YIF1A - YIF1A

YIF1A
Identifikátory
AliasyYIF1A, 54TM, FinGER7, YIF1, YIF1P, Yip1 interagující faktor homolog A, membránový transportní protein
Externí IDOMIM: 611484 MGI: 1915340 HomoloGene: 56295 Genové karty: YIF1A
Umístění genu (člověk)
Chromozom 11 (lidský)
Chr.Chromozom 11 (lidský)[1]
Chromozom 11 (lidský)
Genomické umístění pro YIF1A
Genomické umístění pro YIF1A
Kapela11q13.2Start66,284,580 bp[1]
Konec66,289,145 bp[1]
Exprese RNA vzor
PBB GE YIF1A 202418 na fs.png
Další údaje o referenčních výrazech
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez

10897

68090

Ensembl

ENSG00000174851

ENSMUSG00000024875

UniProt

O95070

Q91XB7

RefSeq (mRNA)

NM_001300861
NM_020470

NM_026553

RefSeq (protein)

NP_001287790
NP_065203

NP_080829

Místo (UCSC)Chr 11: 66,28 - 66,29 MbChr 19: 5,09 - 5,09 Mb
PubMed Vyhledávání[3][4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověkaZobrazit / upravit myš

Protein YIF1A je protein že u lidí je kódován YIF1A gen.[5][6][7][8]

Gen

Obecné vlastnosti

YIF1A (Yip1 interagující faktor homolog A) je také známý jako YIF1, YIF1P, FinGER7 a 54TM.[9] Má 4 591 párů bází s 8 exony a nachází se na minusovém řetězci chromozóm 11, v 11q13.2, u lidí.[10]

Organizátoři

Předpovídají se čtyři promotér pro YIIF1A. [11] Předpovězená promotorová oblast s nejvyšší spolehlivostí je GXP_50494 a má 1252 párů bází; rozšiřuje se za první exon YIF1A. Tento promotor je umístěn na minusovém řetězci chromozomu 11.

Transkripční faktory

Promotor YIF1A transkriptové varianty 1 obsahuje řadu vazebných míst transkripčního faktoru.[12] Transkripční faktory, u nichž se předpokládá, že se vážou na promotorovou oblast, zahrnují následující.

  • Protein akutní myeloidní leukémie 1, RUNX1 (transkripční faktor 1 související s runt)
  • Protein se zinkovým prstem 263, ZKSCAN12 (protein se zinkovým prstem s doménami KRAB a SCAN 12)
  • E2F transkripční faktor 1
  • EGR1, časná reakce na růst 1
  • Faktor vázání GATA 1
  • Transkripční faktor podobný CP2 (LBP-9)
  • X-box vázající protein RFX1
  • Prvky estrogenové odpovědi (ER alfa), místa IR3
  • Laktotransferrin a deltalactoferrin, protein inhibující růst 12
  • TGFB-indukovatelný protein 1 pro včasnou růstovou reakci (KLF10)

Výraz

Výraz YIF1A je nejvyšší v duodenum a játra. Rovněž je exprimován v mírných hladinách v tkáních, včetně tlustého střeva, vaječníků, pankreatu, sleziny a jícnu, a je exprimován v nižších hladinách v různých jiných tkáních. [13][14][15]Data NCBI GeoProfile poskytují graf tkáňové exprese pro YIF1A u lidí; také to naznačuje, že YIF1A je exprimován ve všech ostatních tkáních mírně až středně nízko.[16]

mRNA

Schematické znázornění YIF1A s doménami a úpravami po překladu.

YIF1A má izoformy 1 a 2 s exony 8 a 7.[17] Tyto dva transkripty procházejí střídavým sestřihem a jsou přeloženy do proteinů s 293, respektive 241 aminokyselinami.[18][19]

Proteiny vázající RNA

5 'nepřekládaná oblast má predikovaná místa pro vazbu pomocí RBXM, EIF4B, a FUS. 3 'nepřekládaná oblast má predikovaná místa pro vazbu pomocí ELAVL1, což jsou prvky bohaté na AU a regulují stabilitu mRNA.[20]

Protein

Obecné vlastnosti

Nejdelší protein izoforma YIF1A má délku 293 aminokyselin. Má předpokládanou molekulovou hmotnost přibližně 32,0 kDa izoelektrický bod přibližně 8,98.[21][22][23]

Složení

YIF1 je velmi normální protein, pokud jde o množství aminokyselin, které obsahuje. Složení každého aminokyselinového zbytku je podobné jeho průměrnému relativnímu složení mezi lidskými proteiny. Neexistují žádné klastry, běhy ani vzory poplatků. Existuje opakující se struktura proteinu YIF1A při [201-204 a 288-291] TFHL.[24]

Doména a motivy

YIF1A má konzervovanou doménu pfam03878 (AA 57 → 287).[25]V doméně je 5 transmembránových domén, 3 necytosolické domény a 3 cytosolické domény. Předpokládala se hypotéza, že v dopravě existuje možná role endoplazmatické retikulum a Golgi. [26]

Struktura

Struktura proteinu YIF1A generovaná I-Tasserem a vizualizovaná pomocí iCn3D.[27][28] Transmembránové domény jsou červené, necytosolické domény žluté a cytosolické domény tmavě růžové.

