Skenování genomu - Genome skimming

Skenování genomu umožňuje shromáždění frakcí genomu s vysokou kopií do souvislých úplných genomů.

Skenování genomu je postup sekvenování, který využívá nízký průchod, mělký sekvenování a genom (až 5%), ke generování fragmentů DNA, známých jako genomové sběry.[1][2] Tyto zhluky genomu obsahují informace o frakci genomu s vysokou kopií.[2] Frakce genomu s vysokou kopií se skládá z ribozomální DNA, plastidový genom (plastom ), mitochondriální genom (mitogenome ) a jaderné opakování, jako je mikrosatelity a transponovatelné prvky.[3] Využívá vysokou propustnost, sekvenování nové generace technologie pro generování těchto skimů.[1] Ačkoli jsou tyto skimky pouze „špičkou genomického ledovce“, fylogenomická analýza z nich může stále poskytovat informace o evoluční historie a biologická rozmanitost za nižší cenu a ve větším měřítku než tradiční metody.[2][3][4] Vzhledem k malému množství DNA, které je nutné pro sběr genomu, lze jeho metodiku použít i v jiných oblastech než v genomice. Mezi takové úkoly patří stanovení sledovatelnosti produktů v potravinářském průmyslu, prosazování mezinárodních předpisů týkajících se biologické rozmanitosti a biologických zdrojů a forenzní.[5]

Aktuální použití

Kromě seskupení menších organelárních genomů lze ke odkrytí konzervovaných genomů použít také ortolog sekvence pro fylogenomické studie. Ve fylogenomických studiích mnohobuněčných patogeny lze použít k vyhledávání genomu efektorové geny, objevit endosymbionty a charakterizovat genomická variace.[6]

DNA s vysokou kopií

Ribozomální DNA

The Interní přepsané spacery (ITS) jsou nekódující oblasti v 18-5,8-28S rDNA u eukaryot a jsou jednou z vlastností rDNA, která byla použita ve studiích skluzu genomu.[7] ITS se používají k detekci různých druhů v rámci a rod, kvůli jejich vysoké mezidruhové variabilitě.[7] Ty mají nízkou individuální variabilitu, což brání identifikaci odlišných kmenů nebo jednotlivců.[7] Jsou také přítomni ve všech eukaryoty, má vysokou míru evoluce a byl použit v fylogenetická analýza mezi druhy.[7]

Při cílení na jadernou rDNA se navrhuje, aby byla minimální konečná hloubka řazení je dosaženo 100X a sekvence s hloubkou menší než 5X jsou maskovány.[1]

Plastomy

The plastidový genom, nebo plastom, byl široce používán v identifikačních a evolučních studiích s využitím skluzu genomu kvůli jeho vysokému výskytu v rostlinách (~ 3–5% buněčné DNA), malé velikosti, jednoduché struktuře, většímu zachování struktury genů než jaderným nebo mitochondriálním genům .[8][9] Studie plastidů byly dříve omezeny počtem regionů, které by mohly být hodnoceny tradičními přístupy.[9] Pomocí skluzu genomu lze provést sekvenování celého plastidového genomu nebo plastomu za zlomek nákladů a času potřebného pro typické přístupy k sekvencování, jako je Sangerovo sekvenování.[3] Plastomy byly navrženy jako metoda nahrazující tradiční Čárové kódy DNA v rostlinách,[3] tak jako rbcL a matK geny čárových kódů. Ve srovnání s typickým čárovým kódem DNA produkuje sklizeň genomu plastomy za desetinu ceny za základnu.[5] Nedávné použití genomových sbírek plastomů umožnilo větší rozlišení fylogenií, vyšší diferenciaci konkrétních skupin v rámci taxonů a přesnější odhady biologické rozmanitosti.[9] Kromě toho se plastom používá k porovnání druhů v rámci rodu, aby se sledovaly evoluční změny a rozmanitost ve skupině.[9]

Při cílení na plastomy se navrhuje, aby se pro oblasti s jednou kopií dosáhlo minimální konečné hloubky sekvenování 30X, aby byla zajištěna vysoce kvalitní sestavení. Jednonukleotidové polymorfismy (SNP) s hloubkou menší než 20X by mělo být maskováno.[1]

