Molekulární hodiny - Molecular clock
The molekulární hodiny je obrazný termín pro techniku, která používá rychlost mutace z biomolekuly na odvodit čas v pravěk když dva nebo více formy života rozcházely se. Biomolekulární data použitá pro takové výpočty jsou obvykle nukleotid sekvence pro DNA, RNA nebo aminokyselina sekvence pro bílkoviny. Standardy pro stanovení rychlosti mutace jsou často fosilní nebo archeologická data. Molekulární hodiny byly poprvé testovány v roce 1962 na variantách hemoglobinových proteinů různých zvířat a běžně se používají v molekulární evoluce odhadnout časy speciace nebo záření. Někdy se tomu říká a genové hodiny nebo evoluční hodiny.
Včasný objev a genetická ekvidistance
Pojmu existence takzvaných „molekulárních hodin“ byla poprvé připisována Émile Zuckerkandl a Linus Pauling kteří si v roce 1962 všimli, že počet aminokyselina rozdíly v hemoglobin mezi různými liniemi se zhruba mění lineárně s časem, jak se odhaduje z fosilních důkazů.[1] Zobecnili toto pozorování, aby tvrdili, že míra evoluční změna libovolného zadaného protein byla přibližně konstantní v průběhu času a v různých liniích (známých jako hypotéza molekulárních hodin).
The genetická ekvidistance fenomén poprvé zaznamenal v roce 1963 Emanuel Margoliash, který napsal: „Zdá se, že počet zbytkových rozdílů mezi cytochrom c kterýkoli ze dvou druhů je většinou podmíněn časem, který uplynul od doby, kdy se původně lišily vývojové linie vedoucí k těmto dvěma druhům. Pokud je to správné, měl by se cytochrom c všech savců stejně lišit od cytochromu c všech ptáků. Vzhledem k tomu, že se ryby odchylují od hlavního kmene vývoje obratlovců dříve než ptáci nebo savci, měl by se cytochrom c savců i ptáků stejně lišit od cytochromu c ryb. Podobně by se měl každý cytochrom c obratlovců lišit od kvasinkového proteinu stejně. ““[2] Například rozdíl mezi cytochromem c kapra a žáby, želvy, kuřete, králíka a koně je velmi konstantní 13% až 14%. Podobně se rozdíl mezi cytochromem c bakterie a kvasnic, pšenice, můry, tuňáka, holuba a koně pohybuje od 64% do 69%. Spolu s prací Emile Zuckerkandla a Linuse Paulinga výsledek genetické ekvidistence přímo vedl k formální postulaci hypotézy molekulárních hodin na počátku 60. let.[3]
Podobně, Vincent Sarich a Allan Wilson v roce 1967 prokázal, že molekulární rozdíly mezi moderními Primáti v albumin proteiny ukázaly, že ve všech liniích, které hodnotili, došlo přibližně ke stálým rychlostem změn.[4] Základní logika jejich analýzy zahrnovala poznání, že pokud se jedna druhová linie od svého společného předka vyvinula rychleji než linie druhového druhu, pak by molekulární rozdíly mezi outgroup (vzdáleněji příbuznými) druhy a rychle se vyvíjejícími druhy měly být větší ( protože na této linii by se nahromadilo více molekulárních změn) než molekulární rozdíly mezi druhy v outgroup a druhy s pomalejším vývojem. Tato metoda je známá jako test relativní rychlosti. Papír Saricha a Wilsona například uváděl, že člověk (Homo sapiens ) a šimpanz (Pan troglodyty ) albuminové imunologické zkřížené reakce naznačovaly, že jsou přibližně stejně odlišné od Ceboidea Druh (opice nového světa) (v rámci experimentální chyby). To znamenalo, že oba od svého společného předka nahromadili přibližně stejné změny v albuminu. Tento vzor byl také nalezen pro všechna srovnání primátů, která testovali. Při kalibraci pomocí několika dobře zdokumentovaných fosilních větvových bodů (například žádné primátové fosílie moderního aspektu nalezené před Hranice K-T ), to vedlo Saricha a Wilsona k argumentu, že k divergenci člověka a šimpanze pravděpodobně došlo jen před ~ 4–6 miliony let.[5]
Vztah s neutrální teorií
Pozorování hodinové rychlosti molekulární změny bylo původně čistě fenomenologický. Později práce Motoo Kimura[6] vyvinul neutrální teorie molekulární evoluce, který předpovídal molekulární hodiny. Nechť je N jednotlivců, a aby byl tento výpočet jednoduchý, nechte jednotlivce být haploidní (tj. mít jednu kopii každého genu). Nechte rychlost neutrální mutace (tj. mutace bez účinku na zdatnost ) u nového jedince . Pravděpodobnost, že se tato nová mutace stane pevný v populaci je pak 1 / N, protože každá kopie genu je stejně dobrá jako kterákoli jiná. Každá generace, každý jedinec může mít nové mutace, takže existují N nových neutrálních mutací v populaci jako celku. To znamená, že každá generace, nové neutrální mutace budou opraveny. Pokud je většina změn vidět během molekulární evoluce jsou tedy neutrální fixace v populaci se bude akumulovat rychlostí hodin, která se rovná rychlosti neutrálu mutace u jednotlivce.