Struktura YIF1A se skládá z přibližně 59% alfa-šroubovic, přičemž zbytek struktury tvoří šroubovice TM a neuspořádané oblasti; nebyl předpovídán žádný beta-řetězec.[29]

Lokalizace

Předpovídané umístění YIF1A je v endoplazmatickém retikulu s intracelulárním N-koncem a extracelulárním C-koncem.[30][31]

Posttranslační úpravy

YIF1A podléhá štěpení methioninem a N-koncem acetylace, což je jedna z nejběžnějších posttranslačních modifikací eukaryotických proteinů.[32]Rovněž fosforyloval nespecifikovanými kinázami na několika místech.[33] Ve zbytku lysinu se předpokládá tři glykační místo (lys 104,161 a 211).[34] YIF1A prochází modifikací O-ß-GlcNAc na 5 místech, z nichž 1 jsou místa Yin-Yang. [35]

Interagující protein

Na základě fluorescenční mikroskopie, ověřené dva hybridní a anti-tag koimmunoprecipitace, protein, který s největší pravděpodobností interaguje s YIF1A GPR37, SEC23IP, REEP2, a YIPF5. Studie naznačují, že interakce mezi VAPB a YIF1A dodává membránu do dendritů.[36] Podílí se také na ER rozvinuté proteinové odpovědi (UPR) indukcí ERN1 / IRE1.[37] Navíc protein YIF1A interaguje s proteinem M z SARS-CoV-2.[38]

Koncepční překlad Hsa_YIF1A transkriptu varianta 1, mRNA (NM 020470)

Homologie

YIF1A má jediný Paralog nazvaný YIF1B, který se nachází na lidském chromozomu 19.[39]YIF1A má 238 identifikovaných ortology.[40] Ortolog obsahuje obratlovce, jako jsou savci, obojživelníci, a plazi. Má také bezobratlých druhy jako Insecta, Anthozoa, a Ascidiacea. U protistů, bakterií nebo archaeí nebyl nalezen žádný ortolog.

Následující tabulka poskytuje ukázku ortologu YIF1A.

Rod a druhPřístupové číslo[25]Datum odchylky (MYA)[41]Sekvenční délka (AA)Identita sekvence[42]
Homo sapiens (Člověk)NP_0652030293100
Aotus nancymaae (Ma's night monkey)XP_0123183444331794
Mus musculus (Myš)NP_0808299029393
Sus scrofa (Divočák)XP_0138495199631192
Delphinapterus leucas (Bílá velryba)XP_0224470949630691
Phascolarctos cinereus (Koala)XP_02082375715929388
Ornithorhynchus anatinus (Ptakopysk)XP_02891598217729388
Chelonia mydas (Zelená želva)XP_00705628131224078
Chrysemys picta bellii (Malovaná želva)XP_00530549731229373
Microcaecilia unicolor (Amph.)XP_02947052035230672
Rhinatrema bivittatum (Dvouřadý caecilian)XP_02947052035230771
Latimeria chalumnae (Gombessa)XP_01434520441329671
Salmo trutta (Brown trou)XP_02958584343530970
Echeneis naucrates (živý sharksucker)XP_02936807443530866
Danio rerio (Zebrafish)NP_95622543530765
Zebra Maylandia (zebra mbuna)XP_00454567243530863
Saccharomyces cerevisiae S288C (Pekařské droždí)NP_014136101731433
Physcomitrium patens (mech)XP_024362517127528230

