VOTCA - VOTCA

VOTCA
Logo VOTCA.png
Původní autořiVictor Rühle, Christoph Junghans, Alexander Lukyanov, Kurt Kremer, Denis Andrienko
VývojářiMax Planck Institute for Polymer Research
Národní laboratoř Los Alamos
Beckman Institute for Advanced Science and Technology
Eindhoven University of Technology[1]
První vydání2008; Před 12 lety (2008)
Stabilní uvolnění
1.6.2 / 28. srpna 2020; před 3 měsíci (2020-08-28)[2]
Náhled verze
1.6_rc2 / 10. února 2020; Před 9 měsíci (2020-02-10)[3]
Úložištěgithub.com/ votca
NapsánoC ++, Perl, Bash
Operační systémLinux, Operační Systém Mac, Okna, jakýkoliv jiný Unix odrůda
Plošinax86, x86-64
K dispozici vAngličtina
TypHrubozrnné modelování
LicenceLicence Apache 2.0
webová stránkawww.votca.org

Všestranný objektově orientovaný soubor nástrojů pro hrubozrnné aplikace (VOTCA) je Hrubozrnné modelování balíček, který se zaměřuje na analýzu dat molekulární dynamiky, vývoj systematických hrubozrnných technik i metod používaných pro simulaci transportu mikroskopického náboje (a excitonu) v neuspořádaných polovodičích. Původně byl vyvinut na Max Planck Institute for Polymer Research, a nyní je udržována vývojáři na webu Max Planck Institute for Polymer Research, Národní laboratoř Los Alamos, Eindhoven University of Technology a Beckman Institute for Advanced Science and Technology s příspěvky výzkumných pracovníků z celého světa.[4]

Funkce

VOTCA má 3 hlavní části, sadu nástrojů Coarse-graining (VOTCA-CSG), sadu Charge Transport (VOTCA-CTP) a Excitation Transport Toolkit (VOTCA-XTP). Všechny jsou založeny na knihovně nástrojů VOTCA, která implementuje sdílené procedury.

Sada hrubozrnných nástrojů (VOTCA-CSG)

VOTCA-CSG[4] podporuje celou řadu různých hrubozrnných metod, vč. (iterativní) Boltzmannova inverze, inverzní Monte Carlo, Force Matching (také známý jako metoda vícenásobného hrubování) a Relativní entropie[5] metoda a hybridní kombinace těchto metod, stejně jako přístupy založené na optimalizaci simplexní a CMA. Ke shromažďování statistik může VOTCA-CSG používat více molekulární dynamika balení vč. GROMACS, DL_POLY, ESPResSo, ESPResSo ++, SVÍTILNY a HOOMD-modrá pro odběr vzorků.

Sada nástrojů pro transport poplatků (VOTCA-CTP)

VOTCA-CTP[6] je modul, který provádí výpočty překrytí molekulárních okružních drah a dokáže vyhodnotit energetické poruchy a elektronické vazby potřebné k odhadu vlastností přenosu náboje.

Sada nástrojů Excitation Transport (VOTCA-XTP)

VOTCA-XTP je rozšíření k VOTCA-CTP, které umožňuje simulovat přenos a vlastnosti buzení.[7] Proto poskytuje vlastní implementaci GW -BSE a základní DFT implementace, zaměstnávání lokalizované bazény. Polarizované výpočty QM / MM pro vzrušené stavy jsou poskytovány v rámci Thole. Obsahuje rozhraní k balíčku Quantum Chemistry ORCA pro velké výrobní série.

Uvolněte názvy

Hlavní vydání mají přidělena jména:

  • 1.1 SuperAnn
  • 1.2 SuperDoris
  • 1.3 SuperUzma
  • 1.4 SuperKurt - při příležitosti Kurt Kremer 60. narozeniny[8]
  • 1.5 SuperVictor - pojmenováno podle Victora Rühle, jednoho z původních hlavních vývojářů[9]
  • 1.6 SuperPelagia
  • 1.6.2 SuperGitta

Viz také

Reference

  1. ^ Stránka vývoje VOTCA
  2. ^ Vydání VOTCA na Githubu
  3. ^ Vydání VOTCA na Githubu
  4. ^ A b Victor Rühle, Christoph Junghans, Alexander Lukyanov, Kurt Kremer a Denis Andrienko. „Univerzální objektově orientovaná sada nástrojů pro hrubozrnné aplikace“ Journal of Chemical Theory and Computation 5 (2009): 3201. doi:10.1021 / ct900369w
  5. ^ Mashayak, S. Y .; Jochum, Mara N .; Koschke, Konstantin; Aluru, N.R .; Rühle, Victor; Junghans, Christoph (2015-07-20). „Relativní entropie a optimalizační metody hrubého zrnění ve VOTCA“. PLOS ONE. 10 (7): e0131754. doi:10.1371 / journal.pone.0131754. ISSN  1932-6203. PMC  4507862. PMID  26192992.
  6. ^ Victor Rühle, Alexander Lukyanov, Falk May, Manuel Schrader, Thorsten Vehoff, James Kirkpatrick, Bjoern Baumeier, Denis Andrienko. „Mikroskopické simulace přenosu náboje v neuspořádaných organických polovodičích“ Journal of Chemical Theory and Computation, 7 (2011): 3335. doi:10.1021 / ct200388s
  7. ^ Jens Wehner, Lothar Brombacher, Joshua Brown, Christoph Junghans, Onur Çaylak, Yuriy Khalak, Pranav Madhikar, Gianluca Tirimbò a Björn Baumeier. „Electronic Excitations in Complex Molecular Environments: Many-Body Green's Functions Theory in VOTCA-XTP“ Journal of Chemical Theory and Computation. doi:10.1021 / acs.jctc.8b00617
  8. ^ https://groups.google.com/g/votca/c/XnzZRxvQMRA/m/N3Z0EYh9AQAJ
  9. ^ https://groups.google.com/g/votca/c/W66eCZ1sn_s/m/tsk1kmp9DAAJ