Kalibrace
Samotné molekulární hodiny mohou říci pouze to, že jedno časové období je dvakrát tak dlouhé jako jiné: nemůže přiřadit konkrétní data. Pro virovou fylogenetiku a starodávná DNA studie - dvě oblasti evoluční biologie, kde je možné vzorkovat sekvence v evolučním časovém měřítku - lze data mezilehlých vzorků použít k přesnější kalibraci molekulárních hodin. Většina fylogenezí však vyžaduje, aby byly molekulární hodiny kalibrováno proti nezávislým důkazům o datech, jako je fosilní záznam.[7] Existují dvě obecné metody kalibrace molekulárních hodin pomocí fosilních dat: kalibrace uzlů a kalibrace špiček.[8]
Kalibrace uzlu
Kalibrace uzlu je někdy označována jako datování uzlů fylogeneze kalibrace, která se provádí umístěním fosilních omezení na uzly. Nejstarším objeveným představitelem je fosilní kalibrace uzlů clade, který slouží k omezení jeho minimálního věku. Vzhledem k fragmentární povaze fosilního záznamu nebude pravděpodobně nikdy nalezen skutečný poslední společný předek kladu.[8] Aby to bylo možné zohlednit v analýzách kalibrace uzlů, je třeba odhadnout maximální věk kladu. Určení maximálního věku clade je náročné, protože se na něj spoléhá negativní důkazy —Nepřítomnost starších fosilií v té kladu. Existuje řada metod pro odvození maximálního věku kladu pomocí modelů narození a smrti, fosilních stratigrafické distribuční analýzy, nebo taphonomický řízení.[9] Alternativně místo maxima a minima a předchozí pravděpodobnost lze stanovit a použít ke kalibraci hodin. Existuje několik předchozích rozdělení pravděpodobnosti včetně normální, lognormální, exponenciální, gama, jednotný atd.), které lze použít k vyjádření pravděpodobnosti skutečného věku divergence ve vztahu k věku fosilií;[10] existuje však jen velmi málo metod empirického odhadu tvaru a parametrů rozdělení pravděpodobnosti.[11] Umístění kalibračních uzlů ve stromu informuje o umístění neomezených uzlů a poskytuje odhady data odchylky napříč fylogenezí. Historické metody kalibrace hodin mohly využívat pouze jediné fosilní omezení (neparametrické vyhlazování rychlosti),[12] zatímco moderní analýzy (BESTIE[13] a r8s[14]) umožňují použití více fosilií ke kalibraci molekulárních hodin. Simulační studie ukázaly, že zvyšování počtu fosilních omezení zvyšuje přesnost odhadu doby divergence.[15]
Kalibrace hrotu
Někdy se označuje jako tipování Kalibrace špičky je metoda kalibrace molekulárních hodin, při které se s fosiliemi zachází jako s taxony a umístěny na špičkách stromu. Toho je dosaženo vytvořením matice, která obsahuje a molekulární datová sada pro existující taxony spolu s a morfologické datová sada pro vyhynulé i existující taxony.[9] Na rozdíl od kalibrace uzlů tato metoda rekonstruuje stromovou topologii a umisťuje fosilie současně. Molekulární a morfologické modely spolupracují současně a umožňují morfologii informovat o umístění fosilií.[8] Kalibrace hrotu využívá během kalibrace hodin všechny relevantní fosilní taxony, než aby se spoléhala pouze na nejstarší fosilie každé clade. Tato metoda se nespoléhá na interpretaci negativních důkazů k odvození maximálního věku kladu.[9]
Totální seznamování důkazů