Mitogenomy

The mitochondriální genom, nebo mitogenome, se používá jako a molekulární marker v mnoha různých studií, protože jeho mateřské dědictví, vysoký počet kopií v buňce, nedostatek rekombinace a vysoká rychlost mutace. Často se používá pro fylogenetické studie, protože je velmi jednotný napříč metazoanovými skupinami, s kruhovou dvouřetězcovou strukturou molekuly DNA, přibližně 15 až 20 kilobázemi, s 37 geny ribozomální RNA, 13 geny kódujícími proteiny a 22 geny pro přenos RNA. Sekvence mitochondriálních čárových kódů, jako je COI, NADH2, 16S rRNA, a 12S rRNA, lze také použít pro taxonomickou identifikaci.[10] Zvýšené publikování úplných mitogenomy umožňuje odvodit robustní fylogeneze napříč mnoha taxonomickými skupinami a může zachytit události, jako jsou přeskupení genů a umístění mobilních genetických prvků. Pomocí skluzu genomu k sestavení úplných mitogenomů lze vyřešit fylogenetickou historii a biodiverzitu mnoha organismů.[4]

Při cílení na mitogenomy neexistují žádné konkrétní návrhy na minimální hloubku konečného sekvenování, protože mitogenomy jsou u rostlinných druhů variabilnější co do velikosti a složitější, což zvyšuje obtížnost sestavování opakovaných sekvencí. Vysoce konzervované kódující sekvence a nerepetitivní přilehlé oblasti však lze sestavit pomocí referenční naváděcí sestava. Sekvence by měly být maskovány podobně jako cílení na plastomy a nukleární ribozomální DNA.[1]

Jaderné repetice (satelity nebo transponovatelné prvky )

Jaderné repetice v genomu jsou nedostatečně využívaným zdrojem fylogenetických údajů. Pokud je jaderný genom sekvenován na 5% genomu, budou přítomny tisíce kopií jaderných opakování. Ačkoli opakované sekvence budou pouze reprezentativní pro ty v celém genomu, ukázalo se, že tyto sekvenované frakce přesně odrážejí genomovou hojnost. Tyto opakování lze seskupit de novo a jejich početnost se odhaduje. Distribuce a výskyt těchto typů opakování může být fylogeneticky informativní a poskytovat informace o evoluční historii různých druhů.[1]

DNA s nízkou kopií

DNA s nízkou kopií se může ukázat jako užitečná pro vývojové a fylogenetické studie evoluce.[11] Lze jej těžit z frakcí s vysokou kopií mnoha způsoby, například vývojem primery z databází, které obsahují konzervované ortologní geny, konzervovaný ortologický gen s jednou kopií a geny sdílené kopie.[11] Další metodou je hledání nových sond, které cílí na geny s nízkou kopií pomocí transkriptomik přes Hyb-Seq.[11] Zatímco jaderné genomy shromážděné pomocí genomových sbírek jsou extrémně fragmentované, některé jaderné geny s jednou kopií s nízkou kopií lze úspěšně sestavit.[12]

Nízko kvantitativní degradovaná DNA

Předchozí metody pokusu o získání degradované DNA byly založeny na Sangerovo sekvenování a spoléhaly se na velké intaktní šablony DNA a byly ovlivněny kontaminací a metodou konzervace. Skenování genomu, na druhé straně, může být použito k extrakci genetické informace z konzervovaných druhů v herbáře a muzea, kde je DNA často velmi degradována a zbývá jen velmi málo.[4][13] Studie na rostlinách ukazují, že DNA stará až 80 let a s pouhými 500 pg degradované DNA může být použita pro sběr genomu k odvození genomové informace.[13] v herbář, i při nízkém výtěžku a nízké kvalitě DNA byla jedna studie stále schopná produkovat „vysoce kvalitní kompletní chloroplastové a ribozomální DNA sekvence“ ve velkém měřítku pro následné analýzy.[14]

V terénních studiích jsou bezobratlí skladováni v ethanolu, který je obvykle během studií založených na DNA zlikvidován.[15] Ukázalo se, že sklizeň genomu detekuje malé množství DNA z této ethanolové frakce a poskytuje informace o biomase vzorků ve frakci, mikrobiotě vnějších vrstev tkáně a obsahu střev (jako kořisti) uvolněném zvratkovým reflexem.[15] Skenování genomu tedy může poskytnout další metodu porozumění ekologie prostřednictvím DNA s nízkou kopií.[15]

Pracovní postup

Extrakce DNA

Extrakce DNA protokoly se budou lišit v závislosti na zdroji vzorku (tj. rostlinách, zvířatech atd.). Při sklizni genomu byly použity následující protokoly extrakce DNA:

Příprava knihovny

Příprava knihovny protokoly budou záviset na řadě faktorů: organismus, typ tkáně atd. V případě konzervovaných vzorků bude pravděpodobně nutné provést specifické úpravy protokolů přípravy knihovny.[1] Při sklizni genomu byly použity následující protokoly pro přípravu knihovny:

  • Sada pro přípravu vzorků Illumina TruSeq DNA[5][6][15]
  • Souprava Illumina TruSeq bez PCR[7][21]
  • Souprava pro sekvenování DNA NEXTFlex[18]
  • DNA NEBNext Ultra II[9][13][16]
  • NEBNext Multiplex Oligos[16]
  • Sada pro přípravu knihovny Nextera XT DNA[4]
  • Sada pro přípravu knihovny TruSeq Nano DNA LT[14][17]
  • Sada pro rychlé sekvencování[10]

