PTBP1 - PTBP1

PTBP1
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1QM9, 1SJQ, 1SJR, 2AD9, 2 ADB, 2ADC, 2EVZ, 3ZZY, 3ZZZ
Identifikátory
Aliasy	PTBP1, HNRNP-I, HNRNPI, HNRPI, PTB, PTB-1, PTB-T, PTB2, PTB3, PTB4, pPTB, protein vázající polypyrimidinový trakt 1
Externí ID	OMIM: 600693 MGI: 97791 HomoloGene: 49188 Genové karty: PTBP1
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 19 (lidský)
Konec	812,327 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 10 (myš)
Konec	79,864,771 bp
Exprese RNA vzor
	; ; ; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• pre-mRNA vazba; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba na polypyrimidinový trakt; • vazba nukleové kyseliny; • Vazba RNA;
Buněčná složka	• jádro; • extracelulární exosom; • membrána; • buněčné jádro; • nukleoplazma;
Biologický proces	• Sestřih mRNA prostřednictvím spliceosomu; • Zpracování mRNA; • negativní regulace sestřihu mRNA prostřednictvím spliceosomu; • regulace alternativního mRNA sestřihu pomocí spliceosomu; • negativní regulace sestřihu RNA; • Sestřih RNA; • negativní regulace diferenciace svalových buněk; • signální dráha receptoru pro fibroblastový růstový faktor; • IRES závislá iniciace virové translace; • RNA metabolický proces; • pozitivní regulace defosforylace bílkovin; • pozitivní regulace signalizační kaskády kalcineurin-NFAT;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	5725
	19205
	ENSG00000011304
	ENSMUSG00000006498
	P26599
	P17225
	NM_002819; NM_031990; NM_031991; NM_175847
	NM_001077363; NM_001283013; NM_008956
	NP_002810; NP_114367; NP_114368
	n / a
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Protein vázající polypyrimidinový trakt 1 je protein že u lidí je kódován PTBP1 gen.^[5]^[6]^[7]

Tento gen patří do podčeledi všudypřítomně exprimovaných heterogenních jaderných ribonukleoproteinů (hnRNP). HnRNP jsou proteiny vázající RNA a komplexují se s heterogenní jadernou RNA (hnRNA). Tyto proteiny jsou spojeny s pre-mRNA v jádru a zdá se, že ovlivňují zpracování pre-mRNA a další aspekty metabolismu a transportu mRNA. Zatímco všechny hnRNP jsou přítomny v jádru, zdá se, že některé přecházejí mezi jádrem a cytoplazmou. Proteiny hnRNP mají odlišné vlastnosti vázání nukleových kyselin. Protein kódovaný tímto genem má čtyři repetice domén kvazi-RNA rozpoznávacího motivu (RRM), které vážou RNA. Tento protein se váže na intronové polypyrimidinové trakty, které vyžadují sestřih pre-mRNA a působí cestou degradace proteinu ubikvitin-proteazom. Může také podporovat vazbu U2 snRNP na pre-mRNA. Tento protein je lokalizován v nukleoplazmě a je také detekován v perinukleolární struktuře. Alternativně byly popsány sestřihové varianty transkriptu kódující různé izoformy.^[7]

PTBP1 u savců

V mozcích savců chybí transkripty z genu PTBP1 jeden exon (exon 9), který je obsažen v mozcích jiných obratlovců, v důsledku alternativní sestřih. To přispívá k evolučnímu rozdílu mezi nervovým systémem savců a jiných obratlovců.^[8]

Interakce

Bylo prokázáno, že PTBP1 komunikovat s HNRPK,^[9] PCBP2,^[9] SFPQ^[10]^[11] a HNRNPL.^[9]^[12]

