HNRNPK - HNRNPK

HNRNPK
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1J5K, 1 KHM, 1ZZI, 1ZZJ, 1 ZZK
Identifikátory
Aliasy	HNRNPK, CSBP, HNRPK, TUNP, AUKS, heterogenní nukleární ribonukleoprotein K
Externí ID	OMIM: 600712 MGI: 99894 HomoloGene: 81909 Genové karty: HNRNPK
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 9 (lidský)
Konec	83,980,616 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 13 (myš)
Konec	58,403,343 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: 0001077, GO: 0001212, GO: 0001213, GO: 0001211, GO: 0001205 Aktivita aktivátoru transkripce vázající DNA, specifická pro RNA polymerázu II; • GO: 0000980 RNA polymeráza II cis-regulační oblast sekvenčně specifická vazba DNA; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba nukleové kyseliny; • Vazba DNA; • jednořetězcová vazba DNA; • Vazba RNA; • kadherinová vazba; • specifické vazby na proteinovou doménu; • identická vazba na protein;
Buněčná složka	• cytoplazma; • membrána; • ohnisková adheze; • buněčné jádro; • katalytický krok 2 spliceosom; • buněčná projekce; • nukleární chromatin; • extracelulární exosom; • podosomy; • spliceosomální komplex; • buněčné spojení; • extracelulární matrix; • nukleoplazma; • Stresová granule;
Biologický proces	• pozitivní regulace receptorem zprostředkované endocytózy; • regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • negativní regulace sestřihu mRNA prostřednictvím spliceosomu; • regulace vnitřní apoptotické signální dráhy v reakci na poškození DNA mediátorem třídy p53; • regulace transkripce, DNA-šablony; • transkripce, chráněná DNA; • GO: virový proces 0022415; • Zpracování RNA; • Zpracování mRNA; • regulace clearance lipoproteinů s nízkou hustotou; • Sestřih mRNA prostřednictvím spliceosomu; • signální transdukce; • pozitivní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • negativní regulace apoptotického procesu; • Sestřih RNA; • transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • RNA metabolický proces;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	3190
	15387
	ENSG00000165119
	ENSMUSG00000021546
	P61978
	P61979
NM_002140; NM_031262; NM_031263; NM_001318186; NM_001318187;
	NM_001318188
NM_001301340; NM_001301341; NM_001301343; NM_001301344; NM_001301345;
	NM_025279
NP_001305115; NP_001305116; NP_001305117; NP_002131; NP_112552;
	NP_112553
NP_001288269; NP_001288270; NP_001288272; NP_001288273; NP_001288274;
	NP_079555; NP_001347419; NP_001347420; NP_001347422; NP_001347423; NP_001347424
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Heterogenní jaderný ribonukleoprotein K. (taky protein K.) je protein že u lidí je kódován HNRNPK gen.^[5] Nachází se v buněčné jádro který se váže na pre-messenger RNA (mRNA) jako složka heterogenní ribonukleoproteinové částice. The opičí homolog je známý jako protein H16. Oba proteiny se vážou na jednovláknové DNA stejně jako RNA a může stimulovat aktivitu RNA polymeráza II, protein zodpovědný za většinu genová transkripce. Relativní afinity proteinů k DNA a RNA se mění s podmínkami v roztoku a jsou nepřímo korelované, takže podmínky podporující silnou vazbu DNA vedou k slabé vazbě RNA.^[6]

Nazývají se proteinové domény vázající RNA v jiných proteinech, které jsou podobné doméně vázající RNA proteinu K. K-homologie nebo KH domén.

