Struktura a genom HIV - Structure and genome of HIV

The genom a bílkoviny z HIV (virus lidské imunodeficience) byly předmětem rozsáhlého výzkumu od objevení viru v roce 1983.[1][2] „Při hledání původce se zpočátku věřilo, že virus je formou viru lidské leukémie T-buněk (HTLV), o kterém bylo v té době známo, že ovlivňuje imunitní systém člověka a vyvolává určité leukémie. vědci z Pasteurova institutu v Paříži izolovali dříve neznámý a geneticky odlišný retrovirus u pacientů s AIDS, který byl později pojmenován HIV. “ [3] Každý virion zahrnuje a virová obálka a přidružená matice uzavírající a kapsid, který sám uzavírá dvě kopie jednovláknového RNA genom a několik enzymy. K objevení samotného viru došlo dva roky po zprávě o prvních závažných případech nemocí souvisejících s AIDS.[4][5]

Struktura

Kompletní sekvence genomu HIV-1, extrahovaná z infekčních virionů, byla vyřešena k rozlišení jednoho nukleotidu.[6]Genom HIV kóduje malé množství virových proteinů a vždy vytváří kooperativní asociace mezi proteiny HIV a mezi HIV a hostitelskými proteiny, aby napadl hostitelské buňky a unesl jejich vnitřní zařízení.[7]

HIV se strukturou liší od ostatních retroviry. Virion HIV má průměr ~ 100 nm. Jeho nejvnitřnější oblast se skládá z jádra ve tvaru kužele, které zahrnuje dvě kopie genomu ssRNA (pozitivní smysl), enzymy reverzní transkriptáza, integráza a proteáza, některé vedlejší proteiny a hlavní protein jádra.[8] Genom viru lidské imunodeficience (HIV) kóduje 8 virových proteinů, které hrají zásadní roli během životního cyklu HIV.[7]

Schéma HIV

HIV-1 se skládá ze dvou kopií nekovalentně spojených, pozitivní smysl jednovláknová RNA uzavřená kónickou kapsidou složenou z virového proteinu p24, typické pro lentiviry.[9][10] Složka RNA je 9749 nukleotidy dlouho[11][12] a nese a 5 'čepice (Gppp), 3 ' poly (A) ocas, a mnoho otevřené čtecí rámce (ORF).[13] Virové strukturní proteiny jsou kódovány dlouhými ORF, zatímco menší ORF kódují regulátory životního cyklu viru: připojení, fúze membrány, replikace a sestavení.[13]

Struktura nezralého kapsidu HIV-1 v neporušených virových částicích

Jednořetězcová RNA je pevně vázána na p7 nukleokapsid proteiny, protein p6 pozdní montáže a enzymy nezbytné pro vývoj virionu, jako je reverzní transkriptáza a integráza. Lysinová tRNA je primerem na hořčíku závislé reverzní transkriptázy.[9] Nukleokapsid se asociuje s genomovou RNA (jedna molekula na hexamer) a chrání RNA před trávením nukleázy. Uvnitř částice virionu jsou také uzavřeny Vif, Vpr, Nef a virové proteáza. Matice složená ze spojení virového proteinu p17 obklopuje kapsidu a zajišťuje integritu virionové částice. To je zase obklopeno znakem obálka původu hostitelské buňky. Obálka se vytvoří, když kapsida pupeny z hostitelské buňky, přičemž některé z membrány hostitelských buněk s sebou. Obálka obsahuje glykoproteiny gp120 a gp41, které jsou odpovědné za navázání a vstup do hostitelské buňky.

