Beta-ketoacyl- (acyl-nosič-protein) syntáza III - Beta-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) synthase III
β-ketoacyl- (acyl-nosič-protein) syntáza III | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Identifikátory | |||||||||
EC číslo | 2.3.1.180 | ||||||||
Číslo CAS | 9077-10-5 | ||||||||
Databáze | |||||||||
IntEnz | IntEnz pohled | ||||||||
BRENDA | Vstup BRENDA | ||||||||
EXPASY | Pohled NiceZyme | ||||||||
KEGG | Vstup KEGG | ||||||||
MetaCyc | metabolická cesta | ||||||||
PRIAM | profil | ||||||||
PDB struktur | RCSB PDB PDBe PDBsum | ||||||||
Genová ontologie | AmiGO / QuickGO | ||||||||
|
3-oxoacyl- [acyl-nosič-protein (ACP)] syntáza III | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
![]() Struktura a architektura aktivního místa beta-ketoacyl-acylového nosného proteinu syntázy III (FabH) z escherichia coli.[1] | |||||||||
Identifikátory | |||||||||
Symbol | ACP_syn_III | ||||||||
Pfam | PF08545 | ||||||||
InterPro | IPR013751 | ||||||||
|
v enzymologie, β-ketoacyl- [acylový nosičový protein] syntáza III (ES 2.3.1.180 ) je enzym že katalyzuje the chemická reakce
- acetyl-CoA + malonyl- [acylový protein ] acetoacetyl- [acylový protein ] + CoA + CO2
Tedy dva substráty tohoto enzymu jsou acetyl-CoA a malonyl- [acylový nosičový protein], zatímco jeho 3 produkty jsou acetoacetyl- [acyl-nosič-protein], CoA, a CO2. Tento enzym patří do rodiny transferázy, abych byl konkrétní acyltransferázy přenos jiné skupiny než aminoacylové skupiny.
Tento enzym se účastní biosyntéza mastných kyselin. β-Ketoacyl-acyl-nosič-protein syntáza III je zapojena do disociovaného (nebo typu II) systému biosyntézy mastných kyselin, který se vyskytuje v rostlinách a bakteriích. Úloha FabH v syntéze mastných kyselin byla popsána v Streptomyces glaucescens,[2] Streptococcus pneumoniae,[3] a Streptomyces coelicolor.[4]
Nomenklatura
The systematické jméno z této třídy enzymů je acetyl-CoA: malonyl- [acyl-nosič-protein] C-acyltransferáza. Mezi další běžně používaná jména patří:
|
|
Role v tuberkulóze
Mycobacterium tuberculosis, Příčina tuberkulóza, se vyhýbá účinné imunitní clearance enkapsulací, zejména s kyselinami mykolovými, které jsou zvláště rezistentní vůči normálním degradačním procesům makrofágů. Kromě toho tato kapsle inhibuje vstup antibiotik. Enzymy podílející se na biosyntéze mykolátu jsou nezbytné pro přežití a patogenezi, a představují tak vynikající lékové cíle.
v M. tuberculosisse enzym beta-ketoacyl- [acyl-nosič-protein] syntáza III označuje jako mtFabH a je zásadním spojením mezi syntáza mastných kyselin -Já a syntáza mastných kyselin -II produkující cesty kyseliny mykolové. FAS-I se podílí na syntéze C.16 a C.26 mastné kyseliny. C.16 produkt acyl-CoA působí jako substrát pro syntézu kyseliny meromykolové pomocí FAS-II, zatímco C.26 mastná kyselina tvoří alfa větev konečné kyseliny mykolové. MtFabH bylo navrženo jako spojení mezi FAS-I a FAS-II převedením C14-CoA generovaného FAS-I na C16-AcpM, který je směrován do cyklu FAS-II.[5] Podle in silico analýzy bilance toku,[6] mtFabH je nezbytný, ale ne podle analýzy hybridizace místa transpozonu.[7] Na rozdíl od enzymů ve FAS-I nejsou enzymy FAS-II, včetně mtFabH, nalezeny u savců, což naznačuje, že pro vývoj léčiv jsou vhodnou volbou inhibitory těchto enzymů.
