Toponome - Toponome - Wikipedia

The toponome je prostorová síť kód bílkoviny a další biomolekuly morfologicky neporušený buňky a papírové kapesníky.[1] Je mapován a dekódován pomocí mikroskopie zobrazovacího cyklovače (ICM) in situ schopný co-map mnoho tisíc supermolekuly v jednom vzorku (tkáňový řez nebo vzorek buňky při vysokém subcelulárním rozlišení). Termín "toponom" je odvozen od starořečtina podstatná jména „topos“ (τόπος; místo, poloha) a „nomos“ (νόμος; zákon) a termín „toponomika „odkazuje na studii toponomu. Představil ji Walter Schubert v roce 2003.[2] Řeší skutečnost, že následuje síť biomolekul v buňkách a tkáních topologické pravidla umožňující koordinované akce. Například povrch buňky toponome poskytuje prostorový proteinový interakční kód pro provádění buněčného pohybu, „kodex chování“.[2][3][4] To je skutečně závislé na specifickém prostorovém uspořádání podobných a odlišných kompozic supermolekul (kompoziční periodicita) se specifickým prostorovým uspořádáním podél buněčné povrchové membrány. Toto prostorové pořadí se periodicky opakuje, když se buňka pokouší vstoupit do průzkumného stavu ze sférického stavu (prostorová periodicita).[5] Tento prostorový toponomový kód je hierarchicky uspořádán s olověnými biomolekulami, protibarvenými (chybí) biomolekulami[2][3] a zástupné molekuly, které jsou variabilně asociovány s hlavní biomolekulou (molekulami). Bylo prokázáno, že inhibice olověných molekul v povrchové membráně vede k demontáži odpovídající biomolekulární sítě a ztrátě funkce.[3][4]

Citace

  1. ^ Schubert, W (2013). "Toponomics". „Toponomics“ in Dubitzky, Wolkenhauer, Cho, Yokota. Encyclopedia of Systems Biology. Springer New York. 2191–2212. doi:10.1007/978-1-4419-9863-7_631. ISBN  978-1-4419-9862-0.
  2. ^ A b C Schubert, W (2003). Topologická proteomika, toponomie, technologie MELK. Pokroky v biochemickém inženýrství / biotechnologii. 83. 189–209. doi:10.1007/3-540-36459-5_8. ISBN  978-3-540-00546-9. PMID  12934931.
  3. ^ A b C Schubert, Walter; Bonnekoh, Bernd; Pommer, Ansgar J; Philipsen, Lars; Böckelmann, Raik; Malykh, Yanina; Gollnick, Harald; Friedenberger, Manuela; Bode, Marcus; Šaty, Andreas W M (1. října 2006). "Analýza topologie a funkce proteomu automatizovanou multidimenzionální fluorescenční mikroskopií". Přírodní biotechnologie. 24 (10): 1270–1278. doi:10.1038 / nbt1250. PMID  17013374. S2CID  30436820.
  4. ^ A b Schubert, Walter (15. září 2010). Msgstr "O původu funkcí buněk zakódovaných v toponomu". Journal of Biotechnology. 149 (4): 252–259. doi:10.1016 / j.jbiotec.2010.03.009. PMID  20362632.
  5. ^ Schubert, Walter (leden 2014). „Systematické, prostorové zobrazování velkých multimolekulárních sestav a nastupující principy supramolekulárního řádu v biologických systémech“. Journal of Molecular Recognition. 27 (1): 3–18. doi:10,1002 / jmr.2326. PMC  4283051. PMID  24375580.