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000174851 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000024875 - Ensembl, Květen 2017
  3. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  4. ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  5. ^ Vitale G, Alexandrov K, Ullrich O, Horiuchi H, Giner A, Dobson C a kol. (Leden 1997). "Cyklus GDP / GTP Rab5 v regulaci přenosu endocytotické membrány". Cold Spring Harbor Symposia o kvantitativní biologii. 60: 211–20. doi:10.1101 / SQB.1995.060.01.024. PMID  8824393.
  6. ^ Matern H, Yang X, Andrulis E, Sternglanz R, Trepte HH, Gallwitz D (září 2000). „Nový membránový protein Golgi je součástí proteinového komplexu vázajícího GTPázu zapojeného do cílení vezikul“. Časopis EMBO. 19 (17): 4485–92. doi:10.1093 / emboj / 19.17.4485. PMC  302084. PMID  10970842.
  7. ^ Yoshida Y, Suzuki K, Yamamoto A, Sakai N, Bando M, Tanimoto K a kol. (Listopad 2008). „YIPF5 a YIF1A recyklují mezi ER a Golgiho aparátem a podílejí se na údržbě Golgiho struktury“. Experimentální výzkum buněk. 314 (19): 3427–43. doi:10.1016 / j.yexcr.2008.07.023. PMID  18718466.
  8. ^ "Entrez Gene: YIF1A Yip1 interagující faktor homolog A (S. cerevisiae)".
  9. ^ „Geny související s YIF1A - výsledky hledání GeneCards“. www.genecards.org. Citováno 2020-06-21.
  10. ^ „YIF1A - Gene - NCBI“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2020-06-21.
  11. ^ "Genomatix: Anotace genomu a prohlížeč: Zadání dotazu". www.genomatix.de. Citováno 2020-07-30.
  12. ^ "Genomatix: MatInspector Input". www.genomatix.de. Citováno 2020-08-03.
  13. ^ Fagerberg L, Hallström BM, Oksvold P, Kampf C, Djureinovic D, Odeberg J a kol. (Únor 2014). „Analýza exprese specifické pro lidskou tkáň pomocí genomové integrace transkriptomik a proteomiky založené na protilátkách“. Molekulární a buněčná proteomika. 13 (2): 397–406. doi:10,1074 / mcp.M113.035600. PMC  3916642. PMID  24309898.
  14. ^ Duff MO, Olson S, Wei X, Garrett SC, Osman A, Bolisetty M a kol. (Květen 2015). „Identifikace rekurzivního sestřihu nulového nukleotidu v Drosophile v celém genomu“. Příroda. 521 (7552): 376–9. doi:10.1038 / příroda14475. PMC  4529404. PMID  25970244.
  15. ^ Szabo L, Morey R, Palpant NJ, Wang PL, Afari N, Jiang C a kol. (Červen 2015). „Statisticky založená detekce sestřihu odhaluje nervové obohacení a tkáňově specifickou indukci kruhové RNA během vývoje lidského plodu“. Genome Biology. 16: 126. doi:10.1186 / s13059-015-0690-5. PMC  4506483. PMID  26076956.
  16. ^ „GDS596 / 202418_at“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2020-08-02.
  17. ^ „YIF1A - Gene - NCBI“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2020-06-21.
  18. ^ „protein YIF1A isoform 2 [Homo sapiens] - Protein - NCBI“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2020-07-28.
  19. ^ „protein YIF1A isoform 1 [Homo sapiens] - Protein - NCBI“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2020-07-28.
  20. ^ „RBPDB: Databáze RNA-vazebných specificit“. rbpdb.ccbr.utoronto.ca. Citováno 2020-08-01.
  21. ^ „protein YIF1A isoform 1 [Homo sapiens] - Protein - NCBI“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2020-07-28.
  22. ^ "SAPS . www.ebi.ac.uk. Citováno 2020-07-28.
  23. ^ "ExPASy - nástroj pro výpočet pI / MW". web.expasy.org. Citováno 2020-07-28.
  24. ^ "SAPS . www.ebi.ac.uk. Citováno 2020-07-28.
  25. ^ A b „YIF1A - Gene - NCBI“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2020-06-21.
  26. ^ „Geny související s YIF1A - výsledky hledání GeneCards“. www.genecards.org. Citováno 2020-06-21.
  27. ^ „Server I-TASSER pro predikci struktury a funkce proteinů“. zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Citováno 2020-08-01.
  28. ^ „iCn3D: Webový prohlížeč 3D struktur“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2020-08-01.
  29. ^ „Predikce sekundární struktury NPS @: GOR4“. npsa-prabi.ibcp.fr. Citováno 2020-07-28.
  30. ^ „PredictProtein - Analýza proteinové sekvence, Predikce strukturních a funkčních vlastností“. www.predictprotein.org. Citováno 2020-07-28.
  31. ^ "Fobius". phobius.sbc.su.se. Citováno 2020-07-28.
  32. ^ „TERMINUS - vítejte na konci“. terminus.unige.ch. Citováno 2020-07-28.
  33. ^ „Server NetPhosK 1.0“. www.cbs.dtu.dk. Citováno 2020-07-28.
  34. ^ „Server NetGlycate 1.0 - výsledky predikce“. www.cbs.dtu.dk. Citováno 2020-08-01.
  35. ^ „Server YinOYang 1.2“. www.cbs.dtu.dk. Citováno 2020-07-28.
  36. ^ Kuijpers M, Yu KL, Teuling E, Akhmanova A, Jaarsma D, Hoogenraad CC (červenec 2013). „Protein ALS8 VAPB interaguje s recyklačním proteinem ER-Golgi YIF1A a reguluje dodávku membrány do dendritů“. Časopis EMBO. 32 (14): 2056–72. doi:10.1038 / emboj.2013.131. PMC  3715857. PMID  23736259.
  37. ^ „Protein YIF1A (člověk) - interakční síť STRING“. string-db.org. Citováno 2020-07-29.
  38. ^ Mahen, Robert (09.04.2020). „Mapa interakcí SARS-CoV-2-lidský protein-protein odhaluje lékové cíle a potenciální využití drog“. dx.doi.org. doi:10.1242 / předzápasy.18355. Citováno 2020-08-05.
  39. ^ „Geny související s YIF1A - výsledky hledání GeneCards“. www.genecards.org. Citováno 2020-06-21.
  40. ^ "Nucleotide BLAST: Hledání nukleotidových databází pomocí nukleotidového dotazu". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2020-08-03.
  41. ^ „TimeTree :: The Timescale of Life“. www.timetree.org. Citováno 2020-07-02.
  42. ^ „Human BLAT Search“. genom.ucsc.edu. Citováno 2020-07-02.

Další čtení