Struktura a substráty

Krystalové struktury FabH byly hlášeny z Mycobacterium tuberculosis,[1]{[8][9] Staphylococcus aureus,[10] Escherichia coli,[11] a Thermus thermophilus.[12]
Byla měřena katalytická aktivita a substrátová specificita mtFabH[13] poté dále sondovány pomocí krystalografických a metod řízené mutageneze[14] Byly stanoveny struktury ecFabH vázaného na substráty (CoA, malonyl CoA, degradovaný CoA).[8] Nedávno byly popsány specifické inhibitory vyvinuté pomocí racionálního designu.[15][16][17] V roce 2005 byla hlášena struktura katalyticky deaktivované mutanty mtFabH s lauroyl-CoA.[18]
Nativní mtFabH je homodimer s M.r = 77 ± 25 kDa. Ačkoli mezi všemi dosud stanovenými bakteriálními enzymy FabH existuje podstatná strukturní homologie, se dvěma kanály pro vazbu substrátů acyl-CoA a malonyl-ACP a konzervovanou katalytickou triádou (C122, H258, N289 v mtFabH), mtFabH obsahuje zbytky podél acylu -CoA vazebný kanál, který přednostně volí substráty s delším řetězcem vrcholící lauroyl-CoA (C.12). Inhibiční strategie založené na racionálním návrhu by mohly zahrnovat kompetitivní přemístění substrátů nebo narušení katalytického místa. Fosforylace Thr45, který se nachází na vstupu do kanálu substrátu, inhibuje aktivitu, pravděpodobně změnou přístupnosti substrátů.[19]

Inhibitory
Nejméně dvě ze stávajících léků na tuberkulózu byla původně odvozena z mikrobů; cerulenin z houby Cephalosporium caerulens a thiolaktomycin (TLM) z aktinomycety Nocardia spp. Je známo, že isoniazid (hydrazid kyseliny isonikotinové), ethionamid, triclosan [5-chlor-2- (2,4-dichlorfenoxy) fenol] a TLM specificky inhibují biosyntézu kyseliny mykolové.[20] Deriváty TLM a příbuzných sloučenin jsou podrobovány screeningu za účelem zlepšení účinnosti.[21][22][23][24]
I když se z těchto strukturálních studií hodně naučilo a racionální design je vynikajícím přístupem k vývoji nových inhibitorů, alternativní přístupy, jako je biologický průzkum, mohou odhalit neočekávané sloučeniny, jako je alosterický inhibitor objevený Dainesem et al. To by mohlo být zvláště důležité vzhledem k tomu, že se předpokládá, že fosforylace enzymů syntézy mykolátu je kritická pro regulaci a je známo, že kinázové domény mají více kontrolních mechanismů vzdálených od vazby ligandu a aktivních míst.[19]
Po objevu, že kyseliny phomallenic izolované z podestýlky houby identifikovány jako Phoma sp. jsou inhibitory FabH / FabF.[25][26] Wang et al. nedávno ohlásili svůj objev z půdní bakterie Streptomyces platensis nového přírodního inhibitoru FabH s in vivo aktivita zvaná platencin.[27] Ty byly nalezeny skríninkem 250 000 extraktů z půdních bakterií a hub, což prokazuje životaschopnost biologického průzkumu. I když je to samo o sobě potenciálně užitečné antibiotikum, nyní se to ukázalo platensimycin není konkrétně aktivní na mtFabH.[28]
Předpokládá se, že novými inhibitory budou s největší pravděpodobností malé molekuly s relativně nízkou polaritou, vzhledem k tomu, že katalytická místa homodimeru mtFabH jsou skryta v relativně hydrofobních kapsách a potřebě procházet kapslemi zavedených bacilů. To je podporováno špatnou rozpustností inhibitoru ve vodě k ecFabH. Rovněž se doufá, že tím, že se jedná o malé molekuly, bude jejich syntéza nebo biosyntéza jednoduchá a levná, což zvýší cenovou dostupnost následných léků pro rozvojové země. Jsou k dispozici techniky pro screening účinnosti inhibitorů.[29][30]
Terapeutický potenciál
V roce 2005 tuberkulóza způsobil přibližně 1,6 milionu úmrtí na celém světě, 8,8 milionu lidí onemocnělo, přičemž 90% těchto případů bylo v rozvojových zemích a odhadovaná třetina světové populace má latentní tuberkulózu.[31][32] Navzdory dostupnosti vakcíny BCG a několika antibiotik do roku 2005 došlo k obnovení tuberkulózy kvůli rezistenci na více léčivých přípravků, což se zhoršilo inkubací u imunokompromitovaných obětí AIDS, nedodržováním léčby drogovými závislostmi a pokračujícími systémovými nedostatky zdravotní péče v rozvojových zemích. Zdá se, že úmrtnost a míra infekce dosáhly vrcholu, ale TB zůstává závažným globálním problémem. V boji proti této nemoci jsou zapotřebí nové účinné léky. Inhibitory proti mtFabH nebo proti jiným enzymům dráhy FAS-II mohou mít širší využití, jako je léčba multirezistentních Staphylococcus aureus, a Plasmodium falciparum původce jiného závažného žáruvzdorného problému, malárie.
