PCBP2 - PCBP2

PCBP2
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	2AXY, 2JZX, 2P2R, 2PQU, 2PY9
Identifikátory
Aliasy	PCBP2, HNRNPE2, HNRPE2, hnRNP-E2, poly (rC) vázající protein 2
Externí ID	OMIM: 601210 MGI: 108202 HomoloGene: 74536 Genové karty: PCBP2
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 12 (lidský)
Konec	53,481,162 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 15 (myš)
Konec	102,500,061 bp
Exprese RNA vzor
	; ; ; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• Vazba DNA; • vazba enzymu; • vazba nukleové kyseliny; • vazba ubikvitinové proteinové ligázy; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • Vazba RNA; • Vazba jednořetězcové DNA bohaté na C;
Buněčná složka	• extracelulární exosom; • membrána; • ohnisková adheze; • nukleoplazma; • cytoplazma; • buněčné jádro; • cytosol; • GO: 0097483, GO: 0097481 postsynaptická hustota;
Biologický proces	• Sestřih mRNA prostřednictvím spliceosomu; • negativní regulace obranné reakce na virus; • proteazomem zprostředkovaný katabolický proces proteinu závislý na ubikvitinu; • obranná reakce na virus; • Metabolický proces mRNA; • negativní regulace produkce interferonu typu I.; • proces imunitního systému; • vrozený imunitní systém; • replikace genomu virové RNA; • IRES závislá iniciace virové translace; • RNA metabolický proces;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	5094
	18521
	ENSG00000197111
	ENSMUSG00000056851
	Q15366
	Q61990
NM_031989; NM_001098620; NM_001128911; NM_001128912; NM_001128913;
	NM_001128914; NM_005016
	NM_001103165; NM_001103166; NM_001174073; NM_011042
NP_001092090; NP_001122383; NP_001122384; NP_001122385; NP_001122386;
	NP_005007; NP_114366
	NP_001096635; NP_001096636; NP_001167544; NP_035172; NP_001361700
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Protein vázající se na poly (rC) 2 je protein že u lidí je kódován PCBP2 gen.^[5]

Funkce

Protein kódovaný tímto genem se jeví jako multifunkční. Spolu s PCBP-1 a hnRNPK odpovídá hlavním buněčným proteinům vázajícím poly (rC). Obsahuje tři K-homologní (KH) domény které mohou být zapojeny do vazby RNA. Tento kódovaný protein spolu s PCBP-1 funguje také jako translační koaktivátory poliovirové RNA prostřednictvím sekvenčně specifické interakce s kmenovou smyčkou IV IRES a podporuje replikaci RNA polioviru vazbou na jeho 5'-koncovou čtyřlístkovou strukturu. Rovněž se podílí na translační kontrole mRNA 15-lipoxygenázy, mRNA lidského papilomaviru typu 16 L2 a RNA viru hepatitidy A. Předpokládá se také, že kódovaný protein hraje roli při tvorbě sekvenčně specifického komplexu alfa-globinu mRNP, který je spojen se stabilitou alfa-globinu mRNA. Předpokládá se, že tato multiexonová strukturní mRNA je retrotransponována za vzniku PCBP-1 intronless genu, který má podobné funkce. Tento gen a PCBP-1 mají paralogy PCBP3 a PCBP4, o nichž se předpokládá, že vznikly v důsledku duplikačních událostí celých genů. Má také dva zpracované pseudogeny PCBP2P1 a PCBP2P2. V současnosti jsou pro tento gen popsány dvě alternativně sestříhané varianty transkriptu.^[6]

U lidí se gen PCBP2 překrývá s TUC338 přepsal ultra konzervovaný prvek podílí se na Hepatocelulární karcinom.^[7]