Sekvenování

Sekvenování s krátkým nebo dlouhým čtením bude záviset na cílovém genomu nebo genech. Mikrosatelity v jaderných opakováních vyžaduje delší čtení.[23] Při skenování genomu byly použity následující platformy pro sekvenování:

Platformu Illumina MiSeq si někteří výzkumníci vybrali pro svou dlouhou délku čtení pro krátká čtení.[6]

Shromáždění

Po skluzu genomu může být organelární DNA s vysokou kopií sestaven s referenčním průvodcem nebo smontované de novo. Jaderné opakování s vysokou kopií lze seskupit de novo.[1] Vybraní asembleri budou záviset na cílovém genomu a na tom, zda se použijí krátká nebo dlouhá čtení. K sestavení genomů ze sbírek genomu byly použity následující nástroje:

jiný

Anotace

Anotace se používá k identifikaci genů v genomových sestavách. Zvolený anotační nástroj bude záviset na cílovém genomu a cílových vlastnostech daného genomu. Následující anotační nástroje byly použity při sklizni genomu k anotaci organelárních genomů:

jiný

Konstrukce fylogeneze

Sestavené sekvence jsou globálně zarovnáno, a pak fylogenetické stromy jsou konstruovány pomocí fylogenetického konstrukčního softwaru. Software zvolený pro konstrukci fylogeneze bude záviset na tom, zda a Maximální pravděpodobnost (ML), Maximální šetrnost (MP) nebo Bayesian Inference (BI) metoda je vhodná. Při sklizni genomu byly použity následující stavební programy fylogeneze:

Nástroje a potrubí

Byly vyvinuty různé protokoly, potrubí a bioinformatické nástroje, které pomáhají automatizovat následné procesy skluzu genomu.

Hyb-Seq

Hyb-Seq je nový protokol pro zachycení jaderných genů s nízkou kopií, který kombinuje obohacování cílů a sbírání genomu.[29] Cílové obohacení lokusů s nízkou kopií se dosahuje navrženými obohacovacími sondami pro specifické exony s jednou kopií, vyžaduje však genom a návrh transkriptomu cílového organismu. Cílově obohacené knihovny jsou poté sekvenovány a výsledná čtení zpracována, sestavena a identifikována. Pomocí čtení mimo cíl, rDNA cistrony a mohou být také smontovány kompletní plastomy. Prostřednictvím tohoto procesu je společnost Hyb-Seq schopna produkovat datové soubory v měřítku genomu fylogenomika.

GetOrganelle

GetOrganelle je sada nástrojů, která shromažďuje organelární genomy a využívá čtení genomu.[30] Čtení spojená s organelami se získávají pomocí upraveného přístupu „návnady a iterativní mapování“. Čtení vyrovnání do cílového genomu pomocí Bowtie2,[31] jsou označovány jako „čtení semen“. Odečty semen se používají jako „návnady“ k náboru více čtení souvisejících s organely pomocí více iterací rozšíření. Algoritmus rozšíření pro čtení používá a hašovací přístup, kde jsou čtení rozřezána na podřetězce určitých délek, označované jako „slova“. Při každé iteraci rozšíření jsou tato „slova“ přidána k a hash tabulka, označovaný jako „pool návnad“, který se s každou iterací dynamicky zvětšuje. Kvůli nízkému pokrytí sekvencí skimů genomu nejsou necílová čtení, dokonce ani ta, která mají vysokou sekvenční podobnost s cílovými čteními, do značné míry nepřijímána. Pomocí závěrečných přijatých čtení souvisejících s organellar provádí GetOrganelle a de novo shromáždění, použitím SPAdes.[32] The montážní graf je filtrován a rozmotán a vytváří všechny možné cesty grafu, a tedy všechny konfigurace kruhových organelárních genomů.

Skmer

Skmer je nástroj bez sestavení a bez zarovnání k výpočtu genomických vzdáleností mezi dotazem a referenčním genomem.[33] Skmer používá k výpočtu těchto vzdáleností dvoustupňový přístup. Nejprve generuje profilování frekvence k-mer pomocí nástroje s názvem JellyFish[34] a pak se tyto k-mery přemění na hashe.[33] Náhodná podmnožina těchto hashů je vybrána tak, aby vytvořila takzvanou „skicu“.[33] Ve své druhé fázi používá Skmer Mash[35] odhadnout Jaccardův index dvou z těchto skic.[33] Kombinace těchto 2 stupňů se používá k odhadu evoluční vzdálenosti.[33]

