Dokování protein – ligand - Protein–ligand docking

Dokování protein – ligand je molekulární modelování technika. Cílem dokování protein-ligand je předpovědět polohu a orientaci a ligand (malá molekula), když je navázána na a protein receptor nebo enzym.[1] Farmaceutický výzkum využívá dokovací techniky pro různé účely, zejména v EU virtuální projekce rozsáhlých databází dostupných chemikálií za účelem výběru pravděpodobných kandidátů na léky.

K dispozici je několik softwarových aplikací pro dokování protein-ligand, které počítají místo, geometrii a energii malých molekul nebo peptidů interagujících s proteiny, jako například AutoDock a AutoDock Vina, rDock, FlexAID, Molekulární provozní prostředí, a Klouzat.

Flexibilita bílkovin

Výpočtová kapacita se za poslední dvě desetiletí dramaticky zvýšila, což umožnilo použití sofistikovanějších a výpočetně náročnějších metod při navrhování léků pomocí počítače. Řešení flexibility receptorů v metodikách dokování je však stále ožehavý problém.[2] Hlavním důvodem této obtížnosti je velký počet stupňů volnosti, které je třeba při tomto druhu výpočtů vzít v úvahu. Ve většině případů však jeho zanedbání vede ke špatným výsledkům ukotvení, pokud jde o předpověď predikce vazby v reálném prostředí.[3] Použití hrubozrnných proteinových modelů k překonání tohoto problému se jeví jako slibný přístup.[2] Hrubozrnné modely jsou často implementovány v případě dokování protein-peptid, protože často zahrnují rozsáhlé konformační přechody protein receptor.[4]

Viz také

Reference

  1. ^ Taylor, R.D .; Jewbury, P.J .; Essex, J.W. (01.03.2002). „Přehled metod dokování malých molekul bílkovin“. Journal of Computer-Aided Molecular Design. 16 (3): 151–166. doi:10.1023 / A: 1020155510718. ISSN  1573-4951. PMID  12363215.
  2. ^ A b Antunes, Dinler A; Devaurs, Didier; Kavraki, Lydia E (2015-09-28). „Pochopení výzev flexibility proteinů v designu léčiv“ (PDF). Odborné stanovisko k objevu drog. 10 (12): 1301–1313. doi:10.1517/17460441.2015.1094458. hdl:1911/88215. ISSN  1746-0441. PMID  26414598.
  3. ^ Cerqueira, N. M. F. S. A .; Bras, N.F .; Fernandes, P. A .; Ramos, M. J. (10.7.2009). "MADAMM: Vícestupňové dokování s protokolem automatizovaného molekulárního modelování". Proteiny: struktura, funkce a bioinformatika. 74 (1): 192–206. doi:10,1002 / prot. 22146. PMID  18618708.
  4. ^ Ciemny, Maciej; Kurcinski, Mateusz; Kamel, Karol; Kolinski, Andrzej; Alam, Nawsad; Schueler-Furman, Ora; Kmiecik, Sebastian (04.05.2018). „Dokování proteinů a peptidů: příležitosti a výzvy“. Objev drog dnes. 23 (8): 1530–1537. doi:10.1016 / j.drudis.2018.05.006. ISSN  1359-6446. PMID  29733895.

externí odkazy

  • BioLiP, komplexní databáze interakce ligand-protein