Toponomie - Toponomics

Nesmí být zaměňována s Toponymie.

Toponomie je disciplína v biologie systémů, biologie molekulárních buněk, a histologie týkající se studia toponome organismů.[1][2] Cílem oboru je dekódovat úplný toponom ve zdraví a nemoci (projekt lidského toponomu)[3]- což je další velká výzva pro člověka biotechnologie po dekódování lidského genomu.[3][4]

A toponome je prostorová síť kód bílkovin a další biomolekuly v morfologicky neporušené buňky a tkáně.[2][5]

Prostorovou organizaci biomolekul v buňkách přímo odhaluje zobrazovací cyklická mikroskopie s funkčním rozlišením bez omezení parametrů a rozměrů. Výsledné struktury toponomu jsou hierarchicky uspořádány a lze je popsat kódem se třemi symboly.[1][5][6][7]

Etymologie

Podmínky toponome a toponomika byly zavedeny v roce 2003 Walterem Schubertem na základě pozorování s zobrazovací cyklické mikroskopy (ICM).[1]

Toponome odvozeno od starořeckých podstatných jmen topos (τόπος, 'místo, pozice') a 'nomos„(νόμος,„ zákon “). Proto toponomika je popisný termín řešení skutečnosti, že následuje prostorová síť biomolekul v buňkách topologické pravidla umožňující koordinované akce.[1]

Reference

  1. ^ A b C d Schubert, W (2003). Topologická proteomika, toponomie, technologie MELK. Pokroky v biochemickém inženýrství / biotechnologii. 83. 189–209. doi:10.1007/3-540-36459-5_8. ISBN  978-3-540-00546-9. PMID  12934931.
  2. ^ A b Schubert, W (2013). "Toponomics". „Toponomics“ in Dubitzky, Wolkenhauer, Cho, Yokota. Encyclopedia of Systems Biology. Springer New York. 2191–2212. doi:10.1007/978-1-4419-9863-7_631. ISBN  978-1-4419-9862-0.
  3. ^ A b Cottingham, Katie (květen 2008). „Human Toponome Project | Human Proteinpedia is open for (free) business“. Journal of Proteome Research. 7 (5): 1806. doi:10.1021 / pr083701k.
  4. ^ Abott, A (12. října 2006). ""Mapování soudržnosti "(vrchol výzkumu odkazující na Schubert et al. 2006)". Příroda. 443 (7112): 608–609. Bibcode:2006 Natur.443..608.. doi:10.1038 / 443608a.
  5. ^ A b Schubert, Walter; Bonnekoh, Bernd; Pommer, Ansgar J; Philipsen, Lars; Böckelmann, Raik; Malykh, Yanina; Gollnick, Harald; Friedenberger, Manuela; Bode, Marcus; Šaty, Andreas W M (1. října 2006). "Analýza topologie a funkce proteomu automatizovanou multidimenzionální fluorescenční mikroskopií". Přírodní biotechnologie. 24 (10): 1270–1278. doi:10.1038 / nbt1250. PMID  17013374. S2CID  30436820.
  6. ^ Schubert, Walter (červen 2007). "Tříznakový kód pro organizované proteomy založený na cyklickém zobrazování proteinových lokací". Cytometrie část A. 71A (6): 352–360. doi:10,1002 / cyto.a.20281. PMID  17326231. S2CID  3132423.
  7. ^ Schubert, W. „Přímé, prostorové zobrazování náhodně velkých supermolekul pomocí parametricky neomezeného TIS zobrazovacího cyklovače mikroskopie“ (PDF). Mezinárodní konference o mikroskopii 2013. Citováno 2013-09-23.