GROMACS - GROMACS

GROMACS
Logo GROMACS.png
VývojářiUniversity of Groningen
Královský technologický institut
Univerzita v Uppsale[1]
První vydání1991; Před 29 lety (1991)
Stabilní uvolnění
2020.4 / 6. října 2020; před 2 měsíci (2020-10-06)[2]
Úložiště
Upravte to na Wikidata
NapsánoC ++, C, CUDA, OpenCL
Operační systémLinux, Operační Systém Mac, Okna, jakýkoliv jiný Unix odrůda
PlošinaMnoho
K dispozici vAngličtina
TypMolekulární dynamika simulace
LicenceLGPL verze> = 4.6,
GPL verze <4.6[3]
webová stránkawww.romacy.org

GROMACS je molekulární dynamika balíček určený hlavně pro simulace bílkoviny, lipidy, a nukleové kyseliny. Původně byl vyvinut v oddělení biofyzikální chemie University of Groningen, a je nyní udržována přispěvateli na univerzitách a výzkumných centrech po celém světě.[4][5][6] GROMACS je jeden z nejrychlejších a nejpopulárnějších dostupných softwarových balíků,[7][8] a může běžet dál centrální procesorové jednotky (CPU) a jednotky grafického zpracování (GPU).[9] Je to zdarma, open-source software propuštěn pod GNU General Public License (GPL),[3] a počínaje verzí 4.6 GNU Lesser General Public License (LGPL).

Dějiny

Projekt GROMACS původně začal v roce 1991 na katedře biofyzikální chemie, University of Groningen, Holandsko (1991–2000). Její název původně odvozený z této doby (GROningen MAchine pro chemické simulace) ačkoli v současné době GROMACS není zkratkou pro cokoli, v posledních desetiletích došlo v Groningenu k malému aktivnímu rozvoji. Původním cílem bylo zkonstruovat specializovaný paralelní počítačový systém pro molekulární simulace založený na kruhové architektuře (protože byl nahrazen moderními hardwarovými designy). Specifické rutiny molekulární dynamiky byly přepsány do programovacího jazyka C z Fortran 77 - na základě programu GROMOS, který byl vyvinut ve stejné skupině.[Citace je zapotřebí ]

Od roku 2001 je GROMACS vyvíjen vývojovými týmy GROMACS v Královský technologický institut a Univerzita v Uppsale, Švédsko.

Funkce

Systém GROMACS je provozován prostřednictvím rozhraní příkazového řádku a může používat soubory pro vstup a výstup. Poskytuje postup výpočtu a Předpokládaný čas příjezdu (ETA) zpětná vazba, prohlížeč trajektorie a rozsáhlá knihovna pro analýzu trajektorie.[3] Kromě toho podpora různých silová pole dělá GROMACS velmi flexibilní. Může být provedeno paralelně pomocí Rozhraní pro předávání zpráv (MPI) nebo vlákna. Obsahuje skript pro převod molekulárních souřadnic Proteinová datová banka (PDB) soubory do formátů, které interně používá. Jednou konfigurační soubor pro simulaci několika molekul (případně včetně solventní ), simulační běh (který může být časově náročný) vytvoří soubor trajektorie popisující pohyby atomů v čase. Tento soubor lze poté analyzovat nebo vizualizovat pomocí několika dodávaných nástrojů.[10]OpenCL a CUDA jsou možné pro skutečné GPU AMD, Intel a Nvidia s velkou akcelerací proti běhům založeným na CPU od verze 5 nebo vyšší.

velikonoční vajíčka

Od ledna 2010Zdrojový kód GROMACS obsahuje přibližně 400 alternativních zkratek k GROMACS jako vtipy mezi vývojáři a biochemie výzkumní pracovníci. Tyto zahrnují "Gromacs běží na většině počítačových systémů", "Gromacs běží jednu mikrosekundu v rychlosti dělové koule", "Dobrý Rocking Metal Altar pro Chronical Sinner", "Práce na GRowing Old MAkes el Chrono Sweat", a "Velká červená vlastní mnoho akrů písku". Jsou náhodně vybrány, aby se mohly objevit ve výstupním proudu GROMACS. V jednom případě taková zkratka způsobila přestupek."[11]