Geniální

Geniální je integrační softwarová platforma, která umožňuje uživatelům provádět různé kroky v bioinformatické analýze, jako je shromáždění, zarovnání, a fylogenetika začleněním dalších nástrojů do platformy založené na grafickém uživatelském rozhraní.[18][28]

In silico Skenování genomu

Přestože se jako nákladově efektivní metoda pro sekvenování organelárních genomů obvykle volí sklizeň genomu, sklizeň genomu lze provést in silico pokud již byla získána (hluboká) data sekvenování celého genomu. Ukázalo se, že sklizeň genomu zjednodušuje sestavování organelárního genomu podvzorkováním čtení jaderného genomu pomocí in silico sklizeň genomu.[36][37] Protože organelární genomy budou v buňce vysoce kopírovat, in silico sklizeň genomu v zásadě odfiltruje jaderné sekvence a ponechává vyšší poměr organelárních a nukleárních sekvencí pro sestavení, což snižuje složitost paradigmatu sestavení. In silico sklizeň genomu byla nejprve provedena jako proof-of-concept, optimalizace parametrů pro typ čtení, délku čtení a pokrytí sekvencování.[1]

Další aplikace

Kromě výše zmíněného současného použití se odstřeďování genomu uplatnilo i na jiné úkoly, jako je kvantifikace pylových směsí,[19] monitorování a zachování určitých populací.[38] Skenování genomu lze také použít pro volání variant, aby se prozkoumalo jednonukleotidové polymorfismy napříč druhem.[22]

Výhody

Skenování genomu je nákladově efektivní, rychlá a spolehlivá metoda generování velkých mělkých datových sad,[5] protože za běh je generováno několik datových sad (plastid, mitochondriální, jaderná).[3] Je velmi jednoduché jej implementovat, vyžaduje méně laboratorní práce a optimalizace a nevyžaduje a priori znalost organismu ani velikost jeho genomu.[3] To poskytuje cestu s nízkým rizikem pro biologický průzkum a generování hypotéz bez velkého nasazení zdrojů.[6]

Skenování genomu je obzvláště výhodný přístup, pokud jde o případy, kdy může být genomová DNA stará a degradována chemickým ošetřením, jako jsou vzorky z herbáře a muzejní sbírky,[4] do značné míry nevyužitý genomický zdroj. Skenování genomu umožňuje molekulární charakterizaci vzácných nebo vyhynulých druhů.[5] Konzervační procesy v ethanolu často poškozují genomovou DNA, což brání úspěchu standardních protokolů PCR[3] a další přístupy založené na amplikonech.[5] To představuje příležitost sekvenovat vzorky s velmi nízkými koncentracemi DNA bez nutnosti obohacování nebo amplifikace DNA. Ukázalo se, že příprava knihovny pro specifické pro sklizeň genomu funguje již s 37 ng DNA (0,2 ng / ul), což je 135krát méně, než doporučuje Illumina.[1]

Ačkoli se sklizeň genomu většinou používá k extrakci plastomů a mitogenomů s vysokou kopií, může také poskytnout částečné sekvence nukleárních sekvencí s nízkou kopií. Tyto sekvence nemusí být dostatečně úplné pro fylogenomickou analýzu, ale mohou být dostatečné pro návrh PCR primerů a sond pro přístupy založené na hybridizaci.[1]

Skenování genomu nezávisí na žádných konkrétních primerech a zůstává nedotčeno přeskupením genů.[4]

Omezení

Skenování genomu škrábe povrch genomu, takže to nebude stačit na biologické otázky, které vyžadují genovou predikci a anotaci.[6] Tyto následné kroky jsou nutné pro hlubší a smysluplnější analýzy.

Ačkoli plastidové genomové sekvence jsou hojné v genomu, přítomnost mitochondriálních a jaderných pseudogenů plastidového původu může potenciálně představovat problém pro plastomatické sestavy.[1]

Kombinace hloubky řazení a typu čtení a genomického cíle (plastom, mitogenom atd.) Ovlivní úspěšnost sestav s jedním koncem a párovým koncem, proto je nutné tyto parametry pečlivě zvolit.[1]

Škálovatelnost

Jak mokrá laboratoř, tak bioinformatická část skluzu genomu mají určité problémy se škálovatelností. Ačkoli jsou náklady na sekvenování při sklizni genomu v roce 2016 dostupné na 80 $ za 1 Gb, příprava knihovny na sekvenování je stále velmi drahá, minimálně ~ 200 $ za vzorek (od roku 2016). Většina protokolů pro přípravu knihoven navíc dosud nebyla plně automatizována pomocí robotiky. Na straně bioinformatiky je třeba navrhnout velké složité databáze a automatizované pracovní postupy, aby zvládly velké množství dat vyplývajících ze skluzu genomu. Je třeba implementovat automatizaci následujících procesů:[39]