Interakce

Bylo prokázáno, že PCBP2 komunikovat s HNRPK,^[8] PTBP1,^[8] a HNRNPL.^[8]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000197111 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000056851 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Tommerup N, Leffers H (květen 1997). „Přiřazení lidských genů obsahujících KH-box hybridizací in situ: HNRNPK se mapuje na 9q21.32-q21.33, PCBP1 na 2p12-p13 a PCBP2 na 12q13.12-q13.13, distálně od FRA12A.“ Genomika. 32 (2): 297–8. doi:10.1006 / geno.1996.0121. PMID 8833161.
^ „Entrez Gene: PCBP2 poly (rC) vazebný protein 2“.
^ Braconi C, Valeri N, Kogure T, Gasparini P, Huang N, Nuovo GJ, Terracciano L, Croce CM, Patel T (2011-01-11). "Exprese a funkční role transkribované nekódující RNA s ultrakonzervovaným prvkem v hepatocelulárním karcinomu". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 108 (2): 786–91. doi:10.1073 / pnas.1011098108. PMC 3021052. PMID 21187392.
^ ^A ^b ^C Kim JH, Hahm B, Kim YK, Choi M, Jang SK (květen 2000). "Interakce protein-protein mezi hnRNP pendlujícími mezi jádrem a cytoplazmou". J. Mol. Biol. 298 (3): 395–405. doi:10.1006 / jmbi.2000.3687. PMID 10772858.

Další čtení

Kiledjian M, Wang X, Liebhaber SA (1995). „Identifikace dvou proteinů domény KH v komplexu stability mRNP alfa-globinu“. EMBO J.. 14 (17): 4357–64. doi:10.1002 / j.1460-2075.1995.tb00110.x. PMC 394520. PMID 7556077.
Leffers H, Dejgaard K, Celis JE (1995). "Charakterizace dvou hlavních buněčných poly (rC) vázajících lidských proteinů, z nichž každý obsahuje tři K-homologní (KH) domény". Eur. J. Biochem. 230 (2): 447–53. doi:10.1111 / j.1432-1033.1995.tb20581.x. PMID 7607214.
Maruyama K, Sugano S (1994). „Oligo-capping: jednoduchá metoda k nahrazení struktury cap eukaryotických mRNA oligoribonukleotidy“. Gen. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
Blyn LB, Swiderek KM, Richards O, Stahl DC, Semler BL, Ehrenfeld E (1996). „Poly (rC) vazebný protein 2 se váže na kmenovou smyčku IV poliovirové RNA 5 'nekódující oblasti: identifikace pomocí automatické kapalinové chromatografie - tandemová hmotnostní spektrometrie“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 93 (20): 11115–20. doi:10.1073 / pnas.93.20.11115. PMC 38293. PMID 8855318.
Funke B, Zuleger B, Benavente R, Schuster T, Goller M, Stévenin J, Horak I (1996). „Myší protein vázající poly (C) existuje ve více izoformách a interaguje s několika proteiny vázajícími RNA“. Nucleic Acids Res. 24 (19): 3821–8. doi:10.1093 / nar / 24.19.3821. PMC 146158. PMID 8871564.
Blyn LB, Towner JS, Semler BL, Ehrenfeld E (1997). "Požadavek na poly (rC) vázající protein 2 pro translaci poliovirové RNA". J. Virol. 71 (8): 6243–6. doi:10.1128 / JVI.71.8.6243-6246.1997. PMC 191892. PMID 9223526.
Kiledjian M, DeMaria CT, Brewer G, Novick K (1997). „Identifikace AUF1 (heterogenní nukleární ribonukleoprotein D) jako složky komplexu stability mRNA alfa-globinu“. Mol. Buňka. Biol. 17 (8): 4870–6. doi:10.1128 / MCB.17.8.4870. PMC 232339. PMID 9234743.
Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (1997). "Konstrukce a charakterizace cDNA knihovny obohacené o celou délku a 5'-end". Gen. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID 9373149.
Czyzyk-Krzeska MF, Bendixen AC (1999). "Identifikace poly (C) vázajícího proteinu v komplexu spojeném s 3 'nepřekládanou oblastí erytropoetinové messengerové RNA". Krev. 93 (6): 2111–20. doi:10,1182 / krev. V93.6.2111.406k24_2111_2120. PMID 10068686.
Wang Z, den N, Trifillis P, Kiledjian M (1999). „Komplex stability mRNA funguje s proteinem vázajícím poly (A) ke stabilizaci mRNA in vitro“. Mol. Buňka. Biol. 19 (7): 4552–60. doi:10.1128 / MCB.19.7.4552. PMC 84253. PMID 10373504.
Makeyev AV, Chkheidze AN, Liebhaber SA (1999). „Sada vysoce konzervovaných proteinů vázajících RNA, alfaCP-1 a alfaCP-2, které se podílejí na stabilizaci mRNA, jsou koexprimovány z intronless genu a jeho paralogu obsahujícího intron“. J. Biol. Chem. 274 (35): 24849–57. doi:10.1074 / jbc.274.35.24849. PMID 10455157.
Kim JH, Hahm B, Kim YK, Choi M, Jang SK (2000). "Interakce protein-protein mezi hnRNP pendlujícími mezi jádrem a cytoplazmou". J. Mol. Biol. 298 (3): 395–405. doi:10.1006 / jmbi.2000.3687. PMID 10772858.
Makeyev AV, Liebhaber SA (2000). „Identifikace dvou nových savčích genů zakládá podrodinu proteinů vázajících RNA na KH-doménu“. Genomika. 67 (3): 301–16. doi:10,1006 / geno.2000.6244. PMID 10936052.
Chang CJ, Luh HW, Wang SH, Lin HJ, Lee SC, Hu ST (2002). „Heterogenní jaderný ribonukleoprotein K (hnRNP K) interaguje s jádrovým proteinem viru dengue“. DNA Cell Biol. 20 (9): 569–77. doi:10.1089/104454901317094981. PMID 11747608.
Yeap BB, Voon DC, Vivian JP, McCulloch RK, Thomson AM, Giles KM, Czyzyk-Krzeska MF, Furneaux H, Wilce MC, Wilce JA, Leedman PJ (2002). „Nová vazba HuR a proteinu vázajícího poly (C) na konzervovaný motiv bohatý na UC v 3'-nepřekládané oblasti androgenní receptorové messengerové RNA“. J. Biol. Chem. 277 (30): 27183–92. doi:10,1074 / jbc.M202883200. PMID 12011088.
Walter BL, Petržel TB, Ehrenfeld E, Semler BL (2002). „Výrazné poly (rC) vázající proteiny KH doménové determinanty pro iniciaci translace polioviru a replikaci virové RNA“. J. Virol. 76 (23): 12008–22. doi:10.1128 / JVI.76.23.12008-12022.2002. PMC 136902. PMID 12414943.
Abraham RS, Geyer SM, Price-Troska TL, Allmer C, Kyle RA, Gertz MA, Fonseca R (2003). „Geny variabilní (V) oblasti lehkého řetězce imunoglobulinu ovlivňují klinický obraz a výsledek amyloidózy spojené s lehkým řetězcem (AL)“. Krev. 101 (10): 3801–8. doi:10.1182 / krev-2002-09-2707. PMID 12515719.
Pickering BM, Mitchell SA, Evans JR, Willis AE (2003). „Protein vázající polypyrimidinový trakt a protein 1 vázající poly r (C) interagují s BAG-1 IRES a stimulují jeho aktivitu in vitro a in vivo“. Nucleic Acids Res. 31 (2): 639–46. doi:10.1093 / nar / gkg146. PMC 140511. PMID 12527772.

