Celosvětová proteinová banka - Worldwide Protein Data Bank

Proteinová datová banka
Wwpdb-logo.png
Obsah
Popis
Přístup
Datový formátmmCIF, PDB
webová stránka

The Celosvětová proteinová banka, wwPDB, je organizace, která spravuje archiv makromolekulární struktura. Jeho úkolem je udržovat jeden Proteinová datová banka Archiv makromolekulární strukturální data, která jsou volně a veřejně dostupná globální komunitě.[1][2]

Organizace má čtyři členy:[3]

WwPDB byla založena v roce 2003 RCSB PDB (USA), PDBe (Evropa) a PDBj (Japonsko). V roce 2006 se BMRB (USA) připojilo k wwPDB.

Stránky každého člena mohou přijímat strukturální data a zpracovávat je. Zpracované údaje se zasílají „správci archivu“. RCSB PDB v současné době funguje jako „správce archivu“. Tím je zajištěno, že existuje pouze jedna verze dat, která je pro všechny uživatele identická. Upravená databáze se poté zpřístupní ostatním členům wwPDB, z nichž každý zpřístupní výsledné soubory struktury prostřednictvím svých webových stránek veřejnosti. (Data jsou přístupná ze samotného webu wwPDB pouze prostřednictvím odkazů na členské weby.) Členské weby jsou více než jen zrcadla správce archivu, protože členové nabízejí na svých webových stránkách různé nástroje pro analýzu struktur v databázi.

Úspěchy (převzato z wwPDB výroční zprávy )

  • 2008 WwPDB nyní vyžaduje, aby kromě atomových souřadnic musely být předpokladem pro získání PDB ID uloženy také amplitudy a intenzity strukturních faktorů (pro depozice krystalové struktury) a omezení NMR (pro depozice struktury NMR).
  • 2007 Vydán opravený PNR. Sanace zahrnovala změnu nomenklatury tak, aby odpovídala standardům IUPAC.[4]

Viz také

Reference

  1. ^ Celosvětová proteinová banka. URL: http://www.wwpdb.org. Datum přístupu: 22. dubna 2009.
  2. ^ Berman H, Henrick K, Nakamura H (prosinec 2003). "Vyhlášení celosvětové Protein Data Bank". Nat. Struct. Biol. 10 (12): 980. doi:10.1038 / nsb1203-980. PMID  14634627.
  3. ^ H., Berman; Henrick, K .; Nakamura, H .; Markley, J. L. (leden 2007). „Celosvětová Proteinová datová banka (wwPDB): zajištění jednotného a jednotného archivu dat PDB“ (PDF). Nucleic Acids Res. 35 (Problém s databází): D301 – D303. doi:10.1093 / nar / gkl971. PMC  1669775. PMID  17142228. Citováno 1/3/2008. Zkontrolujte hodnoty data v: | accessdate = (Pomoc)
  4. ^ H., Berman; et al. (Leden 2008). „Sanace archivu datové banky proteinů“. Nucleic Acids Res. 36 (Problém s databází): D426 – D433. doi:10.1093 / nar / gkm 937. PMC  2238854. PMID  18073189. Citováno 1/3/2008. Zkontrolujte hodnoty data v: | accessdate = (Pomoc)

externí odkazy

  • Oficiální webové stránky
  • Členské organizace
    • RCSB PDB, Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Databank (USA)
    • PDBe „Proteinová datová banka v Evropě
    • PDBj, Protein Data Bank Japan
    • BMRB, Databáze biologických magnetických rezonancí (USA)