Tento přístup ke kalibraci špiček jde o krok dále tím, že současně odhaduje umístění fosilií, topologii a evoluční časový rámec. V této metodě může věk fosílie kromě morfologie informovat o své fylogenetické poloze. Tím, že umožníte, aby všechny aspekty rekonstrukce stromu probíhaly současně, se sníží riziko zkreslených výsledků.[8] Tento přístup byl vylepšen spárováním s různými modely. Jednou ze současných metod kalibrace molekulárních hodin je celkové datování důkazů spárované s modelem zkamenělé narození a smrti (FBD) a modelem morfologické evoluce.[16] Model FBD je nový v tom, že umožňuje „vzorkované předky“, což jsou fosilní taxony, které jsou přímým předkem živého taxonu nebo linie. To umožňuje, aby fosilie byly umístěny na větvi nad existujícím organismem, spíše než aby byly omezeny na špičky.[17]
Metody
Bayesovské metody mohou poskytnout vhodnější odhady časů divergence, zejména pokud jsou velké datové soubory - například ty, které poskytuje fylogenomika -jsou zaměstnáni.[18]
Nekonstantní rychlost molekulárních hodin
Někdy lze z fosilií odhadnout pouze jedno datum odchylky, přičemž z toho lze odvodit všechna ostatní data. Jiné sady druhů mají k dispozici bohaté fosilie, což umožňuje testovat hypotézu o konstantních rychlostech divergence. Sekvence DNA vykazují nízkou hladinu negativní výběr vykazovaly divergenční sazby 0,7–0,8% za rokMyr v bakteriích, savcích, bezobratlých a rostlinách.[19] Ve stejné studii byly genomové oblasti s velmi vysokou negativní nebo purifikační selekcí (kódující rRNA) podstatně pomalejší (1% na 50 Myr).
Kromě těchto variací v rychlosti s genomickou pozicí se od počátku 90. let 20. století ukázaly jako živná půda pro výzkum i rozdíly mezi taxony,[20] dokonce i po relativně krátká období evolučního času (například ptáci[21]). Mořští ptáci s nosem mít molekulární hodiny, které v průměru běží poloviční rychlostí než mnoho jiných ptáků,[22] možná kvůli dlouhému generace časy a mnoho želv má molekulární hodiny běžící na osminu rychlosti, kterou dělají u malých savců, nebo dokonce pomaleji.[23] Účinky malá velikost populace je také pravděpodobné, že zmást analýzy molekulárních hodin. Vědci jako např Francisco J. Ayala zásadněji zpochybnili hypotézu molekulárních hodin.[24][25][26] Podle studie Ayaly z roku 1999 se pět modelů kombinuje, aby omezily použití modelů molekulárních hodin:
- Změna generačních časů (Pokud rychlost nových mutací závisí alespoň částečně na počtu generací spíše než na počtu let)
- Velikost populace (Genetický drift je silnější u malých populací, a tak více mutací je účinně neutrálních)
- Druhově specifické rozdíly (kvůli odlišnému metabolismu, ekologii, historii evoluce, ...)
- Změna funkce studovaného proteinu (lze jej zabránit u blízce příbuzných druhů využitím nekódující DNA sekvence nebo zdůraznění tiché mutace )
- Změny v intenzitě přirozeného výběru.

Uživatelé molekulárních hodin vyvinuli alternativní řešení využívající řadu statistických přístupů včetně maximální pravděpodobnost techniky a později Bayesovské modelování. Zejména byly navrženy modely, které zohledňují kolísání rychlosti mezi liniemi, aby bylo možné získat lepší odhady časů odchylek. Tyto modely se nazývají uvolněné molekulární hodiny[27] protože představují mezilehlou pozici mezi „přísnou“ hypotézou molekulárních hodin a Joseph Felsenstein model mnoha sazeb[28] a jsou možné díky MCMC techniky, které zkoumají vážený rozsah topologií stromů a současně odhadují parametry zvoleného substitučního modelu. Je třeba si uvědomit, že data divergence odvozená pomocí molekulárních hodin jsou založena na statistických údajích odvození a ne přímo důkaz.