Jako jediné proteiny na povrchu viru jsou hlavními cíli obalových glykoproteinů (gp120 a gp41) Vakcína proti HIV úsilí.[14] Více než polovina hmotnosti hrotu trimerické obálky je N-vázané glykany. Hustota je vysoká jako glykany chrání základní virový protein před neutralizací pomocí protilátek. Jedná se o jednu z nejhustěji známých glykosylovaných molekul a hustota je dostatečně vysoká, aby zabránila normálnímu procesu zrání glykanů během biogeneze v endoplazmatickém a Golgiho aparátu.[15][16] Většina glykanů je proto zastavena jako nezralé glykany s vysokým obsahem manózy, které se za normálních okolností nevyskytují na vylučovaných nebo na povrchu buněk lidských glykoproteinech.[17] Neobvyklé zpracování a vysoká hustota znamená, že téměř všechny široce neutralizující protilátky, které byly dosud identifikovány (od podskupiny pacientů, kteří byli infikováni po mnoho měsíců až let), se vážou nebo jsou přizpůsobeny tak, aby se s těmito obalovými glykany vyrovnaly.[18]

Molekulární struktura virového hrotu byla nyní stanovena rentgenovou krystalografií[19] a kryoelektronovou mikroskopii.[20] Tyto pokroky ve strukturní biologii byly umožněny díky vývoji stabilních rekombinantních forem virového výběžku zavedením mezisubunitové disulfidové vazby a isoleucinu na prolinovou mutaci v gp41.[21] Takzvané trimery SOSIP nejen reprodukují antigenní vlastnosti nativního virového výběžku, ale také vykazují stejný stupeň nezralých glykanů, jaké jsou prezentovány na nativním viru.[22] Rekombinantní trimerní virové špičky jsou slibnými kandidáty na vakcíny, protože vykazují méně neneutralizujících epitopů než rekombinantní monomerní gp120, které působí potlačením imunitní odpovědi na cílové epitopy.[23]

Organizace genomu

Struktura genomu RNA HIV-1

HIV má několik hlavních genů kódujících strukturní proteiny, které se nacházejí ve všech retrovirech, stejně jako několik nestrukturálních („doplňkových“) genů jedinečných pro HIV.[24] Genom HIV obsahuje devět genů, které kódují patnáct virových proteinů.[25] Ty jsou syntetizovány jako polyproteiny, které produkují proteiny pro vnitřek virionu, nazývané Gag, skupinový specifický antigen; virové enzymy (Pol, polymeráza) nebo glykoproteiny virionu env (obálka).[26] Kromě toho HIV kóduje proteiny, které mají také určité regulační a pomocné funkce.[26] HIV-1 má dva důležité regulační prvky: Tat a Rev a několik důležitých doplňkových proteinů, jako jsou Nef, Vpr, Vif a Vpu, které nejsou nezbytné pro replikaci v určitých tkáních.[26] The gag Gen poskytuje základní fyzickou infrastrukturu viru a pol poskytuje základní mechanismus, kterým se retroviry reprodukují, zatímco ostatní pomáhají HIV vstoupit do hostitelské buňky a zlepšit její reprodukci. I když mohou být změněny mutací, všechny tyto geny kromě tev existují ve všech známých variantách HIV; vidět Genetická variabilita HIV.

HIV využívá propracovaný systém diferenciálu Sestřih RNA získat devět různých genových produktů z méně než 10kb genomu.[27] HIV má genomický transkript o velikosti 9,2 kB, který kóduje prekurzory gag a pol; jednoplášťové kódování 4,5 kb pro env, Vif, Vpr a Vpu a vícenásobné sestřih 2kb kódování mRNA pro Tat, Rev a Nef.[27]

Proteiny kódované genomem HIV
TřídaGenové jménoProdukty primárního proteinuZpracované bílkovinné produkty
Virové strukturní proteinygagGag polyproteinMA, CA, SP1, NC, SP2, P6
polPol polyproteinRT, RNáza H, IN, PR
envgp160gp120, gp41
Základní regulační prvkytatTat
revRev
Doplňkové regulační proteinynefNef
vprVpr
vifVif
vpuVpu

