Rtuť (krystalografie) - Mercury (crystallography)

Merkur (software pro vizualizaci, průzkum a analýzu krystalové struktury)
Mercury 4. 2. 0. screenshot
Mercury 4. 2. 0. screenshot
Původní autořiF. H. Allen
VývojářiCambridge krystalografické datové centrum
První vydání2001; Před 19 lety (2001)
Stabilní uvolnění
Merkur 4.2.0 / 2019; před 1 rokem (2019)
Náhled verze
Rtuť 4.2.0
Operační systémOkna, Linux 64bitové, Operační Systém Mac
LicenceSoftware ke stažení zdarma
webová stránkawww.ccdc.vačka.ac.Spojené království/Společenství/ csd-community/ rtuť/

Rtuť je freeware vyvinutý společností Cambridge krystalografické datové centrum, původně navržen jako a Krystalická struktura vizualizační nástroj. Merkur pomáhá trojrozměrné vizualizaci Krystalická struktura a pomáhá při kreslení a analýze balení krystalů a intermolekulární interakce.[1] Aktuální verze Mercury umí číst „cif ", ".mol "," .mol2 ",".pdb "," .res "," .sd "a" .xyz "typy souborů. Merkur má svůj vlastní formát souboru s příponou souboru" .mryx ".[2]

Dějiny

Cambridge Crystallographic Data Center (CCDC) vyvinulo a spustilo dva programy s názvem ConQuest a Mercury[3] které běží pod Windows a různými typy Unix, včetně Linuxu. ConQuest jako vyhledávací rozhraní pro Cambridge Structural Database (CSD), s Fortran kód, který provádí širokou škálu úkolů, jako je dvourozměrný a trojrozměrný vyhledávání spodní stavby. Merkur byl představen jako vizualizér krystalové struktury, který má zařízení pro zkoumání mezimolekulární kontakty. Rtuťový program zcela napsaný objektově C ++. C ++ Qt knihovna se používá pro stavbu GUI a OpenGL pro trojrozměrné vykreslování grafiky. Primárním cílem první generace Merkuru je poskytnout trojrozměrné prohlížení krystalových struktur ve formátech souborů .MOL2, .PDB, .CIF, .MOL.[4] První verze má přibližně 2 800 uživatelů přihlášených do seznamu e-mailových oznámení Mercury.[5] Mercury 2.0 byl uveden na trh v roce 2008 a obsahuje další nástroje pro interpretaci a srovnání trendů balení v krystalových strukturách. Verze Mercury vydaná v roce 2015 a později poskytuje další funkce pro generování 3D tisk.[6] Aktuální verze 4.0 Mercury vyvinula své vizuální rozhraní ve větší míře porovnáním se svými starými verzemi.[2]

Licence

Mercury je k dispozici jako bezplatný software ke stažení a plná verze Mercury s pokročilejšími funkcemi dostupnými s licencí CSD, pokročilé funkce jsou deaktivovány, pokud taková licence neexistuje. Cambridge Crystallographic Data Center (CCDC) poskytuje licenci CSD akademickým institucím.[2]

Viz také

Reference

  1. ^ Clare F., Macrae (28. února 2006). „Merkur: vizualizace a analýza krystalových struktur“ (PDF). Journal of Applied Crystallography. 39: 453. doi:10.1107 / S002188980600731X.
  2. ^ A b C „Uživatelská příručka a návody pro Merkur“ (PDF). ccdc.cam.ac.uk.
  3. ^ Allen, Frank H. (2002-05-29). „Strukturální databáze Cambridge: čtvrt milionu krystalových struktur a roste“. Acta Crystallographica, část B, strukturní věda. Mezinárodní unie krystalografie (IUCr). 58 (3): 380–388. doi:10,1107 / s0108768102003890. ISSN  0108-7681.
  4. ^ Bruno, I. J. „Nový software pro prohledávání strukturní databáze Cambridge a vizualizaci krystalických struktur“. Acta Crystallographica oddíl B. B58: 389. doi:10.1107 / S0108768102003324.
  5. ^ I. Sovago ,, C. F. Macrae ,. „Mercury 4.0: od vizualizace k analýze, designu a predikci“ (PDF). Journal of Applied Crystallography. 53: 226. doi:10.1107 / S1600576719014092.CS1 maint: extra interpunkce (odkaz)
  6. ^ „3D tisk: snadné jako 1, 2, 3!“. Cambridge Crystallographic Data Center (CCDC). 19. srpna 2015. Citováno 2019-05-18.

externí odkazy