Protein K byl předmětem studia souvisejícího s kolorektální karcinom, ve kterém Úpravy RNA událost vyvolávající výraz z izoforma obsahující a bodová mutace bylo zjištěno, že je specifický pro rakovinné buňky.^[7]

Funkce

Tento gen patří do podčeledi všudypřítomně exprimovaných heterogenní nukleární ribonukleoproteiny (hnRNPs). HnRNP jsou Proteiny vázající RNA a komplexují se heterogenní nukleární RNA (hnRNA). Tyto proteiny jsou spojeny s pre-mRNA v jádře a zdá se, že ovlivňují zpracování pre-mRNA a další aspekty mRNA metabolismus a transport. Zatímco všechny hnRNP jsou přítomny v jádru, zdá se, že některé přecházejí mezi jádrem a cytoplazmou.

Proteiny hnRNP mají odlišné vlastnosti vázání nukleových kyselin. Protein kódovaný tímto genem se nachází v nukleoplazma a má tři opakování KH domény který se váže na RNA. Je odlišný mezi ostatními hnRNP proteiny ve své preferenční vazbě; houževnatě se váže na poly (C). Předpokládá se také, že tento protein hraje roli v průběhu buněčného cyklu. Pro tento gen bylo popsáno několik alternativně sestřižených variant transkriptu, ale byly plně popsány pouze tři varianty.^[8]

Mutace v obou kopiích HNRNPK jsou embryonální smrtelné u myší. Myši s oběma kopiemi vyřazeného genu umírají před 14. dnem embryonální vývoj.^[9]

Klinický význam

Okamotův syndrom

Mutace v HNRNPK způsobit Okamotův syndrom, známý také jako Au – Klineův syndrom.^[10]

Rakoviny krve

Vymazání v celém regionu HNRNPK byly nalezeny v buňkách Akutní myeloidní leukémie v přibližně 2% případů. Navíc většina myší, která měla jednu ze svých HNRNPK geny uměle vyřazen rozvinutý myeloidní rakoviny, přičemž třetí se vyvíjí lymfoidní rakoviny a 4% na rozvoj hepatocelulární karcinomy. Myši byly také menší, měly méně vyvinuté orgány a měly vyšší postnatální úmrtnost (30%). Medián života myší, které přežily, byl méně než 50% než u myší divokého typu. Zdá se, že nedostatky v HNRNPK konkrétně snižují úrovně p42 izoforma z CEBPA, což je transkripční faktor podílí se na diferenciaci určitých krvinky, stejně jako p21 (inhibitor cyklin-dependentní kinázy 1), který se podílí na pozastavení vývoje buněk pro Oprava DNA.^[11]

HNRNPK Zdá se, že nadměrná exprese také přispívá k rakovině prostřednictvím jiného mechanismu překlad spíše než transkripce.^[11]

Interakce

HNRPK bylo prokázáno komunikovat s:

Lidské proteiny obsahující doménu KH

AKAP1; ANKHD1; ANKRD17; ASCC1; BICC1; DDX43; DDX53; DPPA5;FMR1; FUBP1; FUBP3; FXR1; FXR2; HDLBP; HNRPK; IGF2BP1;IGF2BP2; IGF2BP3; KHDRBS1; KHDRBS2; KHDRBS3; KHSRP; KRR1; MEX3A;MEX3B; MEX3C; MEX3D; NOVA1; NOVA2; PCBP1; PCBP2; PCBP3;PCBP4; PNO1; PNPT1; QKI; SF1; TDRKH;