Virové strukturní proteiny

HIV kapsida se skládá ze zhruba 200 kopií proteinu p24. Struktura p24 je zobrazena ve dvou reprezentacích: cartoon (nahoře) a isosurface (dole)
  • gag (skupinově specifický antigen) kódy prekurzorového roubíku polyprotein který je během zrání zpracován virovou proteázou na MA (matricový protein, str17); CA (kapsidový protein, p24 ); SP1 (spacer peptid 1, p2); NC (nukleokapsidový protein, p7); SP2 (spacer peptid 2, pl) a protein P6.[28]
  • pol kódy virových enzymů reverzní transkriptáza (RT) a RNáza H, integráza (IN) a HIV proteáza (PR).[26] K štěpení prekurzoru polyproteinu Gag na produkci strukturních proteinů je nutná HIV proteáza, k transkripci DNA z templátu RNA je zapotřebí RT a k integraci dvouřetězcové virové DNA do genomu hostitele je nutný IN.[24]
  • env (pro "obálku") kódy pro gp160, který je štěpen hostitelskou proteázou, furin, v rámci endoplazmatické retikulum hostitelské buňky. Posttranslační zpracování produkuje povrchový glykoprotein, gp120 nebo SU, která se připojuje k CD4 receptory přítomné na lymfocytech a gp41 nebo TM, který je vložen do virové obálky, aby se virus mohl připojit k cílovým buňkám a fúzovat s nimi.[24][28]

Základní regulační prvky

  • tat (HIV trans-aktivátor) hraje důležitou roli při regulaci reverzní transkripce RNA virového genomu, zajišťuje účinnou syntézu virových mRNA a reguluje uvolňování virionů z infikovaných buněk.[26] Tat je exprimován jako 72-aminokyselinový Tat s jedním exonem, stejně jako 86–101-aminokyselinový se dvěma exony Tat, a hraje důležitou roli na počátku infekce HIV. Tat (14–15 kDa) se váže na vyboulenou genomovou RNA kmenová smyčka sekundární struktura poblíž 5 'LTR oblasti tvořící prvek trans-aktivační odezvy (TAR).[9][26]
  • rev (regulátor exprese virionových proteinů): Protein Rev se váže na virový genom prostřednictvím arginin - bohatý motiv vázající RNA, který také působí jako NLS (jaderné lokalizační signály ), potřebné pro transport Rev do jádra z cytosolu během replikace viru.[26] Rev rozpoznává složitou strukturu kmenové smyčky mRNA env nachází se v intronu oddělujícím kódující exon Tat a Rev, známý jako Prvek reakce na HIV (RRE).[9][26] Rev je důležitý pro syntézu hlavních virových proteinů a je tedy nezbytný pro virovou replikaci.

Doplňkové regulační proteiny

  • vpr (lentivirus protein R): Vpr je regulační protein spojený s viriony, nukleocytoplazmatický přesazující protein.[26] Předpokládá se, že hraje důležitou roli při replikaci viru, konkrétně při nukleárním importu preintegračního komplexu. Zdá se také, že Vpr způsobuje, že jeho hostitelské buňky zadržují své buněčný cyklus ve fázi G2. Toto zastavení aktivuje hostitelské opravné zařízení DNA, které může umožnit integraci virové DNA.[9] HIV-2 a SIV kódují další protein související s Vpr nazývaný Vpx, který funguje ve spojení s Vpr.[26]
  • vif - Vif je vysoce konzervovaný 23 kDa fosfoprotein důležitý pro infekčnost virionů HIV-1 v závislosti na typu buňky.[9] Bylo zjištěno, že HIV-1 vyžaduje, aby Vif syntetizoval infekční viry v lymfocytech, makrofázích a určitých lidských buněčných liniích. Nezdá se, že vyžaduje Vif pro stejný proces v HeLa buňky nebo COS buňky, mezi ostatními.[26]
  • nef - Nef, negativní faktor, je N-terminální myristoylovaný membránový fosfoprotein. Podílí se na více funkcích během replikačního cyklu viru. Předpokládá se, že hraje důležitou roli v apoptóze buněk a zvyšuje infekčnost viru.[26]
  • vpu (Virový protein U) - Vpu je specifický pro HIV-1. Jedná se o oligomerní integrální membránový fosfoprotein třídy I s mnoha biologickými funkcemi. Vpu je zapojen do CD4 degradace zahrnující ubikvitin proteazom a také při úspěšném uvolňování virionů z infikovaných buněk.[9][26]
  • tev: Tento gen je přítomen pouze v několika izolátech HIV-1. Jedná se o fúzi částí tat, env, a rev geny a kóduje protein s některými vlastnostmi tat, ale málo nebo žádná z vlastností rev.[29]