Molekulární hodiny narážejí na konkrétní výzvy ve velmi krátkých a velmi dlouhých časových intervalech. V dlouhých časových intervalech je problém nasycení. Když uplynulo dost času, mnoho webů prošlo více než jednou změnou, ale je nemožné detekovat více než jednu. To znamená, že sledovaný počet změn již není lineární s časem, ale místo toho se vyrovná. Dokonce i na střední genetické vzdálenosti, s fylogenetickými daty stále dostatečnými k odhadu topologie, může být signál pro celkové měřítko stromu slabý podle komplexních modelů pravděpodobnosti, což vede k vysoce nejistým odhadům molekulárních hodin.[29]
Ve velmi krátkých časových měřítcích mnoho rozdílů mezi vzorky nepředstavuje fixace různých sekvencí v různých populacích. Místo toho představují alternativu alely které byly přítomny jako součást polymorfismu ve společném předkovi. Zahrnutí rozdílů, které se dosud nestaly pevný vede k potenciálně dramatickému nafouknutí zdánlivé rychlosti molekulárních hodin ve velmi krátkých časových intervalech.[30][31]
Použití
Technika molekulárních hodin je důležitým nástrojem molekulární systematika, použití molekulární genetika informace k určení správného vědecká klasifikace organismů nebo ke studiu variací v selektivních silách. Znalost přibližně konstantní rychlosti molekulární evoluce v konkrétních sadách linií také usnadňuje stanovení dat fylogenetické události, včetně těch, které nejsou dokumentovány fosilie, například divergence života taxony a vznik fylogenetický strom. V těchto případech - zejména v delších časových úsecích - je třeba vzít v úvahu omezení hypotézy molekulárních hodin (výše); tyto odhady mohou být vypnuty o 50% nebo více.
Viz také
- Charles Darwin
- Genové objednávky
- Lidské mitochondriální molekulární hodiny
- Mitochondriální Eva a Y-chromozomální Adam
- Modely evoluce DNA
- Molekulární evoluce
- Neutrální teorie molekulární evoluce
Reference
- ^ Zuckerkandl, E. a Pauling, L.B. (1962). „Molekulární onemocnění, evoluce a genová heterogenita“. In Kasha, M .; Pullman, B (eds.). Horizonty v biochemii. Academic Press, New York. str.189–225.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
- ^ Margoliash E (říjen 1963). "Primární struktura a vývoj cytochromu C". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 50 (4): 672–9. Bibcode:1963PNAS ... 50..672M. doi:10.1073 / pnas.50.4.672. PMC 221244. PMID 14077496.
- ^ Kumar S (srpen 2005). "Molekulární hodiny: čtyři desetiletí vývoje". Nat. Genet. 6 (8): 654–62. doi:10.1038 / nrg1659. PMID 16136655. S2CID 14261833.
- ^ Sarich, V M; Wilson, A C (červenec 1967). „Míra vývoje albuminu u primátů“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 58 (1): 142–148. Bibcode:1967PNAS ... 58..142S. doi:10.1073 / pnas.58.1.142. ISSN 0027-8424. PMC 335609. PMID 4962458.
- ^ Sarich, Vincent M .; Wilson, Allan C. (1967). „Imunologická časová stupnice pro vývoj hominidů“. Věda. 158 (3805): 1200–1203. Bibcode:1967Sci ... 158.1200S. doi:10.1126 / science.158.3805.1200. JSTOR 1722843. PMID 4964406. S2CID 7349579.
- ^ Kimura, Motoo (1968). "Evoluční rychlost na molekulární úrovni". Příroda. 217 (5129): 624–626. Bibcode:1968 Natur.217..624K. doi:10.1038 / 217624a0. PMID 5637732. S2CID 4161261.
- ^ Benton, M. J. & Donoghue, P. C. J. (2007). „Paleontologické důkazy k datu Stromu života“. Molekulární biologie a evoluce. 24 (1): 26–53. doi:10,1093 / molbev / msl150. PMID 17047029.
- ^ A b C d Donoghue, P.C.J. & Ziheng, Y. (2016). „Vývoj metod pro stanovení evolučních časových harmonogramů“. Phil. Trans. R. Soc. B. 371 (1): 20160020. doi:10.1098 / rstb.2016.0020. PMC 4920342. PMID 27325838.
- ^ A b C O'Reilly, J. E. a Mario D. R. (2015). „Seznamovací tipy pro odhad času odchylky“ (PDF). Trendy v genetice. 31 (11): 637–650. doi:10.1016 / j.tig.2015.08.001. hdl:1983 / ba7bbcf4-1d51-4b74-a800-9948edb3bbe6. PMID 26439502.
