DDX1 - DDX1

DDX1
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	4XW3
Identifikátory
Aliasy	DDX1, DBP-RB, UKVH5d, helikáza DEAD / H-box 1, helikáza DEAD-box 1
Externí ID	OMIM: 601257 MGI: 2144727 HomoloGene: 3627 Genové karty: DDX1
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 2 (lidský)
Konec	15,631,111 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• Aktivita RNA helikázy; • Vazba DNA; • vazba nukleotidů; • GO: Aktivita helikázy 0008026; • poly (A) vazba; • vazba chromatinu; • GO: Aktivita transkripčního koregulátoru 0001104; • Aktivita helikázy DNA / RNA; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba nukleové kyseliny; • aktivita nukleázy; • dvouvláknová vazba RNA; • aktivita exonukleázy; • aktivita hydrolázy; • ATP vazba; • Vazba RNA;
Buněčná složka	• cytoplazma; • membrána; • nukleoplazma; • komplex ligázy sestávající z tRNA; • Stresová granule; • tělo štěpení; • buněčné jádro; • cytosol; • jádro; • mitochondrie; • ribonukleoprotein;
Biologický proces	• regulace transkripce, DNA-šablony; • reakce na exogenní dsRNA; • Zpracování mRNA; • reakce na virus; • lokalizace proteinu do granule cytoplazmatického stresu; • transkripce, chráněná DNA; • vývoj mnohobuněčných organismů; • sestava spliceozomálního komplexu; • Odvíjení duplexu DNA; • oprava dvojitého vlákna; • Odvíjení sekundární struktury RNA; • regulace iniciace translace; • Sestřih tRNA prostřednictvím endonukleolytického štěpení a ligace; • Zpracování tRNA; • hydrolýza fosfodiesterové vazby nukleové kyseliny; • proces imunitního systému; • pozitivní regulace produkce cytokinů myeloidních dendritických buněk; • pozitivní regulace signalizace I-kappaB kinázy / NF-kappaB; • vrozený imunitní systém; • obranná reakce na virus; • regulace transkripce templátované nukleovou kyselinou;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	1653
	104721
	ENSG00000079785
	ENSMUSG00000037149
	Q92499
	Q91VR5
	NM_004939
	NM_134040
	NP_004930
	NP_598801
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

ATP-dependentní RNA helikáza DDX1 je enzym že u lidí je kódován DDX1 gen.^[4]^[5]

Funkce

DEAD box proteiny, charakterizované konzervovaným motivem Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD), jsou domnělé RNA helikázy. Jsou zapojeny do řady buněčných procesů zahrnujících změnu sekundární struktury RNA, jako je iniciace translace, nukleární a mitochondriální sestřih a ribozomová a spliceosomová sestava. Na základě jejich distribučních vzorců se někteří členové této rodiny považují za členy embryogeneze, spermatogeneze a buněčného růstu a dělení. Tento gen kóduje DEAD box protein neznámé funkce. Vykazuje vysoké hladiny transkripce ve 2 buněčných liniích retinoblastomu a ve tkáních neuroektodermálního původu.^[5]

Interakce

DDX1 bylo prokázáno komunikovat s HNRPK.^[6]Bylo také předběžně prokázáno, že DDX1 interaguje s hCLE / C14orf166 / RTRAF a HSPC117 v komplexu vázajícím čepičku, který aktivuje translaci mRNA. ^[7]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000079785 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Schmid SR, Linder P (únor 1992). "D-E-A-D proteinová rodina domnělých RNA helikáz". Molekulární mikrobiologie. 6 (3): 283–91. doi:10.1111 / j.1365-2958.1992.tb01470.x. PMID 1552844. S2CID 45727289.
^ ^A ^b „Entrez Gene: DDX1 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptid 1".
^ Chen HC, Lin WC, Tsay YG, Lee SC, Chang CJ (říjen 2002). „RNA helikáza, DDX1, interagující s poly (A) RNA a heterogenním nukleárním ribonukleoproteinem K“ (PDF). The Journal of Biological Chemistry. 277 (43): 40403–9. doi:10,1074 / jbc.M206981200. PMID 12183465. S2CID 25252628.
^ Cho WJ, Yoon WJ, Moon CH, Cha SJ, Song H, Cho HR, Jang SJ, Chung DK, Jeong CS, Park JW (listopad 2002). "Molekulární klonování nového chaperonového proteinu indukovaného rhabdovirovou infekcí se sekvenční podobností s bakteriální extracelulární rodinou proteinů vázajících solut 5". The Journal of Biological Chemistry. 277 (44): 41489–96. doi:10,1074 / jbc.M207104200. PMID 12183466.