Sekundární struktura RNA

Kmenová smyčka HIV pol-1
RF01418.png
Předpokládaná sekundární struktura kmenové smyčky HIV pol-1
Identifikátory
Symbolpol
RfamRF01418
Další údaje
RNA typCis-reg
PDB strukturPDBe

Několik konzervovaných sekundární struktura prvky byly identifikovány v HIV RNA genom. Struktura 5'UTR se skládá z řady struktur kmenové smyčky propojených malými linkery.[10] Tyto kmenové smyčky (5 'až 3') zahrnují prvek trans-aktivační oblasti (TAR), 5 'polyadenylační signál [poly (A)], PBS, DIS, hlavní SD a ψ vlásenkovou strukturu umístěnou uvnitř 5 'konec genomu a Prvek reakce na HIV (RRE) v genu env.[10][30][31] Další struktura RNA, která byla identifikována, je poutko dříku 3 (GSL3), o kterém se předpokládá, že je součástí virového balení.[32][33] Bylo navrženo, aby sekundární struktury RNA ovlivňovaly životní cyklus HIV změnou funkce HIV proteáza a reverzní transkriptáza, i když ne všem identifikovaným prvkům byla přidělena funkce.

Sekundární struktura RNA určená TVAR analýza ukázala, že obsahuje tři kmenové smyčky a nachází se mezi geny HIV proteázy a reverzní transkriptázy. Tento cis Ukázalo se, že regulační RNA je zachována v celé rodině HIV a předpokládá se, že ovlivňuje životní cyklus viru.[34]

Smyčka V3

The třetí proměnná smyčka nebo Smyčka V3 je součástí nebo regionem Virus lidské imunodeficience. The Smyčka V3 glykoproteinu vironu, gp120, umožňuje infikovat lidské imunitní buňky vazbou na a cytokin receptor na cílové lidské imunitní buňce, jako je a CCR5 buňka nebo CXCR4 buňka, v závislosti na kmeni HIV.[35]Obal glykoproteinu (Env) gp 120/41 je nezbytný pro vstup HIV-1 do buněk. Env slouží jako molekulární cíl léku, který léčí jedince s infekcí HIV-1, a zdroj imunogenu pro vývoj vakcíny proti AIDS. Struktura funkčního trimeru Env však zůstala nepolapitelná.[36]