Vzhledem k převládající tuberkulóze v chudých zemích byla omezena obchodní pobídka k vývoji nových léků, spolu s uspokojením a spoléháním se na staré, dobře zavedené léky „první linie“, jako jsou rifampicin, izoniazid, pyrazinamid a etambutol. Cenový bod je již velmi nízký: 16–35 USD si koupí celý šestiměsíční lékový kurz[33] Nové léky jsou nicméně v klinických studiích.[34][35]
Podle Globální aliance pro vývoj léčiv proti tuberkulóze se předpokládá, že prodej léků na první linii tuberkulózy bude činit přibližně 315 milionů USD ročně a 54 milionů USD na léčbu druhé linie, přesto je celosvětová ekonomická daň TB nejméně 12 miliard USD každý rok.[36][37]
Reference
- ^ A b Davies C, Heath RJ, White SW, Rock CO (2000). „Krystalová struktura 1,8 A a architektura aktivního místa beta-ketoacyl-acylového nosného proteinu syntázy III (FabH) z escherichia coli“. Struktura. 8 (2): 185–95. doi:10.1016 / S0969-2126 (00) 00094-0. PMID 10673437.
- ^ Han L, Lobo S, Reynolds KA (1998). "Charakterizace β-ketoacyl-acylového nosiče proteinové syntázy III ze Streptomyces glaucescens a její role při zahájení biosyntézy mastných kyselin". J. Bacteriol. 180 (17): 4481–6. doi:10.1128 / JB.180.17.4481-4486.1998. PMC 107458. PMID 9721286.
- ^ Khandekar SS, Gentry DR, Van Aller GS, Warren P, Xiang H, Silverman C, Doyle ML, Chambers PA, Konstantinidis AK, Brandt M, Daines RA, Lonsdale JT (2001). "Identifikace, substrátová specificita a inhibice Streptococcus pneumoniae beta-ketoacyl-acylový nosičový protein syntáza III (FabH) ". J. Biol. Chem. 276 (32): 30024–30. doi:10,1074 / jbc.M101769200. PMID 11375394. S2CID 40184365.
- ^ Li Y, Florova G, Reynolds KA (2005). „Změna profilu mastných kyselin Streptomyces coelicolor nahrazením iniciačního enzymu 3-ketoacyl acylového nosiče protein syntázy III (FabH)“. J. Bacteriol. 187 (11): 3795–9. doi:10.1128 / JB.187.11.3795-3799.2005. PMC 1112031. PMID 15901703.
- ^ Bhatt A, Molle V, Besra GS, Jacobs WR, Kremer L (červen 2007). „Kondenzující enzymy FAS-II Mycobacterium tuberculosis: jejich role v biosyntéze kyseliny mykolové, stálosti v kyselinách, patogenezi a v budoucím vývoji léčiv“. Mol. Microbiol. 64 (6): 1442–54. doi:10.1111 / j.1365-2958.2007.05761.x. PMID 17555433. S2CID 32586686.
- ^ Raman K, Rajagopalan P, Chandra N (říjen 2005). „Flux Balance Analysis of Mycolic Acid Pathway: Targets for Anti-Tubercular Drugs“. PLOS Comput. Biol. 1 (5): e46. Bibcode:2005PLSCB ... 1 ... 46R. doi:10.1371 / journal.pcbi.0010046. PMC 1246807. PMID 16261191.