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000165119 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000021546 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Dejgaard K, Leffers H, Rasmussen HH, Madsen P, Kruse TA, Gesser B a kol. (Únor 1994). „Identifikace, molekulární klonování, exprese a mapování chromozomů rodiny transformací upregulovalo hnRNP-K proteiny odvozené alternativním sestřihem“. Journal of Molecular Biology. 236 (1): 33–48. doi:10.1006 / jmbi.1994.1116. PMID 8107114.
^ Gaillard C, Cabannes E, Strauss F (říjen 1994). "Identita proteinu K vázajícího RNA K částic hnRNP s proteinem H16, sekvenčně specifickým jednořetězcovým proteinem vázajícím DNA". Výzkum nukleových kyselin. 22 (20): 4183–6. doi:10.1093 / nar / 22.20.4183. PMC 331915. PMID 7524036.
^ Klimek-Tomczak K, Mikula M, Dzwonek A, Paziewska A, Karczmarski J, Hennig E a kol. (Únor 2006). "Úpravy mRNA proteinu hnRNP K v kolorektálním adenokarcinomu a okolní sliznici". British Journal of Cancer. 94 (4): 586–92. doi:10.1038 / sj.bjc.6602938. PMC 2361188. PMID 16404425.
^ „Entrez Gene: HNRPK heterogenní jaderný ribonukleoprotein K“.
^ Gallardo M, Lee HJ, Zhang X, Bueso-Ramos C, Pageon LR, McArthur M a kol. (Říjen 2015). „hnRNP K je Haploinsufficient Tumor Suppressor, který reguluje programy šíření a diferenciace u hematologických malignit“. Rakovinová buňka. 28 (4): 486–499. doi:10.1016 / j.ccell.2015.09.001. PMC 4652598. PMID 26412324.
^ Reference, Genetics Home. "Au-Kline syndrom". Genetická domácí reference. Citováno 2019-11-30.
^ ^A ^b Gallardo M, Lee HJ, Zhang X, Bueso-Ramos C, Pageon LR, McArthur M a kol. (Říjen 2015). „hnRNP K je Haploinsufficient Tumor Suppressor, který reguluje programy šíření a diferenciace u hematologických malignit“. Rakovinová buňka. 28 (4): 486–499. doi:10.1016 / j.ccell.2015.09.001. PMC 4652598. PMID 26412324.
^ Ostareck-Lederer A, Ostareck DH, Cans C, Neubauer G, Bomsztyk K, Superti-Furga G, Hentze MW (červenec 2002). „fosforylace hnRNP K zprostředkovaná c-Src řídí translační aktivaci specificky umlčených mRNA“. Molekulární a buněčná biologie. 22 (13): 4535–43. doi:10.1128 / mcb.22.13.4535-4543.2002. PMC 133888. PMID 12052863.
^ Chen HC, Lin WC, Tsay YG, Lee SC, Chang CJ (říjen 2002). „RNA helikáza, DDX1, interagující s poly (A) RNA a heterogenním jaderným ribonukleoproteinem K“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (43): 40403–9. doi:10,1074 / jbc.M206981200. PMID 12183465.
^ ^A ^b ^C Kim JH, Hahm B, Kim YK, Choi M, Jang SK (květen 2000). "Interakce protein-protein mezi hnRNP pendlujícími mezi jádrem a cytoplazmou". Journal of Molecular Biology. 298 (3): 395–405. doi:10.1006 / jmbi.2000.3687. PMID 10772858.
^ Yang JP, Reddy TR, Truong KT, Suhasini M, Wong-Staal F (říjen 2002). "Funkční interakce Sam68 a heterogenního nukleárního ribonukleoproteinu K". Onkogen. 21 (47): 7187–94. doi:10.1038 / sj.onc.1205759. PMID 12370808.
^ Côté J, Boisvert FM, Boulanger MC, Bedford MT, Richard S (leden 2003). „Protein vázající RNA Sam68 je in vivo substrát pro protein arginin N-methyltransferázu 1“. Molekulární biologie buňky. 14 (1): 274–87. doi:10,1091 / mbc.E02-08-0484. PMC 140244. PMID 12529443.
^ Wada K, Inoue K, Hagiwara M (srpen 2002). "Identifikace methylovaných proteinů proteinem arginin N-methyltransferázou 1, PRMT1, s novou strategií klonování exprese". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - výzkum molekulárních buněk. 1591 (1–3): 1–10. doi:10.1016 / s0167-4889 (02) 00202-1. PMID 12183049.

