MUSCLE (vyrovnávací software) - MUSCLE (alignment software)
Původní autoři | Robert C. Edgar |
---|---|
Vývojáři | jednotka5 |
První vydání | 2004 |
Stabilní uvolnění | 3.8.31 / 18. srpna 2016 |
Úložiště | ![]() |
Operační systém | Linux, Operační Systém Mac, Okna |
Plošina | IA-32, x86-64 |
K dispozici v | Angličtina |
Typ | Zarovnání více sekvencí |
Licence | Veřejná doména |
webová stránka | www |
Porovnání více sekvencí podle očekávání protokolu (SVAL) je počítač software pro vícenásobné zarovnání sekvence z protein a nukleotid sekvence. to je licencováno tak jako veřejná doména. Metoda byla publikována Robertem C. Edgarem ve dvou dokumentech v roce 2004. První práce, publikovaná v Výzkum nukleových kyselin, představil algoritmus zarovnání sekvence.[1] Druhý příspěvek, publikovaný v BMC bioinformatika, představil další technické podrobnosti.[2]
Algoritmus
Algoritmus MUSCLE probíhá ve třech fázích: návrh progresivní, vylepšené progresivní, a upřesnění etapy. V návrh progresivní fázi, algoritmus vytvoří návrh vícenásobného zarovnání s důrazem na rychlost přesnost. V vylepšené progresivní fáze, Kimura vzdálenost se používá k přehodnocení binární strom k vytvoření zarovnání konceptu, čímž se vytvoří přesnější vícenásobné zarovnání. Finále upřesnění fáze vylepšuje vylepšené zarovnání provedené v kroku dva. Na konci každé fáze je k dispozici více zarovnání. V prvních dvou fázích algoritmu časová složitost je Ó(N2L + NL2), složitost prostoru je Ó(N2 + NL + L2). The upřesnění fáze přidává k časové složitosti další termín, Ó(N3L).[1] MUSCLE se často používá jako náhrada za Clustal, protože obvykle (ale ne vždy) poskytuje lepší zarovnání sekvence v závislosti na zvolených možnostech. MUSCLE je také podstatně rychlejší než Clustal, spíše pro větší zarovnání.[1][2]
Integrace
MUSCLE je integrován do DNASTAR software Lasergene, Geneious a MacVector a je k dispozici v Sequencher, MEGA, a UGENE jako zapojit. MUSCLE je také k dispozici jako webová služba prostřednictvím Evropská laboratoř molekulární biologie (EMBL) -Evropský bioinformatický institut (EBI).[3] V září 2016 byly dva dokumenty popisující SVAL citovány celkem více než 19 000krát.[4]
Viz také
Reference
- ^ A b C Edgar RC (2004). "MUSCLE: vícenásobné seřazení sekvencí s vysokou přesností a vysokou propustností". Výzkum nukleových kyselin. 32 (5): 1792–97. doi:10.1093 / nar / gkh340. PMC 390337. PMID 15034147.
- ^ A b Edgar RC (2004). "MUSCLE: metoda vícenásobného zarovnání sekvence se sníženou časovou a prostorovou složitostí". BMC bioinformatika. 5 (1): 113. doi:10.1186/1471-2105-5-113. PMC 517706. PMID 15318951.
- ^ "MUSCLE
. Citováno 1. září 2014. - ^ „Robert C. Edgar - Citace Google Scholar“. Citováno 1. září 2016.