- ^ Sassetti CM, Boyd DH, Rubin EJ (duben 2003). "Geny potřebné pro růst mykobakterií definované mutagenezí s vysokou hustotou". Mol. Microbiol. 48 (1): 77–84. doi:10.1046 / j.1365-2958.2003.03425.x. PMID 12657046. S2CID 21383026.
- ^ A b PDB: 1HND, 1HNH, 1HNJ; Qiu X, Janson CA, Smith WW, Head M, Lonsdale J, Konstantinidis AK (březen 2001). "Rafinované struktury beta-ketoacyl-acylového nosného proteinu syntázy III." J. Mol. Biol. 307 (1): 341–56. doi:10.1006 / jmbi.2000.4457. PMID 11243824.
- ^ PDB: 1HZP; Scarsdale JN, Kazanina G, He X, Reynolds KA, Wright HT (červen 2001). "Krystalová struktura Mycobacterium tuberculosis beta-ketoacyl-acyl nosičového proteinu syntázy III." J. Biol. Chem. 276 (23): 20516–22. doi:10,1074 / jbc.M010762200. PMID 11278743. S2CID 21814082.
- ^ PDB: 1ZOW; Qiu X, Choudhry AE, Janson CA, Grooms M, Daines RA, Lonsdale JT, Khandekar SS (srpen 2005). „Krystalová struktura a substrátová specificita β-ketoacyl-acylového nosného proteinu syntázy III (FabH) ze Staphylococcus aureus“. Protein Sci. 14 (8): 2087–94. doi:10.1110 / ps.051501605. PMC 2279320. PMID 15987898.
- ^ PDB: 1HN9; Qiu X, Janson CA, Konstantinidis AK, Nwagwu S, Silverman C, Smith WW, Khandekar S, Lonsdale J, Abdel-Meguid SS (prosinec 1999). „Krystalová struktura beta-ketoacyl-acylového nosného proteinu syntázy III. Klíčový kondenzační enzym v biosyntéze bakteriálních mastných kyselin“. J. Biol. Chem. 274 (51): 36465–71. doi:10.1074 / jbc.274.51.36465. PMID 10593943.
- ^ PDB: 1UB7Inagaki E, Kuramitsu S, Yokoyama S, Miyano M, Tahirov TH (2007) The Crystal Structure of Beta-Ketoacyl- [Acyl Carrier Protein] Synthase III (Fabh) from Thermus thermophilus.
- ^ Choi KH, Kremer L, Besra GS, Rock CO (září 2000). "Identifikace a substrátová specificita beta-ketoacyl (acylový proteinový nosič) syntázy III (mtFabH) z Mycobacterium tuberculosis". J. Biol. Chem. 275 (36): 28201–7. doi:10,1074 / jbc.M003241200. PMID 10840036.
- ^ PDB: 1M1M, 2AJ9; Brown AK, Sridharan S, Kremer L, Lindenberg S, Dover LG, Sacchettini JC, Besra GS (září 2005). „Probing the mechanism of the Mycobacterium tuberculosis beta-ketoacyl-acyl carrier protein syntáza III mtFabH: faktory ovlivňující katalýzu a substrátovou specificitu“. J. Biol. Chem. 280 (37): 32539–47. doi:10,1074 / jbc.M413216200. PMID 16040614.
- ^ PDB: 1MZS; Daines RA, Pendrak I, Sham K, Van Aller GS, Konstantinidis AK, Lonsdale JT, Janson CA, Qiu X, Brandt M, Khandekar SS, Silverman C, vedoucí MS (leden 2003). „První rentgenová kokrystalická struktura bakteriálního FabH kondenzačního enzymu a inhibitoru malé molekuly dosažená pomocí racionálního designu a homologního modelování“. J. Med. Chem. 46 (1): 5–8. doi:10.1021 / jm025571b. PMID 12502353.
- ^ Nie Z, Perretta C, Lu J, Su Y, Margosiak S, Gajiwala KS, Cortez J, Nikulin V, Yager KM, Appelt K, Chu S (březen 2005). „Strukturovaný design, syntéza a studium účinných inhibitorů beta-ketoacyl-acylového nosného proteinu syntázy III jako potenciálních antimikrobiálních látek“. J. Med. Chem. 48 (5): 1596–609. doi:10.1021 / jm049141s. PMID 15743201.