Další čtení

Bomsztyk K, Denisenko O, Ostrowski J (červen 2004). "hnRNP K: jeden protein více procesů". BioEssays. 26 (6): 629–38. doi:10.1002 / bies.20048. PMID 15170860. S2CID 22108788.
Matunis MJ, Michael WM, Dreyfuss G (leden 1992). "Charakterizace a primární struktura poly (C) vázajícího heterogenního nukleového ribonukleoproteinového komplexního proteinu K". Molekulární a buněčná biologie. 12 (1): 164–71. doi:10.1128 / MCB.12.1.164. PMC 364080. PMID 1729596.
Weng Z, Thomas SM, Rickles RJ, Taylor JA, Brauer AW, Seidel-Dugan C a kol. (Červenec 1994). „Identifikace proteinů vázajících se na Src, Fyn a Lyn SH3: důsledky pro funkci domén SH3“. Molekulární a buněčná biologie. 14 (7): 4509–21. doi:10.1128 / MCB.14.7.4509. PMC 358823. PMID 7516469.
Bustelo XR, Suen KL, Michael WM, Dreyfuss G, Barbacid M (březen 1995). „Sdružení vav protoonkogenního produktu s poly (rC) specifickými proteiny vázajícími RNA“. Molekulární a buněčná biologie. 15 (3): 1324–32. doi:10.1128 / MCB.15.3.1324. PMC 230356. PMID 7862126.
Hobert O, Jallal B, Schlessinger J, Ullrich A (srpen 1994). „Nová signální cesta navržená interakcí p95vav / heterogenní ribonukleoprotein K zprostředkovanou doménou SH3“. The Journal of Biological Chemistry. 269 (32): 20225–8. PMID 8051112.
Aasheim HC, Loukianova T, Deggerdal A, Smeland EB (březen 1994). "Tkáňově specifická exprese a cDNA struktura lidského transkriptu kódujícího protein vázající nukleovou kyselinu [oligo (dC)] související s proteinem K vázajícím pre-mRNA". Výzkum nukleových kyselin. 22 (6): 959–64. doi:10.1093 / nar / 22.6.959. PMC 307915. PMID 8152927.
Buckanovich RJ, Posner JB, Darnell RB (říjen 1993). „Nova, paraneoplastický Ri antigen, je homologní s proteinem vázajícím RNA a je specificky exprimován ve vyvíjejícím se motorickém systému“. Neuron. 11 (4): 657–72. doi:10.1016/0896-6273(93)90077-5. PMID 8398153. S2CID 22554933.
Michelotti EF, Michelotti GA, Aronsohn AI, Levens D (květen 1996). „Heterogenní jaderný ribonukleoprotein K je transkripční faktor“. Molekulární a buněčná biologie. 16 (5): 2350–60. doi:10.1128 / MCB.16.5.2350. PMC 231223. PMID 8628302.
Bunnell SC, Henry PA, Kolluri R, Kirchhausen T, Rickles RJ, Berg LJ (říjen 1996). "Identifikace Itk / Tsk Src homologie 3 doménových ligandů". The Journal of Biological Chemistry. 271 (41): 25646–56. doi:10.1074 / jbc.271.41.25646. PMID 8810341.
Tommerup N, Leffers H (březen 1996). „Přiřazení lidských genů obsahujících KH-box hybridizací in situ: HNRNPK se mapuje na 9q21.32-q21.33, PCBP1 na 2p12-p13 a PCBP2 na 12q13.12-q13.13, distálně od FRA12A.“ Genomika. 32 (2): 297–8. doi:10.1006 / geno.1996.0121. PMID 8833161.