Další čtení

Li L, Li HS, Pauza CD, Bukrinsky M, Zhao RY (2006). "Role pomocných proteinů HIV-1 ve virové patogenezi a interakcích hostitel-patogen". Cell Research. 15 (11–12): 923–34. doi:10.1038 / sj.cr.7290370. PMID 16354571.
Godbout R, Squire J (srpen 1993). "Amplifikace genu DEAD boxového proteinu v buněčných liniích retinoblastomu". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 90 (16): 7578–82. Bibcode:1993PNAS ... 90.7578G. doi:10.1073 / pnas.90.16.7578. PMC 47185. PMID 7689221.
Kitajima Y, Yatsuki H, Zhang R, Matsuhashi S, Hori K (březen 1994). „Nový lidský homolog rodiny helikázy mrtvé skříňky“. Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 199 (2): 748–54. doi:10.1006 / bbrc.1994.1292. PMID 8135819.
Akiyama K, Akao Y, Yokoyama M, Nakagawa Y, Noguchi T, Yagi K, Nishi Y (duben 1999). „Exprese dvou genů mrtvé skříňky (DDX1 a DDX6) je nezávislá na expresi MYCN v buněčných liniích lidského neuroblastomu“. Biochemistry and Molecular Biology International. 47 (4): 563–8. doi:10.1080/15216549900201603. PMID 10319407. S2CID 45609314.
Golembowski S, Gellrich S, von Zimmermann M, Rutz S, Lippert S, Audring H, Lorenz P, Sterry W, Jahn S (duben 2000). „Klonální evoluce v primárním kožním folikulárním lymfomu z B buněk odhalená analýzou jedné buňky v sekvenčních biopsiích“. Imunobiologie. 201 (5): 631–44. doi:10.1016 / s0171-2985 (00) 80080-7. PMID 10834319.
Bléoo S, Sun X, Hendzel MJ, Rowe JM, Packer M, Godbout R (říjen 2001). „Sdružení lidského DEAD box proteinu DDX1 s faktorem stimulace štěpení podílejícím se na 3'-konci zpracování pre-MRNA“. Molekulární biologie buňky. 12 (10): 3046–59. doi:10,1091 / mbc. 12.10.3046. PMC 60154. PMID 11598190.
Andersen JS, Lyon CE, Fox AH, Leung AK, Lam YW, Steen H, Mann M, Lamond AI (leden 2002). "Řízená proteomická analýza lidského nukleolu". Aktuální biologie. 12 (1): 1–11. doi:10.1016 / S0960-9822 (01) 00650-9. PMID 11790298. S2CID 14132033.
Chen HC, Lin WC, Tsay YG, Lee SC, Chang CJ (říjen 2002). „RNA helikáza, DDX1, interagující s poly (A) RNA a heterogenním jaderným ribonukleoproteinem K“ (PDF). The Journal of Biological Chemistry. 277 (43): 40403–9. doi:10,1074 / jbc.M206981200. PMID 12183465. S2CID 25252628.
Fang J, Kubota S, Yang B, Zhou N, Zhang H, Godbout R, Pomerantz RJ (prosinec 2004). „DEAD box protein usnadňuje replikaci HIV-1 jako buněčný kofaktor Rev“. Virologie. 330 (2): 471–80. doi:10.1016 / j.virol.2004.09.039. PMID 15567440.
Krishnan V, Zeichner SL (prosinec 2004). „Změny v expresi DEAD-boxu a dalších proteinů vázajících RNA během replikace HIV-1“. Retrovirologie. 1: 42. doi:10.1186/1742-4690-1-42. PMC 543576. PMID 15588285.
Andersen JS, Lam YW, Leung AK, Ong SE, Lyon CE, Lamond AI, Mann M (leden 2005). "Dynamika nukleolárního proteomu". Příroda. 433 (7021): 77–83. Bibcode:2005 Natur.433 ... 77A. doi:10.1038 / nature03207. PMID 15635413. S2CID 4344740.
Fang J, Acheampong E, Dave R, Wang F, Mukhtar M, Pomerantz RJ (červen 2005). „RNA helikáza DDX1 se podílí na omezené funkci HIV-1 Rev v lidských astrocytech“. Virologie. 336 (2): 299–307. doi:10.1016 / j.virol.2005.03.017. PMID 15892970.
Kaneko S, Ohira M, Nakamura Y, Isogai E, Nakagawara A, Kaneko M (březen 2007). „Vztah amplifikace / nadměrné exprese genu DDX1 a NAG k prognóze pacientů s neuroblastomem amplifikovaným MYCN“. Journal of Cancer Research and Clinical Oncology. 133 (3): 185–92. doi:10.1007 / s00432-006-0156-r. PMID 17028906. S2CID 9295969.
Tu LC, Yan X, Hood L, Lin B (duben 2007). „Proteomická analýza internomomu N-myc downstream regulovaného genu 1 a jeho interakcí s programem androgenní odpovědi v buňkách rakoviny prostaty“. Molekulární a buněčná proteomika. 6 (4): 575–88. doi:10,1074 / mcp.M600249-MCP200. PMID 17220478.

Tento článek o gen na lidský chromozom 2 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000079785 - Ensembl, Květen 2017

[2] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[3] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid1552844-4] Schmid SR, Linder P (únor 1992). "D-E-A-D proteinová rodina domnělých RNA helikáz". Molekulární mikrobiologie. 6 (3): 283–91. doi:10.1111 / j.1365-2958.1992.tb01470.x. PMID 1552844. S2CID 45727289.

[entrez-5] A ^b „Entrez Gene: DDX1 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptid 1".

[pmid12183465-6] Chen HC, Lin WC, Tsay YG, Lee SC, Chang CJ (říjen 2002). „RNA helikáza, DDX1, interagující s poly (A) RNA a heterogenním nukleárním ribonukleoproteinem K“ (PDF). The Journal of Biological Chemistry. 277 (43): 40403–9. doi:10,1074 / jbc.M206981200. PMID 12183465. S2CID 25252628.

[pmid12183466-7] Cho WJ, Yoon WJ, Moon CH, Cha SJ, Song H, Cho HR, Jang SJ, Chung DK, Jeong CS, Park JW (listopad 2002). "Molekulární klonování nového chaperonového proteinu indukovaného rhabdovirovou infekcí se sekvenční podobností s bakteriální extracelulární rodinou proteinů vázajících solut 5". The Journal of Biological Chemistry. 277 (44): 41489–96. doi:10,1074 / jbc.M207104200. PMID 12183466.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]