- ^ Ashek A, Cho SJ (březen 2006). „Kombinovaný přístup dokování a 3D QSAR studie inhibitorů beta-ketoacyl-acylového nosného proteinu syntázy III (FabH)“. Bioorg. Med. Chem. 14 (5): 1474–82. doi:10.1016 / j.bmc.2005.10.001. PMID 16275103.
- ^ PDB: 1U6S; Musayev F, Sachdeva S, Scarsdale JN, Reynolds KA, Wright HT (březen 2005). „Krystalová struktura substrátového komplexu Mycobacterium tuberculosis beta-ketoacyl-acylový nosičový protein syntáza III (FabH) s lauroyl-koenzymem A“. J. Mol. Biol. 346 (5): 1313–21. doi:10.1016 / j.jmb.2004.12.044. PMID 15713483.
- ^ A b Veyron-Churlet R, Molle V, Taylor RC, Brown AK, Besra GS, Zanella-Cléon I, Fütterer K, Kremer L (březen 2009). „Aktivita β-ketoacyl-acylového nosiče proteinové syntázy III Mycobacterium tuberculosis je inhibována fosforylací na jednom reziduu threoninu“. J. Biol. Chem. 284 (10): 6414–24. doi:10,1074 / jbc.M806537200. PMC 2649087. PMID 19074144.
- ^ Schroeder EK, de Souza N, Santos DS, Blanchard JS, Basso LA (září 2002). "Léky, které inhibují biosyntézu kyseliny mykolové u Mycobacterium tuberculosis". Curr Pharm Biotechnol. 3 (3): 197–225. doi:10.2174/1389201023378328. PMID 12164478.
- ^ Senior SJ, Illarionov PA, Gurcha SS, Campbell IB, Schaeffer ML, Minnikin DE, Besra GS (listopad 2003). "Analogy thiolaktomycinu na bázi bifenylu, aktivní proti Mycobacterium tuberculosis mtFabH kondenzující enzym mastné kyseliny". Bioorg. Med. Chem. Lett. 13 (21): 3685–8. doi:10.1016 / j.bmcl.2003.08.015. PMID 14552758.
- ^ Senior SJ, Illarionov PA, Gurcha SS, Campbell IB, Schaeffer ML, Minnikin DE, Besra GS (leden 2004). „Analogy thiolaktomycinu na bázi acetylenu, aktivní proti enzymu kondenzujícímu mastnou kyselinu Mycobacterium tuberculosis mtFabH“. Bioorg. Med. Chem. Lett. 14 (2): 373–6. doi:10.1016 / j.bmcl.2003.10.061. PMID 14698162.
- ^ He X, Reeve AM, Desai UR, Kellogg GE, Reynolds KA (srpen 2004). „1,2-Dithiole-3-Ones jako silné inhibitory bakteriální 3-ketoacyl-acylové nosné proteinové syntázy III (FabH)“. Antimicrob. Agenti Chemother. 48 (8): 3093–102. doi:10.1128 / AAC.48.8.3093-3102.2004. PMC 478545. PMID 15273125.
- ^ Al-Balas Q, Anthony NG, Al-Jaidi B, Alnimr A, Abbott G, Brown AK, Taylor RC, Besra GS, McHugh TD, Gillespie SH, Johnston BF, Mackay SP, Coxon GD (2009). Todd MH (ed.). "Identifikace 2-aminothiazol-4-karboxylátových derivátů aktivních proti Mycobacterium tuberculosis H37Rv a β-ketoacyl-ACP syntáze mtFabH". PLOS ONE. 4 (5): e5617. Bibcode:2009PLoSO ... 4.5617A. doi:10.1371 / journal.pone.0005617. PMC 2680598. PMID 19440303.
- ^ Young K, Jayasuriya H, Ondeyka JG, Herath K, Zhang C, Kodali S, Galgoci A, Painter R, Brown-Driver V, Yamamoto R, Silver LL, Zheng Y, Ventura JI, Sigmund J, Ha S, Basilio A, Vicente F, Tormo JR, Pelaez F, Youngman P, Cully D, Barrett JF, Schmatz D, Singh SB, Wang J (únor 2006). „Objev inhibitorů FabH / FabF z přírodních produktů“. Antimicrob. Agenti Chemother. 50 (2): 519–26. doi:10.1128 / AAC.50.2.519-526.2006. PMC 1366929. PMID 16436705.