- ^ Drummond A, Suchard MA, Xie D, Rambaut A (2012). „Bayesiánská fylogenetika s BEAUti a BEAST 1.7“. Molekulární biologie a evoluce. 29 (8): 1969–1973. doi:10,1093 / molbev / mss075. PMC 3408070. PMID 22367748.
- ^ Claramunt, S .; Cracraft, J. (2015). „Nový strom času odhaluje otisk historie Země ve vývoji moderních ptáků“. Sci Adv. 1 (11): e1501005. Bibcode:2015SciA .... 1E1005C. doi:10.1126 / sciadv.1501005. PMC 4730849. PMID 26824065.
- ^ Sanderson, M. (1997). „Neparametrický přístup k odhadu časů odchylek při absenci stálosti rychlosti“ (PDF). Molekulární biologie a evoluce. 14 (12): 1218–1231. doi:10.1093 / oxfordjournals.molbev.a025731. S2CID 17647010.
- ^ Drummond A, Suchard MA, Xie D, Rambaut A (2012). „Bayesiánská fylogenetika s BEAUti a BEAST 1.7“. Molekulární biologie a evoluce. 29 (8): 1969–1973. doi:10,1093 / molbev / mss075. PMC 3408070. PMID 22367748.
- ^ Sanderson, M. (2003). „r8s: odvození absolutních rychlostí molekulárního vývoje a doby divergence při absenci molekulárních hodin“ (PDF). Bioinformatika. 19 (2): 301–302. doi:10.1093 / bioinformatika / 19.2.301. PMID 12538260.
- ^ Zheng Y. & Wiens J. J. (2015). "Ovlivňují chybějící data přesnost odhadu doby divergence s BEAST?". Molekulární fylogenetika a evoluce. 85 (1): 41–49. doi:10.1016 / j.ympev.2015.02.002. PMID 25681677.
- ^ Heath, T. A. & Huelsenbeck, J. P. (2014). „Fosilizovaný proces narození a smrti pro koherentní kalibraci odhadů divergence a času“. PNAS. 111 (29): E2957 – E2966. arXiv:1310.2968. Bibcode:2014PNAS..111E2957H. doi:10.1073 / pnas.1319091111. PMC 4115571. PMID 25009181.
- ^ Gavryushkina, A .; Heath, T. A .; Ksepka, D. T .; Stadler, T .; Welch, D. & Drummond, A. J. (2016). „Seznamka Bayesovských celkových důkazů odhaluje nedávné korunní záření tučňáků“. Systematická biologie. 66 (1): 1–17. arXiv:1506.04797. doi:10.1093 / sysbio / syw060. PMC 5410945. PMID 28173531.
- ^ Dos Reis, M .; Inoue, J .; Hasegawa, M .; Asher, R. J .; Donoghue, P. C. J .; Yang, Z. (2012). „Fylogenomické datové soubory poskytují přesnost i přesnost při odhadu časového rámce fylogeneze placentárních savců“. Sborník Královské společnosti B: Biologické vědy. 279 (1742): 3491–3500. doi:10.1098 / rspb.2012.0683. PMC 3396900. PMID 22628470.
- ^ Ochman H, Wilson AC (1987). „Evoluce v bakteriích: důkaz univerzální míry substituce v buněčných genomech“. J Mol Evol. 26 (1–2): 74–86. Bibcode:1987JMolE..26 ... 74O. doi:10.1007 / BF02111283. PMID 3125340. S2CID 8260277.
- ^ Douzery, E.J.P., Delsuc, F., Stanhope, M.J. a Huchon, D. (2003). „Místní molekulární hodiny ve třech jaderných genech: doby divergence hlodavců a jiných savců a nekompatibilita mezi fosilními kalibracemi“ (PDF). Journal of Molecular Evolution. 57: S201 – S213. Bibcode:2003JMolE..57S.201D. CiteSeerX 10.1.1.535.897. doi:10.1007 / s00239-003-0028-x. PMID 15008417. S2CID 23887665.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
- ^ Hunt, J.S., Bermingham, E. a Ricklefs, R.E. (2001). "Molekulární systematika a biogeografie antilleanských mlátiček, chvění a ptáků (Aves: Mimidae)". Auk. 118 (1): 35–55. doi:10,1642 / 0004-8038 (2001) 118 [0035: MSABOA] 2,0 CO; 2. ISSN 0004-8038.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
- ^ Rheindt, F. E. a Austin, J. (2005). „Hlavní analytické a koncepční nedostatky v nedávné taxonomické revizi Procellariiformes - odpověď na otázku Penhallurick a Wink (2004)“ (PDF). Emu. 105 (2): 181–186. doi:10.1071 / MU04039. S2CID 20390465.
