Reactome - Reactome

Reactome: databáze reakcí, cest a biologických procesů.
Logo Reactome
Obsah
PopisReactome: databáze reakcí, cest a biologických procesů.
Kontakt
Primární citacePMID  29145629
Přístup
Datový formátBioPAX
SBML
webová stránkahttps://reactome.org
Stáhnout URLhttps://reactome.org/download-data
webová služba URLhttps://reactome.org/ContentService/

Reactome je bezplatná online databáze biologické cesty.[1][2][3] Existuje několik reaktomů, které se soustředí na konkrétní organismy, na největší z nich biologie člověka, následující popis se soustředí na lidský Reactome. Jeho autorem jsou zkušení biologové ve spolupráci s redakcí Reactome, kteří jsou biologové na úrovni PhD. Obsah je křížově odkazován na mnoho bioinformatických databází. Důvodem Reactome je vizuálně reprezentovat biologické cesty v úplných mechanických detailech a současně zpřístupnit zdrojová data ve výpočetně přístupném formátu.

Web lze použít k procházení cest a odesílání dat do sady nástrojů pro analýzu dat. Podkladová data jsou plně ke stažení v řadě standardních formátů včetně PDF, SBML a BioPAX. Pathway diagrams use a Systems Biology Graphical Notation (SBGN ) na základě stylu.

Základní jednotkou datového modelu Reactome je reakce. Entity (nukleové kyseliny, proteiny, komplexy a malé molekuly) účastnící se reakcí tvoří síť biologických interakcí a jsou seskupeny do drah. Mezi příklady biologických cest v Reactome patří signalizace, vrozená a získaná imunitní funkce, transkripční regulace, translace, apoptóza a klasický intermediární metabolismus.

Dráhy představované v Reactome jsou druhově specifické, přičemž každý krok dráhy je podporován citacemi z literatury, které obsahují experimentální ověření představovaného procesu. Pokud neexistuje žádné experimentální ověření pomocí lidských reagencií, mohou cesty obsahovat kroky ručně odvozené z experimentálních podrobností jiných než člověk, ale pouze v případě, že odborný biolog jmenovaný jako autor cesty a druhý biolog jmenovaný jako recenzent souhlasí s tím, že se jedná o platný závěr k provedení. Lidské dráhy se používají k výpočetnímu generování drah odvozených z ortologického procesu v jiných organismech.

Organizace databáze

V Reactome jsou lidské biologické procesy anotovány jejich rozdělením do řady molekulárních událostí. Stejně jako reakce klasické chemie má každá událost Reactome vstupní fyzické entity (substráty), které interagují, případně za pomoci enzymů nebo jiných molekulárních katalyzátorů, za vzniku výstupních fyzických entit (produktů).

Mezi reakce patří klasické chemické přeměny intermediárního metabolismu, vazebné události, tvorba komplexu, transportní události, které řídí molekuly mezi buněčnými kompartmenty, a události, jako je aktivace proteinu štěpením jedné nebo více jeho peptidových vazeb. Jednotlivé události lze seskupit do cest.

Fyzickými entitami mohou být malé molekuly, jako je glukóza nebo ATP, nebo velké molekuly, jako je DNA, RNA a proteiny, kódované přímo nebo nepřímo v lidském genomu. Fyzické entity odkazují na příslušné externí databáze, jako jsou UniProt pro bílkoviny a ChEBI pro malé molekuly. Lokalizace molekul do subcelulárních kompartmentů je klíčovým rysem regulace lidských biologických procesů, takže molekuly v databázi Reactome jsou spojeny se specifickými místy. V Reactome jsou tedy případy stejné chemické entity na různých místech (např. Extracelulární glukóza a cytosolická glukóza) považovány za odlišné chemické entity.

The Genová ontologie řízené slovníky se používají k popisu subcelulárních poloh molekul a reakcí, molekulárních funkcí a větších biologických procesů, kterých je specifická reakce součástí.

Obsah databáze

Databáze obsahuje kurátorské anotace, které pokrývají různorodou sadu témat v molekulární a buněčná biologie. Podrobnosti o současných a budoucích anotačních projektech najdete v kalendář anotačních projektů.

