APOBEC3C - APOBEC3C

APOBEC3C
Dostupné struktury
PDBLidské vyhledávání UniProt: PDBe RCSB
Identifikátory
AliasyAPOBEC3C, A3C, APOBEC1L, ARDC2, ARDC4, ARP5, PBI, bK150C2.3, katalytická podjednotka mRNA editující apolipoprotein B
Externí IDOMIM: 607750 HomoloGene: 129856 Genové karty: APOBEC3C
Umístění genu (člověk)
Chromozom 22 (lidský)
Chr.Chromozom 22 (lidský)[1]
Chromozom 22 (lidský)
Genomické umístění pro APOBEC3C
Genomická poloha pro APOBEC3C
Kapela22q13.1Start39,014,257 bp[1]
Konec39,020,352 bp[1]
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez

27350

n / a

Ensembl

ENSG00000244509

n / a

UniProt

Q9NRW3

n / a

RefSeq (mRNA)

NM_014508

n / a

RefSeq (protein)

NP_055323

n / a

Místo (UCSC)Chr 22: 39,01 - 39,02 Mbn / a
PubMed Vyhledávání[2]n / a
Wikidata
Zobrazit / upravit člověka

DNA dC-> dU-editující enzym APOBEC-3C je protein že u lidí je kódován APOBEC3C gen.[3][4]

A3C patří do rodiny A3 cytidindeamináz, které působí jako restrikční faktory proti různým retrovirům. Bylo hlášeno, že A3C účinně inhibuje virus opičího deficitu imunodeficience spíše než HIV-1, při absenci faktoru virové infekčnosti, Vif.[5] Zlepšení katalytické aktivity A3C mělo pouze okrajový účinek na replikaci HIV-1 (při absenci Vif), kontraproduktivní virový mechanismus je nejasný.[6] Ukázalo se také, že A3C inhibuje jiné viry.[7][8][9][10][11]

Funkce

Tento gen je členem cytidindeamináza genová rodina. Je to jeden ze sedmi příbuzných genů nebo pseudogeny nalezen v a shluk myšlenka vyplynout z genová duplikace, na chromozom 22. Členové klastru kódují proteiny, které strukturně a funkčně souvisejí s cytidindeaminázou editující C až U RNA APOBEC1. Naopak proteiny A3 enzymaticky přeměňují cytidin na uridin přítomný v jednořetězcové DNA.[12][13][14][15][16] Bylo prokázáno, že dva zbytky ve smyčce 1 A3C určují jeho antivirovou aktivitu proti HIV-1.[17]

Struktura

Krystalová struktura A3C naznačuje domnělou oblast vázání HIV-1 vif.[18][19] Bylo zjištěno, že A3C inhibuje ŘÁDEK 1 prvky přímou interakcí s proteiny ORF1p způsobem nezávislým na deamináze.[20]

