Doména GGDEF - GGDEF domain
| Doména GGDEF | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 regulátor odezvy PleD v komplexu s c-diGMP | |||||||||
| Identifikátory | |||||||||
| Symbol | GGDEF | ||||||||
| Pfam | PF00990 | ||||||||
| Pfam klan | CL0276 | ||||||||
| InterPro | IPR000160 | ||||||||
| SCOP2 | 1w25 / Rozsah / SUPFAM | ||||||||
| CDD | cd01949 | ||||||||
| |||||||||
V molekulární biologii se Doména GGDEF je proteinová doména který se zdá být všudypřítomný v bakterie a je často spojena s regulační doménou, jako je a fosforylace přijímač nebo kyslík snímací doména. Jeho funkcí je fungovat jako diguanylátcykláza a syntetizovat cyklický di-GMP, který se používá jako intracelulární signalizace molekula v široké škále bakterie.[1][2] Enzymatická činnost může být silně ovlivněna sousedními domén. Mezi procesy regulované touto doménou patří exopolysacharid syntéza, biofilm formace, pohyblivost a diferenciace buněk.
Strukturální studie PleD z Caulobacter crescentus ukazují, že tato doména tvoří pětvláknové beta list obklopen šroubovice, podobně jako katalytické jádro adenylátcykláza.[3]
Reference
- ^ Paul R, Weiser S, Amiot NC, Chan C, Schirmer T, Giese B, Jenal U (březen 2004). „Dynamická lokalizace regulátoru bakteriální reakce závislá na buněčném cyklu s novou výstupní doménou di-guanylátcyklázy“. Genes Dev. 18 (6): 715–27. doi:10,1101 / gad.289504. PMC 387245. PMID 15075296.
- ^ Ryjenkov DA, Tarutina M, Moskvin OV, Gomelsky M (březen 2005). „Cyklický diguanylát je všudypřítomná signální molekula v bakteriích: pohled na biochemii proteinové domény GGDEF“. J. Bacteriol. 187 (5): 1792–8. doi:10.1128 / JB.187.5.1792-1798.2005. PMC 1064016. PMID 15716451.
- ^ Chan C, Paul R, Samoray D, Amiot NC, Giese B, Jenal U, Schirmer T (prosinec 2004). "Strukturní základ aktivity a alosterická kontrola diguanylátcyklázy". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101 (49): 17084–9. doi:10.1073 / pnas.0406134101. PMC 535365. PMID 15569936.