Viz také

Reference

  1. ^ Barré-Sinoussi F, Chermann JC, Rey F, Nugeyre MT, Chamaret S, Gruest J, Dauguet C, Axler-Blin C, Vézinet-Brun F, Rouzioux C, Rozenbaum W, Montagnier L (květen 1983). „Izolace T-lymfotropního retroviru od pacienta s rizikem syndromu získané imunodeficience (AIDS)“. Věda. 220 (4599): 868–71. Bibcode:1983Sci ... 220..868B. doi:10.1126 / science.6189183. PMID  6189183.
  2. ^ Gallo RC, Sarin PS, Gelmann EP, Robert-Guroff M, Richardson E, Kalyanaraman VS, Mann D, Sidhu GD, Stahl RE, Zolla-Pazner S, Leibowitch J, Popovic M (květen 1983). „Isolation of human T-cell leukemia virus in acquired imunodeficit syndrom (AIDS)“. Věda. 220 (4599): 865–7. Bibcode:1983Sci ... 220..865G. doi:10.1126 / science.6601823. PMID  6601823.
  3. ^ Churi, C .; Ross, M. W. (2015). „HIV / AIDS“. In Whelehan, P .; Bolin, A. (eds.). Mezinárodní encyklopedie lidské sexuality. Wiley. ISBN  9781405190060. OCLC  949701914.
  4. ^ Centra pro kontrolu nemocí (červen 1981). „Pneumocystis pneumonia - Los Angeles“. MMWR. Týdenní zpráva o nemocnosti a úmrtnosti. 30 (21): 250–2. PMID  6265753.
  5. ^ Centers for Disease Control (CDC) (červenec 1981). „Kaposiho sarkom a Pneumocystis pneumonia u homosexuálních mužů - New York City a Kalifornie“ (PDF). MMWR. Týdenní zpráva o nemocnosti a úmrtnosti. 30 (25): 305–8. PMID  6789108. Archivovány od originálu 22. října 2012. Citováno 15. září 2017.CS1 maint: unfit url (odkaz)
  6. ^ Watts JM, Dang KK, Gorelick RJ, Leonard CW, Bess JW, Swanstrom R, Burch CL, Weeks KM (srpen 2009). „Architektura a sekundární struktura celého genomu HIV-1 RNA“. Příroda. 460 (7256): 711–6. Bibcode:2009 Natur.460..711W. doi:10.1038 / nature08237. PMC  2724670. PMID  19661910.
  7. ^ A b Li G, De Clercq E (září 2016). „Asociace proteinů na celém genomu HIV: přehled 30 let výzkumu“. Recenze mikrobiologie a molekulární biologie. 80 (3): 679–731. doi:10.1128 / MMBR.00065-15. PMC  4981665. PMID  27357278.
  8. ^ Singleton, P .; Sainsbury, D., eds. (2006). "Hiv". Slovník mikrobiologie a molekulární biologie (3. vyd.). Hoboken, NJ: Wiley. ISBN  9780470035450. OCLC  71223221.
  9. ^ A b C d E F G Montagnier L (1999). "Viry lidské imunodeficience (Retroviridae)". Encyklopedie virologie (2. vyd.). str. 763–774.
  10. ^ A b C Lu K, Heng X, Summers MF (červenec 2011). "Strukturální determinanty a mechanismus balení genomu HIV-1". Journal of Molecular Biology. 410 (4): 609–33. doi:10.1016 / j.jmb.2011.04.029. PMC  3139105. PMID  21762803.
  11. ^ Wain-Hobson S, Sonigo P, Danos O, Cole S, Alizon M (leden 1985). "Nukleotidová sekvence viru AIDS, LAV". Buňka. 40 (1): 9–17. doi:10.1016/0092-8674(85)90303-4. PMID  2981635.
  12. ^ Ratner L, Haseltine W, Patarca R, Livak KJ, Starcich B, Josephs SF, Doran ER, Rafalski JA, Whitehorn EA, Baumeister K (1985). "Kompletní nukleotidová sekvence viru AIDS, HTLV-III". Příroda. 313 (6000): 277–84. Bibcode:1985 Natur.313..277R. doi:10.1038 / 313277a0. PMID  2578615.
  13. ^ A b Castelli JC, Levy A (2002). „HIV (virus lidské imunodeficience)“. Encyclopedia of Cancer. 2 (2. vyd.). p. 407–415.
  14. ^ National Institute of Health (17. června 1998). „Krystalová struktura klíčového proteinu HIV odhaluje nové cíle prevence a léčby (Tisková zpráva). Archivovány od originál dne 19. února 2006. Citováno 14. září 2006.
