁTENÍK, je počítač software aplikace pro molekulární dynamika simulace s úplným a obecným balíčkem pro molekulární mechanika a molekulární dynamika, s některými speciálními funkcemi pro biopolymery. Jádrem balíčku je modulární sada volatelných rutin, které umožňují manipulovat se souřadnicemi a vyhodnocovat potenciální energii a deriváty přímými prostředky.
Tinker pracuje dál Okna, OS X, Linux a Unix. Zdrojový kód je k dispozici zdarma na základě omezující licence. Kód je psán přenosně FORTRAN 77, FORTRAN 95 nebo CUDA se společnými rozšířeními a některé C.
Hlavní vývojáři jsou: 1) laboratoř Jay Ponder, na katedře chemie, Washingtonská univerzita v St. Louis, St. Louis, Missouri. Vedoucí laboratoře Ponder je profesorem chemie (hlavní jmenování), biochemie a molekulární biofyziky a biomedicínského inženýrství; 2) laboratoř Pengyu Ren , na katedře biomedicínského inženýrství University of Texas v Austinu, Austin, Texas. Vedoucí laboratoře Ren je řádným profesorem biomedicínského inženýrství; 3) Výzkumný tým Jean-Philipa Piquemala ve společnosti Laboratoire de Chimie Théorique, Department of Chemistry, Univerzita Sorbonna, Paříž. Vedoucí výzkumného týmu Piquemal je řádným profesorem teoretické chemie.
Funkce
Balíček Tinker je založen na 3 kódech: i) kanonický dráteník (verze 8.); ii) balíček Tinker-OpenMM pro použití Tinkera s GPus; iii) balíček Tinker-HP pro masivně paralelní aplikace MPI v systému Windows CPus a GPU . Společnost Tinker-HP získala rok 2018 Cena Atos-Joseph Fourier ve vysoce výkonných počítačích.
K dispozici jsou programy k provádění mnoha funkcí, včetně:
- minimalizace energie nad Kartézské souřadnice, torzní úhly nebo tuhá tělesa prostřednictvím konjugovaného gradientu, variabilní metriky nebo a zkrácená Newtonova metoda
- molekulární, stochastická a rigidní dynamika těla s periodickými hranicemi a řízením teploty a tlaku
- vibrační analýza v normálním režimu
- geometrie vzdálenosti včetně efektivní náhodné párové metrizace
- budování proteinových a nukleových kyselinových struktur ze sekvence
- simulované žíhání s různými protokoly chlazení
- analýza a rozpad jednobodových potenciálních energií
- ověření analytických derivátů standardních a uživatelem definovaných potenciálů
- umístění přechodového stavu mezi dvěma minimy
- úplné vyhledávání povrchu energie pomocí a Skenování konformace metoda
- bezplatné výpočty energie prostřednictvím narušení volné energie nebo vážená analýza histogramu
- přizpůsobení parametrů mezimolekulárního potenciálu strukturálním a termodynamickým datům
- globální optimalizace prostřednictvím vyhlazování povrchu energie, včetně a Potenciální vyhlazování a vyhledávání (PSS)
Viz také
- Seznam softwaru pro molekulární modelování v Monte Carlu
- Srovnání softwaru pro modelování molekulární mechaniky
- Molekulární dynamika
- Molekulární geometrie
- Software pro molekulární design
- Porovnání implementací silového pole
- Skládací @ home
Reference
- Lagardère, Louis; Jolly, Luc-Henri; Lipparini, Filippo; Aviat, Félix; Stamm, Benjamin; Jing, Zhifeng F .; Harger, Matthew; Torabifard, Hedieh; Cisneros, Andrés; Schnieders, Michael; Gresh, Nohad; Maday, Yvon; Ren, Pengyu; Ponder, Jay; Piquemal, Jean-Philip (2018). „Tinker-HP: balíček masivně paralelní molekulární dynamiky pro víceúrovňové simulace velkých komplexních systémů s pokročilými polarizovatelnými silovými poli s bodovým dipólem“. Chemická věda. 9 (4): 956–972. doi:10.1039 / C7SC04531J. PMC 5909332. PMID 29732110.
- Harger, Matthew; Li, Daniel; Wang, Zhi; Dalby, Kevin; Lagardère, Louis; Piquemal, Jean-Philip; Ponder, Jay W .; Ren, Pengyu (2017). „Tinker-OpenMM: Absolutní a relativní alchemické volné energie využívající AMOEBA na GPU“. Journal of Computational Chemistry. 38 (23): 2047–2055. doi:10.1002 / jcc.24853. PMC 5539969. PMID 28600826.
- Ren, Pengyu; Ponder, Jay W. (2003). "Polarizovatelný atomový vícepólový vodní model pro simulaci molekulární mechaniky". The Journal of Physical Chemistry B. 107 (24): 5933–5947. doi:10.1021 / jp027815 +.
- Pappu, Rohit V .; Hart, Reece K .; Ponder, Jay W. (1998). "Analýza a aplikace vyhlazování potenciální energie a metody vyhledávání pro globální optimalizaci". The Journal of Physical Chemistry B. 102 (48): 9725. doi:10.1021 / jp982255t.
- Kong, Yong; Ponder, Jay W. (1997). "Výpočet reakčního pole kvůli multipólům mimo střed". The Journal of Chemical Physics. 107 (2): 481. Bibcode:1997JChPh.107..481K. doi:10.1063/1.474409.
- Dudek, Michael J .; Ponder, Jay W. (1995). "Přesné modelování intramolekulární elektrostatické energie proteinů". Journal of Computational Chemistry. 16 (7): 791. CiteSeerX 10.1.1.502.6823. doi:10.1002 / jcc.540160702.
- Kundrot, Craig E .; Ponder, Jay W .; Richards, Frederic M. (1991). "Algoritmy pro výpočet vyloučeného objemu a jeho derivátů jako funkce molekulární konformace a jejich použití při minimalizaci energie". Journal of Computational Chemistry. 12 (3): 402. CiteSeerX 10.1.1.511.419. doi:10.1002 / jcc.540120314.
- Ponder, Jay W .; Richards, Frederic M. (1987). "Účinná Newtonova metoda pro minimalizaci energie molekulárních mechanik u velkých molekul". Journal of Computational Chemistry. 8 (7): 1016. doi:10.1002 / jcc.540080710.