Tento gen je zaměřen mikroRNA miR-124. Během neuronové diferenciace miR-124 snižuje hladiny PTBP1, což vede k akumulaci správně sestřižených PTBP2 mRNA a dramatický nárůst proteinu PTBP2.^[13]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000011304 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000006498 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Patton JG, Mayer SA, Tempst P, Nadal-Ginard B (srpen 1991). „Charakterizace a molekulární klonování proteinu vázajícího polypyrimidinový trakt: složka komplexu nezbytného pro sestřih pre-mRNA“. Genes Dev. 5 (7): 1237–51. doi:10,1101 / gad. 5.7.1237. PMID 1906036.
^ Romanelli MG, Lorenzi P, Morandi C (listopad 2000). „Organizace lidského genu kódujícího heterogenní jaderný ribonukleoprotein typu I (hnRNP I) a charakterizace pseudogenu souvisejícího s hnRNP I“. Gen. 255 (2): 267–72. doi:10.1016 / S0378-1119 (00) 00331-0. PMID 11024286.
^ ^A ^b "Entrez Gene: PTBP1 polypyrimidinový trakt vázající protein 1".
^ Gueroussov, Serge; Gonatopoulos-Pournatzis, Thomas; Irimia, Manuel; Raj, Bushra; Lin, Zhen-Yuan; Gingras, Anne-Claude; Blencowe, Benjamin J. (srpen 2015). „Alternativní sestřihová událost zesiluje evoluční rozdíly mezi obratlovci“. Věda. 349 (6250): 868–873. Bibcode:2015Sci ... 349..868G. doi:10.1126 / science.aaa8381. hdl:10230/27120. PMID 26293963. S2CID 45304389.
^ ^A ^b ^C Kim, JH; Hahm B; Kim YK; Choi M; Jang S K (květen 2000). "Interakce protein-protein mezi hnRNP pendlujícími mezi jádrem a cytoplazmou". J. Mol. Biol. 298 (3): 395–405. doi:10.1006 / jmbi.2000.3687. ISSN 0022-2836. PMID 10772858.
^ Patton, JG; Porro E B; Galceran J; Tempst P; Nadal-Ginard B (březen 1993). „Klonování a charakterizace PSF, nového faktoru sestřihu pre-mRNA“. Genes Dev. 7 (3): 393–406. doi:10,1101 / gad.7.3.393. ISSN 0890-9369. PMID 8449401.
^ Meissner, M; Dechat T; Gerner C; Grimm R; Foisner R; Sauermann G (leden 2000). "Diferenciální nukleární lokalizace a asociace jaderné matice spojovacích faktorů PSF a PTB". J. Cell. Biochem. 76 (4): 559–66. doi:10.1002 / (SICI) 1097-4644 (20000315) 76: 4 <559 :: AID-JCB4> 3.0.CO; 2-U. ISSN 0730-2312. PMID 10653975.
^ Hahm, B; Cho O H; Kim JE; Kim YK; Kim J H; Oh Y L; Jang S K (duben 1998). „Protein vázající polypyrimidinový trakt interaguje s HnRNP L“. FEBS Lett. 425 (3): 401–6. doi:10.1016 / S0014-5793 (98) 00269-5. ISSN 0014-5793. PMID 9563502. S2CID 4980318.
^ Makeyev EV, Zhang J, Carrasco MA, Maniatis T (srpen 2007). „MicroRNA miR-124 podporuje neuronální diferenciaci spuštěním alternativního spojování pre-mRNA specifických pro mozek“. Mol. Buňka. 27 (3): 435–48. doi:10.1016 / j.molcel.2007.07.015. PMC 3139456. PMID 17679093.