  1. Sestavení standardních čárových kódů
  2. Shromáždění organelární DNA (stejně jako nukleární ribozomální tandemové repetice)
  3. Anotace různých sestavených fragmentů
  4. Odstranění potenciálních sekvencí kontaminantů
  5. Odhad pokrytí sekvenování genů s jednou kopií
  6. Extrakce čtení odpovídajících genům pro jednu kopii
  7. Identifikace neznámého vzorku z malé brokovnice nebo jakéhokoli fragmentu DNA
  8. Identifikace různých organismů z brokovnicového sekvenování environmentální DNA (metagenomika)

Některé z těchto problémů se škálovatelností již byly implementovány, jak je uvedeno výše v části „Nástroje a kanály“.

Viz také

Reference

  1. ^ A b C d E F G h i j k l m n Ó Straub, Shannon C. K .; Parks, Matthew; Weitemier, Kevin; Fishbein, Mark; Cronn, Richard C .; Liston, Aaron (únor 2012). „Navigace na špičce genomového ledovce: Sekvenování nové generace pro systematiku rostlin“. American Journal of Botany. 99 (2): 349–364. doi:10,3732 / ajb.1100335. PMID  22174336.
  2. ^ A b C Dodsworth, Steven (září 2015). „Skenování genomu pro analýzu biologické rozmanitosti nové generace“. Trendy ve vědě o rostlinách. 20 (9): 525–527. doi:10.1016 / j.tplantts.2015.06.012. PMID  26205170.
  3. ^ A b C d E F G Dodsworth, Steven Andrew, autor. Skenování genomu pro fylogenomiku. OCLC  1108700470.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  4. ^ A b C d E F G h i j k l m n Ó str Trevisan, Bruna; Alcantara, Daniel M.C .; Machado, Denis Jacob; Marques, Fernando P.L .; Lahr, Daniel J.G. (2019-09-13). „Skenování genomu je nízkonákladová a robustní strategie pro sestavení kompletních mitochondriálních genomů ze vzorků konzervovaných ethanolem ve studiích biodiverzity.“. PeerJ. 7: e7543. doi:10,7717 / peerj.7543. ISSN  2167-8359. PMC  6746217. PMID  31565556.
  5. ^ A b C d E F G h i j k l Malé, Pierre-Jean G .; Bardon, Léa; Besnard, Guillaume; Coissac, Eric; Delsuc, Frédéric; Engel, Julien; Lhuillier, Emeline; Scotti-Saintagne, Caroline; Tinaut, Alexandra; Chave, Jérôme (duben 2014). „Skenování genomu sekvenováním brokovnic pomáhá vyřešit fylogenezi rodiny pantropických stromů“. Zdroje molekulární ekologie. 14 (5): 966–75. doi:10.1111/1755-0998.12246. PMID  24606032.
  6. ^ A b C d E F G h i Denver, Dee R .; Brown, Amanda M. V .; Howe, Dana K .; Peetz, Amy B .; Zasada, Inga A. (2016-08-04). Round, June L. (ed.). „Skenování genomu: rychlý přístup k získání rozmanitých biologických poznatků o mnohobuněčných patogenech“. PLOS patogeny. 12 (8): e1005713. doi:10.1371 / journal.ppat.1005713. ISSN  1553-7374. PMC  4973915. PMID  27490201.
  7. ^ A b C d E F G h i j k Lin, Geng-Ming; Lai, Yu-Heng; Audira, Gilbert; Hsiao, Chung-Der (listopad 2017). "Jednoduchá metoda pro dekódování kompletních 18-5,8-28S rRNA opakovaných jednotek zelených řas pomocí genomu". International Journal of Molecular Sciences. 18 (11): 2341. doi:10,3390 / ijms18112341. PMC  5713310. PMID  29113146.
  8. ^ A b C d E F G Liu, Luxian; Wang, Yuewen; On, Peizi; Li, Pan; Lee, Joongku; Soltis, Douglas E .; Fu, Chengxin (04.04.2018). „Analýzy genomu chloroplastů a vývoj genomových zdrojů pro epilitické sesterské rody Oresitrophe a Mukdenia (Saxifragaceae) s využitím dat ze skluzu genomu“. BMC Genomics. 19 (1): 235. doi:10.1186 / s12864-018-4633-x. ISSN  1471-2164. PMC  5885378. PMID  29618324.