Kai N, Mishina M, Yagi T (červen 1997). "Molekulární klonování molekul asociovaných s Fyn v centrálním nervovém systému myši". Journal of Neuroscience Research. 48 (5): 407–24. doi:10.1002 / (SICI) 1097-4547 (19970601) 48: 5 <407 :: AID-JNR3> 3.0.CO; 2-I. PMID 9185665.
Miau LH, Chang CJ, Shen BJ, Tsai WH, Lee SC (duben 1998). „Identifikace heterogenního nukleárního ribonukleoproteinu K (hnRNP K) jako represoru aktivace genu zprostředkovaného C / EBPbeta“. The Journal of Biological Chemistry. 273 (17): 10784–91. doi:10.1074 / jbc.273.17.10784. PMID 9553145.
Hsieh TY, Matsumoto M, Chou HC, Schneider R, Hwang SB, Lee AS, Lai MM (červenec 1998). „Základní protein viru hepatitidy C interaguje s heterogenním nukleárním ribonukleoproteinem K“. The Journal of Biological Chemistry. 273 (28): 17651–9. doi:10.1074 / jbc.273.28.17651. PMID 9651361.
Schullery DS, Ostrowski J, Denisenko ON, Stempka L, Shnyreva M, Suzuki H a kol. (Květen 1999). „Regulovaná interakce protein kinázy Cdelta s heterogenním proteinem nukleárního ribonukleoproteinu K“. The Journal of Biological Chemistry. 274 (21): 15101–9. doi:10.1074 / jbc.274.21.15101. PMID 10329716.
Baber JL, Libutti D, Levens D, Tjandra N (červen 1999). „Vysoce přesná struktura řešení C-koncové domény KH heterogenního nukleárního ribonukleoproteinu K, transkripčního faktoru c-myc“. Journal of Molecular Biology. 289 (4): 949–62. doi:10.1006 / jmbi.1999.2818. PMID 10369774.
Wadd S, Bryant H, Filhol O, Scott JE, Hsieh TY, Everett RD, Clements JB (říjen 1999). „Multifunkční protein IE63 viru herpes simplex interaguje s heterogenním ribonukleoproteinem K a s kasein kinázou 2“. The Journal of Biological Chemistry. 274 (41): 28991–8. doi:10.1074 / jbc.274.41.28991. PMID 10506147.
Venables JP, Elliott DJ, Makarova OV, Makarov EM, Cooke HJ, Eperon IC (březen 2000). „RBMY, pravděpodobný lidský faktor spermatogeneze, a další hnRNP G proteiny interagují s Tra2beta a ovlivňují sestřih“. Lidská molekulární genetika. 9 (5): 685–94. doi:10,1093 / hmg / 9,5,685. PMID 10749975.
Kim JH, Hahm B, Kim YK, Choi M, Jang SK (květen 2000). "Interakce protein-protein mezi hnRNP pendlujícími mezi jádrem a cytoplazmou". Journal of Molecular Biology. 298 (3): 395–405. doi:10.1006 / jmbi.2000.3687. PMID 10772858.
Shnyreva M, Schullery DS, Suzuki H, Higaki Y, Bomsztyk K (květen 2000). „Interakce dvou multifunkčních proteinů. Heterogenní jaderný ribonukleoprotein K a protein vázající Y-box“. The Journal of Biological Chemistry. 275 (20): 15498–503. doi:10.1074 / jbc.275.20.15498. PMID 10809782.