  15. ^ Behrens AJ, Vasiljevic S, Pritchard LK, Harvey DJ, Andev RS, Krumm SA, Struwe WB, Cupo A, Kumar A, Zitzmann N, Seabright GE, Kramer HB, Spencer DI, Royle L, Lee JH, Klasse PJ, Burton DR , Wilson IA, Ward AB, Sanders RW, Moore JP, Doores KJ, Crispin M (březen 2016). „Složení a antigenní účinky jednotlivých glykanových stránek trimerního glykoproteinu na obálce HIV-1“. Zprávy buněk. 14 (11): 2695–706. doi:10.1016 / j.celrep.2016.02.058. PMC  4805854. PMID  26972002.
  16. ^ Pritchard LK, Spencer DI, Royle L, Bonomelli C, Seabright GE, Behrens AJ, Kulp DW, Menis S, Krumm SA, Dunlop DC, Crispin DJ, Bowden TA, Scanlan CN, Ward AB, Schief WR, Doores KJ, Crispin M (Červen 2015). „Glykanové shlukování stabilizuje manózovou náplast HIV-1 a zachovává zranitelnost vůči široce neutralizujícím protilátkám“. Příroda komunikace. 6: 7479. Bibcode:2015NatCo ... 6.7479P. doi:10.1038 / ncomms8479. PMC  4500839. PMID  26105115.
  17. ^ Pritchard LK, Harvey DJ, Bonomelli C, Crispin M, Doores KJ (září 2015). „Glykosylace nativní štěpené obálky HIV-1 zaměřená na buňky a proteiny“. Journal of Virology. 89 (17): 8932–44. doi:10.1128 / JVI.01190-15. PMC  4524065. PMID  26085151.
  18. ^ Crispin M, Doores KJ (duben 2015). „Cílení na glykany odvozené od hostitele na obalené viry pro návrh vakcíny založené na protilátkách“. Aktuální názor na virologii. Virová patogeneze • Preventivní a terapeutické vakcíny. 11: 63–9. doi:10.1016 / j.coviro.2015.02.002. PMC  4827424. PMID  25747313.
  19. ^ Julien JP, Cupo A, Sok D, Stanfield RL, Lyumkis D, Deller MC, Klasse PJ, Burton DR, Sanders RW, Moore JP, Ward AB, Wilson IA (prosinec 2013). „Krystalová struktura rozpustného štěpeného trimeru obálky HIV-1“. Věda. 342 (6165): 1477–83. Bibcode:2013Sci ... 342.1477J. doi:10.1126 / science.1245625. PMC  3886632. PMID  24179159.
  20. ^ Lyumkis D, Julien JP, de Val N, Cupo A, Potter CS, Klasse PJ, Burton DR, Sanders RW, Moore JP, Carragher B, Wilson IA, Ward AB (prosinec 2013). „Kryo-EM struktura plně glykosylovaného rozpustného štěpeného trimeru obálky HIV-1“. Věda. 342 (6165): 1484–90. Bibcode:2013Sci ... 342.1484L. doi:10.1126 / science.1245627. PMC  3954647. PMID  24179160.
  21. ^ Sanders RW, Derking R, Cupo A, Julien JP, Yasmeen A, de Val N, Kim HJ, Blattner C, de la Peña AT, Korzun J, Golabek M, de Los Reyes K, Ketas TJ, van Gils MJ, King CR , Wilson IA, Ward AB, Klasse PJ, Moore JP (září 2013). „Rozštěpený rozpustný trimer HIV-1 Env příští generace, BG505 SOSIP.664 gp140, exprimuje několik epitopů pro široce neutralizující, ale neneutralizující protilátky“. PLOS patogeny. 9 (9): e1003618. doi:10.1371 / journal.ppat.1003618. PMC  3777863. PMID  24068931.
  22. ^ Pritchard LK, Vasiljevic S, Ozorowski G, Seabright GE, Cupo A, Ringe R, Kim HJ, Sanders RW, Doores KJ, Burton DR, Wilson IA, Ward AB, Moore JP, Crispin M (červen 2015). „Strukturální omezení určují glykosylaci trimérů obálek HIV-1“. Zprávy buněk. 11 (10): 1604–13. doi:10.1016 / j.celrep.2015.05.017. PMC  4555872. PMID  26051934.
  23. ^ de Taeye SW, Ozorowski G, Torrents de la Peña A, Guttman M, Julien JP, van den Kerkhof TL, Burger JA, Pritchard LK, Pugach P, Yasmeen A, Crampton J, Hu J, Bontjer I, Torres JL, Arendt H , DeStefano J, Koff WC, Schuitemaker H, Eggink D, Berkhout B, Dean H, LaBranche C, Crotty S, Crispin M, Montefiori DC, Klasse PJ, Lee KK, Moore JP, Wilson IA, Ward AB, Sanders RW (prosinec 2015). „Imunogenicita stabilizovaných trimerů obálek HIV-1 se sníženou expozicí neneutralizujících epitopů“. Buňka. 163 (7): 1702–15. doi:10.1016 / j.cell.2015.11.056. PMC  4732737. PMID  26687358.