  9. ^ A b C d E F G h i j k l m Hinsinger, Damien Daniel; Strijk, Joeri Sergej (10.01.2019). „Plastom z Quercus xanthoclada a srovnání genomové diverzity mezi vybranými druhy Quercus pomocí skluzu genomu“. PhytoKeys. 132: 75–89. doi:10,3897 / phytokeys.132.36365. ISSN  1314-2003. PMC  6783484. PMID  31607787.
  10. ^ A b C d E F G h i Johri, Shaili; Solanki, Jitesh; Cantu, Vito Adrian; Fellows, Sam R .; Edwards, Robert A .; Moreno, Isabel; Vyas, Asit; Dinsdale, Elizabeth A. (prosinec 2019). "'Skenování genomu pomocí ručního sekvenceru MINION identifikuje druhy žraloků uvedených na seznamu CITES na indickém exportním trhu “. Vědecké zprávy. 9 (1): 4476. Bibcode:2019NatSR ... 9.4476J. doi:10.1038 / s41598-019-40940-9. ISSN  2045-2322. PMC  6418218. PMID  30872700.
  11. ^ A b C Berger, Brent A .; Han, Jiahong; Sessa, Emily B .; Gardner, Andrew G .; Shepherd, Kelly A .; Ricigliano, Vincent A .; Jabaily, Rachel S .; Howarth, Dianella G. (2017). „Nečekané hloubky dat pro sběr genomu: Případová studie zkoumající geny květinové symetrie Goodeniaceae1“. Aplikace v rostlinných vědách. 5 (10): 1700042. doi:10,3732 / aplikace. 1700042. ISSN  2168-0450. PMC  5664964. PMID  29109919.
  12. ^ Berger, Brent A .; Han, Jiahong; Sessa, Emily B .; Gardner, Andrew G .; Shepherd, Kelly A .; Ricigliano, Vincent A .; Jabaily, Rachel S .; Howarth, Dianella G. (říjen 2017). „Neočekávaná hloubka dat sběru genomu: Případová studie zkoumající geny květinové symetrie květů Goodeniaceae“. Aplikace v rostlinných vědách. 5 (10): 1700042. doi:10,3732 / aplikace. 1700042. ISSN  2168-0450. PMC  5664964. PMID  29109919.
  13. ^ A b C d E F G h Zeng, Chun-Xia; Hollingsworth, Peter M .; Yang, Jing; On, Zheng-Shan; Zhang, Zhi-Rong; Li, De-Zhu; Yang, Jun-Bo (06.06.2018). „Genomové vzorky herbáře pro čárové kódy DNA a fylogenomiku“. Rostlinné metody. 14 (1): 43. doi:10.1186 / s13007-018-0300-0. ISSN  1746-4811. PMC  5987614. PMID  29928291.
  14. ^ A b C d E F G h i j k Nevill, Paul G .; Zhong, Xiao; Tonti-Filippini, Julian; Byrne, Margaret; Hislop, Michael; Thiele, Kevin; van Leeuwen, Stephen; Boykin, Laura M .; Malý, Iane (01.01.2020). "Rozsáhlý sběr genomu z herbářového materiálu pro přesnou identifikaci rostlin a fylogenomiku". Rostlinné metody. 16 (1): 1. doi:10.1186 / s13007-019-0534-5. ISSN  1746-4811. PMC  6942304. PMID  31911810.
  15. ^ A b C d E F G h i j k Linard, B .; Arribas, P .; Andújar, C .; Crampton ‐ Platt, A .; Vogler, A. P. (2016). „Poučení ze skluzu genomu ethanolu zachovávajícího členovce“ (PDF). Zdroje molekulární ekologie. 16 (6): 1365–1377. doi:10.1111/1755-0998.12539. hdl:10044/1/49937. ISSN  1755-0998. PMID  27235167.
  16. ^ A b C d E F G h i Liu, Shih-Hui; Edwards, Christine E .; Hoch, Peter C .; Raven, Peter H .; Barber, Janet C. (květen 2018). „Skenování genomu poskytuje nový pohled na vztahy v sekci Ludwigia Macrocarpon, polyploidní komplex“. American Journal of Botany. 105 (5): 875–887. doi:10.1002 / ajb2.1086. PMID  29791715.
  17. ^ A b C d E F G h Nauheimer, Lars; Cui, Lujing; Clarke, Charles; Crayn, Darren M .; Bourke, Greg; Nargar, Katharina (2019). „Skenování genomu poskytuje dobře vyřešené plastidové a jaderné fylogeneze, které ukazují vzorce hlubokého vývoje síťky u rodu tropických masožravých rostlin Nepenthes (Caryophyllales)“. Australská systematická botanika. 32 (3): 243–254. doi:10.1071 / SB18057. ISSN  1030-1887.