Další čtení

Rasmussen HH, van Damme J, Puype M a kol. (1993). „Mikrosekvence 145 proteinů zaznamenané v databázi dvourozměrných gelových proteinů normálních lidských epidermálních keratinocytů“. Elektroforéza. 13 (12): 960–9. doi:10,1002 / elps.11501301199. PMID 1286667. S2CID 41855774.
Ghetti A, Piñol-Roma S, Michael WM a kol. (1992). „hnRNP I, protein vázající polypyrimidinový trakt: odlišná nukleární lokalizace a asociace s hnRNA“. Nucleic Acids Res. 20 (14): 3671–8. doi:10.1093 / nar / 20.14.3671. PMC 334017. PMID 1641332.
Gil A, Sharp PA, Jamison SF, Garcia-Blanco MA (1991). "Charakterizace cDNA kódujících protein vázající polypyrimidinový trakt". Genes Dev. 5 (7): 1224–36. doi:10,1101 / gad. 5.7.1224. PMID 1906035.
Raimondi E, Romanelli MG, Moralli D a kol. (1995). „Přiřazení lidského genu kódujícího heterogenní nukleovou RNA ribonukleoprotein I (PTB) k chromozomu 14q23-q24.1“. Genomika. 27 (3): 553–5. doi:10.1006 / geno.1995.1093. PMID 7558043.
Patton JG, Porro EB, Galceran J a kol. (1993). „Klonování a charakterizace PSF, nového faktoru sestřihu pre-mRNA“. Genes Dev. 7 (3): 393–406. doi:10,1101 / gad.7.3.393. PMID 8449401.
Wu-Baer F, Lane WS, Gaynor RB (1996). „Identifikace skupiny buněčných kofaktorů, které stimulují vazbu RNA polymerázy II a TRP-185 na 1 TAR RNA viru lidské imunodeficience“. J. Biol. Chem. 271 (8): 4201–8. doi:10.1074 / jbc.271.8.4201. PMID 8626763.
Black AC, Luo J, Chun S a kol. (1997). "Specifická vazba proteinu vázajícího polypyrimidinový trakt a hnRNP A1 na prvky HIV-1 CRS". Virové geny. 12 (3): 275–85. doi:10.1007 / bf00284648. PMID 8883365. S2CID 11678179.
Huang S, Deerinck TJ, Ellisman MH, Spector DL (1997). „Dynamická organizace perinukleolárního kompartmentu v buněčném jádru“. J. Cell Biol. 137 (5): 965–74. doi:10.1083 / jcb.137.5.965. PMC 2136227. PMID 9166399.
Oh YL, Hahm B, Kim YK a kol. (1998). "Stanovení funkčních domén v proteinu vázajícím polypyrimidinový trakt". Biochem. J. 331 (Pt 1): 169–75. doi:10.1042 / bj3310169. PMC 1219335. PMID 9512476.
Hahm B, Cho OH, Kim JE a kol. (1998). „Protein vázající polypyrimidinový trakt interaguje s HnRNP L“. FEBS Lett. 425 (3): 401–6. doi:10.1016 / S0014-5793 (98) 00269-5. PMID 9563502. S2CID 4980318.
Meissner M, Dechat T, Gerner C a kol. (2000). "Diferenciální nukleární lokalizace a asociace jaderné matice spojovacích faktorů PSF a PTB". J. Cell. Biochem. 76 (4): 559–66. doi:10.1002 / (SICI) 1097-4644 (20000315) 76: 4 <559 :: AID-JCB4> 3.0.CO; 2-U. PMID 10653975.
Kim JH, Hahm B, Kim YK a kol. (2000). "Interakce protein-protein mezi hnRNP pendlujícími mezi jádrem a cytoplazmou". J. Mol. Biol. 298 (3): 395–405. doi:10.1006 / jmbi.2000.3687. PMID 10772858.
Conte MR, Grüne T, Ghuman J a kol. (2000). „Struktura rozpoznávacích motivů tandemové RNA z proteinu vázajícího polypyrimidinový trakt odhaluje nové rysy záhybu RRM“. EMBO J.. 19 (12): 3132–41. doi:10.1093 / emboj / 19.12.3132. PMC 203357. PMID 10856256.
Markovtsov V, Nikolic JM, Goldman JA a kol. (2000). „Kooperativní shromáždění komplexu hnRNP indukovaného tkáňově specifickým homologem proteinu vázajícího polypyrimidinový trakt“. Mol. Buňka. Biol. 20 (20): 7463–79. doi:10.1128 / MCB.20.20.7463-7479.2000. PMC 86300. PMID 11003644.
de Vries H, Rüegsegger U, Hübner W a kol. (2000). „Lidský pre-mRNA štěpný faktor IIm obsahuje homology kvasinkových proteinů a přemosťuje další dva štěpné faktory“. EMBO J.. 19 (21): 5895–904. doi:10.1093 / emboj / 19.21.5895. PMC 305781. PMID 11060040.
Zang WQ, Li B, Huang PY a kol. (2001). „Role proteinu vázajícího polypyrimidinový trakt ve funkci posttranskripčního regulačního prvku viru hepatitidy B“. J. Virol. 75 (22): 10779–86. doi:10.1128 / JVI.75.22.10779-10786.2001. PMC 114659. PMID 11602719.
Hüttelmaier S, Illenberger S, Grosheva I a kol. (2002). „Raver1, dvoukompartmentový protein, je ligandem pro proteiny pro připojení PTB / hnRNPI a mikrofilamentu“. J. Cell Biol. 155 (5): 775–86. doi:10.1083 / jcb.200105044. PMC 2150882. PMID 11724819.
Kamath RV, Leary DJ, Huang S (2002). „Nukleocytoplazmatické stékání proteinu vázajícího polypyrimidinový trakt je odpojeno od exportu RNA“. Mol. Biol. Buňka. 12 (12): 3808–20. doi:10,1091 / mbc. 12.12.3808. PMC 60757. PMID 11739782.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000011304 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000006498 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid1906036-5] Patton JG, Mayer SA, Tempst P, Nadal-Ginard B (srpen 1991). „Charakterizace a molekulární klonování proteinu vázajícího polypyrimidinový trakt: složka komplexu nezbytného pro sestřih pre-mRNA“. Genes Dev. 5 (7): 1237–51. doi:10,1101 / gad. 5.7.1237. PMID 1906036.