Témata anotace zahrnují;

Nástroje

Na webu existují nástroje pro prohlížení interaktivního diagramu cest, provádění mapování cest a analýzu nadměrné reprezentace cest a pro překrývání dat výrazů na cesty Reactome. Nástroje pro mapování cest a nadměrné zastoupení berou jeden sloupec identifikátorů proteinů / sloučenin, upřednostňují se přístupy Uniprot a ChEBI, ale rozhraní bude akceptovat a interpretovat mnoho dalších identifikátorů nebo symbolů. Lze použít smíšené identifikátory. Výsledky nadměrného zastoupení jsou prezentovány jako seznam statisticky nadměrně zastoupených cest (všimněte si, že výchozí zobrazení zobrazuje pouze hlavní témata cest, která nemusí být nejvýznamnější, kliknutím na tlačítko Otevřít vše zobrazíte podcesty).

Údaje o výrazech se zadávají ve vícesloupcovém formátu, první sloupec identifikující protein, u dalších sloupců se očekávají hodnoty číselného výrazu, ve skutečnosti to může být libovolná číselná hodnota, např. diferenciální exprese, kvantitativní proteomika, skóre GWAS. Data exprese jsou v diagramech drah reprezentována jako zabarvení odpovídajících proteinů pomocí barev viditelného spektra, takže „horké“ červené barvy představují vysoké hodnoty. Pokud je odesláno více sloupců číselných dat, může je překryvný nástroj zobrazit jako samostatné „experimenty“, např. časové body nebo progrese onemocnění.

Databázi lze procházet a prohledávat jako online učebnici.[4] K dispozici je online uživatelská příručka. Uživatelé si také mohou stáhnout aktuální soubor dat nebo jednotlivé cesty a reakce v různých formátech včetně PDF, BioPAX, a SBML [5]

Odkazy na Reactome

Viz také

Reference

  1. ^ Croft, D .; O'Kelly, G .; Wu, G .; Haw, R .; Gillespie, M .; Matthews, L .; Caudy, M .; Garapati, P .; Gopinath, G .; Jassal, B .; Jupe, S .; Kalatskaya, I .; Mahajan, S .; Možná.; Ndegwa, N .; Schmidt, E .; Shamovsky, V .; Yung, C .; Birney, E .; Hermjakob, H .; d'Eustachio, P .; Stein, L. (2010). „Reactome: Databáze reakcí, cest a biologických procesů“. Výzkum nukleových kyselin. 39 (Problém s databází): D691 – D697. doi:10.1093 / nar / gkq1018. PMC  3013646. PMID  21067998.
  2. ^ Joshi-Tope, G .; Gillespie, M .; Vastrik, I .; d'Eustachio, P .; Schmidt, E .; De Bono, B .; Jassal, B .; Gopinath, G .; Wu, G .; Matthews, L .; Lewis, S .; Birney, E .; Stein, L. (2004). „Reactome: Znalostní databáze biologických cest“. Výzkum nukleových kyselin. 33 (Problém s databází): D428 – D432. doi:10.1093 / nar / gki072. PMC  540026. PMID  15608231.
  3. ^ Croft D, Mundo AF, Haw R, Milacic M, Weiser J, Wu G, Caudy M, Garapati P, Gillespie M, Kamdar MR, Jassal B, Jupe S, Matthews L, květen B, Palatnik S, Rothfels K, Shamovsky V Song H, Williams M, Birney E, Hermjakob H, Stein L, D'Eustachio P (2014). „Databáze znalostí o cestě Reactome“. Nucleic Acids Res. 42 (Problém s databází): D472–7. doi:10.1093 / nar / gkt1102. PMC  3965010. PMID  24243840.
  4. ^ Haw, R; Stein, L (červen 2012). „Používání databáze reaomů“. Současné protokoly v bioinformatice. Kapitola 8: Jednotka 8.7. doi:10.1002 / 0471250953.bi0807s38. PMC  3427849. PMID  22700314.
  5. ^ Croft, D (2013). "Vytváření modelů pomocí Reactome cest jako šablon". Metody v molekulární biologii. 1021: 273–83. doi:10.1007/978-1-62703-450-0_14. PMID  23715990.
  6. ^ Bohler, Anwesha; Wu, Guanming; Kutmon, Martina; Pradhana, Leontius Adhika; Coort, Susan L .; Hanspers, Kristina; Haw, Robin; Pico, Alexander R .; Evelo, Chris T .; Blackwell, Kim T. (20. května 2016). „Reactome z pohledu WikiPathways“. PLOS výpočetní biologie. 12 (5): e1004941. doi:10.1371 / journal.pcbi.1004941. PMC  4874630. PMID  27203685.

Související zdroje

Další databáze molekulárních drah