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000244509 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  3. ^ Jarmuz A, Chester A, Bayliss J, Gisbourne J, Dunham I, Scott J, Navaratnam N (březen 2002). „Antropoidně specifický lokus sirotků C až U RNA-editujících enzymů na chromozomu 22“. Genomika. 79 (3): 285–96. doi:10.1006 / geno.2002.6718. PMID  11863358.
  4. ^ „Entrez Gene: APOBEC3C apolipoprotein B mRNA editační enzym, katalytický polypeptid podobný 3C“.
  5. ^ Yu Q, Chen D, König R, Mariani R, Unutmaz D, Landau NR (prosinec 2004). „APOBEC3B a APOBEC3C jsou silné inhibitory replikace viru opičí imunodeficience“. The Journal of Biological Chemistry. 279 (51): 53379–86. doi:10,1074 / jbc.M408802200. PMID  15466872.
  6. ^ Jaguva Vasudevan AA, Hofmann H, Willbold D, Häussinger D, Koenig BW, Münk C (duben 2017). „Zvýšení aktivity katalytické deaminace APOBEC3C nestačí k inhibici HIV-1 s nedostatkem Vif“. Journal of Molecular Biology. 429 (8): 1171–1191. doi:10.1016 / j.jmb.2017.03.015. PMID  28315663.
  7. ^ Baumert TF, Rösler C, Malim MH, von Weizsäcker F (září 2007). „DNA viru hepatitidy B je předmětem rozsáhlé úpravy lidskou deaminázou APOBEC3C“. Hepatologie. 46 (3): 682–9. doi:10,1002 / hep. 21733. PMID  17625792.
  8. ^ Suspène R, Aynaud MM, Koch S, Pasdeloup D, Labetoulle M, Gaertner B, Vartanian JP, Meyerhans A, Wain-Hobson S (srpen 2011). „Genetická úprava genomu herpes simplex viru 1 a herpesviru Epstein-Barr lidskými APOBEC3 cytidindeaminázami v kultuře a in vivo“. Journal of Virology. 85 (15): 7594–602. doi:10.1128 / JVI.00290-11. PMC  3147940. PMID  21632763.
  9. ^ Köck J, Blum HE (květen 2008). „Hypermutace genomů viru hepatitidy B pomocí APOBEC3G, APOBEC3C a APOBEC3H“. The Journal of General Virology. 89 (Pt 5): 1184–91. doi:10.1099 / vir.0.83507-0. PMID  18420796.
  10. ^ Li D, Liu J, Kang F, Guan W, Gao X, Wang Y, Sun D (říjen 2011). „Chimerický protein Core-APOBEC3C inhibuje replikaci viru hepatitidy B“. Journal of Biochemistry. 150 (4): 371–4. doi:10.1093 / jb / mvr086. PMID  21746770.
  11. ^ Ahasan MM, Wakae K, Wang Z, Kitamura K, Liu G, Koura M, Imayasu M, Sakamoto N, Hanaoka K, Nakamura M, Kyo S, Kondo S, Fujiwara H, Yoshizaki T, Mori S, Kukimoto I, Muramatsu M (Únor 2015). „APOBEC3A a 3C snižují infekčnost lidského papilomaviru 16 pseudovirion“. Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 457 (3): 295–9. doi:10.1016 / j.bbrc.2014.12.103. hdl:2297/44628. PMID  25576866.
  12. ^ Yu Q, König R, Pillai S, Chiles K, Kearney M, Palmer S, Richman D, Coffin JM, Landau NR (květen 2004). „Jednořetězcová specificita APOBEC3G odpovídá minusřetězcové deaminaci genomu HIV“. Přírodní strukturní a molekulární biologie. 11 (5): 435–42. doi:10.1038 / nsmb758. PMID  15098018.
  13. ^ Harris RS, Petersen-Mahrt SK, Neuberger MS (listopad 2002). „Enzym upravující RNA APOBEC1 a některé z jeho homologů mohou působit jako mutanty DNA“. Molekulární buňka. 10 (5): 1247–53. doi:10.1016 / s1097-2765 (02) 00742-6. PMID  12453430.
  14. ^ Harris RS, Sheehy AM, Craig HM, Malim MH, Neuberger MS (červenec 2003). „Deaminace DNA: nejen spouštěč diverzifikace protilátek, ale také mechanismus obrany proti retrovirům“. Přírodní imunologie. 4 (7): 641–3. doi:10.1038 / ni0703-641. PMID  12830140.
  15. ^ Harris RS, Bishop KN, Sheehy AM, Craig HM, Petersen-Mahrt SK, Watt IN, Neuberger MS, Malim MH (červen 2003). „Deaminace DNA zprostředkovává vrozenou imunitu vůči retrovirové infekci“. Buňka. 113 (6): 803–9. doi:10.1016 / s0092-8674 (03) 00423-9. PMID  12809610.
  16. ^ Yu Q, Chen D, König R, Mariani R, Unutmaz D, Landau NR (prosinec 2004). „APOBEC3B a APOBEC3C jsou silné inhibitory replikace viru opičí imunodeficience“. The Journal of Biological Chemistry. 279 (51): 53379–86. doi:10,1074 / jbc.M408802200. PMID  15466872.
  17. ^ Ayyappan Jaguva Vasudevan, Ananda; Balakrishnan, Kannan; G. W. Gertzen, Christoph; Borvető, Fanni; Zhang, Zeli; Sangwiman, Anucha; Drženo, Ulrike; Küstermann, Caroline; Banerjee, Sharmistha; Schumann, Gerald G .; Häussinger, Dieter (říjen 2020). „Smyčka 1 APOBEC3C reguluje jeho antivirovou aktivitu proti HIV-1“. Journal of Molecular Biology: S0022283620305891. doi:10.1016 / j.jmb.2020.10.014.
  18. ^ Kitamura S, Ode H, Nakashima M, Imahashi M, Naganawa Y, Kurosawa T, Yokomaku Y, Yamane T, Watanabe N, Suzuki A, Sugiura W, Iwatani Y (říjen 2012). "Krystalová struktura APOBEC3C a rozhraní pro vazbu HIV-1 Vif". Přírodní strukturní a molekulární biologie. 19 (10): 1005–10. doi:10.1038 / nsmb.2378. PMID  23001005.
  19. ^ Zhang Z, Gu Q, Jaguva Vasudevan AA, Jeyaraj M, Schmidt S, Zielonka J, Perković M, Heckel JO, Cichutek K, Häussinger D, Smits SH, Münk C (listopad 2016). „Proteiny Vif z různých linií viru lidské imunodeficience / opičí imunodeficience mají odlišná vazebná místa v A3C“. Journal of Virology. 90 (22): 10193–10208. doi:10.1128 / JVI.01497-16. PMC  5105656. PMID  27581978.
  20. ^ Horn AV, Klawitter S, Held U, Berger A, Vasudevan AA, Bock A, Hofmann H, Hanschmann KM, Trösemeier JH, Flory E, Jabulowsky RA, Han JS, Löwer J, Löwer R, Münk C, Schumann GG (leden 2014 ). „Omezení lidské LINE-1 pomocí APOBEC3C je nezávislé na deamináze a je zprostředkováno interakcí ORF1p, která ovlivňuje aktivitu reverzní transkriptázy LINE.“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (1): 396–416. doi:10.1093 / nar / gkt898. PMC  3874205. PMID  24101588.

Další čtení

externí odkazy