- ^ Ondeyka JG, Zink DL, Young K, Painter R, Kodali S, Galgoci A, Collado J, Tormo JR, Basilio A, Vicente F, Wang J, Singh SB (březen 2006). „Objev bakteriálních inhibitorů syntázy mastných kyselin z druhu Phoma jako antimikrobiálních látek s využitím nové strategie založené na antisense“. J. Nat. Prod. 69 (3): 377–80. doi:10.1021 / np050416w. PMID 16562839.
- ^ Wang J, Kodali S, Lee SH, Galgoci A, Painter R, Dorso K, Racine F, Motyl M, Hernandez L, Tinney E, Colletti SL, Herath K, Cummings R, Salazar O, González I, Basilio A, Vicente F , Genilloud O, Pelaez F, Jayasuriya H, Young K, Cully DF, Singh SB (květen 2007). „Objev platencinu, dvojitého inhibitoru FabF a FabH s antibiotickými vlastnostmi in vivo“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 104 (18): 7612–6. Bibcode:2007PNAS..104,7612W. doi:10.1073 / pnas.0700746104. PMC 1863502. PMID 17456595.
- ^ Brown AK, Taylor RC, Bhatt A, Fütterer K, Besra GS (2009). Ahmed N (ed.). "Aktivita platensimycinu proti mykobakteriálním beta-ketoacyl-ACP syntázám". PLOS ONE. 4 (7): e6306. Bibcode:2009PLoSO ... 4,6306B. doi:10,1371 / journal.pone.0006306. PMC 2707616. PMID 19609444.
- ^ Viader-Salvadó JM, Garza-González E, Valdez-Leal R, del Bosque-Moncayo MA, Tijerina-Menchaca R, Guerrero-Olazarán M (červenec 2001). "Metoda citlivosti na index mykolové kyseliny pro Mycobacterium tuberculosis". J. Clin. Microbiol. 39 (7): 2642–5. doi:10.1128 / JCM.39.7.2642-2645.2001. PMC 88200. PMID 11427584.
- ^ He X, Mueller JP, Reynolds KA (červen 2000). „Vývoj testu scintilační proximity pro beta-ketoacyl-acylový nosičový protein syntázu III“. Anální. Biochem. 282 (1): 107–14. doi:10,1006 / abio.2000,4594. PMID 10860506.
- ^ Corbett EL, Watt CJ, Walker N, Maher D, Williams BG, Raviglione MC, Dye C (květen 2003). „Rostoucí zátěž tuberkulózy: globální trendy a interakce s epidemií HIV“. Oblouk. Internovat. Med. 163 (9): 1009–21. doi:10.1001 / archinte.163.9.1009. PMID 12742798.
- ^ „Globální kontrola tuberkulózy 2007“. Světová zdravotnická organizace. 2007. Archivovány od originál dne 02.02.2010. Citováno 2010-01-02.
- ^ „Aliance TB - zastaralá léčba“. Global Alliance for TB Drug Development. Archivovány od originál dne 13.01.2010. Citováno 2010-01-02.
- ^ Casenghi M, Cole ST, Nathan CF (listopad 2007). „Nové přístupy k vyplnění mezery v objevu léků na tuberkulózu“. PLOS Med. 4 (11): e293. doi:10.1371 / journal.pmed.0040293. PMC 2062479. PMID 17988169.
- ^ „TB Alliance - TB Drug Portfolio“. Global Alliance for TB Drug Development. Archivovány od originál dne 13.01.2010. Citováno 2010-01-02.
- ^ „Nová studie odhaluje omezení komplexního a náročného globálního trhu s drogami proti tuberkulóze“. TB Alliance Newscenter: Tisková zpráva. Global Alliance for TB Drug Development. 14. 05. 2007. Citováno 2010-01-02.
- ^ "Ekonomika vývoje léků proti TB" (PDF). Global Alliance for TB Drug Development. 2001. Citováno 2010-01-02.
Další čtení
- Přehled všech strukturálních informací dostupných v PDB pro UniProt: P9WNG3 (Mycobacterium tuberculosis 3-oxoacyl- [acyl-carrier-protein] syntáza 3) na PDBe-KB.