  18. ^ A b C d E F G h i Ripma, Lee A .; Simpson, Michael G .; Hasenstab-Lehman, Kristen (prosinec 2014). „Geniální! Zjednodušené metody sbírání genomu pro fylogenetické systematické studie: případová studie u Oreocarya (Boraginaceae)“. Aplikace v rostlinných vědách. 2 (12): 1400062. doi:10,3732 / aplikace. 1400062. ISSN  2168-0450. PMC  4259456. PMID  25506521.
  19. ^ A b C d E F G h Lang, Dandan; Tang, Min; Hu, Jiahui; Zhou, Xin (listopad 2019). „Skenování genomu poskytuje přesnou kvantifikaci pylových směsí“. Zdroje molekulární ekologie. 19 (6): 1433–1446. doi:10.1111/1755-0998.13061. ISSN  1755-098X. PMC  6900181. PMID  31325909.
  20. ^ A b C d Stoughton, Thomas R .; Kriebel, Ricardo; Jolles, Diana D .; O'Quinn, Robin L. (březen 2018). „Objev nové generace linie: Případová studie hlíznaté Claytonia L.“ American Journal of Botany. 105 (3): 536–548. doi:10.1002 / ajb2.1061. PMID  29672830.
  21. ^ A b C d E F Dodsworth, Steven; Guignard, Maïté S .; Christenhusz, Maarten J. M .; Cowan, Robyn S .; Knapp, Sandra; Maurin, Olivier; Struebig, Monika; Leitch, Andrew R .; Chase, Mark W .; Forest, Félix (29.10.2018). „Potenciál herbariomy pro studium opakující se DNA v krytosemenných rostlinách“. Hranice v ekologii a evoluci. 6: 174. doi:10.3389 / fevo.2018.00174. ISSN  2296-701X.
  22. ^ A b C d Jackson, David; Emslie, Steven D; van Tuinen, Marcel (2012). „Skenování genomu identifikuje polymorfismus u populací a druhů rybáka“. Poznámky k výzkumu BMC. 5 (1): 94. doi:10.1186/1756-0500-5-94. ISSN  1756-0500. PMC  3292991. PMID  22333071.
  23. ^ A b C Xia, Yun; Luo, Wei; Yuan, Siqi; Zheng, Yuchi; Zeng, Xiaomao (prosinec 2018). „Vývoj mikrosatelitu ze sklizně genomu a sekvenování transkriptomů: srovnání strategií a poučení z druhů žab“. BMC Genomics. 19 (1): 886. doi:10.1186 / s12864-018-5329-r. ISSN  1471-2164. PMC  6286531. PMID  30526480.
  24. ^ A b C d E F G Fonseca, Luiz Henrique M .; Lohmann, Lúcia G. (leden 2020). „Zkoumání potenciálu dat sekvenování jaderných a mitochondriálních sekvencí generovaných pomocí skluzu genomu pro fylogenetiku rostlin: Případová studie z kladu neotropických lian“. Journal of Systematics and Evolution. 58 (1): 18–32. doi:10.1111 / jse.12533. ISSN  1674-4918.
  25. ^ A b C d Bock, Dan G .; Kane, Nolan C .; Ebert, Daniel P .; Rieseberg, Loren H. (únor 2014). „Odsávání genomu odhaluje původ druhů plodin hlíz Jeruzalémského artyčoku: ani z Jeruzaléma, ani z artyčoku“. Nový fytolog. 201 (3): 1021–1030. doi:10,1111 / nph.12560. PMID  24245977.
  26. ^ A b C d E F Richter, Sandy; Schwarz, Francine; Hering, Lars; Böggemann, Markus; Bleidorn, Christoph (prosinec 2015). „Užitečnost skluzu genomu pro fylogenomické analýzy prokázaná pro glyceridové vztahy (Annelida, Glyceridae)“. Biologie genomu a evoluce. 7 (12): 3443–3462. doi:10.1093 / gbe / evv224. ISSN  1759-6653. PMC  4700955. PMID  26590213.
  27. ^ A b C d E F G Grandjean, Frederic; Tan, Mun Hua; Gan, Han Ming; Lee, Yin Peng; Kawai, Tadashi; Distefano, Robert J .; Blaha, Martin; Role, Angela J .; Austin, Christopher M. (listopad 2017). „Rychlá obnova jaderných a mitochondriálních genů skluzem genomu ze sladkovodních raků na severní polokouli“. Zoologica Scripta. 46 (6): 718–728. doi:10.1111 / zsc.12247.
  28. ^ A b „Geneious - OSTR“. Citováno 2020-02-28.
  29. ^ Weitemier, Kevin; Straub, Shannon C. K .; Cronn, Richard C .; Fishbein, Mark; Schmickl, Roswitha; McDonnell, Angela; Liston, Aaron (září 2014). „Hyb-Seq: Kombinace obohacení cíle a odběru genomu pro fylogenomiku rostlin“. Aplikace v rostlinných vědách. 2 (9): 1400042. doi:10,3732 / aplikace. 1400042. ISSN  2168-0450. PMC  4162667. PMID  25225629.