Aplikace

Na základě licence jiné než GPL je systém GROMACS široce používán v Skládací @ home distribuované výpočty projekt pro simulace skládání bílkovin, kde je základním kódem pro největší a nejčastěji používanou sérii projektu výpočetní jádra.[12][13] EvoGrid, projekt distribuované výpočetní techniky, který se bude vyvíjet umělý život, také zaměstnává GROMACS.[14]

Viz také

Reference

  1. ^ Vývojový tým GROMACS
  2. ^ „Gromacs ke stažení“. gromacs.org. Citováno 2020-08-14.
  3. ^ A b C „About Gromacs“. gromacs.org. 16. srpna 2010. Citováno 2012-06-26.
  4. ^ "Lidé - Gromacs". gromacs.org. 14. března 2012. Citováno 26. června 2012.
  5. ^ Van Der Spoel D, Lindahl E, Hess B, Groenhof G, Mark AE, Berendsen HJ (2005). „GROMACS: rychlý, flexibilní a bezplatný“. J Comput Chem. 26 (16): 1701–18. doi:10.1002 / jcc.20291. PMID  16211538. S2CID  1231998.
  6. ^ Hess B, Kutzner C, Van Der Spoel D, Lindahl E (2008). „GROMACS 4: Algoritmy pro vysoce účinnou, vyváženou zátěž a škálovatelnou molekulární simulaci“. J Chem Theory Comput. 4 (2): 435–447. doi:10.1021 / ct700301q. hdl:11858 / 00-001M-0000-0012-DDBF-0. PMID  26620784.
  7. ^ Carsten Kutzner; David Van Der Spoel; Martin Fechner; Erik Lindahl; Udo W. Schmitt; Bert L. De Groot; Helmut Grubmüller (2007). "Urychlení paralelních GROMACS v sítích s vysokou latencí". Journal of Computational Chemistry. 28 (12): 2075–2084. doi:10.1002 / jcc.20703. hdl:11858 / 00-001M-0000-0012-E29A-0. PMID  17405124. S2CID  519769.
  8. ^ Berk Hess; Carsten Kutzner; David van der Spoel; Erik Lindahl (2008). „GROMACS 4: Algoritmy pro vysoce účinnou, vyváženou zátěž a škálovatelnou molekulární simulaci“. Journal of Chemical Theory and Computation. 4 (3): 435–447. doi:10.1021 / ct700301q. hdl:11858 / 00-001M-0000-0012-DDBF-0. PMID  26620784.
  9. ^ „GPU - Gromacs“. gromacs.org. 20. ledna 2012. Citováno 26. června 2012.
  10. ^ „Vývojový diagram GROMACS“. gromacs.org. 18. ledna 2009. Archivovány od originál dne 24. června 2010. Citováno 26. června 2012.
  11. ^ „Re: Práce na poskytování ruského opia může změnit současnou situaci“. Skládací @ home. 17. ledna 2010. Citováno 2012-06-26.
  12. ^ Pande lab (11. června 2012). „Časté dotazy k open source systému Folding @ home“. Skládací @ home. Stanfordská Univerzita. Archivovány od originál (FAQ) dne 17. července 2012. Citováno 26. června 2012.
  13. ^ Adam Beberg; Daniel Ensign; Guha Jayachandran; Siraj Khaliq; Vijay Pande (2009). Folding @ home: Poučení z osmi let distribuované výpočetní techniky dobrovolníků (PDF). Paralelní a distribuované zpracování, IEEE International Symposium. s. 1–8. doi:10.1109 / IPDPS.2009.5160922. ISBN  978-1-4244-3751-1. ISSN  1530-2075. S2CID  15677970.
  14. ^ Markoff, John (29. září 2009). „Wanted: Home Computers to join in Research on Artificial Life“. The New York Times. Citováno 26. června 2012.

externí odkazy