externí odkazy

Přehled všech strukturálních informací dostupných v PDB pro UniProt: P61978 (Lidský heterogenní jaderný ribonukleoprotein K (HNRPK)) na PDBe-KB.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000165119 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000021546 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid8107114-5] Dejgaard K, Leffers H, Rasmussen HH, Madsen P, Kruse TA, Gesser B a kol. (Únor 1994). „Identifikace, molekulární klonování, exprese a mapování chromozomů rodiny transformací upregulovalo hnRNP-K proteiny odvozené alternativním sestřihem“. Journal of Molecular Biology. 236 (1): 33–48. doi:10.1006 / jmbi.1994.1116. PMID 8107114.

[Gaillard-6] Gaillard C, Cabannes E, Strauss F (říjen 1994). "Identita proteinu K vázajícího RNA K částic hnRNP s proteinem H16, sekvenčně specifickým jednořetězcovým proteinem vázajícím DNA". Výzkum nukleových kyselin. 22 (20): 4183–6. doi:10.1093 / nar / 22.20.4183. PMC 331915. PMID 7524036.

[pmid16404425-7] Klimek-Tomczak K, Mikula M, Dzwonek A, Paziewska A, Karczmarski J, Hennig E a kol. (Únor 2006). "Úpravy mRNA proteinu hnRNP K v kolorektálním adenokarcinomu a okolní sliznici". British Journal of Cancer. 94 (4): 586–92. doi:10.1038 / sj.bjc.6602938. PMC 2361188. PMID 16404425.

[entrez-8] „Entrez Gene: HNRPK heterogenní jaderný ribonukleoprotein K“.

[9] Gallardo M, Lee HJ, Zhang X, Bueso-Ramos C, Pageon LR, McArthur M a kol. (Říjen 2015). „hnRNP K je Haploinsufficient Tumor Suppressor, který reguluje programy šíření a diferenciace u hematologických malignit“. Rakovinová buňka. 28 (4): 486–499. doi:10.1016 / j.ccell.2015.09.001. PMC 4652598. PMID 26412324.

[10] Reference, Genetics Home. "Au-Kline syndrom". Genetická domácí reference. Citováno 2019-11-30.

[:0-11] A ^b Gallardo M, Lee HJ, Zhang X, Bueso-Ramos C, Pageon LR, McArthur M a kol. (Říjen 2015). „hnRNP K je Haploinsufficient Tumor Suppressor, který reguluje programy šíření a diferenciace u hematologických malignit“. Rakovinová buňka. 28 (4): 486–499. doi:10.1016 / j.ccell.2015.09.001. PMC 4652598. PMID 26412324.

[pmid12052863-12] Ostareck-Lederer A, Ostareck DH, Cans C, Neubauer G, Bomsztyk K, Superti-Furga G, Hentze MW (červenec 2002). „fosforylace hnRNP K zprostředkovaná c-Src řídí translační aktivaci specificky umlčených mRNA“. Molekulární a buněčná biologie. 22 (13): 4535–43. doi:10.1128 / mcb.22.13.4535-4543.2002. PMC 133888. PMID 12052863.

[pmid12183465-13] Chen HC, Lin WC, Tsay YG, Lee SC, Chang CJ (říjen 2002). „RNA helikáza, DDX1, interagující s poly (A) RNA a heterogenním jaderným ribonukleoproteinem K“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (43): 40403–9. doi:10,1074 / jbc.M206981200. PMID 12183465.

[pmid10772858-14] A ^b ^C Kim JH, Hahm B, Kim YK, Choi M, Jang SK (květen 2000). "Interakce protein-protein mezi hnRNP pendlujícími mezi jádrem a cytoplazmou". Journal of Molecular Biology. 298 (3): 395–405. doi:10.1006 / jmbi.2000.3687. PMID 10772858.

[pmid12370808-15] Yang JP, Reddy TR, Truong KT, Suhasini M, Wong-Staal F (říjen 2002). "Funkční interakce Sam68 a heterogenního nukleárního ribonukleoproteinu K". Onkogen. 21 (47): 7187–94. doi:10.1038 / sj.onc.1205759. PMID 12370808.

[pmid12529443-16] Côté J, Boisvert FM, Boulanger MC, Bedford MT, Richard S (leden 2003). „Protein vázající RNA Sam68 je in vivo substrát pro protein arginin N-methyltransferázu 1“. Molekulární biologie buňky. 14 (1): 274–87. doi:10,1091 / mbc.E02-08-0484. PMC 140244. PMID 12529443.

[pmid12183049-17] Wada K, Inoue K, Hagiwara M (srpen 2002). "Identifikace methylovaných proteinů proteinem arginin N-methyltransferázou 1, PRMT1, s novou strategií klonování exprese". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - výzkum molekulárních buněk. 1591 (1–3): 1–10. doi:10.1016 / s0167-4889 (02) 00202-1. PMID 12183049.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]