Tento článek o gen na lidský chromozom 12 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000197111 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000056851 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid8833161-5] Tommerup N, Leffers H (květen 1997). „Přiřazení lidských genů obsahujících KH-box hybridizací in situ: HNRNPK se mapuje na 9q21.32-q21.33, PCBP1 na 2p12-p13 a PCBP2 na 12q13.12-q13.13, distálně od FRA12A.“ Genomika. 32 (2): 297–8. doi:10.1006 / geno.1996.0121. PMID 8833161.

[entrez-6] „Entrez Gene: PCBP2 poly (rC) vazebný protein 2“.

[Bra11-7] Braconi C, Valeri N, Kogure T, Gasparini P, Huang N, Nuovo GJ, Terracciano L, Croce CM, Patel T (2011-01-11). "Exprese a funkční role transkribované nekódující RNA s ultrakonzervovaným prvkem v hepatocelulárním karcinomu". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 108 (2): 786–91. doi:10.1073 / pnas.1011098108. PMC 3021052. PMID 21187392.

[pmid10772858-8] A ^b ^C Kim JH, Hahm B, Kim YK, Choi M, Jang SK (květen 2000). "Interakce protein-protein mezi hnRNP pendlujícími mezi jádrem a cytoplazmou". J. Mol. Biol. 298 (3): 395–405. doi:10.1006 / jmbi.2000.3687. PMID 10772858.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]