  24. ^ A b C Mushahwar IK (2007). „Viry lidské imunodeficience: molekulární virologie, patogeneze, diagnostika a léčba“. Perspektivy v lékařské virologii. 13: 75–87. doi:10.1016 / S0168-7069 (06) 13005-0. ISBN  9780444520739.
  25. ^ Li G, Piampongsant S, Faria NR, Voet A, Pineda-Peña AC, Khouri R, Lemey P, Vandamme AM, Theys K (únor 2015). „Integrovaná mapa variací celého genomu HIV z pohledu populace“. Retrovirologie. 12 (1): 18. doi:10.1186 / s12977-015-0148-6. PMC  4358901. PMID  25808207.
  26. ^ A b C d E F G h i j k l m Votteler J, Schubert U (2008). „Viry lidské imunodeficience: molekulární biologie“. Encyklopedie virologie (3. vyd.). str. 517–525.
  27. ^ A b Feinberg Mark B, Greene Warner C (1992). "Molekulární pohledy na patogenezi viru lidské imunodeficience typu 1". Aktuální názor na imunologii. 4 (4): 466–474. doi:10.1016 / s0952-7915 (06) 80041-5. PMID  1356348.
  28. ^ A b Král Steven R. (1994). „HIV: Virologie a mechanismy nemocí“. Annals of Emergency Medicine. 24 (3): 443–449. doi:10.1016 / s0196-0644 (94) 70181-4. PMID  7915889.
  29. ^ Benko DM, Schwartz S, Pavlakis GN, Felber BK (červen 1990). „Nový protein viru lidské imunodeficience typu 1, tev, sdílí sekvence s proteiny tat, env a rev“. Journal of Virology. 64 (6): 2505–18. doi:10.1128 / JVI.64.6.2505-2518.1990. PMC  249426. PMID  2186172.
  30. ^ Berkhout B (leden 1992). „Strukturální rysy TAR RNA virů lidské a opičí imunodeficience: fylogenetická analýza“. Výzkum nukleových kyselin. 20 (1): 27–31. doi:10.1093 / nar / 20.1.27. PMC  310321. PMID  1738599.
  31. ^ Paillart JC, Skripkin E, Ehresmann B, Ehresmann C, Marquet R (únor 2002). „Důkazy in vitro pro pseudoknot dlouhého dosahu v 5'-nepřekládaných a maticově kódujících oblastech genomové RNA pro HIV-1“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (8): 5995–6004. doi:10,1074 / jbc.M108972200. PMID  11744696.
  32. ^ Damgaard CK, Andersen ES, Knudsen B, Gorodkin J, Kjems J (únor 2004). "Interakce RNA v 5 'oblasti genomu HIV-1". Journal of Molecular Biology. 336 (2): 369–79. doi:10.1016 / j.jmb.2003.12.010. PMID  14757051.
  33. ^ Rong L, Russell RS, Hu J, Laughrea M, Wainberg MA, Liang C (září 2003). „Delece kmenové smyčky 3 je kompenzována mutacemi druhého místa v Gag proteinu viru lidské imunodeficience typu 1“. Virologie. 314 (1): 221–8. doi:10.1016 / S0042-6822 (03) 00405-7. PMID  14517075.
  34. ^ Wang Q, Barr I, Guo F, Lee C (prosinec 2008). „Důkaz nové sekundární struktury RNA v kódující oblasti genu HIV-1 pol“. RNA. 14 (12): 2478–88. doi:10,1261 / rna.1252608. PMC  2590956. PMID  18974280.
  35. ^ „Interakce smyčky gp120 V3 různých kmenů HIV-1 se silnou lidskou monoklonální protilátkou proti HIV 447-52D“. Weizmann Institute of Science: Department of Structural Biology. Archivovány od originál dne 2007-07-18. Citováno 2017-04-18.
  36. ^ Takeda S, Takizawa M, Miyauchi K, Urano E, Fujino M, Murakami T, Murakami T, Komano J (červen 2016). "Konformační vlastnosti třetí variabilní smyčky obálky glykoproteinu HIV-1AD8 v podmínkách ligandu". Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 475 (1): 113–8. doi:10.1016 / j.bbrc.2016.05.051. PMID  27178216.

externí odkazy