  30. ^ Jin, Jian-Jun; Yu, Wen-Bin; Yang, Jun-Bo; Song, Yu; dePamphilis, Claude W .; Yi, Ting-Shuang; Li, De-Zhu (09.03.2018). „GetOrganelle: rychlý a všestranný soubor nástrojů pro přesné sestavení genomů organel de novo“. doi:10.1101/256479. Citovat deník vyžaduje | deník = (Pomoc)
  31. ^ Langmead, Ben; Salzberg, Steven L (březen 2012). „Rychlé zarovnání mezer při čtení s motýlkem 2“. Přírodní metody. 9 (4): 357–359. doi:10.1038 / nmeth.1923. ISSN  1548-7091. PMC  3322381. PMID  22388286.
  32. ^ Bankevich, Anton; Nurk, Sergey; Antipov, Dmitrij; Gurevich, Alexey A .; Dvorkin, Michail; Kulikov, Alexander S .; Lesin, Valery M .; Nikolenko, Sergey I .; Pham, Son; Prjibelski, Andrey D .; Pyshkin, Alexey V. (květen 2012). „SPAdes: Nový algoritmus shromáždění genomu a jeho aplikace při sekvenování jednotlivých buněk“. Journal of Computational Biology. 19 (5): 455–477. doi:10.1089 / cmb.2012.0021. ISSN  1066-5277. PMC  3342519. PMID  22506599.
  33. ^ A b C d E Sarmashghi, Shahab; Bohmann, Kristine; P. Gilbert, M. Thomas; Bafna, Vineet; Mirarab, Siavash (prosinec 2019). „Skmer: identifikace vzorku bez montáže a bez zarovnání pomocí sbírek genomu“. Genome Biology. 20 (1): 34. doi:10.1186 / s13059-019-1632-4. ISSN  1474-760X. PMC  6374904. PMID  30760303.
  34. ^ Marçais, Guillaume; Kingsford, Carl (15.03.2011). „Rychlý přístup bez zámku pro efektivní paralelní počítání výskytů k-merů“. Bioinformatika. 27 (6): 764–770. doi:10.1093 / bioinformatika / btr011. ISSN  1460-2059. PMC  3051319. PMID  21217122.
  35. ^ Ondov, Brian D .; Treangen, Todd J .; Melsted, Páll; Mallonee, Adam B .; Bergman, Nicholas H .; Koren, Sergey; Phillippy, Adam M. (prosinec 2016). „Mash: rychlý odhad vzdálenosti genomu a metagenomu pomocí MinHash“. Genome Biology. 17 (1): 132. doi:10.1186 / s13059-016-0997-x. ISSN  1474-760X. PMC  4915045. PMID  27323842.
  36. ^ Lin, Diana; Coombe, Lauren; Jackman, Shaun D .; Gagalova, Kristina K .; Warren, René L .; Hammond, S. Austin; Kirk, Heather; Pandoh, Pawan; Zhao, Yongjun; Moore, Richard A .; Mungall, Andrew J. (06.06.2019). Rokas, Antonis (ed.). „Kompletní sekvence chloroplastového genomu smrku bílého (Picea glauca, Genotype WS77111) z východní Kanady“. Oznámení o mikrobiologických zdrojích. 8 (23): e00381–19, /mra/8/23/MRA.00381–19.atom. doi:10.1128 / MRA.00381-19. ISSN  2576-098X. PMC  6554609. PMID  31171622.
  37. ^ Lin, Diana; Coombe, Lauren; Jackman, Shaun D .; Gagalova, Kristina K .; Warren, René L .; Hammond, S. Austin; McDonald, Helen; Kirk, Heather; Pandoh, Pawan; Zhao, Yongjun; Moore, Richard A. (2019-06-13). Stajich, Jason E. (ed.). „Kompletní sekvence chloroplastového genomu smrku Engelmann (Picea engelmannii, Genotype Se404-851) ze západní Kanady“. Oznámení o mikrobiologických zdrojích. 8 (24): e00382–19, /mra/8/24/MRA.00382–19.atom. doi:10.1128 / MRA.00382-19. ISSN  2576-098X. PMC  6588038. PMID  31196920.
  38. ^ Johri, Shaili; Doane, Michael; Allen, Lauren; Dinsdale, Elizabeth (2019-03-29). „Využití genomické revoluce k monitorování a ochraně chondrichthyanských populací“. Rozmanitost. 11 (4): 49. doi:10,3390 / d11040049. ISSN  1424-2818.
  39. ^ Coissac, Eric; Hollingsworth, Peter M .; Lavergne, Sébastien; Taberlet, Pierre (duben 2016). „Od čárových kódů po genomy: rozšíření koncepce čárových kódů DNA“. Molekulární ekologie. 25 (7): 1423–1428. doi:10.1111 / mec.13549. PMID  26821259.