- ^ Avise, J.C., Bowen, W., Lamb, T., Meylan, A.B. a Bermingham, E. (1. května 1992). „Vývoj mitochondriální DNA při tempu želvy: důkaz nízké genetické variability a snížené rychlosti mikroevoluce v testudinech“. Molekulární biologie a evoluce. 9 (3): 457–473. doi:10.1093 / oxfordjournals.molbev.a040735. PMID 1584014.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
- ^ Ayala, F.J. (1999). "Molekulární hodinové přeludy". BioEssays. 21 (1): 71–75. doi:10.1002 / (SICI) 1521-1878 (199901) 21: 1 <71 :: AID-BIES9> 3.0.CO; 2-B. PMID 10070256. Archivovány od originál dne 16. prosince 2012.
- ^ Schwartz, J. H. a Maresca, B. (2006). „Molekulární hodiny vůbec běží? Kritika molekulární systematiky“. Biologická teorie. 1 (4): 357–371. CiteSeerX 10.1.1.534.4502. doi:10.1162 / biot.2006.1.4.357. S2CID 28166727. Shrnutí ležel – Věda denně.
- ^ Pascual-García, A .; Arenas, M. & Bastolla, U. (2019). "Molekulární hodiny ve vývoji proteinových struktur". Systematická biologie. 68 (6): 987–1002. doi:10.1093 / sysbio / syz022. PMID 31111152. Shrnutí ležel.
- ^ Drummond, A.J., Ho, S.Y.W., Phillips, M.J. a Rambaut A. (2006). „Uvolněná fylogenetika a důvěrné randění“. Biologie PLoS. 4 (5): e88. doi:10.1371 / journal.pbio.0040088. PMC 1395354. PMID 16683862.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
- ^ Felsenstein, J (2001). "Zohlednění variací evolučních rychlostí mezi lokalitami při odvozování fylogenezí". J Mol Evol. 53 (4–5): 447–55. Bibcode:2001JMolE..53..447F. doi:10,1007 / s002390010234. PMID 11675604. S2CID 9791493.
- ^ Marshall, D. C., et al. 2016. Inflace rychlostí a dat molekulárních hodin: molekulární fylogenetika, biogeografie a diverzifikace globálního cikádového záření z Australasie (Hemiptera: Cicadidae: Cicadettini). Systematic Biology 65 (1): 16–34.
- ^ Ho SY, Phillips MJ, Cooper A, Drummond AJ (2005). „Časová závislost odhadů molekulární rychlosti a systematické nadhodnocování nedávných časů divergence“. Molekulární biologie a evoluce. 22 (7): 1561–1568. doi:10.1093 / molbev / msi145. PMID 15814826.
- ^ Peterson GI, Masel J (2009). „Kvantitativní předpověď molekulárních hodin a Ka / Ks v krátkých časových intervalech“. Molekulární biologie a evoluce. 26 (11): 2595–2603. doi:10,1093 / molbev / msp175. PMC 2912466. PMID 19661199.
Další čtení
- Morgan, G.J. (1998). „Emile Zuckerkandl, Linus Pauling a Molekulární evoluční hodiny, 1959–1965“. Journal of the History of Biology. 31 (2): 155–178. doi:10.1023 / A: 1004394418084. PMID 11620303. S2CID 5660841.
- Zuckerkandl, E.; Pauling, L.B. (1965). "Evoluční divergence a konvergence v proteinech". V Bryson, V .; Vogel, HJ (eds.). Vyvíjející se geny a proteiny. Academic Press, New York. 97–166.
- San Mauro, D .; Agorreta, A. (2010). „Molekulární systematika: syntéza běžných metod a stav poznání“. Dopisy o buněčné a molekulární biologii. 15 (2): 311–341. doi:10.2478 / s11658-010-0010-8. PMC 6275913. PMID 20213503.