[pmid11024286-6] Romanelli MG, Lorenzi P, Morandi C (listopad 2000). „Organizace lidského genu kódujícího heterogenní jaderný ribonukleoprotein typu I (hnRNP I) a charakterizace pseudogenu souvisejícího s hnRNP I“. Gen. 255 (2): 267–72. doi:10.1016 / S0378-1119 (00) 00331-0. PMID 11024286.

[entrez-7] A ^b "Entrez Gene: PTBP1 polypyrimidinový trakt vázající protein 1".

[8] Gueroussov, Serge; Gonatopoulos-Pournatzis, Thomas; Irimia, Manuel; Raj, Bushra; Lin, Zhen-Yuan; Gingras, Anne-Claude; Blencowe, Benjamin J. (srpen 2015). „Alternativní sestřihová událost zesiluje evoluční rozdíly mezi obratlovci“. Věda. 349 (6250): 868–873. Bibcode:2015Sci ... 349..868G. doi:10.1126 / science.aaa8381. hdl:10230/27120. PMID 26293963. S2CID 45304389.

[pmid10772858-9] A ^b ^C Kim, JH; Hahm B; Kim YK; Choi M; Jang S K (květen 2000). "Interakce protein-protein mezi hnRNP pendlujícími mezi jádrem a cytoplazmou". J. Mol. Biol. 298 (3): 395–405. doi:10.1006 / jmbi.2000.3687. ISSN 0022-2836. PMID 10772858.

[pmid8449401-10] Patton, JG; Porro E B; Galceran J; Tempst P; Nadal-Ginard B (březen 1993). „Klonování a charakterizace PSF, nového faktoru sestřihu pre-mRNA“. Genes Dev. 7 (3): 393–406. doi:10,1101 / gad.7.3.393. ISSN 0890-9369. PMID 8449401.

[pmid10653975-11] Meissner, M; Dechat T; Gerner C; Grimm R; Foisner R; Sauermann G (leden 2000). "Diferenciální nukleární lokalizace a asociace jaderné matice spojovacích faktorů PSF a PTB". J. Cell. Biochem. 76 (4): 559–66. doi:10.1002 / (SICI) 1097-4644 (20000315) 76: 4 <559 :: AID-JCB4> 3.0.CO; 2-U. ISSN 0730-2312. PMID 10653975.

[pmid9563502-12] Hahm, B; Cho O H; Kim JE; Kim YK; Kim J H; Oh Y L; Jang S K (duben 1998). „Protein vázající polypyrimidinový trakt interaguje s HnRNP L“. FEBS Lett. 425 (3): 401–6. doi:10.1016 / S0014-5793 (98) 00269-5. ISSN 0014-5793. PMID 9563502. S2CID 4980318.

[pmid17679093-13] Makeyev EV, Zhang J, Carrasco MA, Maniatis T (srpen 2007). „MicroRNA miR-124 podporuje neuronální diferenciaci spuštěním alternativního spojování pre-mRNA specifických pro mozek“. Mol. Buňka. 27 (3): 435–48. doi:10.1016 / j.molcel.2007.07.015. PMC 3139456. PMID 17679093.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]